More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dhaf_3673 on replicon NC_011830
Organism: Desulfitobacterium hafniense DCB-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011830  Dhaf_3673  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 
294 aa  609  1e-173  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0760058  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0988  tRNA pseudouridine synthase B  48.61 
 
 
297 aa  259  5.0000000000000005e-68  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0460  tRNA pseudouridine synthase B  41.22 
 
 
309 aa  245  8e-64  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3185  tRNA pseudouridine synthase B  49.77 
 
 
309 aa  237  2e-61  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.991117  normal  0.361577 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1053  tRNA pseudouridine synthase B  49.12 
 
 
305 aa  231  8.000000000000001e-60  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000253025  hitchhiker  0.00000016309 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1954  tRNA pseudouridine synthase B  43.55 
 
 
310 aa  231  8.000000000000001e-60  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1559  tRNA pseudouridine synthase B  41.4 
 
 
306 aa  228  1e-58  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000014697  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1158  tRNA pseudouridine synthase B  46.09 
 
 
302 aa  227  2e-58  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000801793  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0998  tRNA pseudouridine synthase B  42.95 
 
 
294 aa  225  8e-58  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0507198  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0903  pseudouridylate synthase  44.96 
 
 
299 aa  223  2e-57  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1659  tRNA pseudouridine synthase B  42.75 
 
 
303 aa  221  9.999999999999999e-57  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1655  tRNA pseudouridine synthase B  39.38 
 
 
294 aa  218  6e-56  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0612  tRNA pseudouridine synthase B  41.2 
 
 
298 aa  218  7.999999999999999e-56  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.259864  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0929  tRNA pseudouridine synthase B  46.04 
 
 
305 aa  218  1e-55  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.590741  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3632  tRNA pseudouridine synthase B  43.28 
 
 
307 aa  215  7e-55  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0220119  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1937  tRNA pseudouridine synthase B  39.04 
 
 
294 aa  215  9e-55  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3849  tRNA pseudouridine synthase B  45.23 
 
 
371 aa  214  9.999999999999999e-55  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0712752  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1336  tRNA pseudouridine synthase B  42.54 
 
 
307 aa  213  1.9999999999999998e-54  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.1805  hitchhiker  0.00915441 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1589  tRNA pseudouridine synthase B  45.08 
 
 
304 aa  213  2.9999999999999995e-54  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000648729  normal  0.0689422 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1642  tRNA pseudouridine synthase B  38.93 
 
 
283 aa  213  2.9999999999999995e-54  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07870  tRNA pseudouridine 55 synthase  37.81 
 
 
303 aa  212  4.9999999999999996e-54  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2462  tRNA pseudouridine synthase B  42.8 
 
 
307 aa  212  4.9999999999999996e-54  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0554606  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1306  tRNA pseudouridine synthase B  42.25 
 
 
295 aa  212  4.9999999999999996e-54  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000236822  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0966  tRNA pseudouridine synthase B  43.7 
 
 
304 aa  212  4.9999999999999996e-54  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000895381  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3908  tRNA pseudouridine synthase B  42.91 
 
 
307 aa  212  5.999999999999999e-54  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.857105  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2050  tRNA pseudouridine synthase B  44.14 
 
 
302 aa  210  2e-53  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1091  tRNA pseudouridine synthase B  38.28 
 
 
303 aa  210  2e-53  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0150332  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3848  tRNA pseudouridine synthase B  42.16 
 
 
307 aa  209  3e-53  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3821  tRNA pseudouridine synthase B  42.54 
 
 
307 aa  209  4e-53  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  7.83095e-62 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2319  tRNA pseudouridine synthase B  38.68 
 
 
301 aa  209  4e-53  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.163994  hitchhiker  0.00744574 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3857  tRNA pseudouridine synthase B  43.58 
 
 
307 aa  209  4e-53  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000159837  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3661  tRNA pseudouridine synthase B  42.54 
 
 
307 aa  209  5e-53  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00496834  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3569  tRNA pseudouridine synthase B  42.54 
 
 
307 aa  209  5e-53  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0427188  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3947  tRNA pseudouridine synthase B  42.54 
 
 
307 aa  209  5e-53  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.70676  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3606  tRNA pseudouridine synthase B  43.97 
 
 
306 aa  209  6e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3551  tRNA pseudouridine synthase B  42.54 
 
 
307 aa  208  7e-53  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0981  tRNA pseudouridine synthase B  41.11 
 
 
300 aa  208  8e-53  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.256266  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5113  tRNA pseudouridine synthase B  39.47 
 
 
308 aa  208  9e-53  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.679584 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2978  tRNA pseudouridine synthase B  40.85 
 
 
295 aa  207  1e-52  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.09603e-22 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0695  tRNA pseudouridine synthase B  37.5 
 
 
298 aa  207  2e-52  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.392139  normal  0.247417 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2706  tRNA pseudouridine synthase B  37.54 
 
 
313 aa  207  2e-52  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.106094 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1288  tRNA pseudouridine synthase B  38.33 
 
 
308 aa  207  2e-52  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_853  tRNA pseudouridine synthase B  41.92 
 
 
300 aa  207  2e-52  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000359434  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1000  tRNA pseudouridine synthase B  43.4 
 
 
280 aa  207  2e-52  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0557  tRNA pseudouridine synthase B  42.11 
 
 
293 aa  206  3e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.492745 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62730  tRNA pseudouridine synthase B  41.73 
 
 
304 aa  206  3e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0393  tRNA pseudouridine synthase B  42.11 
 
 
293 aa  206  3e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5460  tRNA pseudouridine synthase B  41.73 
 
 
304 aa  205  6e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.525904  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1317  tRNA pseudouridine synthase B  38.87 
 
 
308 aa  205  8e-52  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.583255 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1237  tRNA pseudouridine synthase B  42.97 
 
 
330 aa  204  1e-51  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.657883  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0723  tRNA pseudouridine synthase B  42.13 
 
 
305 aa  204  1e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  0.0309098 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  36.95 
 
 
311 aa  204  2e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1331  tRNA pseudouridine synthase B  45.74 
 
 
305 aa  204  2e-51  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.284628  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1357  tRNA pseudouridine synthase B  45.74 
 
 
305 aa  204  2e-51  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.531893  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4575  tRNA pseudouridine synthase B  42.52 
 
 
305 aa  203  3e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0935427  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  36.27 
 
 
311 aa  203  3e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1225  tRNA pseudouridine synthase B  38.28 
 
 
302 aa  202  4e-51  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.886706  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4710  tRNA pseudouridine synthase B  42.52 
 
 
305 aa  202  5e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.201435 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3755  tRNA pseudouridine synthase B  41.92 
 
 
300 aa  201  8e-51  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.366466  unclonable  0.0000145112 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3473  tRNA pseudouridine synthase B  38.83 
 
 
314 aa  201  9e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0872  tRNA pseudouridine synthase B  38.49 
 
 
300 aa  201  9.999999999999999e-51  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000436908  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3072  tRNA pseudouridine synthase B  38.16 
 
 
307 aa  201  9.999999999999999e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03033  tRNA pseudouridine synthase B  37.97 
 
 
314 aa  200  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.975802  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0539  tRNA pseudouridine synthase B  37.97 
 
 
314 aa  200  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3462  tRNA pseudouridine synthase B  37.97 
 
 
314 aa  200  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.266438 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2118  tRNA pseudouridine synthase B  41.63 
 
 
308 aa  201  1.9999999999999998e-50  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206379  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02984  hypothetical protein  37.97 
 
 
314 aa  200  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2771  tRNA pseudouridine synthase B  38.11 
 
 
307 aa  200  1.9999999999999998e-50  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3358  tRNA pseudouridine synthase B  37.97 
 
 
314 aa  200  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.928747  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0532  tRNA pseudouridine synthase B  37.97 
 
 
314 aa  200  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000405191 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0587  tRNA pseudouridine synthase B  40.16 
 
 
314 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.25247  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2450  tRNA pseudouridine synthase B  38.3 
 
 
299 aa  200  3e-50  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.226071  normal  0.847147 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0781  tRNA pseudouridine synthase B  41.73 
 
 
305 aa  200  3e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899616  normal  0.133836 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3579  tRNA pseudouridine synthase B  38.83 
 
 
314 aa  200  3e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.911389  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3605  tRNA pseudouridine synthase B  37.97 
 
 
314 aa  199  3e-50  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  35.25 
 
 
302 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  35.25 
 
 
302 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1904  tRNA pseudouridine synthase B  41.18 
 
 
310 aa  199  3.9999999999999996e-50  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000415787  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  35.25 
 
 
321 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3641  tRNA pseudouridine synthase B  41.31 
 
 
314 aa  199  3.9999999999999996e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  35.25 
 
 
321 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  35.25 
 
 
302 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  35.25 
 
 
311 aa  199  5e-50  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  35.25 
 
 
302 aa  199  5e-50  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  36.05 
 
 
310 aa  199  5e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  36.05 
 
 
310 aa  199  5e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  36.73 
 
 
310 aa  199  5e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1144  tRNA pseudouridine synthase B  36.6 
 
 
315 aa  199  6e-50  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.431473  normal  0.105946 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4487  tRNA pseudouridine synthase B  37.63 
 
 
314 aa  198  7.999999999999999e-50  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1291  tRNA pseudouridine synthase B  36.12 
 
 
314 aa  197  1.0000000000000001e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.227253  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3931  tRNA pseudouridine synthase B  42.73 
 
 
299 aa  198  1.0000000000000001e-49  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.486039  normal  0.358321 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  35.37 
 
 
310 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3473  tRNA pseudouridine synthase B  38.14 
 
 
314 aa  197  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3542  tRNA pseudouridine synthase B  38.14 
 
 
314 aa  197  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0810  tRNA pseudouridine synthase B  37.33 
 
 
314 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.384443  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4983  tRNA pseudouridine synthase B  36.61 
 
 
293 aa  197  2.0000000000000003e-49  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3650  tRNA pseudouridine synthase B  37.63 
 
 
314 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  36.05 
 
 
310 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0838  tRNA pseudouridine synthase B  43.95 
 
 
305 aa  196  3e-49  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1128  tRNA pseudouridine synthase B  42.08 
 
 
297 aa  196  3e-49  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>