More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_9103 on replicon NC_011984
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011368  Rleg2_5393  GAF sensor hybrid histidine kinase  39.89 
 
 		 2099 aa  657    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0480029  normal  0.0859175 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1961  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.88 
 
 		 1713 aa  677    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.280335  normal  0.123564 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3761  multi-sensor hybrid histidine kinase  47.16 
 
 		 1155 aa  993    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.358181  normal  0.485688 
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4784  multi-sensor hybrid histidine kinase  60.04 
 
 		 1141 aa  1357    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1035  GAF sensor hybrid histidine kinase  40.21 
 
 		 1201 aa  652    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2712  sensor histidine kinase/response regulator  46.56 
 
 		 1170 aa  973    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.340753  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2445  response regulator receiver  46.08 
 
 		 1172 aa  979    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00053345 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2142  multi-sensor hybrid histidine kinase  46.78 
 
 		 1149 aa  982    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.694825  hitchhiker  0.00121197 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5109  GAF sensor hybrid histidine kinase  40.32 
 
 		 2099 aa  670    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0669819 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0587  ATP-binding region ATPase domain protein  36.99 
 
 		 1161 aa  714    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4696  GAF sensor hybrid histidine kinase  42.62 
 
 		 1917 aa  746    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.257042  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4779  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.63 
 
 		 1195 aa  724    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.133558  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2646  multi-sensor hybrid histidine kinase  47.95 
 
 		 1163 aa  1000    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.898724 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1648  histidine kinase  39.72 
 
 		 1374 aa  721    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.102759  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2642  GAF sensor hybrid histidine kinase  42.38 
 
 		 1216 aa  694    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.974276  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1671  histidine kinase  41.16 
 
 		 1937 aa  663    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4210  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.81 
 
 		 1165 aa  893    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.985282 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2076  GAF sensor hybrid histidine kinase  44.22 
 
 		 2107 aa  672    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3786  GAF sensor hybrid histidine kinase  43.35 
 
 		 1155 aa  808    Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5353  multi-sensor hybrid histidine kinase  57.6 
 
 		 1143 aa  1255    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.385348 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2587  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.83 
 
 		 1158 aa  910    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1216  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.72 
 
 		 1194 aa  888    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.469894 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5171  GAF sensor hybrid histidine kinase  40.49 
 
 		 1857 aa  645    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.472035  normal  0.0675906 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3831  GAF sensor hybrid histidine kinase  49.4 
 
 		 1177 aa  1016    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.195944  normal  0.0220401 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1942  multi-sensor hybrid histidine kinase  56.83 
 
 		 1038 aa  1085    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2080  sensor histidine kinase/response regulator fusion protein  37.67 
 
 		 1158 aa  753    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.264996 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0626  histidine kinase  48.29 
 
 		 1137 aa  964    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0022  GAF sensor hybrid histidine kinase  44.35 
 
 		 1356 aa  770    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1960  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.76 
 
 		 1680 aa  669    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.529564  normal  0.0344276 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9103  multi-sensor hybrid histidine kinase  100 
 
 		 1145 aa  2307    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5390  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.96 
 
 		 1195 aa  885    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.596605  hitchhiker  0.00757911 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4248  ATP-binding region ATPase domain protein  35.07 
 
 		 1196 aa  652    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5566  GAF sensor hybrid histidine kinase  36.26 
 
 		 1203 aa  681    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0247633 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1136  GAF sensor hybrid histidine kinase  41.18 
 
 		 1896 aa  671    Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.270239  normal  0.51439 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2002  multi-sensor hybrid histidine kinase  46.8 
 
 		 1155 aa  987    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00831305 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4316  sensor histidine kinase  42.08 
 
 		 1695 aa  658    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.946527 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1135  GAF sensor hybrid histidine kinase  36.42 
 
 		 1142 aa  649    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0522922  normal  0.044499 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0393  histidine kinase  37.66 
 
 		 1200 aa  724    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.564913 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2106  multi-sensor hybrid histidine kinase  47.07 
 
 		 1155 aa  974    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3210  GAF sensor hybrid histidine kinase  40.85 
 
 		 1936 aa  659    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.596339  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3719  sensor histidine kinase  41.84 
 
 		 1278 aa  728    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3996  multi-sensor hybrid histidine kinase  50.65 
 
 		 1159 aa  1050    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.374046  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1073  multi-sensor hybrid histidine kinase  45.05 
 
 		 1158 aa  887    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00830683  normal  0.406928 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0647  multi-sensor hybrid histidine kinase  48.06 
 
 		 1137 aa  968    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1737  multi-sensor hybrid histidine kinase  50 
 
 		 1037 aa  833    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.476029  normal  0.227269 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6353  GAF sensor hybrid histidine kinase  40.73 
 
 		 1839 aa  658    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1989  GAF sensor hybrid histidine kinase  41.45 
 
 		 1937 aa  663    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0169  multi-sensor hybrid histidine kinase  46.29 
 
 		 1168 aa  939    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3768  GAF sensor hybrid histidine kinase  40.26 
 
 		 1954 aa  691    Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6441  GAF sensor hybrid histidine kinase  41.11 
 
 		 1937 aa  634  1e-180  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1000  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.86 
 
 		 1161 aa  622  1e-176  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3354  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.82 
 
 		 1189 aa  621  1e-176  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.426502  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3768  GAF sensor hybrid histidine kinase  38.44 
 
 		 1964 aa  610  1e-173  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.370442 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1031  GAF sensor hybrid histidine kinase  36.55 
 
 		 1131 aa  597  1e-169  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.768055  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2257  GAF sensor hybrid histidine kinase  34.71 
 
 		 1162 aa  585  1.0000000000000001e-165  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3548  GAF sensor hybrid histidine kinase  37.23 
 
 		 1942 aa  577  1.0000000000000001e-163  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0325  GAF sensor hybrid histidine kinase  34.5 
 
 		 2037 aa  542  9.999999999999999e-153  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2473  GAF sensor hybrid histidine kinase  36.73 
 
 		 1792 aa  538  1e-151  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.443525 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5629  GAF sensor hybrid histidine kinase  35.93 
 
 		 2010 aa  524  1e-147  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.117507 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3493  GAF sensor hybrid histidine kinase  36.33 
 
 		 1782 aa  450  1e-125  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0298684  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0287  GAF sensor hybrid histidine kinase  30.87 
 
 		 1160 aa  451  1e-125  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2112  Cache sensor hybrid histidine kinase  32.68 
 
 		 1361 aa  435  1e-120  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0540  GAF sensor hybrid histidine kinase  35.77 
 
 		 1816 aa  430  1e-119  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.46685  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3648  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.36 
 
 		 1237 aa  429  1e-118  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.289797  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2644  GAF sensor hybrid histidine kinase  37.66 
 
 		 1303 aa  404  1e-111  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.229306  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0144  GAF sensor hybrid histidine kinase  36.38 
 
 		 1119 aa  377  1e-103  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5091  GAF sensor hybrid histidine kinase  36.99 
 
 		 1479 aa  367  1e-100  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.493325  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0185  GAF sensor hybrid histidine kinase  35.4 
 
 		 1214 aa  367  1e-100  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.467777  normal  0.706209 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1267  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  36.62 
 
 		 916 aa  369  1e-100  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4122  GAF sensor hybrid histidine kinase  35.25 
 
 		 1853 aa  366  2e-99  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4276  GAF sensor hybrid histidine kinase  35.55 
 
 		 1847 aa  364  6e-99  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2495  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  32.29 
 
 		 1362 aa  363  9e-99  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0286  GAF sensor hybrid histidine kinase  34.81 
 
 		 1406 aa  363  1e-98  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4253  GAF sensor hybrid histidine kinase  35.4 
 
 		 1843 aa  362  3e-98  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1722  histidine kinase  31.32 
 
 		 1361 aa  360  7e-98  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.169999 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2180  GAF sensor hybrid histidine kinase  35.65 
 
 		 922 aa  360  9.999999999999999e-98  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.238731  normal  0.0123004 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0401  sensor histidine kinase/response regulator  35.15 
 
 		 1392 aa  358  1.9999999999999998e-97  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4266  sensor histidine kinase/response regulator  28.85 
 
 		 896 aa  355  2e-96  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000252034 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0907  GAF sensor hybrid histidine kinase  34.34 
 
 		 896 aa  355  2.9999999999999997e-96  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1037  sensor histidine kinase/response regulator  34.19 
 
 		 896 aa  352  3e-95  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4523  GAF sensor hybrid histidine kinase  35.62 
 
 		 1179 aa  352  3e-95  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.522992  decreased coverage  0.00180703 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1163  sensor histidine kinase/response regulator  34.19 
 
 		 896 aa  349  2e-94  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0917  sensor histidine kinase  33.93 
 
 		 896 aa  348  3e-94  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1072  sensor histidine kinase/response regulator  34.04 
 
 		 896 aa  347  5e-94  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.88167e-43 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1090  sensor histidine kinase/response regulator  33.74 
 
 		 896 aa  347  7e-94  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.358618  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0900  sensor histidine kinase  33.89 
 
 		 896 aa  347  8e-94  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6993  GAF sensor hybrid histidine kinase  34 
 
 		 1159 aa  346  2e-93  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.922616  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0932  sensor histidine kinase/response regulator  33.48 
 
 		 896 aa  344  4e-93  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0996  sensor histidine kinase/response regulator  33.48 
 
 		 896 aa  344  4e-93  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4103  ATPase domain-containing protein  36.05 
 
 		 1179 aa  340  7e-92  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.972573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2145  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.88 
 
 		 1271 aa  338  1.9999999999999998e-91  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.152151  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1053  GAF sensor hybrid histidine kinase  34.27 
 
 		 1458 aa  336  2e-90  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3328  GAF sensor hybrid histidine kinase  34.68 
 
 		 1482 aa  333  8e-90  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3009  GAF sensor hybrid histidine kinase  34.08 
 
 		 920 aa  332  2e-89  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.59521  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0666  GAF sensor hybrid histidine kinase  38.46 
 
 		 1400 aa  330  1.0000000000000001e-88  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.982341 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1555  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.73 
 
 		 1172 aa  326  2e-87  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.0698206 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4049  GAF sensor hybrid histidine kinase  38.4 
 
 		 1406 aa  322  1.9999999999999998e-86  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4117  GAF sensor hybrid histidine kinase  40.44 
 
 		 1588 aa  322  1.9999999999999998e-86  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0887298  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1943  GAF sensor hybrid histidine kinase  32.28 
 
 		 1468 aa  312  2e-83  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5202  GAF sensor hybrid histidine kinase  39.17 
 
 		 1478 aa  312  2e-83  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0874625 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>