More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_1809 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_1809  shikimate dehydrogenase  100 
 
 		 280 aa  556  1e-157  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1109  shikimate 5-dehydrogenase  75.9 
 
 		 285 aa  422  1e-117  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2977  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  73.65 
 
 		 279 aa  410  1e-113  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.188578  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4803  shikimate 5-dehydrogenase  73.45 
 
 		 278 aa  409  1e-113  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.742777  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1302  shikimate 5-dehydrogenase  72.86 
 
 		 280 aa  392  1e-108  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.516899 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3919  shikimate 5-dehydrogenase  73.23 
 
 		 283 aa  394  1e-108  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4117  shikimate 5-dehydrogenase  72.59 
 
 		 277 aa  379  1e-104  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.363839  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  56.13 
 
 		 284 aa  290  2e-77  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2537  shikimate 5-dehydrogenase  57.5 
 
 		 280 aa  288  1e-76  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1989  shikimate 5-dehydrogenase  54.15 
 
 		 289 aa  286  2e-76  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2069  shikimate 5-dehydrogenase  53.79 
 
 		 284 aa  284  9e-76  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0851  shikimate 5-dehydrogenase  53.28 
 
 		 292 aa  281  8.000000000000001e-75  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0004  shikimate 5-dehydrogenase  53.65 
 
 		 286 aa  278  7e-74  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1829  shikimate 5-dehydrogenase  52.94 
 
 		 282 aa  274  9e-73  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.037769 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3937  shikimate 5-dehydrogenase  51.1 
 
 		 285 aa  272  4.0000000000000004e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.538125  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4263  shikimate 5-dehydrogenase  52.21 
 
 		 285 aa  270  2e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.43866  normal  0.585644 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3211  shikimate 5-dehydrogenase  51.29 
 
 		 286 aa  269  2.9999999999999997e-71  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3480  shikimate 5-dehydrogenase  52.79 
 
 		 279 aa  265  8.999999999999999e-70  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1489  shikimate 5-dehydrogenase  56.73 
 
 		 278 aa  246  2e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.06753 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1275  shikimate 5-dehydrogenase  51.71 
 
 		 290 aa  242  5e-63  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  52.08 
 
 		 278 aa  237  2e-61  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1767  shikimate 5-dehydrogenase  54.78 
 
 		 288 aa  235  5.0000000000000005e-61  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.393552  normal  0.147032 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4285  shikimate 5-dehydrogenase  57.19 
 
 		 282 aa  234  9e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0105341 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  48.11 
 
 		 276 aa  233  3e-60  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1489  shikimate 5-dehydrogenase  53.31 
 
 		 278 aa  232  7.000000000000001e-60  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.130432  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0196  shikimate 5-dehydrogenase  49.44 
 
 		 278 aa  228  1e-58  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1254  shikimate 5-dehydrogenase  51.09 
 
 		 278 aa  227  2e-58  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  47.84 
 
 		 279 aa  225  6e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  47.84 
 
 		 279 aa  225  6e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  47.58 
 
 		 279 aa  221  9e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0006  shikimate 5-dehydrogenase  43.48 
 
 		 291 aa  217  1e-55  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000629471  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1035  shikimate 5-dehydrogenase  54.61 
 
 		 287 aa  216  5e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.32318  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2813  shikimate 5-dehydrogenase  49.44 
 
 		 282 aa  213  3.9999999999999995e-54  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.668736 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3384  shikimate 5-dehydrogenase  48.55 
 
 		 292 aa  203  3e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.442523 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2761  shikimate 5-dehydrogenase  47.89 
 
 		 276 aa  191  1e-47  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3613  shikimate 5-dehydrogenase  46.4 
 
 		 283 aa  190  2.9999999999999997e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2840  shikimate 5-dehydrogenase  43.91 
 
 		 274 aa  180  2e-44  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0530402 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  36.09 
 
 		 284 aa  163  3e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2830  shikimate dehydrogenase  40.99 
 
 		 289 aa  163  3e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0523448 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2976  shikimate dehydrogenase  38.78 
 
 		 280 aa  162  4.0000000000000004e-39  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  40.14 
 
 		 279 aa  160  3e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2848  shikimate 5-dehydrogenase  42.52 
 
 		 301 aa  160  3e-38  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  34.07 
 
 		 279 aa  156  4e-37  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0182  shikimate 5-dehydrogenase  39.71 
 
 		 298 aa  154  1e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0361  shikimate 5-dehydrogenase  39.71 
 
 		 298 aa  154  1e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.746823 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  34.08 
 
 		 277 aa  154  2e-36  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  33.92 
 
 		 298 aa  153  2.9999999999999998e-36  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  34.44 
 
 		 289 aa  150  2e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  38.6 
 
 		 298 aa  149  7e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  35.11 
 
 		 289 aa  147  1.0000000000000001e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  31.25 
 
 		 278 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0088  shikimate 5-dehydrogenase  42.69 
 
 		 271 aa  147  2.0000000000000003e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5013  shikimate 5-dehydrogenase  39.36 
 
 		 285 aa  146  3e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  36.63 
 
 		 280 aa  145  7.0000000000000006e-34  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  37.99 
 
 		 286 aa  144  1e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  33.09 
 
 		 273 aa  143  3e-33  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  34.48 
 
 		 277 aa  143  4e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  31.88 
 
 		 280 aa  142  6e-33  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  40.57 
 
 		 297 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1962  shikimate 5-dehydrogenase  39.78 
 
 		 315 aa  140  1.9999999999999998e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  30.15 
 
 		 273 aa  140  3e-32  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  33.08 
 
 		 277 aa  139  3.9999999999999997e-32  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  35.71 
 
 		 283 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  38.01 
 
 		 290 aa  139  4.999999999999999e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  34.63 
 
 		 275 aa  139  6e-32  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2187  shikimate 5-dehydrogenase  33.57 
 
 		 301 aa  139  7e-32  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.134368 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  33.46 
 
 		 277 aa  139  7.999999999999999e-32  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  33.08 
 
 		 277 aa  138  8.999999999999999e-32  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1819  shikimate 5-dehydrogenase  43.14 
 
 		 271 aa  137  2e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.302994  normal  0.244145 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1889  shikimate 5-dehydrogenase  35.36 
 
 		 288 aa  137  2e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  33.85 
 
 		 277 aa  137  2e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  36.8 
 
 		 276 aa  136  3.0000000000000003e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  33.08 
 
 		 277 aa  136  4e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  31.52 
 
 		 279 aa  136  4e-31  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  32.6 
 
 		 308 aa  136  4e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  33.08 
 
 		 277 aa  136  4e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  33.08 
 
 		 277 aa  135  5e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  33.08 
 
 		 277 aa  135  7.000000000000001e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0115  shikimate dehydrogenase  37.98 
 
 		 290 aa  135  9.999999999999999e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  31.25 
 
 		 269 aa  134  1.9999999999999998e-30  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3037  shikimate 5-dehydrogenase  42.58 
 
 		 265 aa  134  1.9999999999999998e-30  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.314744  normal  0.137134 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  32.71 
 
 		 288 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2359  shikimate 5-dehydrogenase  37.41 
 
 		 277 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_19151  shikimate 5-dehydrogenase  33.82 
 
 		 286 aa  133  3e-30  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  30.63 
 
 		 280 aa  133  3e-30  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  37.64 
 
 		 290 aa  133  3e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2504  shikimate dehydrogenase  35.61 
 
 		 265 aa  133  3.9999999999999996e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  33.83 
 
 		 289 aa  132  3.9999999999999996e-30  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  32.97 
 
 		 285 aa  133  3.9999999999999996e-30  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  31.72 
 
 		 290 aa  132  9e-30  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2226  shikimate 5-dehydrogenase  40.61 
 
 		 269 aa  131  1.0000000000000001e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.584439  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  34.63 
 
 		 288 aa  130  2.0000000000000002e-29  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1271  shikimate 5-dehydrogenase  40.86 
 
 		 360 aa  130  2.0000000000000002e-29  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.945829  normal  0.49023 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2724  shikimate 5-dehydrogenase  40.39 
 
 		 270 aa  130  3e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0693  shikimate 5-dehydrogenase  33.46 
 
 		 271 aa  130  3e-29  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0110194  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  31.85 
 
 		 277 aa  129  4.0000000000000003e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18961  shikimate 5-dehydrogenase  31.64 
 
 		 286 aa  129  6e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0030  shikimate 5-dehydrogenase  34.43 
 
 		 275 aa  128  8.000000000000001e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1392  shikimate dehydrogenase  38.77 
 
 		 286 aa  128  9.000000000000001e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.975798 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  30.48 
 
 		 298 aa  128  1.0000000000000001e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>