More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_5576 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_5576  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 		 353 aa  715    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.110033 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0364  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.61 
 
 		 362 aa  234  1.0000000000000001e-60  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.405995  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2657  cation or acridine efflux membrane fusion protein  38.24 
 
 		 357 aa  225  9e-58  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3735  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.54 
 
 		 362 aa  222  9.999999999999999e-57  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2939  RND family efflux transporter MFP subunit  39.14 
 
 		 352 aa  213  2.9999999999999995e-54  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.0067677  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3208  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.86 
 
 		 357 aa  203  3e-51  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0146448  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0901  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.72 
 
 		 351 aa  200  3e-50  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.470272  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1145  hypothetical protein  34.97 
 
 		 371 aa  192  5e-48  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1021  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.74 
 
 		 390 aa  192  6e-48  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0159772  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5137  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.56 
 
 		 367 aa  187  2e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1186  RND family efflux transporter MFP subunit  30.97 
 
 		 374 aa  162  8.000000000000001e-39  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.425099  normal  0.0297054 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0907  RND efflux membrane fusion protein-related protein  31.17 
 
 		 406 aa  162  9e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0946  RND family efflux transporter MFP subunit  31.42 
 
 		 382 aa  161  1e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0930  RND family efflux transporter MFP subunit  33.98 
 
 		 366 aa  160  2e-38  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2132  HlyD family secretion protein  31.85 
 
 		 360 aa  157  3e-37  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.732379  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1209  RND family efflux transporter MFP subunit  32.83 
 
 		 381 aa  156  6e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.421019  normal  0.31825 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0975  RND family efflux transporter MFP subunit  31.52 
 
 		 382 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0109715 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1194  acriflavin resistance periplasmic protein  33.12 
 
 		 380 aa  145  1e-33  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1906  HlyD family-like protein  30.23 
 
 		 361 aa  143  5e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000977353  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1921  RND family efflux transporter MFP subunit  31.11 
 
 		 340 aa  140  3e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00271277  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1737  secretion protein HlyD  29.24 
 
 		 360 aa  140  3e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000190652  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2322  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.72 
 
 		 371 aa  140  4.999999999999999e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0437768 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4327  HlyD family secretion protein  31.21 
 
 		 372 aa  139  7e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3927  RND family efflux transporter MFP subunit  28.57 
 
 		 392 aa  138  1e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01736  HlyD family secretion protein  29.82 
 
 		 349 aa  138  1e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1815  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.89 
 
 		 388 aa  138  2e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3700  secretion protein HlyD  31.53 
 
 		 381 aa  138  2e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0372  RND family efflux transporter MFP subunit  30.89 
 
 		 372 aa  136  5e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56880  putative membrane fusion protein  28.93 
 
 		 376 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1999  RND family efflux transporter MFP subunit  29.55 
 
 		 390 aa  134  3e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00132105  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1879  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.85 
 
 		 363 aa  134  3e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3650  secretion protein HlyD  32.49 
 
 		 397 aa  134  3e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.521212 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1554  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.85 
 
 		 363 aa  134  3e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0484603  hitchhiker  0.00000015248 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1866  RND family efflux transporter MFP subunit  26.8 
 
 		 385 aa  134  3e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000232808  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0767  RND family efflux transporter MFP subunit  29.62 
 
 		 372 aa  132  6.999999999999999e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00075698  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4297  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.4 
 
 		 397 aa  132  7.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.430357  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  27.85 
 
 		 361 aa  132  9e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000249801  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1881  HlyD family-like protein  28.86 
 
 		 360 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1439  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.27 
 
 		 380 aa  131  1.0000000000000001e-29  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0465471  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4492  secretion protein HlyD  29.77 
 
 		 382 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0226833 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3889  RND family efflux transporter MFP subunit  30.32 
 
 		 364 aa  131  2.0000000000000002e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0472  secretion protein HlyD  27.62 
 
 		 359 aa  130  2.0000000000000002e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.000402153  normal  0.138011 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1658  RND family efflux transporter MFP subunit  28.76 
 
 		 360 aa  130  3e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000232607  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1809  secretion protein HlyD  32.88 
 
 		 397 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4943  RND efflux membrane fusion protein precursor  30.49 
 
 		 375 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2338  RND family efflux transporter MFP subunit  28.76 
 
 		 360 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00136978  hitchhiker  0.0000141161 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2410  RND family efflux transporter MFP subunit  28.76 
 
 		 360 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000315716  hitchhiker  0.00636413 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1610  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.41 
 
 		 372 aa  130  5.0000000000000004e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1640  CmeA  27.84 
 
 		 386 aa  129  5.0000000000000004e-29  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0176  RND family efflux transporter MFP subunit  31.71 
 
 		 353 aa  129  6e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.371241 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8250  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.51 
 
 		 368 aa  129  6e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.673804  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2588  RND family efflux transporter MFP subunit  28.76 
 
 		 360 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000707575  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2781  RND family efflux transporter MFP subunit  29.61 
 
 		 372 aa  128  2.0000000000000002e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00032103  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0466  RND family efflux transporter MFP subunit  29.78 
 
 		 372 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.808341  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2665  RND family efflux transporter MFP subunit  29.14 
 
 		 360 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000267288  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1177  RND family efflux transporter MFP subunit  29.21 
 
 		 417 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1023  RND family efflux transporter MFP subunit  30.51 
 
 		 378 aa  127  3e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.866452  normal  0.121232 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3362  RND family efflux transporter MFP subunit  27.96 
 
 		 358 aa  127  3e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0703  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.29 
 
 		 355 aa  127  3e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3140  secretion protein HlyD  30.27 
 
 		 360 aa  127  3e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.203317  normal  0.359518 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0200  secretion protein HlyD  27.54 
 
 		 365 aa  127  4.0000000000000003e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1036  RND family efflux transporter MFP subunit  28.32 
 
 		 354 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1982  RND family efflux transporter MFP subunit  27.52 
 
 		 360 aa  126  5e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000542821  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2550  RND family efflux transporter MFP subunit  29 
 
 		 360 aa  126  5e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000229958  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1796  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29 
 
 		 360 aa  126  5e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000436323  hitchhiker  0.00000011193 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0706  secretion protein HlyD  27.93 
 
 		 366 aa  126  6e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000331728  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0944  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.28 
 
 		 387 aa  126  7e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00241764 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2428  RND family efflux transporter MFP subunit  26.82 
 
 		 361 aa  125  8.000000000000001e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00201655  decreased coverage  0.00000151053 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3495  RND family efflux transporter MFP subunit  28.48 
 
 		 365 aa  125  8.000000000000001e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0358  RND family efflux transporter MFP subunit  30.38 
 
 		 372 aa  125  1e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2064  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.08 
 
 		 365 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3679  RND family efflux transporter MFP subunit  31.08 
 
 		 365 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2553  hypothetical protein  28.75 
 
 		 368 aa  125  1e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355433  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1154  RND family efflux transporter MFP subunit  30.87 
 
 		 375 aa  124  2e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.504084  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2237  secretion protein HlyD  29.83 
 
 		 377 aa  124  2e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2700  secretion protein HlyD  29.38 
 
 		 403 aa  124  2e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1989  RND family efflux transporter MFP subunit  30.12 
 
 		 379 aa  124  2e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2179  RND family efflux transporter MFP subunit  26.49 
 
 		 361 aa  123  6e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00000248395  normal  0.140593 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0856  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.22 
 
 		 370 aa  122  7e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4556  RND family efflux transporter MFP subunit  31.49 
 
 		 383 aa  122  7e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.589535  normal  0.76991 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2952  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.25 
 
 		 374 aa  122  8e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0768  acriflavin resistance periplasmic protein  29.97 
 
 		 348 aa  122  9e-27  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.69171  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1440  secretion protein HlyD  29.18 
 
 		 376 aa  122  9e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4918  RND family efflux transporter MFP subunit  29.76 
 
 		 405 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.890764  normal  0.731397 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3014  secretion protein HlyD  29.76 
 
 		 405 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5352  RND family efflux transporter MFP subunit  29.76 
 
 		 405 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.730017  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0438  hypothetical protein  29.87 
 
 		 352 aa  120  1.9999999999999998e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.0000000000000466929  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1516  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.73 
 
 		 440 aa  121  1.9999999999999998e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2243  RND family efflux transporter MFP subunit  30.74 
 
 		 376 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1580  RND family efflux transporter MFP subunit  30.72 
 
 		 365 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.186167  normal  0.460313 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3268  HlyD family secretion protein  30.5 
 
 		 372 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0870  acriflavin resistance periplasmic protein  25.58 
 
 		 351 aa  120  3e-26  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2284  secretion protein HlyD  29.38 
 
 		 403 aa  120  3e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.831641  normal  0.154042 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1146  RND family efflux transporter MFP subunit  25.59 
 
 		 351 aa  120  3.9999999999999996e-26  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1681  RND family efflux transporter MFP subunit  29.32 
 
 		 434 aa  120  3.9999999999999996e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0776882  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3204  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.65 
 
 		 368 aa  120  3.9999999999999996e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2619  RND family efflux transporter MFP subunit  28.21 
 
 		 405 aa  120  3.9999999999999996e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0295  HlyD family secretion protein  29.46 
 
 		 405 aa  119  6e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4699  RND family efflux transporter MFP subunit  29.46 
 
 		 405 aa  119  9e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0090  putative multidrug transporter, HlyD family  28.12 
 
 		 368 aa  118  9.999999999999999e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>