More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU0001 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU0001  DNA polymerase III, beta subunit  100 
 
 		 372 aa  753    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0872728  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0002  DNA polymerase III, beta subunit  83.11 
 
 		 373 aa  632  1e-180  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.394263  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0002  DNA polymerase III, beta subunit  68.55 
 
 		 372 aa  543  1e-153  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0002  DNA polymerase III, beta subunit  68.55 
 
 		 372 aa  542  1e-153  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0618208  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0002  DNA polymerase III, beta subunit  66.94 
 
 		 372 aa  532  1e-150  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  62.73 
 
 		 373 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00126039  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0002  DNA polymerase III, beta subunit  60.22 
 
 		 372 aa  454  1e-127  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000138199  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  56.18 
 
 		 372 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000259068  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  42.26 
 
 		 375 aa  325  9e-88  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0002  DNA polymerase III, beta subunit  41.99 
 
 		 375 aa  323  2e-87  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.301651  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0002  DNA polymerase III, beta subunit  42.26 
 
 		 375 aa  324  2e-87  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0002  DNA polymerase III, beta subunit  42.15 
 
 		 376 aa  322  5e-87  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  40 
 
 		 376 aa  297  2e-79  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0002  DNA polymerase III, beta subunit  36.63 
 
 		 365 aa  267  2e-70  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0004  DNA polymerase III subunit beta  36.6 
 
 		 372 aa  254  1.0000000000000001e-66  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000114385  unclonable  5.12755e-25 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3047  DNA polymerase III subunit beta  36.46 
 
 		 371 aa  254  2.0000000000000002e-66  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.579013  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0002  DNA polymerase III subunit beta  36.07 
 
 		 373 aa  247  2e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0823829  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0002  DNA polymerase III subunit beta  35.56 
 
 		 372 aa  247  2e-64  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.142435  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0002  DNA polymerase III subunit beta  36.27 
 
 		 367 aa  246  3e-64  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.186277  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0708  DNA polymerase III subunit beta  35.73 
 
 		 371 aa  246  6e-64  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.147601  normal  0.843721 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0002  DNA polymerase III, beta subunit  36.36 
 
 		 366 aa  245  9.999999999999999e-64  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000466477  normal  0.315264 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0002  DNA polymerase III, beta subunit  36.19 
 
 		 366 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000634429  hitchhiker  0.000143129 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0002  DNA polymerase III, beta subunit  36.19 
 
 		 366 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000637071  unclonable  0.00000000000326658 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0002  DNA polymerase III, beta subunit  36.19 
 
 		 366 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000848773  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0002  DNA polymerase III, beta subunit  36.19 
 
 		 366 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000103765  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0002  DNA polymerase III, beta subunit  36.19 
 
 		 366 aa  243  3e-63  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000136085  unclonable  0.00000000917615 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3705  DNA polymerase III subunit beta  36.1 
 
 		 372 aa  243  3e-63  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0432616 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0002  DNA polymerase III, beta subunit  35.92 
 
 		 366 aa  242  6e-63  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000490932  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2795  DNA polymerase III subunit beta  35.03 
 
 		 370 aa  242  7e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.924667  normal  0.594035 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0003  DNA polymerase III subunit beta  35.62 
 
 		 373 aa  242  7.999999999999999e-63  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.991791  normal  0.512948 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0007  DNA-directed DNA polymerase  36.19 
 
 		 366 aa  241  1e-62  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000118658  unclonable  0.000000000121971 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0002  DNA polymerase III subunit beta  36.02 
 
 		 366 aa  241  2e-62  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.0011847  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0003  DNA polymerase III subunit beta  35.62 
 
 		 373 aa  241  2e-62  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.174848  normal  0.920378 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0002  DNA polymerase III subunit beta  35.36 
 
 		 373 aa  241  2e-62  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.969312  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4329  DNA polymerase III subunit beta  34.49 
 
 		 372 aa  240  2.9999999999999997e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0014  DNA-directed DNA polymerase  36.17 
 
 		 366 aa  240  2.9999999999999997e-62  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000733559  hitchhiker  0.000643873 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0002  DNA polymerase III, beta subunit  35.39 
 
 		 366 aa  239  4e-62  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000577304  unclonable  0.000000000023362 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0002  DNA polymerase III, beta subunit  35.39 
 
 		 366 aa  240  4e-62  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000472427  hitchhiker  0.00139326 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0010  DNA polymerase III, beta subunit  35.39 
 
 		 366 aa  239  4e-62  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000642144  hitchhiker  0.00000000134313 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0002  DNA polymerase III, beta subunit  36.19 
 
 		 366 aa  239  5e-62  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000158001  unclonable  0.00000341195 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0002  DNA polymerase III subunit beta  33.6 
 
 		 373 aa  239  5.999999999999999e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0861969  hitchhiker  0.000000929484 
 
 
-
 
NC_004310  BR0002  DNA polymerase III subunit beta  35.56 
 
 		 397 aa  239  8e-62  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.41342  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0004  DNA polymerase III subunit beta  35.56 
 
 		 385 aa  238  9e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.638398  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0002  DNA polymerase III subunit beta  35.48 
 
 		 366 aa  238  9e-62  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0811992  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4592  DNA polymerase III subunit beta  34.22 
 
 		 372 aa  238  9e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0352599 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1429  DNA polymerase III subunit beta  36.68 
 
 		 375 aa  238  1e-61  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.314703  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0002  DNA polymerase III subunit beta  33.6 
 
 		 372 aa  238  1e-61  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000275643  normal  0.722211 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0009  DNA polymerase III, beta subunit  35.66 
 
 		 366 aa  237  2e-61  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2239  DNA polymerase III subunit beta  35.19 
 
 		 373 aa  238  2e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0102545  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0002  DNA polymerase III subunit beta  35.29 
 
 		 397 aa  236  4e-61  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00789927  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0002  DNA polymerase III subunit beta  35.09 
 
 		 373 aa  236  5.0000000000000005e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.125376 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0002  DNA polymerase III subunit beta  34.95 
 
 		 365 aa  236  7e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000000590568  unclonable  0.00000000000512174 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0002  DNA polymerase III, beta subunit  34.22 
 
 		 366 aa  235  8e-61  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000544098  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0002  DNA polymerase III subunit beta  33.42 
 
 		 372 aa  234  1.0000000000000001e-60  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.205747 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00003  DNA polymerase III, beta subunit  35.39 
 
 		 366 aa  235  1.0000000000000001e-60  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000112219  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0002  DNA polymerase III subunit beta  33.87 
 
 		 372 aa  234  1.0000000000000001e-60  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0730917  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0002  DNA polymerase III subunit beta  34.22 
 
 		 372 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0002  DNA polymerase III subunit beta  33.16 
 
 		 372 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0351  DNA polymerase III subunit beta  34.49 
 
 		 412 aa  234  2.0000000000000002e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.203557  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0002  DNA polymerase III subunit beta  33.16 
 
 		 372 aa  233  3e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.120269  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  35.56 
 
 		 367 aa  233  3e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00000485336  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0002  DNA polymerase III, beta subunit  34.41 
 
 		 369 aa  233  5e-60  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  35.95 
 
 		 368 aa  233  5e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0185617  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0002  DNA polymerase III, beta subunit  34.93 
 
 		 366 aa  233  6e-60  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000200886  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3543  DNA polymerase III subunit beta  34.22 
 
 		 372 aa  232  8.000000000000001e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03482  DNA polymerase III subunit beta  34.14 
 
 		 366 aa  232  9e-60  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0002  DNA polymerase III, beta subunit  35.39 
 
 		 366 aa  232  9e-60  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000267756  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0002  DNA polymerase III, beta subunit  36.56 
 
 		 366 aa  231  1e-59  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.348811  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0002  DNA polymerase III subunit beta  33.16 
 
 		 372 aa  231  1e-59  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3032  DNA polymerase III, beta subunit  34.58 
 
 		 366 aa  231  2e-59  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  33.51 
 
 		 367 aa  231  2e-59  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.00000348538  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00443  DNA polymerase III subunit beta  35.47 
 
 		 366 aa  231  2e-59  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3374  DNA polymerase III subunit beta  33.87 
 
 		 372 aa  230  3e-59  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002008  DNA polymerase III beta subunit  34.93 
 
 		 366 aa  229  5e-59  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000997729  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0002  DNA polymerase III subunit beta  34.05 
 
 		 366 aa  229  6e-59  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.366013 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1226  DNA polymerase III, beta subunit  34.85 
 
 		 366 aa  228  2e-58  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.123805  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0002  DNA polymerase III subunit beta  33.87 
 
 		 372 aa  227  3e-58  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.474691  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  35.5 
 
 		 368 aa  226  3e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0963742  normal  0.484906 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2506  DNA polymerase III subunit beta  34.22 
 
 		 366 aa  226  5.0000000000000005e-58  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000126636  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4118  DNA polymerase III, beta subunit  34.68 
 
 		 368 aa  225  1e-57  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.000107371  normal  0.0690123 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1343  DNA polymerase III subunit beta  32.63 
 
 		 372 aa  224  2e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0002  DNA polymerase III subunit beta  35.12 
 
 		 367 aa  223  4e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0002  DNA polymerase III subunit beta  34.13 
 
 		 367 aa  223  4.9999999999999996e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000905958  normal  0.127223 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0002  DNA polymerase III, beta subunit  36.58 
 
 		 381 aa  223  4.9999999999999996e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000030299 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0816  DNA polymerase III, beta subunit  33.16 
 
 		 366 aa  223  6e-57  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.731986  normal  0.187979 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0012  DNA polymerase III subunit beta  32.36 
 
 		 372 aa  223  6e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00020  DNA polymerase III subunit beta  35.92 
 
 		 367 aa  222  7e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0002  DNA polymerase III, beta subunit  34.84 
 
 		 368 aa  222  7e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4145  DNA polymerase III, beta subunit  34.84 
 
 		 368 aa  222  7e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.258487 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0002  DNA polymerase III, beta subunit  35.12 
 
 		 367 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0002  DNA polymerase III, beta subunit  37.57 
 
 		 368 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0430732  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0002  DNA polymerase III, beta subunit  34.83 
 
 		 372 aa  222  9.999999999999999e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00413752  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0002  DNA polymerase III, beta subunit  35.17 
 
 		 372 aa  221  9.999999999999999e-57  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.201968  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0011  DNA polymerase III subunit beta  34.85 
 
 		 367 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.12322  hitchhiker  0.00002839 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0002  DNA polymerase III subunit beta  34.85 
 
 		 367 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.123405  normal  0.0743731 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0002  DNA polymerase III subunit beta  34.85 
 
 		 367 aa  220  3e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000396971  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0003  DNA polymerase III subunit beta  32.63 
 
 		 372 aa  220  3e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.295963  hitchhiker  0.00000350231 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0002  DNA polymerase III subunit beta  33.6 
 
 		 372 aa  220  3e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1437  DNA polymerase III subunit beta  34.21 
 
 		 374 aa  220  3e-56  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0162  DNA polymerase III subunit beta  33.16 
 
 		 372 aa  219  3.9999999999999997e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.281652  normal  0.419565 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>