More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daud_0255 on replicon NC_010424
Organism: Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010424  Daud_0255  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 
250 aa  507  1e-143  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00104612  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0255  tRNA pseudouridine synthase A  57.09 
 
 
247 aa  306  3e-82  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000251416  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0319  tRNA pseudouridine synthase A  51.84 
 
 
250 aa  256  2e-67  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000352927  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1494  tRNA pseudouridine synthase A  53.06 
 
 
259 aa  253  3e-66  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.643957  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2426  tRNA pseudouridine synthase A  52.63 
 
 
246 aa  244  9e-64  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000220887  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2680  tRNA pseudouridine synthase A  44.94 
 
 
244 aa  236  3e-61  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000443367  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2365  tRNA pseudouridine synthase A  44.94 
 
 
244 aa  235  4e-61  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000187105  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2939  tRNA pseudouridine synthase A  46.96 
 
 
244 aa  235  6e-61  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0468  tRNA pseudouridine synthase A  50.61 
 
 
271 aa  231  1e-59  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000442967  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02450  pseudouridylate synthase I  47.76 
 
 
246 aa  225  5.0000000000000005e-58  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000086341  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01500  pseudouridylate synthase I  47.76 
 
 
246 aa  225  5.0000000000000005e-58  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  8.6087e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  44.13 
 
 
244 aa  223  2e-57  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1685  tRNA pseudouridine synthase A  44.94 
 
 
244 aa  218  7e-56  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1248  tRNA pseudouridine synthase A  39.36 
 
 
248 aa  217  1e-55  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1060  tRNA pseudouridine synthase A  39.36 
 
 
248 aa  217  1e-55  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0793  tRNA pseudouridine synthase A  44.35 
 
 
245 aa  211  5.999999999999999e-54  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000229391  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0492  tRNA pseudouridine synthase A  40.49 
 
 
245 aa  208  7e-53  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.138657  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4830  tRNA pseudouridine synthase A  40.49 
 
 
245 aa  208  7e-53  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0152439  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0407  tRNA pseudouridine synthase A  40.08 
 
 
245 aa  208  7e-53  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0543  tRNA pseudouridine synthase A  40.49 
 
 
245 aa  207  1e-52  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000330857  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1901  tRNA pseudouridine synthase A  47.37 
 
 
252 aa  206  3e-52  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.48254e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1666  tRNA pseudouridine synthase A  47.56 
 
 
261 aa  206  3e-52  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0056205  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0401  tRNA pseudouridine synthase A  40.08 
 
 
245 aa  206  4e-52  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0466  tRNA pseudouridine synthase A  45.75 
 
 
252 aa  205  6e-52  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000184743  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0543  tRNA pseudouridine synthase A  40.08 
 
 
245 aa  204  1e-51  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.432297  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3634  tRNA pseudouridine synthase A  44.94 
 
 
245 aa  204  1e-51  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.13903  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0473  tRNA pseudouridine synthase A  39.68 
 
 
245 aa  202  5e-51  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2299  pseudouridylate synthase  44.94 
 
 
249 aa  202  5e-51  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000390138  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0462  tRNA pseudouridine synthase A  39.68 
 
 
245 aa  201  9e-51  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0487  tRNA pseudouridine synthase A  39.68 
 
 
245 aa  201  9e-51  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1048  tRNA pseudouridine synthase A  44.94 
 
 
244 aa  201  9e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000774285  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0421  tRNA pseudouridine synthase A  39.27 
 
 
260 aa  201  9e-51  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000000417493  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0405  tRNA pseudouridine synthase A  39.27 
 
 
245 aa  200  1.9999999999999998e-50  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00300726  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2681  tRNA pseudouridine synthase A  45.31 
 
 
262 aa  196  2.0000000000000003e-49  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0556679  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3382  tRNA pseudouridine synthase A  43.32 
 
 
244 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000753277  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3350  tRNA pseudouridine synthase A  42.74 
 
 
247 aa  195  5.000000000000001e-49  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0985621 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0409  tRNA pseudouridine synthase A  46.77 
 
 
245 aa  195  5.000000000000001e-49  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.816199  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0410  tRNA pseudouridine synthase A  46.37 
 
 
245 aa  194  1e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0143  tRNA pseudouridine synthase A  43.32 
 
 
248 aa  194  2e-48  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000160558  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0911  tRNA pseudouridine synthase A  42.74 
 
 
250 aa  192  3e-48  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000123783  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4191  tRNA pseudouridine synthase A  47.18 
 
 
245 aa  191  1e-47  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5141  tRNA pseudouridine synthase A  44.72 
 
 
264 aa  190  2e-47  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.11531  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0228  tRNA pseudouridine synthase A  41.41 
 
 
253 aa  189  4e-47  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000401865  normal  0.634585 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0321  tRNA pseudouridine synthase A  39.52 
 
 
264 aa  189  4e-47  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000566898  hitchhiker  1.98611e-17 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0381  tRNA pseudouridine synthase A  45.97 
 
 
264 aa  188  7e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2877  tRNA pseudouridine synthase A  43.72 
 
 
244 aa  187  2e-46  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00616108  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0346  tRNA pseudouridine synthase A  43.72 
 
 
262 aa  187  2e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000224311  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0139  tRNA pseudouridine synthase A  41.63 
 
 
258 aa  186  3e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0605  tRNA pseudouridine synthase A  41.7 
 
 
256 aa  185  5e-46  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000709788  hitchhiker  0.00819756 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0879  tRNA pseudouridine synthase A  39.52 
 
 
248 aa  182  4.0000000000000006e-45  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0491  tRNA pseudouridine synthase A  39.6 
 
 
253 aa  181  9.000000000000001e-45  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0136  tRNA pseudouridine synthase A  37.5 
 
 
247 aa  178  5.999999999999999e-44  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000296429  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0626  tRNA pseudouridine synthase A  38.25 
 
 
252 aa  178  7e-44  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.133889  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0126  tRNA pseudouridine synthase A  38.67 
 
 
264 aa  177  1e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000150331  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2726  tRNA pseudouridine synthase A  42.4 
 
 
259 aa  176  3e-43  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1150  tRNA pseudouridine synthase A  42.45 
 
 
251 aa  175  8e-43  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00189497  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0165  tRNA pseudouridine synthase A  40.39 
 
 
248 aa  172  2.9999999999999996e-42  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2251  tRNA pseudouridine synthase A  45.28 
 
 
246 aa  172  3.9999999999999995e-42  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.218051  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0163  tRNA pseudouridine synthase A  36.8 
 
 
252 aa  171  1e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000189836  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6844  tRNA pseudouridine synthase A  40.16 
 
 
270 aa  171  1e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000523123  normal  0.307747 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0228  tRNA pseudouridine synthase A  36.33 
 
 
255 aa  170  2e-41  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0173  tRNA pseudouridine synthase A  36.8 
 
 
252 aa  169  3e-41  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000175513  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2883  tRNA pseudouridine synthase A  39.76 
 
 
270 aa  169  3e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0101662  normal  0.88579 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5163  tRNA pseudouridine synthase A  36.8 
 
 
252 aa  169  4e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000176686  hitchhiker  0.0000000000431811 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1055  tRNA pseudouridine synthase A  40.08 
 
 
261 aa  169  5e-41  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.859222  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0956  tRNA pseudouridine synthase A  40.08 
 
 
261 aa  169  5e-41  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0850507  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0142  tRNA pseudouridine synthase A  36.8 
 
 
247 aa  169  6e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000629315  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0137  tRNA pseudouridine synthase A  36.4 
 
 
252 aa  168  7e-41  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000239358  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0155  tRNA pseudouridine synthase A  36.4 
 
 
252 aa  168  8e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.18067e-36 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0142  tRNA pseudouridine synthase A  36.4 
 
 
247 aa  168  9e-41  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000419417  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0137  tRNA pseudouridine synthase A  36.4 
 
 
247 aa  168  9e-41  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000139661  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0135  tRNA pseudouridine synthase A  36.4 
 
 
247 aa  168  9e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000154872  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0142  tRNA pseudouridine synthase A  36.4 
 
 
247 aa  168  9e-41  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000771013  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0841  tRNA pseudouridine synthase A  38.49 
 
 
305 aa  167  1e-40  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.258098  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1914  tRNA pseudouridine synthase A  39.92 
 
 
351 aa  167  2e-40  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0677  tRNA pseudouridine synthase A  41.53 
 
 
270 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.873291  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1258  tRNA pseudouridine synthase A  38.78 
 
 
269 aa  165  5e-40  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0527  tRNA pseudouridine synthase A  41.43 
 
 
271 aa  165  5.9999999999999996e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4372  tRNA pseudouridine synthase A  40.94 
 
 
267 aa  165  5.9999999999999996e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1856  tRNA pseudouridine synthase A  41.43 
 
 
271 aa  165  5.9999999999999996e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0227794  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1723  tRNA pseudouridine synthase A  41.53 
 
 
270 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0771  tRNA pseudouridine synthase A  41.53 
 
 
270 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2309  tRNA pseudouridine synthase A  41.53 
 
 
270 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0622933  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1647  tRNA pseudouridine synthase A  41.53 
 
 
270 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2447  tRNA pseudouridine synthase A  41.53 
 
 
270 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.808323  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2984  tRNA pseudouridine synthase A  37.96 
 
 
261 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000426991  normal  0.427567 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3803  tRNA pseudouridine synthase A  35.95 
 
 
259 aa  163  2.0000000000000002e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1452  tRNA pseudouridine synthase A  39.29 
 
 
256 aa  163  2.0000000000000002e-39  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000896278  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2019  tRNA pseudouridine synthase A  38.93 
 
 
285 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0292827  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0100  tRNA pseudouridine synthase A  37.11 
 
 
258 aa  162  4.0000000000000004e-39  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  42 
 
 
271 aa  162  5.0000000000000005e-39  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2273  tRNA pseudouridine synthase A  41.49 
 
 
263 aa  162  5.0000000000000005e-39  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000217948 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1916  tRNA pseudouridine synthase A  40.73 
 
 
260 aa  162  6e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.392139  normal  0.974239 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1321  tRNA pseudouridine synthase A  40.62 
 
 
247 aa  162  6e-39  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1626  tRNA pseudouridine synthase A  34.66 
 
 
268 aa  161  1e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.895885  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0056  tRNA pseudouridine synthase A  39.13 
 
 
247 aa  161  1e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00478074 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3148  tRNA pseudouridine synthase A  39.61 
 
 
253 aa  160  2e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.733437  normal  0.353233 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17151  tRNA pseudouridine synthase A  35.06 
 
 
268 aa  159  3e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.137278  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23840  tRNA pseudouridine synthase A  38.52 
 
 
285 aa  159  3e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.866913  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4238  tRNA pseudouridine synthase A  40.8 
 
 
250 aa  159  4e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00146243 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>