More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_3682 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007298  Daro_1108  hypothetical protein  56.64 
 
 
593 aa  683  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.290007  normal  0.36043 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3682  NERD domain-containing protein  100 
 
 
601 aa  1242  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.023391  normal  0.021571 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4619  hypothetical protein  66.01 
 
 
615 aa  844  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.502486 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4005  hypothetical protein  66.39 
 
 
610 aa  827  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.467683  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3974  hypothetical protein  66.89 
 
 
607 aa  804  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.335001 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1772  DNA helicase II  49.92 
 
 
619 aa  624  1e-177  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02993  hypothetical protein  48.26 
 
 
612 aa  581  1e-164  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000145899  normal  0.116581 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0076  DNA helicase II  47.4 
 
 
632 aa  566  1e-160  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5380  DNA helicase II  46.25 
 
 
619 aa  532  1e-150  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0807  hypothetical protein  41.44 
 
 
616 aa  489  1e-137  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2959  NERD domain-containing protein  44.01 
 
 
625 aa  489  1e-137  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4939  DNA helicase II  39.74 
 
 
613 aa  438  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.891198  normal  0.619317 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4891  hypothetical protein  38.13 
 
 
616 aa  438  1e-121  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.412698  normal  0.98473 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39740  DNA helicase  37.2 
 
 
615 aa  355  1e-96  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0820371  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4277  DNA helicase II  44.77 
 
 
314 aa  229  9e-59  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.260274  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2302  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  26.4 
 
 
607 aa  172  2e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1094  hypothetical protein  26.94 
 
 
588 aa  170  6e-41  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1299  NERD domain protein  25.6 
 
 
593 aa  168  3e-40  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0809  LexA repressor  26.64 
 
 
815 aa  112  2e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.642499  hitchhiker  8.61607e-05 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35190  DNA/RNA helicase, superfamily I  32.14 
 
 
737 aa  108  2e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4063  UvrD/REP helicase  31.87 
 
 
697 aa  98.6  3e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.21557  normal  0.035765 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2326  putative DNA helicase  30.04 
 
 
711 aa  98.6  3e-19  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2259  UvrD/REP helicase  30.68 
 
 
710 aa  95.5  3e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0960519  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1680  NERD domain-containing protein  22.42 
 
 
568 aa  95.1  4e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0355  UvrD/REP helicase  27.45 
 
 
714 aa  93.2  1e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3988  hypothetical protein  73.68 
 
 
57 aa  92  3e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.00319492  normal  0.306977 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0738  hypothetical protein  25.05 
 
 
631 aa  89.7  1e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0064  putative DNA helicase  31.01 
 
 
696 aa  89.7  1e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0022  LexA repressor  24.56 
 
 
819 aa  89  2e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  1.8035e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3740  UvrD/REP helicase  31.5 
 
 
752 aa  88.6  3e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2139  hypothetical protein  26.07 
 
 
617 aa  88.2  4e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3757  UvrD/REP helicase  30.4 
 
 
695 aa  87.8  5e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  3.85426e-05  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0743  plasmid stabilization system  33.07 
 
 
712 aa  87  1e-15  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0589  UvrD/REP helicase  29.8 
 
 
663 aa  86.7  1e-15  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1406  UvrD/REP helicase  29.18 
 
 
708 aa  86.3  2e-15  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.450912  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2728  UvrD/REP helicase  28.29 
 
 
699 aa  85.9  2e-15  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.121618  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3085  UvrD/Rep helicase  30.95 
 
 
717 aa  84  8e-15  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.173371  hitchhiker  0.00106438 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0729  hypothetical protein  24.14 
 
 
574 aa  83.6  9e-15  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_6025  UvrD/REP helicase  30.08 
 
 
737 aa  81.6  4e-14  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5351  UvrD/REP helicase  26.57 
 
 
695 aa  80.5  8e-14  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.149775 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4174  UvrD/REP helicase  28.82 
 
 
716 aa  80.5  9e-14  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1419  UvrD/REP helicase  29.59 
 
 
706 aa  79.7  1e-13  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0239  NERD domain-containing protein  23.86 
 
 
579 aa  80.1  1e-13  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0351  hypothetical protein  25 
 
 
388 aa  79.3  2e-13  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0328547  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3349  hypothetical protein  27.1 
 
 
673 aa  79  2e-13  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.038988  normal  0.770189 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0359  hypothetical protein  19.09 
 
 
827 aa  78.6  3e-13  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.000526889  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4831  ATP-dependent DNA helicase UvrD  28.62 
 
 
704 aa  77.4  7e-13  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.366653  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3882  UvrD/REP helicase  28.62 
 
 
704 aa  77.4  7e-13  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.229228  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3368  NERD domain protein  27.65 
 
 
734 aa  77.4  7e-13  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000355781 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5811  ATP-dependent DNA helicase, UvrD/REP family  28.62 
 
 
704 aa  77.4  7e-13  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.859027 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0422  hypothetical protein  26.03 
 
 
554 aa  77  1e-12  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2733  UvrD/REP helicase  27.51 
 
 
705 aa  76.6  1e-12  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.627467 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4897  UvrD/REP helicase  28.98 
 
 
705 aa  76.3  2e-12  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2325  hypothetical protein  30.12 
 
 
759 aa  75.1  3e-12  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0788129  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1246  UvrD/REP helicase  27.44 
 
 
662 aa  75.1  3e-12  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.176029  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001515  hypothetical protein  24.49 
 
 
634 aa  75.5  3e-12  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.431863  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1352  UvrD/REP helicase  25.56 
 
 
712 aa  74.7  5e-12  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.541991 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1438  superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  31.42 
 
 
767 aa  74.3  6e-12  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0481652  normal  0.535977 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0055  UvrD/REP helicase  23.73 
 
 
671 aa  73.9  7e-12  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0545819  normal  0.378623 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4504  UvrD/REP helicase  29.67 
 
 
809 aa  73.6  1e-11  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0810  UvrD/REP helicase  26.56 
 
 
703 aa  71.2  5e-11  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0826  UvrD/REP helicase  26.56 
 
 
703 aa  71.2  5e-11  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2859  UvrD/REP helicase  26.98 
 
 
690 aa  69.7  1e-10  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1080  AAA ATPase  27.51 
 
 
1136 aa  69.7  1e-10  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1990  UvrD/REP helicase  24.79 
 
 
780 aa  70.1  1e-10  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.486278  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1359  hypothetical protein  26.39 
 
 
554 aa  68.9  2e-10  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0515  hypothetical protein  24.79 
 
 
558 aa  68.6  3e-10  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0189041  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1771  UvrD/REP helicase  28.11 
 
 
508 aa  67.8  5e-10  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.734897  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1020  hypothetical protein  26.12 
 
 
554 aa  67  9e-10  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.44837  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2943  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  27.97 
 
 
696 aa  67  9e-10  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0275  hypothetical protein  26.12 
 
 
554 aa  67  9e-10  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0985894  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0546  hypothetical protein  26.12 
 
 
554 aa  67  9e-10  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.946495  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2536  hypothetical protein  26.12 
 
 
554 aa  67  9e-10  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1281  hypothetical protein  26.12 
 
 
554 aa  66.2  1e-09  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0983409  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1296  hypothetical protein  26.12 
 
 
669 aa  66.6  1e-09  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0263973  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0445  UvrD/REP helicase  29.59 
 
 
515 aa  65.9  2e-09  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00058157 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5264  hypothetical protein  25.36 
 
 
617 aa  66.2  2e-09  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3351  NERD domain-containing protein  27.3 
 
 
557 aa  65.1  3e-09  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.164276  hitchhiker  0.000169391 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1715  UvrD/REP helicase  27.24 
 
 
462 aa  64.7  4e-09  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  3.56586e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3032  UvrD/REP family ATP-dependent DNA helicase  26.36 
 
 
687 aa  64.7  5e-09  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.722257  normal  0.242361 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1463  hypothetical protein  26.85 
 
 
626 aa  63.2  1e-08  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4664  hypothetical protein  23.35 
 
 
557 aa  63.2  1e-08  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.220049  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3704  hypothetical protein  23.35 
 
 
557 aa  63.2  1e-08  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.064418  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1058  hypothetical protein  25 
 
 
396 aa  63.5  1e-08  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.0139648 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5636  NERD domain-containing protein  23.39 
 
 
557 aa  63.2  1e-08  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0748755  normal  0.450463 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4510  NERD domain-containing protein  24.51 
 
 
555 aa  62.4  2e-08  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1159  hypothetical protein  25.86 
 
 
555 aa  62.8  2e-08  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.127687 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0097  hypothetical protein  28.86 
 
 
719 aa  62.8  2e-08  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0544866  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0110  putative DNA helicase  27.61 
 
 
659 aa  63.2  2e-08  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.609607 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1017  UvrD/REP helicase  26.87 
 
 
733 aa  62  3e-08  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4896  NERD domain protein  26.08 
 
 
564 aa  62  3e-08  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0805838 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0467  UvrD/REP helicase  26.2 
 
 
603 aa  62  3e-08  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.82885  normal  0.469599 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0732  UvrD/REP helicase  24.92 
 
 
929 aa  62  3e-08  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4026  NERD domain-containing protein  23.46 
 
 
555 aa  61.6  4e-08  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4061  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  26.69 
 
 
1107 aa  61.2  5e-08  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4052  hypothetical protein  26.13 
 
 
555 aa  61.2  5e-08  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.890756 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1939  NERD domain-containing protein  28.83 
 
 
700 aa  60.5  8e-08  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00843241 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2329  superfamily protein I DNA/RNA helicase  24.83 
 
 
679 aa  60.5  8e-08  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1110  hypothetical protein  27.49 
 
 
702 aa  60.1  1e-07  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.924141 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5423  UvrD/REP helicase  25.59 
 
 
821 aa  60.1  1e-07  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0106532  normal  0.207547 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>