More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_1156 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  100 
 
 
302 aa  612  9.999999999999999e-175  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  93 
 
 
300 aa  576  1.0000000000000001e-163  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  87.67 
 
 
300 aa  546  1e-154  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  48.82 
 
 
316 aa  290  2e-77  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.67 
 
 
308 aa  289  4e-77  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  52.41 
 
 
331 aa  289  5.0000000000000004e-77  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0282  RluA family pseudouridine synthase  48.14 
 
 
315 aa  280  2e-74  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.418859  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  48.29 
 
 
310 aa  275  7e-73  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1286  pseudouridylate synthase  47.95 
 
 
305 aa  272  5.000000000000001e-72  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00677773  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  46.58 
 
 
304 aa  271  8.000000000000001e-72  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000716198  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.97 
 
 
303 aa  266  5e-70  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  46.58 
 
 
305 aa  263  2e-69  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2903  RluA family pseudouridine synthase  47.06 
 
 
323 aa  263  3e-69  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0413037  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  46.42 
 
 
303 aa  261  8e-69  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1079  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.9 
 
 
304 aa  260  2e-68  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  45.96 
 
 
302 aa  258  9e-68  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  45.08 
 
 
306 aa  256  3e-67  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.92 
 
 
301 aa  256  4e-67  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.26 
 
 
296 aa  256  4e-67  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  44.75 
 
 
306 aa  256  5e-67  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  45.48 
 
 
306 aa  253  2.0000000000000002e-66  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0984  pseudouridine synthase, RluA family  44.52 
 
 
320 aa  252  5.000000000000001e-66  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0148654  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  47.93 
 
 
305 aa  252  6e-66  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1344  pseudouridine synthase, RluA family  47.08 
 
 
313 aa  252  7e-66  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  43.94 
 
 
302 aa  251  9.000000000000001e-66  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  45.87 
 
 
309 aa  251  1e-65  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  46.21 
 
 
304 aa  250  2e-65  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.3 
 
 
312 aa  249  5e-65  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  42.95 
 
 
326 aa  248  1e-64  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  44.67 
 
 
304 aa  247  2e-64  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  44.74 
 
 
314 aa  246  3e-64  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  43.6 
 
 
302 aa  246  4.9999999999999997e-64  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  44.56 
 
 
302 aa  245  6e-64  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  43.16 
 
 
305 aa  245  6.999999999999999e-64  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  43.25 
 
 
302 aa  245  6.999999999999999e-64  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.25 
 
 
302 aa  244  9.999999999999999e-64  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  43.25 
 
 
302 aa  244  9.999999999999999e-64  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  43.25 
 
 
302 aa  244  9.999999999999999e-64  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4022  pseudouridine synthase, RluA family  44.79 
 
 
334 aa  244  9.999999999999999e-64  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000767359  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  44.04 
 
 
311 aa  244  9.999999999999999e-64  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.8 
 
 
296 aa  243  1.9999999999999999e-63  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.25 
 
 
302 aa  244  1.9999999999999999e-63  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  43.71 
 
 
311 aa  243  1.9999999999999999e-63  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  42.71 
 
 
304 aa  243  1.9999999999999999e-63  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  44.11 
 
 
313 aa  243  3e-63  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  42.91 
 
 
302 aa  242  5e-63  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  43.1 
 
 
302 aa  241  9e-63  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0195  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  45.86 
 
 
319 aa  239  2.9999999999999997e-62  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0799995  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2356  RluA family pseudouridine synthase  40.39 
 
 
313 aa  240  2.9999999999999997e-62  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.105918  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1865  RluA family pseudouridine synthase  46.26 
 
 
344 aa  239  2.9999999999999997e-62  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  44.83 
 
 
306 aa  239  5e-62  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1560  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  43.1 
 
 
326 aa  239  5.999999999999999e-62  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2457  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.29 
 
 
333 aa  238  6.999999999999999e-62  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1111  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.95 
 
 
343 aa  238  9e-62  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.522532  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5026  RluA family pseudouridine synthase  43.64 
 
 
356 aa  238  1e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.257508  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_02111  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  45.86 
 
 
319 aa  238  1e-61  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.496147  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02691  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  42.76 
 
 
326 aa  238  1e-61  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.88343  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0736  RluA family pseudouridine synthase  45.57 
 
 
319 aa  237  2e-61  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_02131  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  45.86 
 
 
319 aa  237  2e-61  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2141  pseudouridine synthase, RluD  44.03 
 
 
339 aa  237  2e-61  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.39 
 
 
306 aa  235  5.0000000000000005e-61  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.81 
 
 
319 aa  235  8e-61  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28001  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  43.25 
 
 
324 aa  233  2.0000000000000002e-60  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_02221  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  44.48 
 
 
320 aa  234  2.0000000000000002e-60  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.135305  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3490  pseudouridine synthase, RluA family  41.39 
 
 
329 aa  232  5e-60  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.788611  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.36 
 
 
303 aa  231  9e-60  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  43.62 
 
 
323 aa  231  1e-59  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  41.1 
 
 
300 aa  231  2e-59  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.05 
 
 
305 aa  229  3e-59  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  43.34 
 
 
306 aa  229  3e-59  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  41.12 
 
 
320 aa  229  4e-59  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2615  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.75 
 
 
344 aa  229  5e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0357699  normal  0.629555 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0815  pseudouridine synthase, RluA family  42 
 
 
315 aa  227  2e-58  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.689288  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2552  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.45 
 
 
313 aa  224  1e-57  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0920144  normal  0.0397584 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1373  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.18 
 
 
312 aa  224  1e-57  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  39.67 
 
 
315 aa  224  1e-57  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1344  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.91 
 
 
403 aa  223  2e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3459  pseudouridine synthase, RluA family  40.98 
 
 
319 aa  223  3e-57  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0593  pseudouridine synthase, RluA family  41.45 
 
 
310 aa  223  3e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.070842  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0431  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.79 
 
 
319 aa  223  3e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0878  RluA family pseudouridine synthase  40.4 
 
 
325 aa  223  3e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.175115  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2719  RluA family pseudouridine synthase  41.88 
 
 
332 aa  223  3e-57  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.344852  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.66 
 
 
322 aa  223  4e-57  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1100  pseudouridine synthase, RluA family  41.9 
 
 
297 aa  223  4e-57  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27270  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.09 
 
 
308 aa  222  4.9999999999999996e-57  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.42777  normal  0.302751 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3396  pseudouridine synthase, RluA family  40.98 
 
 
319 aa  223  4.9999999999999996e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.685542  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1417  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.81 
 
 
339 aa  222  6e-57  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1976  pseudouridine synthase, RluD  42 
 
 
318 aa  222  7e-57  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0947  pseudouridine synthase, RluA family  43.87 
 
 
345 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.48756 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1256  RluA family pseudouridine synthase  40.14 
 
 
305 aa  221  9.999999999999999e-57  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.74 
 
 
313 aa  221  9.999999999999999e-57  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0997976  normal  0.952064 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1849  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.15 
 
 
316 aa  221  9.999999999999999e-57  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.97184  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3657  RluA family pseudouridine synthase  42.81 
 
 
344 aa  221  9.999999999999999e-57  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0134519  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1281  RluA family pseudouridine synthase  40.14 
 
 
305 aa  221  9.999999999999999e-57  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.71357  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.83 
 
 
350 aa  221  9.999999999999999e-57  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.784854  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1440  pseudouridine synthase, RluA family  40.72 
 
 
347 aa  221  1.9999999999999999e-56  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.738263  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0087  RluA family pseudouridine synthase  40.4 
 
 
344 aa  221  1.9999999999999999e-56  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0972  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.53 
 
 
334 aa  220  3e-56  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1628  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D protein  41.88 
 
 
358 aa  220  3e-56  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2314  pseudouridine synthase, RluD  43.32 
 
 
334 aa  219  3e-56  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.651442  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>