180 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_3107 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010465  YPK_3107  integrase  100 
 
 		 151 aa  318  1.9999999999999998e-86  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0236409  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00841  integrase  46.48 
 
 		 356 aa  129  2.0000000000000002e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7388  putative integrase  35.34 
 
 		 432 aa  79.7  0.00000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0672  phage integrase  40.52 
 
 		 410 aa  76.6  0.0000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5206  phage integrase  30.77 
 
 		 451 aa  75.9  0.0000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.10612  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0792  integrase family protein  34.07 
 
 		 417 aa  75.5  0.0000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.637485 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3795  integrase family protein  33.85 
 
 		 413 aa  75.1  0.0000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.000111159  unclonable  0.000000215958 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3051  integrase family protein  52.31 
 
 		 413 aa  74.7  0.0000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0515706  normal  0.125119 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0317  phage integrase  35.34 
 
 		 404 aa  73.6  0.000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1761  integrase family protein  29.5 
 
 		 361 aa  70.9  0.000000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1061  phage integrase family protein  35.29 
 
 		 464 aa  67.8  0.00000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.69421  normal  0.669577 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1318  phage integrase  30.58 
 
 		 457 aa  64.3  0.0000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.398126  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0805  integrase family protein  29.52 
 
 		 433 aa  63.9  0.0000000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00339873 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001829  integrase  32.86 
 
 		 405 aa  63.2  0.000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.854488  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0927  phage integrase family protein  27.4 
 
 		 425 aa  61.6  0.000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000881827 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0368  phage integrase  30.7 
 
 		 469 aa  61.6  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2279  Phage integrase  28.67 
 
 		 414 aa  59.7  0.00000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0066545  normal  0.0551798 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2093  integrase family protein  29.17 
 
 		 400 aa  58.5  0.00000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0393  integrase family protein  29.79 
 
 		 403 aa  58.9  0.00000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000451154 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0064  Phage integrase  28.36 
 
 		 420 aa  58.2  0.00000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2211  phage integrase  29.73 
 
 		 423 aa  57.4  0.00000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.684899  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2501  phage integrase, putative  27.44 
 
 		 469 aa  57.4  0.00000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2119  integrative genetic element Gsu56, integrase  26.62 
 
 		 453 aa  56.2  0.0000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0813  integrase family protein  25 
 
 		 427 aa  56.6  0.0000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000471518 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1859  phage integrase family protein  29.86 
 
 		 427 aa  56.6  0.0000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0222826  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04051  site-specific recombinase, phage integrase family protein  30.53 
 
 		 415 aa  56.6  0.0000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0054  phage integrase family site specific recombinase  27.41 
 
 		 422 aa  55.1  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0306  phage integrase  25.5 
 
 		 417 aa  55.1  0.0000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2900  phage integrase  27.86 
 
 		 391 aa  55.1  0.0000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.211341  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2900  phage integrase family protein  28.26 
 
 		 432 aa  55.1  0.0000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1281  integrase family protein  28.15 
 
 		 410 aa  55.1  0.0000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.250481  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3935  site-specific recombinase, phage integrase family  26.57 
 
 		 420 aa  55.1  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.191126  decreased coverage  0.00000299734 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3779  phage integrase family protein  33.06 
 
 		 404 aa  54.3  0.0000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.794944 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6722  integrase family protein  28.12 
 
 		 413 aa  53.9  0.0000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3121  phage integrase family protein  25.93 
 
 		 449 aa  53.9  0.0000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3997  integrase family protein  27.41 
 
 		 419 aa  53.5  0.0000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2675  hypothetical protein  25.35 
 
 		 443 aa  53.1  0.000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4070  site-specific recombinase, phage integrase family  26.57 
 
 		 439 aa  53.5  0.000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2610  integrase family protein  24.14 
 
 		 411 aa  53.5  0.000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00155503 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1679  phage-related integrase  29.75 
 
 		 410 aa  52.4  0.000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0357  integrase family protein  27.39 
 
 		 389 aa  52.8  0.000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4162  integrase family protein  26.67 
 
 		 422 aa  51.6  0.000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.806899  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3823  phage-related integrase  28.47 
 
 		 403 aa  51.6  0.000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2362  integrase family protein  26.09 
 
 		 416 aa  51.2  0.000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.965631  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1655  phage integrase family protein  26.13 
 
 		 420 aa  51.2  0.000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0191595  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2709  putative prophage integrase  28.79 
 
 		 418 aa  50.8  0.000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.865285 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2015  phage integrase family site specific recombinase  24.65 
 
 		 390 aa  50.4  0.000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3683  phage integrase family protein  30.67 
 
 		 444 aa  50.4  0.000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2463  phage integrase family protein  27.01 
 
 		 414 aa  50.4  0.000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.384114  normal  0.0605266 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4935  putative phage-like integrase  28.79 
 
 		 434 aa  50.4  0.000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1601  phage integrase family protein  27.21 
 
 		 416 aa  50.4  0.000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.634793  normal  0.83663 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3306  Phage integrase  26.62 
 
 		 450 aa  49.7  0.00001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.889733  normal  0.962231 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4176  hypothetical protein  33.33 
 
 		 161 aa  50.1  0.00001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2626  phage integrase family protein  23.78 
 
 		 393 aa  50.1  0.00001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000269871  normal  0.0831358 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0388  phage integrase family site specific recombinase  32.48 
 
 		 429 aa  48.9  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1066  hypothetical protein  25.34 
 
 		 414 aa  49.3  0.00002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1721  phage integrase  27.27 
 
 		 413 aa  48.9  0.00002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.749059  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5642  Phage integrase  27.27 
 
 		 403 aa  49.3  0.00002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000734  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1902  integrase family protein  25.74 
 
 		 416 aa  49.3  0.00002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.41933  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0767  prophage integrase  26.81 
 
 		 413 aa  49.3  0.00002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.496617  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2460  integrase family protein  27.66 
 
 		 415 aa  49.3  0.00002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1262  integrase family protein  20.81 
 
 		 418 aa  48.5  0.00003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.528936  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1709  putative phage integrase  24.66 
 
 		 446 aa  48.5  0.00003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.558135  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0112  phage integrase family protein  29.5 
 
 		 413 aa  48.5  0.00003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.525516  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1571  site-specific recombinase, phage integrase family  24.26 
 
 		 409 aa  48.5  0.00003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0359454  decreased coverage  0.000000698249 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0234  phage integrase family protein  24.82 
 
 		 416 aa  47.8  0.00005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4605  phage integrase family protein  27.48 
 
 		 418 aa  47.8  0.00005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.801465  normal  0.0167588 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0065  hypothetical protein  29.91 
 
 		 417 aa  47.4  0.00006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3396  integrase family protein  26.17 
 
 		 414 aa  47.4  0.00007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.194125  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0747  Phage integrase  26.36 
 
 		 418 aa  47.4  0.00008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.236649  normal  0.444279 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1046  integrase family protein  25.78 
 
 		 410 aa  47  0.00009  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.000192278  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1088  hypothetical protein  24.83 
 
 		 414 aa  46.2  0.0001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0217  phage-related integrase  26.21 
 
 		 413 aa  46.2  0.0001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.838235  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1839  phage integrase family protein  26.19 
 
 		 414 aa  47  0.0001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1813  integrase family protein  24.81 
 
 		 285 aa  47  0.0001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.471749 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1028  Phage integrase  26 
 
 		 424 aa  45.8  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.214982  normal  0.0128497 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3261  phage integrase  25.45 
 
 		 417 aa  45.4  0.0002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0304734  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1425  integrase  27.07 
 
 		 413 aa  46.2  0.0002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.468676  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0318  hypothetical protein  28.37 
 
 		 515 aa  45.8  0.0002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2292  phage integrase family protein  26.9 
 
 		 393 aa  45.8  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.919949  normal  0.20238 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2668  phage integrase family site specific recombinase  28.57 
 
 		 411 aa  45.8  0.0002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1864  integrase family protein  25.25 
 
 		 429 aa  46.2  0.0002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2978  prophage LambdaSo, site-specific recombinase phage integrase family protein  22.38 
 
 		 399 aa  45.1  0.0003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1914  integrative genetic element Gsu32, integrase, putative  27.35 
 
 		 433 aa  45.4  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.409637  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2480  integrase, phage family  25.74 
 
 		 413 aa  45.4  0.0003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00704938  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1371  phage integrase family protein  33.33 
 
 		 453 aa  45.4  0.0003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0939  phage integrase family site specific recombinase  24.26 
 
 		 406 aa  45.4  0.0003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.456123  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2942  phage integrase family protein  25.19 
 
 		 392 aa  45.4  0.0003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000983731 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1016  integrase family protein  27.72 
 
 		 412 aa  45.4  0.0003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1267  phage integrase family protein  25.74 
 
 		 409 aa  45.4  0.0003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0699075 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5552  integrase family protein  28.1 
 
 		 424 aa  45.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3163  integrase family protein  23.74 
 
 		 429 aa  45.1  0.0004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0193699 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1610  integrase family protein  22 
 
 		 394 aa  44.7  0.0004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0939795  normal  0.722179 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0151  phage integrase  24.22 
 
 		 429 aa  45.1  0.0004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4522  phage integrase  25.78 
 
 		 429 aa  44.7  0.0004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.292224 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0366  integrase family protein  35.82 
 
 		 439 aa  45.1  0.0004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.134449 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3082  phage integrase family protein  37.88 
 
 		 437 aa  44.7  0.0004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01122  integrase  24.83 
 
 		 410 aa  44.7  0.0005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1823  prophage P4 integrase  24.59 
 
 		 421 aa  44.3  0.0005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0003918  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2486  hypothetical protein  24.64 
 
 		 413 aa  44.3  0.0006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>