More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_5548 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010676  Bphyt_5548  Rhomboid family protein  100 
 
 		 198 aa  389  1e-107  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0778424  normal  0.596503 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1299  serine protease  56.93 
 
 		 234 aa  216  2e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.342347  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5920  rhomboid family protein  57.87 
 
 		 197 aa  214  5e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.144977  normal  0.337945 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1039  serine protease  56.57 
 
 		 202 aa  196  1.0000000000000001e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.224714  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1192  S54 family peptidase  56.57 
 
 		 202 aa  196  1.0000000000000001e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.970208  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0021  S54 family peptidase  56.57 
 
 		 202 aa  196  1.0000000000000001e-49  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0391  S54 family peptidase  56.57 
 
 		 202 aa  196  1.0000000000000001e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02331  hypothetical protein  52.79 
 
 		 197 aa  196  2.0000000000000003e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00930848 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1485  S54 family peptidase  56.06 
 
 		 260 aa  196  2.0000000000000003e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0631033  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1572  S54 family peptidase  56.06 
 
 		 260 aa  196  2.0000000000000003e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.013038  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0073  peptidase  56.06 
 
 		 229 aa  195  3e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.104712  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4409  Rhomboid family protein  52.79 
 
 		 197 aa  178  4.999999999999999e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.824835 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4542  Rhomboid family protein  52.79 
 
 		 197 aa  178  4.999999999999999e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00483276 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1220  Rhomboid family protein  40.58 
 
 		 228 aa  145  3e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.231981 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0665  rhomboid family protein  40.51 
 
 		 200 aa  142  3e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2078  rhomboid family protein  37.98 
 
 		 226 aa  141  6e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.347543  normal  0.269308 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05680  peptidase, S54 (rhomboid) family, putative  40.82 
 
 		 232 aa  140  9e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.811656  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2019  rhomboid family protein  39.61 
 
 		 226 aa  140  9.999999999999999e-33  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.334479  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2879  Rhomboid family protein  45.76 
 
 		 224 aa  140  1.9999999999999998e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1663  integral membrane protein  39.58 
 
 		 220 aa  140  1.9999999999999998e-32  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.771185  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1609  rhomboid family protein  39.06 
 
 		 220 aa  139  3e-32  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0276  Rhomboid family protein  44.5 
 
 		 220 aa  137  1e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.285023  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1772  hypothetical protein  41.95 
 
 		 238 aa  129  2.0000000000000002e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.884699 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1130  integral membrane protein  40.62 
 
 		 196 aa  124  6e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.283045  normal  0.0126937 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2907  Rhomboid family protein  38.25 
 
 		 273 aa  118  4.9999999999999996e-26  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2536  Rhomboid family protein  38.17 
 
 		 273 aa  117  9.999999999999999e-26  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.237379  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2277  Rhomboid family protein  37.16 
 
 		 283 aa  115  3e-25  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2124  hypothetical protein  36.61 
 
 		 273 aa  111  6e-24  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0043  hypothetical protein  37.7 
 
 		 264 aa  111  7.000000000000001e-24  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0498442  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2516  Rhomboid family protein  36.9 
 
 		 276 aa  110  2.0000000000000002e-23  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.258607  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2735  rhomboid family protein  35.52 
 
 		 278 aa  108  5e-23  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.77359  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2146  Rhomboid family protein  28.05 
 
 		 258 aa  104  1e-21  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.000095331  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07075  rhomboid family protein  25.82 
 
 		 247 aa  100  2e-20  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1155  rhomboid-like protein  46.4 
 
 		 155 aa  98.6  5e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1404  rhomboid family protein  38.42 
 
 		 238 aa  92.4  4e-18  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.334243 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0210  rhomboid family protein  26.83 
 
 		 249 aa  91.7  7e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0482  Rhomboid family protein  32.6 
 
 		 241 aa  91.3  9e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6097  Rhomboid family protein  37.58 
 
 		 252 aa  89.4  3e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0830001 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4665  rhomboid-like protein  34.57 
 
 		 285 aa  86.3  3e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.545556 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1658  rhomboid family protein  34.69 
 
 		 444 aa  85.9  3e-16  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.598011  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0124  rhomboid family protein  36.88 
 
 		 209 aa  85.5  5e-16  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3810  Rhomboid family protein  42.06 
 
 		 261 aa  84  0.000000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.450903  normal  0.184474 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0742  Rhomboid family protein  38.62 
 
 		 260 aa  84  0.000000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2531  rhomboid family protein  36.55 
 
 		 263 aa  84.3  0.000000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.751924 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1000  rhomboid family protein  38.89 
 
 		 247 aa  84  0.000000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0762405 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2049  uncharacterized membrane protein  31.55 
 
 		 222 aa  83.6  0.000000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0568  rhomboid family protein  30 
 
 		 249 aa  83.2  0.000000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1300  Rhomboid family protein  34 
 
 		 239 aa  82.8  0.000000000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3853  Rhomboid family protein  38.03 
 
 		 261 aa  82.8  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.629137 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2900  rhomboid family protein  34.34 
 
 		 215 aa  82.4  0.000000000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.28632  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0787  Rhomboid family protein  32.71 
 
 		 291 aa  82.4  0.000000000000004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.565548  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5568  Rhomboid family protein  46.34 
 
 		 259 aa  82.4  0.000000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2942  rhomboid family protein  33.98 
 
 		 231 aa  82  0.000000000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00611341 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3560  Rhomboid family protein  35.92 
 
 		 265 aa  81.6  0.000000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.27249 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0686  rhomboid family protein  28.86 
 
 		 231 aa  81.3  0.000000000000009  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0078809 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2304  Rhomboid family protein  41.54 
 
 		 203 aa  80.9  0.00000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0147214  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0892  Rhomboid family protein  32.6 
 
 		 211 aa  80.5  0.00000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.736144  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2337  rhomboid family protein  33.51 
 
 		 238 aa  80.9  0.00000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.218198  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3255  rhomboid-like protein  31.19 
 
 		 284 aa  80.1  0.00000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.709043  normal  0.549561 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1579  rhomboid family protein  33.93 
 
 		 252 aa  80.1  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.279558  hitchhiker  0.00570549 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1526  Rhomboid family protein  28.19 
 
 		 221 aa  80.5  0.00000000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0267  rhomboid family protein  29.74 
 
 		 231 aa  79.3  0.00000000000003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.0342264 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0400  Rhomboid family protein  29.63 
 
 		 211 aa  79.3  0.00000000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1730  rhomboid family protein  29.26 
 
 		 222 aa  79  0.00000000000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0105821  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4502  rhomboid family protein  36.49 
 
 		 212 aa  78.2  0.00000000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0228  Rhomboid family protein  31.71 
 
 		 237 aa  77.8  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.844894  normal  0.611688 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3096  rhomboid family protein  32.65 
 
 		 231 aa  77.4  0.0000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.654608 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3032  rhomboid-like protein  33.97 
 
 		 237 aa  77.4  0.0000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.646386  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0827  rhomboid family protein  37.25 
 
 		 264 aa  76.3  0.0000000000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.215194 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2616  rhomboid family protein  33.93 
 
 		 253 aa  75.5  0.0000000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0326  Rhomboid family protein  30.15 
 
 		 218 aa  75.5  0.0000000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13218  hypothetical protein  33.33 
 
 		 216 aa  75.1  0.0000000000006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0058  rhomboid family protein  33.16 
 
 		 286 aa  75.1  0.0000000000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1015  Rhomboid family protein  34.16 
 
 		 246 aa  75.1  0.0000000000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0851  rhomboid family protein  28.64 
 
 		 241 aa  74.7  0.0000000000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1012  Rhomboid family protein  34.16 
 
 		 246 aa  75.1  0.0000000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.555953  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1249  rhomboid family protein  30.46 
 
 		 231 aa  74.7  0.0000000000008  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0954  rhomboid-like protein  33.54 
 
 		 246 aa  73.9  0.000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.762846  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2108  rhomboid-like protein  32.5 
 
 		 239 aa  72.8  0.000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.813228  normal  0.21449 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4331  rhomboid family protein  32.2 
 
 		 232 aa  73.2  0.000000000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1066  rhomboid-like protein  34.64 
 
 		 225 aa  72.4  0.000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206905  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1151  rhomboid-like protein  31.76 
 
 		 240 aa  72.4  0.000000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000385696  normal  0.159732 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6787  Rhomboid family protein  33.82 
 
 		 280 aa  72.4  0.000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.132625 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1885  rhomboid family protein  31.93 
 
 		 246 aa  72  0.000000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0593974  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2204  rhomboid-like protein  31.47 
 
 		 251 aa  72  0.000000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.138216  normal  0.88573 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0199  rhomboid family protein  31 
 
 		 232 aa  71.6  0.000000000007  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.0957331  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0287  hypothetical protein  34.33 
 
 		 279 aa  71.6  0.000000000007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.742971  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1657  rhomboid family protein  29.57 
 
 		 222 aa  71.6  0.000000000007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.000000000107341  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1050  Rhomboid family protein  32.76 
 
 		 220 aa  71.2  0.000000000009  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4278  Rhomboid family protein  31.06 
 
 		 234 aa  70.9  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3565  rhomboid-like protein  31.93 
 
 		 252 aa  70.5  0.00000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0999  Rhomboid family protein  32.74 
 
 		 247 aa  70.9  0.00000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.46711  normal  0.0183621 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1970  rhomboid family protein  31.55 
 
 		 246 aa  70.5  0.00000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2167  hypothetical protein  38.78 
 
 		 246 aa  70.5  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.391793  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1446  rhomboid family protein  27.49 
 
 		 248 aa  70.1  0.00000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.154997  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3495  rhomboid family protein  36.46 
 
 		 297 aa  70.5  0.00000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.335831 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2160  rhomboid family protein  34.67 
 
 		 243 aa  69.7  0.00000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.251589  normal  0.196437 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2325  rhomboid family protein  37.41 
 
 		 246 aa  70.1  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.555664  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0736  hypothetical protein  29.95 
 
 		 362 aa  69.7  0.00000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0953  Rhomboid family protein  31.12 
 
 		 218 aa  69.7  0.00000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00030487  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>