More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Acry_0066 on replicon NC_009484
Organism: Acidiphilium cryptum JF-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009484  Acry_0066  D-alanine--D-alanine ligase  100 
 
 		 301 aa  606  9.999999999999999e-173  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3167  D-alanine--D-alanine ligase  63.02 
 
 		 315 aa  374  1e-102  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0697  D-alanine--D-alanine ligase  58.55 
 
 		 307 aa  343  2e-93  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.389866 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2111  D-alanine--D-alanine ligase  58.53 
 
 		 307 aa  342  5e-93  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0787  D-alanine--D-alanine ligase  58.53 
 
 		 307 aa  342  5e-93  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.722961  normal  0.289278 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4490  D-alanine--D-alanine ligase  59 
 
 		 311 aa  340  2e-92  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2074  D-alanine--D-alanine ligase  57.76 
 
 		 304 aa  322  5e-87  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.1873 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2887  D-alanine--D-alanine ligase  55 
 
 		 300 aa  321  9.999999999999999e-87  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.130361  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0947  D-alanine--D-alanine ligase  55.67 
 
 		 302 aa  319  3.9999999999999996e-86  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0325942  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2004  D-alanine--D-alanine ligase  53.11 
 
 		 308 aa  317  2e-85  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2589  D-alanine--D-alanine ligase  52.79 
 
 		 308 aa  314  9.999999999999999e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2077  D-alanine--D-alanine ligase  52.79 
 
 		 308 aa  313  2.9999999999999996e-84  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.335568  hitchhiker  0.00112188 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0686  D-alanine--D-alanine ligase  52.29 
 
 		 306 aa  313  2.9999999999999996e-84  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.280639  decreased coverage  0.000224556 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2848  D-alanine--D-alanine ligase  52.46 
 
 		 308 aa  311  7.999999999999999e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.67822  normal  0.0145718 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2419  D-alanine--D-alanine ligase  54.52 
 
 		 308 aa  310  1e-83  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.000977775  normal  0.223955 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2424  D-alanine--D-alanine ligase  55.59 
 
 		 308 aa  310  2e-83  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.060178  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2353  D-alanine--D-alanine ligase  53.95 
 
 		 307 aa  306  4.0000000000000004e-82  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.452645 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3660  D-alanine--D-alanine ligase  54.75 
 
 		 322 aa  303  3.0000000000000004e-81  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.345164 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7439  D-alanine--D-alanine ligase  54.93 
 
 		 307 aa  300  2e-80  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0178341  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0695  D-alanine--D-alanine ligase  52.46 
 
 		 307 aa  293  2e-78  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.686209  normal  0.293576 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3130  D-alanine--D-alanine ligase  51.97 
 
 		 307 aa  292  4e-78  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.330245 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3492  D-alanine--D-alanine ligase  52.46 
 
 		 307 aa  291  8e-78  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2753  D-alanine--D-alanine ligase  50 
 
 		 316 aa  291  1e-77  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1878  D-alanine--D-alanine ligase  52.82 
 
 		 308 aa  291  1e-77  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.063714 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3173  D-alanine--D-alanine ligase  52.3 
 
 		 307 aa  291  1e-77  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0466065  normal  0.598076 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2946  D-alanine--D-alanine ligase  51.97 
 
 		 307 aa  289  4e-77  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.187089 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1747  D-alanine--D-alanine ligase  51.15 
 
 		 308 aa  284  1.0000000000000001e-75  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0325  D-alanine--D-alanine ligase  52.15 
 
 		 306 aa  283  3.0000000000000004e-75  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0370314  normal  0.477403 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3943  D-alanine--D-alanine ligase  50.33 
 
 		 312 aa  280  2e-74  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1136  D-alanine--D-alanine ligase  49.34 
 
 		 313 aa  278  1e-73  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3301  D-alanine--D-alanine ligase  50.83 
 
 		 308 aa  276  2e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1428  D-alanine--D-alanine ligase  51.15 
 
 		 308 aa  267  2e-70  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.631762  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1385  D-alanine--D-alanine ligase  50.82 
 
 		 308 aa  266  2.9999999999999995e-70  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1204  D-alanine--D-alanine ligase  50.17 
 
 		 301 aa  260  2e-68  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2406  D-alanine--D-alanine ligase  49.83 
 
 		 301 aa  259  4e-68  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.392221 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0944  D-alanine--D-alanine ligase  47.19 
 
 		 306 aa  254  1.0000000000000001e-66  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000259534  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0494  D-alanine--D-alanine ligase  47.02 
 
 		 305 aa  242  6e-63  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.922593  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3887  D-alanine--D-alanine ligase  48.85 
 
 		 308 aa  241  9e-63  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0809283  normal  0.435651 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0511  D-alanine/D-alanine ligase  46.03 
 
 		 305 aa  240  2e-62  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3066  D-alanine--D-alanine ligase  44.88 
 
 		 316 aa  228  7e-59  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3830  D-alanine--D-alanine ligase  45.39 
 
 		 308 aa  228  1e-58  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0897  D-alanine-D-alanine ligase A  44.72 
 
 		 346 aa  227  2e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.121426  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3914  D-alanine--D-alanine ligase  45.07 
 
 		 308 aa  226  5.0000000000000005e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.536039  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09600  D-alanine-D-alanine ligase A  44.72 
 
 		 346 aa  225  7e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0095  D-alanine--D-alanine ligase  38.87 
 
 		 315 aa  224  2e-57  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.798262  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3971  D-alanine--D-alanine ligase  43.75 
 
 		 310 aa  222  6e-57  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0667  D-alanine/D-alanine ligase  42.72 
 
 		 313 aa  219  3e-56  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.621467  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0415  D-alanine--D-alanine ligase  44.41 
 
 		 627 aa  219  5e-56  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28460  D-alanine--D-alanine ligase  44.52 
 
 		 317 aa  219  6e-56  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.289482  hitchhiker  0.00300353 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2199  D-alanine--D-alanine ligase  39.67 
 
 		 305 aa  214  9.999999999999999e-55  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.171774  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3774  D-alanine--D-alanine ligase  44.87 
 
 		 308 aa  214  9.999999999999999e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1240  D-alanine--D-alanine ligase  42.95 
 
 		 306 aa  213  1.9999999999999998e-54  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4102  D-alanine--D-alanine ligase  43.75 
 
 		 311 aa  210  2e-53  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.422713 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3286  D-alanine--D-alanine ligase  44.03 
 
 		 310 aa  210  2e-53  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3455  D-alanine/D-alanine ligase  41.69 
 
 		 336 aa  209  5e-53  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0409597  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1426  D-alanine--D-alanine ligase  43.28 
 
 		 313 aa  209  6e-53  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0952  D-alanine/D-alanine ligase  37.87 
 
 		 311 aa  209  6e-53  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1108  D-alanine--D-alanine ligase  40.97 
 
 		 308 aa  205  6e-52  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1360  D-alanine/D-alanine ligase  41.56 
 
 		 319 aa  203  3e-51  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0360  D-alanine--D-alanine ligase  39.53 
 
 		 308 aa  202  6e-51  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4160  D-alanine/D-alanine ligase  42.24 
 
 		 333 aa  202  7e-51  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.190227  normal  0.261244 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1140  D-alanine--D-alanine ligase  42.21 
 
 		 309 aa  201  9.999999999999999e-51  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000909084  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0661  D-alanine/D-alanine ligase  39.67 
 
 		 311 aa  201  9.999999999999999e-51  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3114  D-alanine/D-alanine ligase  41.72 
 
 		 307 aa  200  3e-50  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.188134  hitchhiker  0.0000000168198 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2148  D-alanine--D-alanine ligase  37.3 
 
 		 314 aa  198  1.0000000000000001e-49  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.628633  normal  0.0222251 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1796  D-alanine--D-alanine ligase  39.68 
 
 		 312 aa  197  1.0000000000000001e-49  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0360  D-alanine/D-alanine ligase  41 
 
 		 330 aa  197  1.0000000000000001e-49  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0665  D-alanyl-alanine synthetase A  39.34 
 
 		 303 aa  197  1.0000000000000001e-49  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000619225  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0689  D-alanyl-alanine synthetase A  39.34 
 
 		 303 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.00000234965  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3423  D-alanine--D-alanine ligase  40 
 
 		 346 aa  196  4.0000000000000005e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.206359  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2491  D-alanine--D-alanine ligase  40.88 
 
 		 306 aa  196  5.000000000000001e-49  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0604  D-alanine--D-alanine ligase  43.58 
 
 		 320 aa  195  9e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0122  D-alanine--D-alanine ligase  41.25 
 
 		 310 aa  194  1e-48  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.000652321  normal  0.029871 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6870  D-alanine--D-alanine ligase  38.65 
 
 		 342 aa  193  2e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2153  D-alanine--D-alanine ligase  42.01 
 
 		 333 aa  194  2e-48  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3590  D-alanine--D-alanine ligase  40.26 
 
 		 306 aa  193  3e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.224564  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1077  D-alanine--D-alanine ligase  40.58 
 
 		 338 aa  193  3e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0742794  normal  0.822876 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2198  D-alanine/D-alanine ligase  42.16 
 
 		 313 aa  193  3e-48  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0703567  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1155  D-alanine--D-alanine ligase  40.13 
 
 		 309 aa  192  7e-48  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.112058  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1149  D-alanine--D-alanine ligase  40.14 
 
 		 306 aa  192  8e-48  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.927057  normal  0.917542 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0420  D-alanine/D-alanine ligase  34.9 
 
 		 299 aa  191  1e-47  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000379989  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3425  D-alanine--D-alanine ligase  43.29 
 
 		 304 aa  191  1e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.346126  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0763  D-alanine--D-alanine ligase  40.33 
 
 		 306 aa  190  2e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00284913  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4671  D-alanine--D-alanine ligase  39.8 
 
 		 324 aa  191  2e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0129578  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_14120  D-alanine--D-alanine ligase  40.65 
 
 		 313 aa  191  2e-47  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2188  D-alanine--D-alanine ligase  43.21 
 
 		 314 aa  190  2e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.441149  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2450  D-alanine--D-alanine ligase  41.25 
 
 		 325 aa  191  2e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0817571  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4691  D-alanine--D-alanine ligase  40.06 
 
 		 323 aa  189  2.9999999999999997e-47  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00093  D-alanylalanine synthetase  38.64 
 
 		 306 aa  189  5e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.149308  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00092  hypothetical protein  38.64 
 
 		 306 aa  189  5e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.144888  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2266  D-alanine--D-alanine ligase  42.62 
 
 		 302 aa  189  5e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.297566  hitchhiker  0.00504643 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3087  D-alanine--D-alanine ligase  41.98 
 
 		 331 aa  188  1e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.807087  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3496  D-alanine--D-alanine ligase  42.47 
 
 		 301 aa  188  1e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.303259  normal  0.188396 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0084  D-alanine--D-alanine ligase  34.91 
 
 		 340 aa  187  1e-46  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3415  D-alanine--D-alanine ligase  40.39 
 
 		 325 aa  188  1e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0675936  normal  0.934291 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3508  D-alanine/D-alanine ligase  38.64 
 
 		 306 aa  187  2e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00134071  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0924  D-alanine--D-alanine ligase  41.38 
 
 		 313 aa  187  2e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.783773  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0100  D-alanine--D-alanine ligase  38.64 
 
 		 306 aa  187  2e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0814155  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0750  D-alanine--D-alanine ligase  39.1 
 
 		 310 aa  187  2e-46  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3778  D-alanine--D-alanine ligase  40.26 
 
 		 306 aa  187  2e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.078673  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>