More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_0393 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013216  Dtox_3786  GAF sensor hybrid histidine kinase  41.37 
 
 
1155 aa  771    Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2002  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.45 
 
 
1155 aa  723    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00831305 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0022  GAF sensor hybrid histidine kinase  39.94 
 
 
1356 aa  694    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3761  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.45 
 
 
1155 aa  724    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.358181  normal  0.485688 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2712  sensor histidine kinase/response regulator  37.95 
 
 
1170 aa  752    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.340753  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5566  GAF sensor hybrid histidine kinase  53.23 
 
 
1203 aa  1224    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0247633 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1961  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.6 
 
 
1713 aa  671    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.280335  normal  0.123564 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2445  response regulator receiver  37.91 
 
 
1172 aa  742    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00053345 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2076  GAF sensor hybrid histidine kinase  40.88 
 
 
2107 aa  729    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1135  GAF sensor hybrid histidine kinase  36.47 
 
 
1142 aa  657    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0522922  normal  0.044499 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1960  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.08 
 
 
1680 aa  655    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.529564  normal  0.0344276 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3831  GAF sensor hybrid histidine kinase  36.54 
 
 
1177 aa  715    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.195944  normal  0.0220401 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1035  GAF sensor hybrid histidine kinase  67.69 
 
 
1201 aa  1618    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4696  GAF sensor hybrid histidine kinase  40.98 
 
 
1917 aa  764    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.257042  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4779  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.11 
 
 
1195 aa  810    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.133558  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1671  histidine kinase  39.17 
 
 
1937 aa  680    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2646  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.16 
 
 
1163 aa  749    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.898724 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4248  ATP-binding region ATPase domain protein  51.85 
 
 
1196 aa  1176    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2642  GAF sensor hybrid histidine kinase  41.54 
 
 
1216 aa  704    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.974276  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1031  GAF sensor hybrid histidine kinase  40.6 
 
 
1131 aa  680    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.768055  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3354  multi-sensor hybrid histidine kinase  52.54 
 
 
1189 aa  1180    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.426502  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2587  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.02 
 
 
1158 aa  713    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1216  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.5 
 
 
1194 aa  687    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.469894 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6353  GAF sensor hybrid histidine kinase  38.39 
 
 
1839 aa  653    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4210  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.25 
 
 
1165 aa  696    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.985282 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3768  GAF sensor hybrid histidine kinase  39.04 
 
 
1954 aa  719    Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1942  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.79 
 
 
1038 aa  711    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2080  sensor histidine kinase/response regulator fusion protein  42.62 
 
 
1158 aa  744    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.264996 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3210  GAF sensor hybrid histidine kinase  38.94 
 
 
1936 aa  677    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.596339  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1989  GAF sensor hybrid histidine kinase  39.24 
 
 
1937 aa  680    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0626  histidine kinase  40.04 
 
 
1137 aa  716    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9103  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.53 
 
 
1145 aa  730    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4316  sensor histidine kinase  39.14 
 
 
1695 aa  663    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.946527 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0325  GAF sensor hybrid histidine kinase  37.81 
 
 
2037 aa  646    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1648  histidine kinase  39.09 
 
 
1374 aa  705    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.102759  normal 
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4784  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.99 
 
 
1141 aa  715    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5353  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.77 
 
 
1143 aa  701    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.385348 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2142  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.12 
 
 
1149 aa  722    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.694825  hitchhiker  0.00121197 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0393  histidine kinase  100 
 
 
1200 aa  2452    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.564913 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5109  GAF sensor hybrid histidine kinase  39.82 
 
 
2099 aa  676    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0669819 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5390  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.87 
 
 
1195 aa  685    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.596605  hitchhiker  0.00757911 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0169  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.2 
 
 
1168 aa  715    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6441  GAF sensor hybrid histidine kinase  39.61 
 
 
1937 aa  690    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5393  GAF sensor hybrid histidine kinase  39.9 
 
 
2099 aa  667    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0480029  normal  0.0859175 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5171  GAF sensor hybrid histidine kinase  37.74 
 
 
1857 aa  638    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.472035  normal  0.0675906 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3768  GAF sensor hybrid histidine kinase  39.61 
 
 
1964 aa  664    Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.370442 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0587  ATP-binding region ATPase domain protein  38.17 
 
 
1161 aa  746    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3719  sensor histidine kinase  33.85 
 
 
1278 aa  672    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1136  GAF sensor hybrid histidine kinase  40.78 
 
 
1896 aa  702    Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.270239  normal  0.51439 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3996  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.13 
 
 
1159 aa  717    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.374046  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1073  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.5 
 
 
1158 aa  648    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00830683  normal  0.406928 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2106  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.13 
 
 
1155 aa  735    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0647  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.04 
 
 
1137 aa  716    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2257  GAF sensor hybrid histidine kinase  34.67 
 
 
1162 aa  630  1e-179  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3548  GAF sensor hybrid histidine kinase  38.46 
 
 
1942 aa  625  1e-177  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1737  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.17 
 
 
1037 aa  619  1e-176  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.476029  normal  0.227269 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1000  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.15 
 
 
1161 aa  600  1e-170  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2473  GAF sensor hybrid histidine kinase  36.95 
 
 
1792 aa  581  1e-164  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.443525 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5629  GAF sensor hybrid histidine kinase  35.85 
 
 
2010 aa  567  1e-160  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.117507 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0287  GAF sensor hybrid histidine kinase  32.5 
 
 
1160 aa  486  1e-135  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0540  GAF sensor hybrid histidine kinase  34.53 
 
 
1816 aa  456  1.0000000000000001e-126  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.46685  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3493  GAF sensor hybrid histidine kinase  33.86 
 
 
1782 aa  444  1e-123  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0298684  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2112  Cache sensor hybrid histidine kinase  31.33 
 
 
1361 aa  443  9.999999999999999e-123  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3648  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.37 
 
 
1237 aa  428  1e-118  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.289797  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1090  sensor histidine kinase/response regulator  30.98 
 
 
896 aa  424  1e-117  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.358618  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0900  sensor histidine kinase  31.12 
 
 
896 aa  421  1e-116  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1163  sensor histidine kinase/response regulator  30.98 
 
 
896 aa  419  9.999999999999999e-116  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0932  sensor histidine kinase/response regulator  30.59 
 
 
896 aa  414  1e-114  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0917  sensor histidine kinase  30.74 
 
 
896 aa  416  1e-114  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0996  sensor histidine kinase/response regulator  30.59 
 
 
896 aa  414  1e-114  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4266  sensor histidine kinase/response regulator  30.74 
 
 
896 aa  413  1e-114  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000252034 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1072  sensor histidine kinase/response regulator  30.7 
 
 
896 aa  413  1e-113  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.88167e-43 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2644  GAF sensor hybrid histidine kinase  34.14 
 
 
1303 aa  410  1e-113  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.229306  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2180  GAF sensor hybrid histidine kinase  37.03 
 
 
922 aa  407  1.0000000000000001e-112  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.238731  normal  0.0123004 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1037  sensor histidine kinase/response regulator  30.56 
 
 
896 aa  409  1.0000000000000001e-112  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0666  GAF sensor hybrid histidine kinase  41.31 
 
 
1400 aa  395  1e-108  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.982341 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6993  GAF sensor hybrid histidine kinase  34.5 
 
 
1159 aa  394  1e-108  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.922616  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0401  sensor histidine kinase/response regulator  34.42 
 
 
1392 aa  392  1e-107  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0185  GAF sensor hybrid histidine kinase  34.21 
 
 
1214 aa  390  1e-107  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.467777  normal  0.706209 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0286  GAF sensor hybrid histidine kinase  33.8 
 
 
1406 aa  389  1e-106  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0907  GAF sensor hybrid histidine kinase  34.41 
 
 
896 aa  390  1e-106  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4049  GAF sensor hybrid histidine kinase  40.85 
 
 
1406 aa  389  1e-106  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0144  GAF sensor hybrid histidine kinase  33.79 
 
 
1119 aa  387  1e-106  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1943  GAF sensor hybrid histidine kinase  33.69 
 
 
1468 aa  385  1e-105  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1267  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  35.41 
 
 
916 aa  379  1e-103  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4276  GAF sensor hybrid histidine kinase  36.12 
 
 
1847 aa  372  1e-101  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4253  GAF sensor hybrid histidine kinase  36.26 
 
 
1843 aa  373  1e-101  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1053  GAF sensor hybrid histidine kinase  34.49 
 
 
1458 aa  369  1e-100  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4122  GAF sensor hybrid histidine kinase  35.68 
 
 
1853 aa  369  1e-100  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3009  GAF sensor hybrid histidine kinase  35.88 
 
 
920 aa  367  1e-100  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.59521  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1722  histidine kinase  30.19 
 
 
1361 aa  368  1e-100  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.169999 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1555  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.63 
 
 
1172 aa  360  8e-98  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.0698206 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2145  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 
1271 aa  358  3.9999999999999996e-97  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.152151  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4523  GAF sensor hybrid histidine kinase  35.05 
 
 
1179 aa  357  5e-97  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.522992  decreased coverage  0.00180703 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4117  GAF sensor hybrid histidine kinase  39.02 
 
 
1588 aa  355  2e-96  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0887298  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2495  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  29.25 
 
 
1362 aa  356  2e-96  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3328  GAF sensor hybrid histidine kinase  30.66 
 
 
1482 aa  355  4e-96  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5091  GAF sensor hybrid histidine kinase  32.86 
 
 
1479 aa  340  9.999999999999999e-92  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.493325  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5202  GAF sensor hybrid histidine kinase  37.15 
 
 
1478 aa  332  2e-89  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.0874625 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4103  ATPase domain-containing protein  34.99 
 
 
1179 aa  331  5.0000000000000004e-89  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.972573  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>