59 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_4510 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010552  BamMC406_4510  NERD domain-containing protein  100 
 
 
555 aa  1121    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0275  hypothetical protein  78.44 
 
 
554 aa  889    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0985894  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0546  hypothetical protein  78.44 
 
 
554 aa  889    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.946495  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1359  hypothetical protein  78.26 
 
 
554 aa  885    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1281  hypothetical protein  78.26 
 
 
554 aa  885    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0983409  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1020  hypothetical protein  78.44 
 
 
554 aa  889    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.44837  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4664  hypothetical protein  93.42 
 
 
557 aa  1046    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.220049  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4052  hypothetical protein  97.84 
 
 
555 aa  1100    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.890756 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4896  NERD domain protein  73.19 
 
 
564 aa  830    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0805838 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4026  NERD domain-containing protein  90.46 
 
 
555 aa  995    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3704  hypothetical protein  93.42 
 
 
557 aa  1046    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.064418  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1774  hypothetical protein  72.01 
 
 
573 aa  825    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.245885  hitchhiker  0.0000023235 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3351  NERD domain-containing protein  71.71 
 
 
557 aa  817    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.164276  hitchhiker  0.000169391 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1463  hypothetical protein  77.54 
 
 
626 aa  883    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1159  hypothetical protein  93.86 
 
 
555 aa  1060    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.127687 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5636  NERD domain-containing protein  93.6 
 
 
557 aa  1047    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0748755  normal  0.450463 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2536  hypothetical protein  78.44 
 
 
554 aa  889    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1296  hypothetical protein  78.44 
 
 
669 aa  888    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0263973  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0845  hypothetical protein  53.08 
 
 
544 aa  591  1e-167  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0545753  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0515  hypothetical protein  53.49 
 
 
558 aa  549  1e-155  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0189041  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1706  NERD domain protein  36.51 
 
 
541 aa  319  9e-86  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.516506  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0285  NERD domain protein  37.36 
 
 
540 aa  316  5e-85  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0422  hypothetical protein  38.97 
 
 
554 aa  309  6.999999999999999e-83  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4576  AAA ATPase  35.1 
 
 
533 aa  266  5e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2424  NERD domain protein  25.93 
 
 
559 aa  99.8  1e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  decreased coverage  0.0000000438453  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0239  NERD domain-containing protein  25.91 
 
 
579 aa  77  0.0000000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0729  hypothetical protein  26.84 
 
 
574 aa  75.9  0.000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1680  NERD domain-containing protein  22.38 
 
 
568 aa  74.7  0.000000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0847  hypothetical protein  27.35 
 
 
549 aa  73.6  0.000000000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.20557  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0844  hypothetical protein  26.06 
 
 
563 aa  67.4  0.0000000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0827  hypothetical protein  26.06 
 
 
563 aa  67.4  0.0000000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0342  NERD domain protein  26.93 
 
 
550 aa  65.5  0.000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3682  NERD domain-containing protein  24.51 
 
 
601 aa  62.4  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.023391  normal  0.021571 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1146  hypothetical protein  25 
 
 
551 aa  60.5  0.00000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4099  NERD domain-contain protein  27.07 
 
 
606 aa  59.7  0.0000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2752  hypothetical protein  38.14 
 
 
324 aa  58.5  0.0000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.172027 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1772  DNA helicase II  28.27 
 
 
619 aa  58.9  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0076  DNA helicase II  28.04 
 
 
632 aa  55.5  0.000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5264  hypothetical protein  28.85 
 
 
617 aa  55.5  0.000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2302  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  29.29 
 
 
607 aa  54.7  0.000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1108  hypothetical protein  25.28 
 
 
593 aa  54.7  0.000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.290007  normal  0.36043 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3317  NERD domain protein  26.13 
 
 
555 aa  52.8  0.00001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1299  NERD domain protein  24.08 
 
 
593 aa  51.6  0.00003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2139  hypothetical protein  24.64 
 
 
617 aa  52  0.00003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4619  hypothetical protein  26.68 
 
 
615 aa  51.6  0.00003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.502486 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4891  hypothetical protein  25.67 
 
 
616 aa  51.6  0.00004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.412698  normal  0.98473 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4005  hypothetical protein  25.92 
 
 
610 aa  51.6  0.00004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.467683  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5176  hypothetical protein  25.84 
 
 
551 aa  50.8  0.00006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.798305 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4939  DNA helicase II  21.55 
 
 
613 aa  49.7  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.891198  normal  0.619317 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3974  hypothetical protein  24.25 
 
 
607 aa  49.7  0.0001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.335001 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5380  DNA helicase II  29.61 
 
 
619 aa  50.1  0.0001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2959  NERD domain-containing protein  24.66 
 
 
625 aa  48.1  0.0004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001515  hypothetical protein  26.54 
 
 
634 aa  48.1  0.0004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.431863  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02993  hypothetical protein  25.48 
 
 
612 aa  47.4  0.0008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000145899  normal  0.116581 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0359  hypothetical protein  22.47 
 
 
827 aa  45.8  0.002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.000526889  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0783  hypothetical protein  23.08 
 
 
662 aa  44.7  0.005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0135  putative circadian clock protein, KaiC  37.97 
 
 
506 aa  44.3  0.006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.034427 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1060  NERD domain protein  25.83 
 
 
527 aa  43.9  0.008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.0134281 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0875  hypothetical protein  24.39 
 
 
712 aa  43.9  0.008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>