265 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_1226 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_1226  exodeoxyribonuclease I subunit D  100 
 
 		 418 aa  814    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0802336  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31450  Exodeoxyribonuclease I subunit D  48.21 
 
 		 386 aa  322  8e-87  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.603328 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6452  nuclease SbcCD, D subunit  48.59 
 
 		 375 aa  314  1.9999999999999998e-84  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.230494  normal  0.0467767 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2701  exodeoxyribonuclease I subunit D  49.87 
 
 		 386 aa  314  1.9999999999999998e-84  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  decreased coverage  0.0000616496  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0732  nuclease SbcCD, D subunit  49.74 
 
 		 382 aa  313  3.9999999999999997e-84  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0628  nuclease SbcCD, D subunit  47.04 
 
 		 385 aa  309  5e-83  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.013566  normal  0.458746 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2167  nuclease SbcCD subunit D  46.95 
 
 		 366 aa  305  7e-82  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4361  nuclease SbcCD, D subunit  51.03 
 
 		 383 aa  305  1.0000000000000001e-81  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.820345  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27310  Exodeoxyribonuclease I subunit D  46.58 
 
 		 387 aa  283  4.0000000000000003e-75  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  hitchhiker  0.00866109  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2574  exodeoxyribonuclease I subunit D  46.62 
 
 		 390 aa  279  6e-74  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2306  nuclease SbcCD, D subunit  45.62 
 
 		 392 aa  273  5.000000000000001e-72  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000794517 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01260  Exodeoxyribonuclease I subunit D  49 
 
 		 394 aa  266  4e-70  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2961  nuclease SbcCD, D subunit  46.55 
 
 		 390 aa  265  1e-69  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0847244  normal  0.3149 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1923  nuclease SbcCD, D subunit  47.43 
 
 		 379 aa  253  6e-66  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0918656  decreased coverage  0.000244242 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0123  nuclease SbcCD, D subunit  47.98 
 
 		 389 aa  247  2e-64  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.694762  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1889  nuclease SbcCD, D subunit  42.26 
 
 		 407 aa  245  9.999999999999999e-64  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0592363  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08410  Exodeoxyribonuclease I subunit D  41.19 
 
 		 407 aa  242  1e-62  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3663  dsDNA exonuclease SbcC  43.24 
 
 		 381 aa  234  2.0000000000000002e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.131633  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5582  exodeoxyribonuclease I subunit D  38.23 
 
 		 381 aa  215  9.999999999999999e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.403776  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2821  nuclease SbcCD, D subunit  39.49 
 
 		 383 aa  211  2e-53  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2145  nuclease SbcCD, D subunit  39.64 
 
 		 386 aa  204  2e-51  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0525294  normal  0.028692 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2612  exodeoxyribonuclease I subunit D  33.25 
 
 		 400 aa  199  7.999999999999999e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.84718  decreased coverage  0.00000000344007 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2844  exonuclease SbcD, putative  34.05 
 
 		 399 aa  196  5.000000000000001e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2457  nuclease SbcCD, D subunit  32.05 
 
 		 380 aa  196  8.000000000000001e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.529794  unclonable  0.00000337627 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3945  ATP-dependent dsDNA exonuclease protein  39.18 
 
 		 379 aa  196  9e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0453  putative exonuclease SbcD  33.5 
 
 		 379 aa  193  5e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2450  exodeoxyribonuclease I subunit D  32.99 
 
 		 400 aa  192  7e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.982137  unclonable  0.000000000023362 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0051  nuclease SbcCD, D subunit  31.68 
 
 		 388 aa  192  1e-47  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0085  nuclease SbcCD, D subunit  30 
 
 		 374 aa  192  1e-47  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2520  exodeoxyribonuclease I subunit D  32.99 
 
 		 400 aa  191  2e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0230667  unclonable  0.0000259601 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1267  exonuclease SbcD, putative  33.16 
 
 		 381 aa  191  2e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0520829  hitchhiker  0.000185211 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05653  hypothetical protein  33.23 
 
 		 379 aa  189  1e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1654  nuclease SbcCD, D subunit  31.49 
 
 		 381 aa  188  1e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0985231  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2634  nuclease SbcCD, D subunit  30.61 
 
 		 381 aa  187  2e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1639  nuclease SbcCD, D subunit  31.74 
 
 		 381 aa  187  4e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0728377  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3061  nuclease SbcCD, D subunit  31.2 
 
 		 381 aa  186  5e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.749747  normal  0.0113326 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1531  nuclease SbcCD, D subunit  31.57 
 
 		 381 aa  186  5e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0738681  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2704  nuclease SbcCD, D subunit  31.23 
 
 		 381 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0939258  hitchhiker  0.00000562374 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1676  nuclease SbcCD, D subunit  31.23 
 
 		 381 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.106727  normal  0.4425 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1588  nuclease SbcCD, D subunit  30.79 
 
 		 381 aa  182  9.000000000000001e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000032  exonuclease SbcD  31.45 
 
 		 377 aa  177  3e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.526134  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1434  nuclease SbcCD, D subunit  28.61 
 
 		 373 aa  174  2.9999999999999996e-42  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.395711  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1407  nuclease SbcCD, D subunit  28.61 
 
 		 373 aa  174  2.9999999999999996e-42  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0164036  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2460  putative exonuclease SbcD  29.46 
 
 		 385 aa  170  4e-41  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0230426  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1245  nuclease SbcCD, D subunit  30.85 
 
 		 375 aa  170  5e-41  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1735  nuclease SbcCD, D subunit  30.23 
 
 		 385 aa  169  8e-41  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.053148  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1487  nuclease SbcCD, D subunit  39.45 
 
 		 392 aa  169  9e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2121  exonuclease  29.46 
 
 		 385 aa  169  1e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2325  putative exonuclease SbcD  29.7 
 
 		 385 aa  168  1e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2378  putative exonuclease SbcD  29.7 
 
 		 385 aa  169  1e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2166  nuclease SbcCD, D subunit  29.21 
 
 		 385 aa  168  1e-40  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0226896  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0520  nuclease SbcCD, D subunit  28.78 
 
 		 371 aa  168  2e-40  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2198  exonuclease SbcD  29.46 
 
 		 385 aa  168  2e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.10356  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2135  exonuclease SbcD  29.46 
 
 		 385 aa  168  2e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.013389  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2359  exonuclease SbcD  29.46 
 
 		 385 aa  168  2e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.662473  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2999  putative exonuclease SbcD  30.2 
 
 		 385 aa  167  4e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.141006  normal  0.0321972 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0672  nuclease SbcCD, D subunit  38.68 
 
 		 393 aa  164  3e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10600  exonuclease SbcD  32.94 
 
 		 381 aa  164  4.0000000000000004e-39  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000211311 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0170  nuclease SbcCD, D subunit, putative  29.16 
 
 		 383 aa  163  5.0000000000000005e-39  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11540  exonuclease subunit SbcD  38 
 
 		 406 aa  161  2e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.341615  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0895  exonuclease subunit SbcD  37.79 
 
 		 425 aa  160  4e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3542  exonuclease subunit SbcD  37.18 
 
 		 404 aa  153  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.113465 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0917  exonuclease SbcD  26.41 
 
 		 374 aa  152  1e-35  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0424463  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2916  nuclease SbcCD, D subunit  32.79 
 
 		 410 aa  149  9e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0282  nuclease SbcCD, D subunit  36.6 
 
 		 425 aa  148  2.0000000000000003e-34  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3107  nuclease SbcCD, D subunit  33.33 
 
 		 410 aa  147  3e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2506  exonuclease subunit SbcD  33.11 
 
 		 423 aa  146  8.000000000000001e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.947885  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1920  exonuclease subunit SbcD  33.33 
 
 		 414 aa  145  1e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1332  exonuclease subunit SbcD  29.19 
 
 		 414 aa  145  1e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3303  exonuclease subunit SbcD  32.67 
 
 		 408 aa  144  3e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.365834  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1032  nuclease SbcCD, D subunit  27.34 
 
 		 372 aa  142  9e-33  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04020  Exodeoxyribonuclease I subunit D  33.99 
 
 		 435 aa  141  1.9999999999999998e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0356343  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2452  exonuclease subunit SbcD  27.87 
 
 		 442 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1007  exonuclease subunit SbcD  29.97 
 
 		 412 aa  141  3e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3288  exonuclease subunit SbcD  30.98 
 
 		 414 aa  140  4.999999999999999e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.111868 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3277  exonuclease subunit SbcD  30.98 
 
 		 414 aa  140  4.999999999999999e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.763472  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3138  exonuclease subunit SbcD  30.98 
 
 		 414 aa  140  6e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0494  exonuclease subunit SbcD  30.49 
 
 		 400 aa  139  7e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.413766  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1040  exonuclease subunit SbcD  33.11 
 
 		 410 aa  139  7.999999999999999e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.333034 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0433  exonuclease subunit SbcD  30.82 
 
 		 400 aa  139  7.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0434  exonuclease subunit SbcD  30.82 
 
 		 400 aa  138  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.60373  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00346  exonuclease, dsDNA, ATP-dependent  30.46 
 
 		 400 aa  138  2e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3211  nuclease SbcCD, D subunit  30.46 
 
 		 400 aa  138  2e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.13705  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0427  exonuclease subunit SbcD  30.46 
 
 		 400 aa  138  2e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.429993  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0466  exonuclease subunit SbcD  30.46 
 
 		 400 aa  138  2e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.890943  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3235  exonuclease subunit SbcD  30.46 
 
 		 400 aa  138  2e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.294623  hitchhiker  0.00000199407 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00350  hypothetical protein  30.46 
 
 		 400 aa  138  2e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0317  exonuclease subunit SbcD  32.03 
 
 		 400 aa  137  2e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.639541  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1365  ATP-dependent dsDNA exonuclease  30.94 
 
 		 402 aa  138  2e-31  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.9573  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01060  exonuclease SbcD  28.95 
 
 		 409 aa  138  2e-31  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0473  exonuclease subunit SbcD  30.46 
 
 		 400 aa  138  2e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.332797  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2356  exonuclease subunit SbcD  30.87 
 
 		 425 aa  137  3.0000000000000003e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0439  exonuclease subunit SbcD  30.16 
 
 		 400 aa  137  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.196846  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4848  exonuclease SbcD  37.13 
 
 		 409 aa  136  7.000000000000001e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.000186512  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0866  exonuclease subunit SbcD  27.52 
 
 		 401 aa  135  9.999999999999999e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0618709  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0204  nuclease SbcCD, D subunit  33.7 
 
 		 405 aa  135  9.999999999999999e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0425  exonuclease subunit SbcD  30.46 
 
 		 400 aa  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0452  exonuclease subunit SbcD  29.84 
 
 		 400 aa  135  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2636  exonuclease subunit SbcD  35.76 
 
 		 406 aa  134  3.9999999999999996e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0201368  normal  0.0691306 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55640  exonuclease SbcD  37.17 
 
 		 409 aa  133  6e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000128845  normal  0.404134 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>