More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_2516 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010803  Clim_2516  Rhomboid family protein  100 
 
 		 276 aa  563  1.0000000000000001e-159  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.258607  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2735  rhomboid family protein  75.36 
 
 		 278 aa  436  1e-121  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.77359  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2907  Rhomboid family protein  72.56 
 
 		 273 aa  408  1e-113  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2536  Rhomboid family protein  67.03 
 
 		 273 aa  389  1e-107  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.237379  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2124  hypothetical protein  66.43 
 
 		 273 aa  374  1e-102  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2277  Rhomboid family protein  64.41 
 
 		 283 aa  366  1e-100  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0043  hypothetical protein  64.55 
 
 		 264 aa  352  4e-96  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0498442  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0276  Rhomboid family protein  50 
 
 		 220 aa  195  9e-49  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.285023  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1220  Rhomboid family protein  43.51 
 
 		 228 aa  179  4e-44  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.231981 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2019  rhomboid family protein  45.5 
 
 		 226 aa  172  3.9999999999999995e-42  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.334479  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2078  rhomboid family protein  44.16 
 
 		 226 aa  170  2e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.347543  normal  0.269308 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1663  integral membrane protein  45.73 
 
 		 220 aa  153  2.9999999999999998e-36  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.771185  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1609  rhomboid family protein  44.72 
 
 		 220 aa  150  1e-35  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05680  peptidase, S54 (rhomboid) family, putative  44.33 
 
 		 232 aa  149  6e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.811656  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0665  rhomboid family protein  46.88 
 
 		 200 aa  148  8e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1130  integral membrane protein  48.96 
 
 		 196 aa  140  3e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.283045  normal  0.0126937 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2879  Rhomboid family protein  50 
 
 		 224 aa  134  9.999999999999999e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2146  Rhomboid family protein  32.42 
 
 		 258 aa  133  3e-30  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.000095331  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1404  rhomboid family protein  39.07 
 
 		 238 aa  130  3e-29  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.334243 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0210  rhomboid family protein  36.55 
 
 		 249 aa  125  1e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07075  rhomboid family protein  39.22 
 
 		 247 aa  124  2e-27  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0482  Rhomboid family protein  33.77 
 
 		 241 aa  122  7e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5920  rhomboid family protein  39.18 
 
 		 197 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.144977  normal  0.337945 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1772  hypothetical protein  39.25 
 
 		 238 aa  114  1.0000000000000001e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.884699 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0277  Rhomboid family protein  30.67 
 
 		 293 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.499185  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4665  rhomboid-like protein  35.78 
 
 		 285 aa  110  2.0000000000000002e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.545556 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5548  Rhomboid family protein  36.9 
 
 		 198 aa  110  3e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0778424  normal  0.596503 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0124  rhomboid family protein  34.82 
 
 		 209 aa  110  4.0000000000000004e-23  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0483  Rhomboid family protein  32.43 
 
 		 286 aa  107  2e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02331  hypothetical protein  40.22 
 
 		 197 aa  106  4e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00930848 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0787  Rhomboid family protein  31.6 
 
 		 291 aa  105  8e-22  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.565548  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1299  serine protease  38.99 
 
 		 234 aa  103  4e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.342347  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0857  rhomboid-like protein  41.01 
 
 		 279 aa  103  4e-21  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00124204  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0016  hypothetical protein  30.03 
 
 		 290 aa  102  6e-21  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1572  S54 family peptidase  37.74 
 
 		 260 aa  97.4  2e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.013038  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4409  Rhomboid family protein  39.34 
 
 		 197 aa  97.1  3e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.824835 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1485  S54 family peptidase  37.74 
 
 		 260 aa  97.1  3e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0631033  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4542  Rhomboid family protein  39.34 
 
 		 197 aa  97.1  3e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00483276 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1588  Rhomboid family protein  31.64 
 
 		 296 aa  96.3  5e-19  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.186801  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0861  Rhomboid family protein  44.64 
 
 		 277 aa  96.3  5e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0073  peptidase  37.74 
 
 		 229 aa  95.9  6e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.104712  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1039  serine protease  35.33 
 
 		 202 aa  95.5  8e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.224714  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1192  S54 family peptidase  35.33 
 
 		 202 aa  95.5  8e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.970208  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0021  S54 family peptidase  35.33 
 
 		 202 aa  95.5  8e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0391  S54 family peptidase  35.33 
 
 		 202 aa  95.5  8e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3495  rhomboid family protein  31.49 
 
 		 297 aa  94.4  2e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.335831 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1970  rhomboid family protein  35.57 
 
 		 246 aa  94.4  2e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1812  Rhomboid family protein  34.9 
 
 		 237 aa  93.6  3e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00264176  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0913  Rhomboid family protein  32.71 
 
 		 247 aa  91.3  2e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0106896 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0568  rhomboid family protein  37.33 
 
 		 249 aa  90.5  2e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0209  rhomboid family protein  30.43 
 
 		 287 aa  90.1  4e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5567  Rhomboid family protein  28.08 
 
 		 308 aa  89.4  5e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3809  Rhomboid family protein  30.07 
 
 		 304 aa  89.4  6e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.199592 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0287  hypothetical protein  31.4 
 
 		 279 aa  89.4  6e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.742971  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6620  Rhomboid family protein  31.16 
 
 		 292 aa  89.4  6e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000794004  hitchhiker  0.00987109 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1225  regulatory proteins, IclR  40 
 
 		 249 aa  89  7e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0542278  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1165  rhomboid family protein  33.82 
 
 		 228 aa  89  8e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00020927  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1727  rhomboid family protein  29.89 
 
 		 324 aa  89  9e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1579  rhomboid family protein  37.5 
 
 		 252 aa  87.4  2e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.279558  hitchhiker  0.00570549 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3255  rhomboid-like protein  33.66 
 
 		 284 aa  86.7  3e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.709043  normal  0.549561 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1446  rhomboid family protein  31.16 
 
 		 248 aa  86.7  4e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.154997  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3810  Rhomboid family protein  56.47 
 
 		 261 aa  86.3  5e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.450903  normal  0.184474 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0205  rhomboid protein  39.44 
 
 		 207 aa  86.3  5e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0326633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2160  rhomboid family protein  35.54 
 
 		 243 aa  84.7  0.000000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.251589  normal  0.196437 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1300  Rhomboid family protein  37.24 
 
 		 239 aa  84.3  0.000000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3853  Rhomboid family protein  34.44 
 
 		 261 aa  84  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.629137 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2616  rhomboid family protein  39.19 
 
 		 253 aa  84  0.000000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2531  rhomboid family protein  32.69 
 
 		 263 aa  83.6  0.000000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.751924 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0851  rhomboid family protein  34.36 
 
 		 241 aa  83.2  0.000000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1885  rhomboid family protein  36.73 
 
 		 246 aa  83.2  0.000000000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0593974  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3565  rhomboid-like protein  33.95 
 
 		 252 aa  83.2  0.000000000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1200  rhomboid family protein  37.93 
 
 		 258 aa  82.8  0.000000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.302256  normal  0.536903 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3526  Rhomboid family protein  37.09 
 
 		 232 aa  82.8  0.000000000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0999  Rhomboid family protein  34.23 
 
 		 247 aa  83.2  0.000000000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.46711  normal  0.0183621 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2298  Rhomboid family protein  36.55 
 
 		 230 aa  82.4  0.000000000000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1502  rhomboid family protein  36.62 
 
 		 237 aa  81.6  0.00000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.175521  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1301  rhomboid family protein  36.18 
 
 		 205 aa  81.6  0.00000000000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3560  Rhomboid family protein  32.89 
 
 		 265 aa  81.6  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.27249 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1151  rhomboid-like protein  34.48 
 
 		 240 aa  80.9  0.00000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000385696  normal  0.159732 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2942  rhomboid family protein  32.47 
 
 		 231 aa  80.5  0.00000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00611341 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2713  Rhomboid family protein  34.69 
 
 		 227 aa  80.5  0.00000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0686  rhomboid family protein  31.13 
 
 		 231 aa  80.1  0.00000000000003  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0078809 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2108  rhomboid-like protein  34.25 
 
 		 239 aa  80.1  0.00000000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.813228  normal  0.21449 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2049  uncharacterized membrane protein  32.06 
 
 		 222 aa  80.1  0.00000000000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1526  Rhomboid family protein  34.33 
 
 		 221 aa  80.1  0.00000000000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1050  Rhomboid family protein  32.06 
 
 		 220 aa  79  0.00000000000007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07080  putative transmembrane rhomboid family protein  26.97 
 
 		 299 aa  79  0.00000000000008  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1658  rhomboid family protein  32.16 
 
 		 444 aa  79  0.00000000000008  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.598011  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5568  Rhomboid family protein  47.87 
 
 		 259 aa  79  0.00000000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0228  Rhomboid family protein  31.58 
 
 		 237 aa  79  0.00000000000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.844894  normal  0.611688 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1000  rhomboid family protein  34.78 
 
 		 247 aa  77.8  0.0000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0762405 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2191  Rhomboid family protein  27.03 
 
 		 262 aa  77.8  0.0000000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0742  Rhomboid family protein  34.69 
 
 		 260 aa  77  0.0000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1654  hypothetical protein  28.26 
 
 		 302 aa  77  0.0000000000003  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1730  rhomboid family protein  32.04 
 
 		 222 aa  76.3  0.0000000000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0105821  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3096  rhomboid family protein  32.32 
 
 		 231 aa  75.9  0.0000000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.654608 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2204  rhomboid-like protein  31.75 
 
 		 251 aa  75.9  0.0000000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.138216  normal  0.88573 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0331  rhomboid family protein  39.73 
 
 		 227 aa  75.1  0.000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3032  rhomboid-like protein  33.11 
 
 		 237 aa  75.1  0.000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.646386  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1657  rhomboid family protein  32.04 
 
 		 222 aa  75.1  0.000000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.000000000107341  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>