More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphamn1_2239 on replicon NC_010831
Organism: Chlorobium phaeobacteroides BS1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010831  Cphamn1_2239  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  100 
 
 		 248 aa  500  1e-141  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2013  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  58.16 
 
 		 245 aa  286  2e-76  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.551557 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0227  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  51.61 
 
 		 247 aa  257  9e-68  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0337  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  52.42 
 
 		 247 aa  256  3e-67  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0201  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  46.77 
 
 		 247 aa  248  5e-65  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2182  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  49.8 
 
 		 248 aa  240  2e-62  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000164058  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2370  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  47.18 
 
 		 248 aa  227  2e-58  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00405719  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3387  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.33 
 
 		 263 aa  133  3e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0765647  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7237  protein of unknown function DUF558  33.33 
 
 		 234 aa  132  3.9999999999999996e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4594  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.19 
 
 		 235 aa  132  5e-30  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.246782  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13143  hypothetical protein  31.51 
 
 		 235 aa  122  7e-27  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0147396  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1319  hypothetical protein  35.81 
 
 		 247 aa  122  7e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.681076  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1732  hypothetical protein  31.84 
 
 		 245 aa  117  9.999999999999999e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.127797  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2054  hypothetical protein  35.68 
 
 		 249 aa  115  6e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4065  protein of unknown function DUF558  31.36 
 
 		 234 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1841  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.72 
 
 		 246 aa  111  1.0000000000000001e-23  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.110015  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3975  protein of unknown function DUF558  33.6 
 
 		 251 aa  111  1.0000000000000001e-23  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0587  hypothetical protein  31.25 
 
 		 246 aa  110  2.0000000000000002e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.256095  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1575  hypothetical protein  27.87 
 
 		 248 aa  110  2.0000000000000002e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0110049  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3050  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.28 
 
 		 244 aa  110  3e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1925  protein of unknown function DUF558  34.04 
 
 		 239 aa  110  3e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0289082  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1597  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.64 
 
 		 234 aa  110  3e-23  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.269441  normal  0.48223 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0446  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.44 
 
 		 260 aa  108  7.000000000000001e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1461  protein of unknown function DUF558  30.8 
 
 		 245 aa  108  8.000000000000001e-23  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.7294  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0049  hypothetical protein  34.11 
 
 		 242 aa  107  2e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1513  hypothetical protein  33.62 
 
 		 242 aa  107  2e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.680118  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0519  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.81 
 
 		 240 aa  105  6e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0047  hypothetical protein  31.72 
 
 		 251 aa  105  1e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.133218 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05450  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.9 
 
 		 240 aa  104  1e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.689901  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4289  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.76 
 
 		 246 aa  103  2e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00156993  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1795  protein of unknown function DUF558  31.58 
 
 		 245 aa  102  4e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0806  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.96 
 
 		 243 aa  102  5e-21  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3241  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.93 
 
 		 234 aa  102  5e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.108692 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2865  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.08 
 
 		 244 aa  101  1e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2161  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.81 
 
 		 244 aa  101  1e-20  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0765  hypothetical protein  30.57 
 
 		 235 aa  101  1e-20  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.417208  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1186  protein of unknown function DUF558  32.61 
 
 		 240 aa  101  1e-20  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0115216 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1016  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.2 
 
 		 258 aa  100  2e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3004  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.09 
 
 		 244 aa  100  2e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3458  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.76 
 
 		 248 aa  100  2e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.40759  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3110  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.71 
 
 		 247 aa  100  2e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00328118  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3521  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.76 
 
 		 248 aa  100  2e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.270155 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0703  protein of unknown function DUF558  31.47 
 
 		 245 aa  100  3e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0143  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.41 
 
 		 242 aa  99.8  4e-20  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0162  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.48 
 
 		 244 aa  99.4  5e-20  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0224  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.91 
 
 		 246 aa  99.4  5e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2434  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.09 
 
 		 249 aa  99.4  5e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000454475  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2076  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.57 
 
 		 245 aa  99.4  5e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3469  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.76 
 
 		 248 aa  99  6e-20  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00733732 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03291  hypothetical protein  28.51 
 
 		 242 aa  98.6  7e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3218  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.74 
 
 		 257 aa  97.4  2e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000318733  hitchhiker  0.0000151601 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1823  hypothetical protein  28.38 
 
 		 245 aa  97.4  2e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.432103  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01646  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.56 
 
 		 244 aa  97.1  2e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1152  hypothetical protein  31.6 
 
 		 246 aa  97.8  2e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.920301 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4176  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.53 
 
 		 243 aa  97.4  2e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0449  protein of unknown function DUF558  30.58 
 
 		 235 aa  97.4  2e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0018  hypothetical protein  31.82 
 
 		 243 aa  96.7  3e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4114  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.11 
 
 		 242 aa  96.7  3e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5288  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.4 
 
 		 239 aa  96.7  3e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2251  hypothetical protein  26.67 
 
 		 245 aa  96.7  3e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00851758  unclonable  0.000000139128 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1905  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.13 
 
 		 246 aa  96.7  3e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.208469  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2283  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.8 
 
 		 250 aa  96.3  4e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12770  conserved hypothetical protein TIGR00046  29.2 
 
 		 249 aa  95.9  5e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000425435  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0379  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.4 
 
 		 255 aa  96.3  5e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3082  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.71 
 
 		 245 aa  95.1  8e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.584805  normal  0.179452 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3472  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.69 
 
 		 242 aa  94.4  1e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.871498  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3079  hypothetical protein  31.38 
 
 		 244 aa  94.7  1e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1998  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.8 
 
 		 250 aa  94.7  1e-18  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1254  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.97 
 
 		 244 aa  94.4  2e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.029573  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2303  hypothetical protein  27.54 
 
 		 246 aa  94.4  2e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002463  ribosomal RNA small subunit methyltransferase E  29.65 
 
 		 243 aa  93.6  3e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5042  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.59 
 
 		 235 aa  93.2  3e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.319742  normal  0.272315 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0173  protein of unknown function DUF558  33.33 
 
 		 236 aa  93.2  3e-18  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG2156  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.96 
 
 		 248 aa  93.2  4e-18  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3038  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.69 
 
 		 260 aa  92.8  4e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0840  hypothetical protein  29.29 
 
 		 248 aa  92.8  4e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.240115  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1997  protein of unknown function DUF558  30.8 
 
 		 232 aa  92.8  4e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2843  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.28 
 
 		 249 aa  92.8  4e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3037  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.64 
 
 		 249 aa  93.2  4e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000274607  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1722  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.66 
 
 		 251 aa  92.8  4e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3350  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.45 
 
 		 243 aa  93.2  4e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000530934  decreased coverage  0.00215529 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0412  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.52 
 
 		 241 aa  93.2  4e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5076  conserved hypothetical protein TIGR00046  27.78 
 
 		 239 aa  92.8  5e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1295  hypothetical protein  29.28 
 
 		 230 aa  92  7e-18  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0479  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.63 
 
 		 239 aa  92  8e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0467  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.43 
 
 		 241 aa  92  8e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0453  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.24 
 
 		 239 aa  91.3  1e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2493  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.48 
 
 		 247 aa  91.3  1e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0419762  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2703  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.39 
 
 		 251 aa  91.3  1e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.553721 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03190  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.39 
 
 		 239 aa  91.7  1e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2898  protein of unknown function DUF558  32.09 
 
 		 244 aa  90.9  2e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1635  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.98 
 
 		 250 aa  90.5  2e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.404818  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1669  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.98 
 
 		 250 aa  90.5  2e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5035  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.63 
 
 		 239 aa  90.5  2e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2136  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.52 
 
 		 257 aa  90.9  2e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0581453 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0575  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.65 
 
 		 243 aa  90.9  2e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000011142  normal  0.211294 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2974  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.06 
 
 		 244 aa  90.1  3e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.269351  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3378  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.88 
 
 		 243 aa  89.4  5e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1497  protein of unknown function DUF558  27.43 
 
 		 236 aa  89  7e-17  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3710  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.18 
 
 		 244 aa  88.6  8e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0165394  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>