More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1267 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_1267  phage integrase family protein  100 
 
 		 409 aa  848    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0699075 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2777  phage integrase family protein  64.11 
 
 		 414 aa  565  1e-160  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.179227 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2480  integrase, phage family  63.88 
 
 		 413 aa  550  1e-155  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00704938  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1601  phage integrase family protein  62.87 
 
 		 416 aa  550  1e-155  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.634793  normal  0.83663 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004301  phage integrase  62.62 
 
 		 415 aa  548  1e-155  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4740  integrase family protein  61.03 
 
 		 418 aa  545  1e-154  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1188  phage integrase family protein  59.75 
 
 		 419 aa  539  9.999999999999999e-153  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0372  phage family integrase  60.4 
 
 		 422 aa  534  1e-151  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1471  phage integrase family site specific recombinase  61.14 
 
 		 415 aa  531  1e-150  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0747  Phage integrase  59.26 
 
 		 418 aa  527  1e-148  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.236649  normal  0.444279 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4605  phage integrase family protein  57.7 
 
 		 418 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.801465  normal  0.0167588 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2855  phage integrase family protein  58.81 
 
 		 412 aa  511  1e-144  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.866183 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2953  phage integrase family protein  58.85 
 
 		 408 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.887066  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2743  phage integrase  57.04 
 
 		 417 aa  486  1e-136  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0469991  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1281  integrase family protein  55.84 
 
 		 410 aa  465  9.999999999999999e-131  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.250481  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1721  phage integrase  53.19 
 
 		 413 aa  459  9.999999999999999e-129  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.749059  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2917  phage integrase family site specific recombinase  53.47 
 
 		 415 aa  445  1.0000000000000001e-124  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.121366  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1631  integrase family protein  51.73 
 
 		 409 aa  436  1e-121  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01122  integrase  50.37 
 
 		 410 aa  432  1e-120  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1357  phage family integrase  52.14 
 
 		 411 aa  429  1e-119  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.183355  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1686  phage integrase family protein  50.12 
 
 		 411 aa  425  1e-118  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.034435  normal  0.0441759 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2362  integrase family protein  51.75 
 
 		 416 aa  424  1e-117  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.965631  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1761  phage integrase family protein  49.88 
 
 		 411 aa  424  1e-117  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0148676  normal  0.285781 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1791  phage integrase family protein  50.12 
 
 		 411 aa  424  1e-117  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.275952  normal  0.224939 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2952  phage integrase family protein  50.89 
 
 		 397 aa  424  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  3.20289e-17 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1063  integrase family protein  49.49 
 
 		 398 aa  421  1e-116  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0767  prophage integrase  50 
 
 		 413 aa  419  1e-116  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.496617  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1902  integrase family protein  50.62 
 
 		 416 aa  416  9.999999999999999e-116  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.41933  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2463  phage integrase family protein  50.99 
 
 		 414 aa  415  9.999999999999999e-116  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.384114  normal  0.0605266 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3101  phage integrase family protein  48.85 
 
 		 395 aa  409  1e-113  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.241472 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1053  integrase family protein  47.03 
 
 		 413 aa  406  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1370  prophage CP4-57 integrase  47.34 
 
 		 399 aa  407  1.0000000000000001e-112  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000288538  normal  0.0147519 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3223  integrase  48.64 
 
 		 413 aa  406  1.0000000000000001e-112  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2496  phage integrase family protein  52.22 
 
 		 408 aa  402  1e-111  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0214559 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0723  integrase family protein  46.55 
 
 		 402 aa  399  9.999999999999999e-111  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0958  integrase family protein  48.09 
 
 		 403 aa  400  9.999999999999999e-111  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0234  phage integrase family protein  47.63 
 
 		 416 aa  386  1e-106  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2892  phage integrase family protein  43.5 
 
 		 423 aa  348  7e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.196545 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02509  Fels-2 prophage protein  43.36 
 
 		 409 aa  347  2e-94  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.291445  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02473  hypothetical protein  43.36 
 
 		 409 aa  347  2e-94  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.36664  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1337  integrase  43.21 
 
 		 418 aa  347  3e-94  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2905  phage integrase family protein  43.36 
 
 		 436 aa  346  3e-94  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1425  integrase  41.29 
 
 		 413 aa  329  7e-89  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.468676  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2365  Phage integrase  39.59 
 
 		 404 aa  296  4e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003253  phage integrase  39.08 
 
 		 448 aa  296  5e-79  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0968  cp4-like integrase protein  36.48 
 
 		 391 aa  284  2.0000000000000002e-75  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03516  Int  33.85 
 
 		 394 aa  264  2e-69  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.465426  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3887  integrase family protein  32.23 
 
 		 404 aa  264  2e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03468  hypothetical protein  33.85 
 
 		 394 aa  264  2e-69  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.457385  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0928  phage integrase family site specific recombinase  35.86 
 
 		 438 aa  263  3e-69  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0249275  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02085  prophage CP4-like integrase  36.52 
 
 		 412 aa  263  4.999999999999999e-69  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00159504  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0925  integrase family protein  34.09 
 
 		 404 aa  261  1e-68  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0884  phage integrase family site specific recombinase  34.09 
 
 		 404 aa  261  1e-68  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3853  phage integrase family site specific recombinase  34.09 
 
 		 404 aa  261  2e-68  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0234676 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5032  integrase  32.99 
 
 		 417 aa  261  2e-68  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0306  site-specific recombinase, phage integrase family  34.44 
 
 		 410 aa  261  2e-68  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.644103 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0681  integrase family protein  35.2 
 
 		 401 aa  258  2e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0061  integrase family protein  32.56 
 
 		 396 aa  257  2e-67  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4738  integrase  35.04 
 
 		 396 aa  255  1.0000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.657187  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3112  site-specific recombinase, phage integrase family protein  35.13 
 
 		 394 aa  253  4.0000000000000004e-66  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0338398 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3377  site-specific recombinase, phage integrase family protein  35.13 
 
 		 394 aa  252  6e-66  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3149  integrase family protein  31.75 
 
 		 402 aa  251  2e-65  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1377  integrase family protein  31.98 
 
 		 404 aa  249  4e-65  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.421262  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1752  phage integrase  33.33 
 
 		 404 aa  249  4e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2364  phage integrase family protein  33.33 
 
 		 404 aa  249  4e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2870  integrase family protein  32.23 
 
 		 404 aa  249  7e-65  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1354  phage integrase  34.34 
 
 		 404 aa  249  8e-65  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.226935  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01627  integrase  43.96 
 
 		 290 aa  248  1e-64  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40500  Phage integrase  35.98 
 
 		 401 aa  248  2e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5344  site-specific recombinase, phage integrase family  35.4 
 
 		 402 aa  247  3e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.803856  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4153  phage integrase family site specific recombinase  33.85 
 
 		 397 aa  247  3e-64  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.448481  normal  0.0214927 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1290  prophage CP4-like integrase  33.08 
 
 		 404 aa  246  4e-64  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0108  integrase family protein  32.9 
 
 		 389 aa  246  4e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1135  integrase family protein  33.65 
 
 		 420 aa  246  6.999999999999999e-64  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.660437  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0666  integrase  33.51 
 
 		 395 aa  246  6.999999999999999e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.214947  hitchhiker  0.000000824162 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1403  integrase family protein  31.39 
 
 		 404 aa  245  9e-64  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2638  integrase  34.73 
 
 		 409 aa  245  9.999999999999999e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  decreased coverage  9.23997e-16 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2400  phage integrase family protein  34.68 
 
 		 404 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0432428  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4836  integrase  33.66 
 
 		 421 aa  243  3e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.466297  normal  0.712135 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0374  site-specific recombinase, phage integrase family  32.82 
 
 		 396 aa  243  3.9999999999999997e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.324346  normal  0.794104 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2828  integrase family protein  34.18 
 
 		 396 aa  243  3.9999999999999997e-63  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1610  integrase family protein  35.01 
 
 		 394 aa  242  1e-62  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0939795  normal  0.722179 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2421  phage integrase family protein  32.32 
 
 		 404 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.359769  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3164  integrase family protein  34.61 
 
 		 428 aa  239  6.999999999999999e-62  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0329  site-specific recombinase, phage integrase family protein  32.64 
 
 		 402 aa  239  9e-62  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.0019463  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0299  phage integrase family site specific recombinase  33.16 
 
 		 394 aa  238  1e-61  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000127187 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1087  prophage CP4-like integrase  35.75 
 
 		 402 aa  237  2e-61  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0686158  normal  0.733302 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4002  phage integrase family site specific recombinase  33.94 
 
 		 387 aa  237  3e-61  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3717  integrase family protein  33 
 
 		 419 aa  235  1.0000000000000001e-60  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3554  integrase family protein  33 
 
 		 419 aa  235  1.0000000000000001e-60  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2073  putative integrase prophage protein  33.09 
 
 		 445 aa  234  2.0000000000000002e-60  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.343069  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0053  integrase family protein  33.42 
 
 		 391 aa  234  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.613927 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1557  integrase family protein  33.83 
 
 		 403 aa  233  4.0000000000000004e-60  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2233  integrase family protein  34.87 
 
 		 397 aa  233  5e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0126025 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3385  site-specific recombinase, phage integrase family  33.59 
 
 		 391 aa  229  5e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.059991  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3281  integrase family protein  32.38 
 
 		 387 aa  227  3e-58  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1229  integrase family protein  33.76 
 
 		 402 aa  227  3e-58  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.308607  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3353  phage integrase family protein  34.03 
 
 		 393 aa  227  3e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3996  phage integrase family protein  34.02 
 
 		 389 aa  226  4e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.243095  normal  0.464149 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3617  phage integrase family protein  33.42 
 
 		 390 aa  226  5.0000000000000005e-58  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>