More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_0388 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_0388  phage integrase family site specific recombinase  100 
 
 		 429 aa  882    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2668  phage integrase family site specific recombinase  42.99 
 
 		 411 aa  328  1.0000000000000001e-88  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0939  phage integrase family site specific recombinase  39.57 
 
 		 406 aa  303  4.0000000000000003e-81  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.456123  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1571  site-specific recombinase, phage integrase family  38.06 
 
 		 409 aa  290  3e-77  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0359454  decreased coverage  0.000000698249 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3754  integrase family protein  35.39 
 
 		 407 aa  288  1e-76  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.290204  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2942  phage integrase family protein  29.56 
 
 		 392 aa  166  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000983731 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2626  phage integrase family protein  30.1 
 
 		 393 aa  157  5.0000000000000005e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000269871  normal  0.0831358 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2292  phage integrase family protein  30.27 
 
 		 393 aa  154  4e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.919949  normal  0.20238 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3579  integrase  28.5 
 
 		 389 aa  152  1e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000745226 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3823  phage-related integrase  28.99 
 
 		 403 aa  151  3e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1088  hypothetical protein  29.02 
 
 		 414 aa  143  6e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1066  hypothetical protein  29.02 
 
 		 414 aa  141  1.9999999999999998e-32  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2650  integrase family protein  29.38 
 
 		 410 aa  138  2e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0205154  hitchhiker  0.00000395125 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3410  integrase family protein  27.46 
 
 		 401 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.134022  hitchhiker  0.000868318 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2845  phage integrase family protein  26.33 
 
 		 409 aa  137  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.809863  normal  0.121401 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3273  phage integrase family protein  27.73 
 
 		 401 aa  137  4e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0956673  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1046  integrase family protein  27.38 
 
 		 410 aa  135  9.999999999999999e-31  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.000192278  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2015  phage integrase family site specific recombinase  27.23 
 
 		 390 aa  130  5.0000000000000004e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1639  phage integrase family protein  25.87 
 
 		 403 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0427266  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3935  site-specific recombinase, phage integrase family  29.63 
 
 		 420 aa  125  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.191126  decreased coverage  0.00000299734 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3013  phage integrase family site specific recombinase  27.6 
 
 		 419 aa  125  2e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0072  hypothetical protein  28.14 
 
 		 406 aa  125  2e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2486  hypothetical protein  28.68 
 
 		 413 aa  124  3e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3455  integrase family protein  26.42 
 
 		 410 aa  119  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1135  integrase family protein  27.54 
 
 		 420 aa  117  3e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.660437  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1823  prophage P4 integrase  26.96 
 
 		 421 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0003918  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3122  integrase family protein  26.84 
 
 		 404 aa  115  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1254  integrase family protein  26.2 
 
 		 406 aa  114  3e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4070  site-specific recombinase, phage integrase family  27.34 
 
 		 439 aa  112  9e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0948  putative integrase  25.49 
 
 		 385 aa  112  1.0000000000000001e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2709  putative prophage integrase  30.03 
 
 		 418 aa  111  3e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.865285 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0064  Phage integrase  27.88 
 
 		 420 aa  110  5e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0968  cp4-like integrase protein  26.54 
 
 		 391 aa  108  2e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1097  putative phage integrase  25.74 
 
 		 643 aa  108  2e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0408493  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0112  phage integrase family protein  29.1 
 
 		 413 aa  108  2e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.525516  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4162  integrase family protein  26.29 
 
 		 422 aa  107  3e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.806899  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3466  integrase family protein  25.92 
 
 		 644 aa  107  3e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3396  integrase family protein  27.07 
 
 		 414 aa  108  3e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.194125  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1340  phage integrase family protein  27.13 
 
 		 487 aa  107  4e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.680009  normal  0.929089 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0054  phage integrase family site specific recombinase  25.91 
 
 		 422 aa  107  5e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3853  phage integrase family site specific recombinase  26.08 
 
 		 404 aa  107  6e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0234676 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3149  integrase family protein  26.14 
 
 		 402 aa  106  8e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0884  phage integrase family site specific recombinase  26.08 
 
 		 404 aa  106  9e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0925  integrase family protein  26.08 
 
 		 404 aa  106  9e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2233  integrase family protein  27.99 
 
 		 397 aa  105  1e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0126025 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1403  integrase family protein  26.84 
 
 		 404 aa  105  1e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1377  integrase family protein  26.73 
 
 		 404 aa  105  1e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.421262  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0927  phage integrase family protein  26.55 
 
 		 425 aa  105  2e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000881827 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40500  Phage integrase  25.79 
 
 		 401 aa  105  2e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2830  phage integrase  25 
 
 		 412 aa  105  2e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.209333  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2400  phage integrase family protein  26.74 
 
 		 404 aa  105  2e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0432428  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5344  site-specific recombinase, phage integrase family  24.15 
 
 		 402 aa  104  3e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.803856  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1721  phage integrase  26.83 
 
 		 413 aa  104  3e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.749059  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2073  putative integrase prophage protein  26.45 
 
 		 445 aa  103  4e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.343069  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2977  integrase family protein  24.67 
 
 		 429 aa  104  4e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3997  integrase family protein  25.56 
 
 		 419 aa  103  5e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4347  integrase family protein  28.74 
 
 		 402 aa  103  5e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000357829 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2870  integrase family protein  26.21 
 
 		 404 aa  102  9e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3887  integrase family protein  25.96 
 
 		 404 aa  102  1e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0299  phage integrase family site specific recombinase  26.92 
 
 		 394 aa  102  1e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000127187 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0912  phage integrase family protein  24.64 
 
 		 413 aa  102  1e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0234  phage integrase family protein  26.59 
 
 		 416 aa  102  1e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03516  Int  26.01 
 
 		 394 aa  102  2e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.465426  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0374  site-specific recombinase, phage integrase family  27.38 
 
 		 396 aa  101  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.324346  normal  0.794104 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03468  hypothetical protein  26.01 
 
 		 394 aa  102  2e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.457385  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2005  cp4-like integrase protein  24.83 
 
 		 425 aa  101  3e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0061  integrase family protein  26.98 
 
 		 396 aa  100  4e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3996  phage integrase family protein  25.25 
 
 		 389 aa  100  4e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.243095  normal  0.464149 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1597  integrase family protein  25.6 
 
 		 602 aa  100  5e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.754785  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0329  site-specific recombinase, phage integrase family protein  26.06 
 
 		 402 aa  100  6e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.0019463  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0306  phage integrase  26.67 
 
 		 417 aa  99.4  1e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2365  Phage integrase  26.83 
 
 		 404 aa  98.2  2e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2875  phage integrase family protein  23.65 
 
 		 422 aa  98.6  2e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.698524  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5032  integrase  26.56 
 
 		 417 aa  97.1  5e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1357  phage family integrase  25.18 
 
 		 411 aa  97.1  6e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.183355  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0053  integrase family protein  27.48 
 
 		 391 aa  97.1  6e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.613927 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2300  phage integrase family protein  27.16 
 
 		 403 aa  97.1  6e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3372  integrase family protein  25.88 
 
 		 601 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2184  Phage integrase  25.18 
 
 		 403 aa  95.9  1e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.264722  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0478  integrase family protein  25.06 
 
 		 427 aa  96.3  1e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1844  phage integrase family protein  23.6 
 
 		 426 aa  95.9  1e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3253  integrase family protein  26.28 
 
 		 406 aa  95.9  1e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.274925  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0666  integrase  25.3 
 
 		 395 aa  95.1  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.214947  hitchhiker  0.000000824162 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2900  phage integrase  27.92 
 
 		 391 aa  95.5  2e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.211341  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0681  integrase family protein  26.3 
 
 		 401 aa  95.1  2e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2638  integrase  25.98 
 
 		 409 aa  95.5  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  decreased coverage  9.23997e-16 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3121  phage integrase family protein  24.38 
 
 		 449 aa  95.1  2e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4002  phage integrase family site specific recombinase  25.62 
 
 		 387 aa  95.1  2e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1871  putative integrase prophage protein  25.06 
 
 		 405 aa  94.7  3e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00740779  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4160  phage integrase family protein  25.73 
 
 		 419 aa  94.7  3e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0690268  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1216  phage integrase family protein  24.76 
 
 		 402 aa  94  4e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.190832  normal  0.145773 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3444  integrase family protein  26.91 
 
 		 401 aa  94  5e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.950055  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1859  phage integrase family protein  24.83 
 
 		 427 aa  94  5e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0222826  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4814  site-specific recombinase, phage integrase family protein  25.65 
 
 		 422 aa  93.6  6e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.751833  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0108  integrase family protein  24.81 
 
 		 389 aa  93.6  6e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0805  integrase family protein  24.54 
 
 		 433 aa  93.6  6e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00339873 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3266  site-specific recombinase, phage integrase family  28.39 
 
 		 367 aa  93.2  7e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.220935  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2072  integrase family protein  24.82 
 
 		 407 aa  93.2  8e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.841134  normal  0.685608 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1315  phage integrase family protein  26.42 
 
 		 378 aa  93.2  8e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00318446  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2093  integrase family protein  25.72 
 
 		 400 aa  92.4  1e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>