142 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_1962 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_1962  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 271 aa  556  1e-157  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.17826 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6750  transcriptional regulator, AraC family  71.8 
 
 		 327 aa  407  1.0000000000000001e-112  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0749  hypothetical protein  65.04 
 
 		 271 aa  368  1e-101  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1643  transcriptional regulator, AraC family  48.3 
 
 		 259 aa  241  9e-63  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4652  transcriptional regulator, AraC family  27.2 
 
 		 272 aa  95.1  1e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.629583  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3282  transcriptional regulator, AraC family  25.1 
 
 		 271 aa  79.3  0.00000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0185565 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1190  AraC family transcriptional regulator  25.86 
 
 		 271 aa  79.3  0.00000000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000541539 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1931  helix-turn-helix, AraC type  28.91 
 
 		 274 aa  78.6  0.0000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4542  Helix-turn-helix, AraC domain protein  29.32 
 
 		 265 aa  78.2  0.0000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5387  transcriptional regulator, AraC family  26.54 
 
 		 279 aa  78.6  0.0000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1384  transcriptional regulator, AraC family  27.67 
 
 		 269 aa  77  0.0000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.976076 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1925  transcriptional regulator  28.17 
 
 		 252 aa  76.3  0.0000000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.291819 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1479  helix-turn-helix domain-containing protein  27.2 
 
 		 299 aa  75.5  0.0000000000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0993365  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1886  transcriptional regulator, AraC family  31.79 
 
 		 280 aa  72.8  0.000000000006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.979359  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0047  transcriptional regulator, AraC family  27.82 
 
 		 254 aa  72.8  0.000000000006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.230347  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2715  putative regulatory protein  26.24 
 
 		 272 aa  71.6  0.00000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.241271  normal  0.389731 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0462  helix-turn-helix domain-containing protein  27.14 
 
 		 277 aa  71.2  0.00000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1310  transcriptional regulator, AraC family  27.44 
 
 		 244 aa  69.7  0.00000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.497978 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3242  transcriptional regulator, AraC family  28.24 
 
 		 274 aa  68.9  0.00000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3305  transcriptional regulator, AraC family  23.94 
 
 		 271 aa  68.2  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000908006 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1932  AraC family transcriptional regulator  26.23 
 
 		 236 aa  67  0.0000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1835  helix-turn-helix domain-containing protein  24.29 
 
 		 277 aa  66.6  0.0000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.140482  normal  0.818318 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2409  AraC family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 285 aa  65.1  0.000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1550  transcriptional regulator, AraC family  35.9 
 
 		 272 aa  64.3  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0676  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  26.79 
 
 		 260 aa  64.3  0.000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.425757  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3797  AraC family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 257 aa  63.9  0.000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.101891 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2660  transcriptional regulator, AraC family  26.56 
 
 		 278 aa  63.9  0.000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1684  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  33.33 
 
 		 288 aa  63.9  0.000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.465215  normal  0.801994 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4438  helix-turn-helix domain-containing protein  29.51 
 
 		 255 aa  63.2  0.000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1076  transcriptional regulator, AraC family  27.67 
 
 		 231 aa  63.2  0.000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0099  transcriptional regulator, AraC family  25.09 
 
 		 287 aa  62  0.000000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2108  transcriptional regulator, AraC family  27.59 
 
 		 263 aa  61.6  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0188933 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1425  AraC family transcriptional regulator  22.32 
 
 		 271 aa  61.2  0.00000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.333229  normal  0.212879 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1287  helix-turn-helix domain-containing protein  25.3 
 
 		 272 aa  61.2  0.00000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2569  transcriptional regulator, AraC family  23.98 
 
 		 309 aa  61.2  0.00000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.639508  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2463  helix-turn-helix domain-containing protein  27.06 
 
 		 257 aa  60.1  0.00000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2016  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 279 aa  60.5  0.00000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3571  transcriptional regulator, AraC family  24.81 
 
 		 269 aa  60.1  0.00000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0312904  normal  0.0352472 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1649  transcriptional regulator, AraC family  26.9 
 
 		 271 aa  60.1  0.00000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1733  helix-turn-helix domain-containing protein  23.16 
 
 		 305 aa  59.7  0.00000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0271524  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5692  transcriptional regulator, AraC family  26.56 
 
 		 271 aa  59.7  0.00000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0876527  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0979  transcriptional regulator, AraC family  22.02 
 
 		 279 aa  58.5  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.560002  normal  0.0613388 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5306  transcriptional regulator, AraC family  40.51 
 
 		 244 aa  58.2  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6692  transcriptional regulator, AraC family  25.41 
 
 		 260 aa  57.4  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0310  transcriptional regulator, AraC family  43.42 
 
 		 268 aa  57.8  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6449  AraC family transcriptional regulator  24.9 
 
 		 239 aa  57.8  0.0000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0160185 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4454  helix-turn-helix domain-containing protein  26.29 
 
 		 280 aa  57  0.0000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.663382  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0145  transcriptional regulator, AraC family  26.02 
 
 		 255 aa  57.4  0.0000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.818844  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2329  AraC family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 310 aa  56.6  0.0000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0111  AraC family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 274 aa  56.6  0.0000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0433  transcriptional regulator, AraC family  28.18 
 
 		 274 aa  57  0.0000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17370  hypothetical protein  26.76 
 
 		 275 aa  56.2  0.0000006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.457096  normal  0.0989396 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3275  transcriptional regulator, AraC family  29.65 
 
 		 229 aa  55.8  0.0000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.672112  normal  0.145248 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4318  transcriptional regulator, AraC family  24.71 
 
 		 267 aa  55.5  0.0000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.642666  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0825  AraC family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 289 aa  55.5  0.000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3635  helix-turn-helix domain-containing protein  24.7 
 
 		 249 aa  55.5  0.000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000440298 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2318  AraC family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 278 aa  55.1  0.000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6058  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 291 aa  55.1  0.000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2672  transcriptional regulator, AraC family  27.59 
 
 		 273 aa  55.5  0.000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5120  transcriptional regulator, AraC family  28.32 
 
 		 275 aa  54.3  0.000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.282168 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0546  AraC family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 257 aa  53.9  0.000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.493534  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2942  AraC family transcriptional regulator  23.35 
 
 		 309 aa  53.9  0.000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2350  transcriptional regulator, AraC family  23.64 
 
 		 263 aa  53.9  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0397043 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5221  AraC family transcriptional regulator  22.26 
 
 		 297 aa  52.8  0.000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.343965  normal  0.936054 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1304  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  32.73 
 
 		 255 aa  52.8  0.000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.407333  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1097  AraC family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 261 aa  52  0.000009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0102  two component transcriptional regulator, AraC family  24.52 
 
 		 519 aa  52  0.000009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1004  putative transcriptional regulator  33.57 
 
 		 319 aa  52  0.00001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3383  AraC family transcriptional regulator  21.9 
 
 		 271 aa  52  0.00001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.376352  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6191  transcriptional regulator, AraC family  22.27 
 
 		 282 aa  50.8  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.343343  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2483  AraC family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 273 aa  50.8  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2597  transcriptional regulator, AraC family  35.42 
 
 		 253 aa  51.2  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00366269  normal  0.225275 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4151  transcriptional regulator, AraC family  38.03 
 
 		 252 aa  50.4  0.00003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0354643  normal  0.109267 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7339  AraC family transcriptional regulator  24.49 
 
 		 278 aa  50.8  0.00003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.725809  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4242  AraC family transcriptional regulator  25.64 
 
 		 267 aa  50.4  0.00003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0581638 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4320  AraC family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 255 aa  50.1  0.00004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.400643  normal  0.300736 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2463  transcriptional regulator, AraC family  25.12 
 
 		 248 aa  50.1  0.00004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1278  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  35.58 
 
 		 252 aa  50.1  0.00004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.711886  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2898  AraC family transcriptional regulator  24.29 
 
 		 221 aa  49.3  0.00006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10940  AraC family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 319 aa  49.3  0.00007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.725025  normal  0.984185 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2241  helix-turn-helix domain-containing protein  35.16 
 
 		 277 aa  49.3  0.00007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7200  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 297 aa  49.3  0.00008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3504  transcriptional regulator, AraC family  22.62 
 
 		 281 aa  48.1  0.0001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3933  AraC family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 337 aa  48.5  0.0001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5515  transcriptional regulator, AraC family  32.58 
 
 		 291 aa  48.5  0.0001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.184351  normal  0.0529906 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2824  helix-turn-helix domain-containing protein  24.49 
 
 		 251 aa  48.5  0.0001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0253929  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0370  AraC family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 281 aa  47.8  0.0002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5791  transcriptional regulator, AraC family  35.21 
 
 		 253 aa  47.8  0.0002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3509  transcriptional regulator, AraC family  29.31 
 
 		 277 aa  47.8  0.0002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.551098  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3512  AraC family transcriptional regulator  25.23 
 
 		 292 aa  47.8  0.0002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0827399 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3318  Helix-turn-helix, AraC domain protein  24.64 
 
 		 239 aa  47.8  0.0002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2830  AraC family transcriptional regulator  24.11 
 
 		 264 aa  47.4  0.0003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1375  transcriptional regulator, AraC family  36.84 
 
 		 275 aa  47  0.0003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.372829  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2325  Helix-turn-helix, AraC domain protein  21.77 
 
 		 249 aa  46.6  0.0004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0165435  normal  0.523007 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5627  transcriptional regulator, AraC family  29.67 
 
 		 256 aa  47  0.0004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7852  AraC family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 338 aa  46.6  0.0005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.40387  normal  0.17832 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0973  AraC family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 300 aa  46.2  0.0006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000577914  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0977  AraC family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 300 aa  46.2  0.0006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000786642  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2935  transcriptional regulator, AraC family  31.58 
 
 		 276 aa  46.2  0.0006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000000465121  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0575  transcriptional regulator, AraC family  32.43 
 
 		 256 aa  46.2  0.0006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>