More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4740 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_4740  integrase family protein  100 
 
 		 418 aa  867    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0747  Phage integrase  74.88 
 
 		 418 aa  670    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.236649  normal  0.444279 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1188  phage integrase family protein  85.89 
 
 		 419 aa  752    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4605  phage integrase family protein  76.08 
 
 		 418 aa  686    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.801465  normal  0.0167588 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2480  integrase, phage family  68.8 
 
 		 413 aa  592  1e-168  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00704938  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1601  phage integrase family protein  66.58 
 
 		 416 aa  579  1e-164  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.634793  normal  0.83663 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004301  phage integrase  64.95 
 
 		 415 aa  567  1e-160  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0372  phage family integrase  62.14 
 
 		 422 aa  563  1.0000000000000001e-159  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1267  phage integrase family protein  61.03 
 
 		 409 aa  545  1e-154  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0699075 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1471  phage integrase family site specific recombinase  63.73 
 
 		 415 aa  535  1e-151  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2777  phage integrase family protein  61.63 
 
 		 414 aa  535  1e-151  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.179227 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2855  phage integrase family protein  59.45 
 
 		 412 aa  517  1.0000000000000001e-145  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.866183 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2953  phage integrase family protein  56.9 
 
 		 408 aa  497  1e-139  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.887066  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2743  phage integrase  59.11 
 
 		 417 aa  492  9.999999999999999e-139  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0469991  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1281  integrase family protein  55.58 
 
 		 410 aa  472  1e-132  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.250481  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1721  phage integrase  53.33 
 
 		 413 aa  459  9.999999999999999e-129  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.749059  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2917  phage integrase family site specific recombinase  50.98 
 
 		 415 aa  447  1.0000000000000001e-124  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.121366  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1631  integrase family protein  51.6 
 
 		 409 aa  435  1e-121  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1761  phage integrase family protein  53.07 
 
 		 411 aa  432  1e-120  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0148676  normal  0.285781 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2463  phage integrase family protein  51.23 
 
 		 414 aa  432  1e-120  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.384114  normal  0.0605266 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1063  integrase family protein  51.15 
 
 		 398 aa  429  1e-119  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1357  phage family integrase  50.99 
 
 		 411 aa  428  1e-119  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.183355  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1686  phage integrase family protein  53.32 
 
 		 411 aa  431  1e-119  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.034435  normal  0.0441759 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1791  phage integrase family protein  53.07 
 
 		 411 aa  429  1e-119  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.275952  normal  0.224939 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01122  integrase  51.27 
 
 		 410 aa  431  1e-119  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2952  phage integrase family protein  51.53 
 
 		 397 aa  428  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  3.20289e-17 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1053  integrase family protein  49.26 
 
 		 413 aa  419  1e-116  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3101  phage integrase family protein  50 
 
 		 395 aa  419  1e-116  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.241472 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0767  prophage integrase  48.77 
 
 		 413 aa  413  1e-114  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.496617  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3223  integrase  51 
 
 		 413 aa  414  1e-114  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0958  integrase family protein  50 
 
 		 403 aa  410  1e-113  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2362  integrase family protein  49.5 
 
 		 416 aa  408  1.0000000000000001e-112  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.965631  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1902  integrase family protein  48.64 
 
 		 416 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.41933  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2496  phage integrase family protein  52.62 
 
 		 408 aa  407  1.0000000000000001e-112  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0214559 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1370  prophage CP4-57 integrase  49.23 
 
 		 399 aa  402  1e-111  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000288538  normal  0.0147519 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0723  integrase family protein  48.69 
 
 		 402 aa  399  9.999999999999999e-111  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0234  phage integrase family protein  46.4 
 
 		 416 aa  391  1e-107  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02509  Fels-2 prophage protein  48.37 
 
 		 409 aa  374  1e-102  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.291445  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2892  phage integrase family protein  48 
 
 		 423 aa  375  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.196545 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2905  phage integrase family protein  48.37 
 
 		 436 aa  373  1e-102  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02473  hypothetical protein  48.37 
 
 		 409 aa  374  1e-102  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.36664  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1337  integrase  43.53 
 
 		 418 aa  350  2e-95  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1425  integrase  41.79 
 
 		 413 aa  334  1e-90  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.468676  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0968  cp4-like integrase protein  40 
 
 		 391 aa  301  1e-80  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2365  Phage integrase  39.85 
 
 		 404 aa  298  1e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003253  phage integrase  36.34 
 
 		 448 aa  296  3e-79  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3149  integrase family protein  35.52 
 
 		 402 aa  289  7e-77  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1377  integrase family protein  35.37 
 
 		 404 aa  287  2.9999999999999996e-76  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.421262  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0061  integrase family protein  37.21 
 
 		 396 aa  286  2.9999999999999996e-76  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3887  integrase family protein  34.86 
 
 		 404 aa  284  2.0000000000000002e-75  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2870  integrase family protein  35.37 
 
 		 404 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1403  integrase family protein  34.77 
 
 		 404 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03516  Int  36.57 
 
 		 394 aa  282  9e-75  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.465426  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03468  hypothetical protein  36.57 
 
 		 394 aa  282  9e-75  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.457385  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0928  phage integrase family site specific recombinase  37.75 
 
 		 438 aa  280  4e-74  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0249275  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5032  integrase  37.05 
 
 		 417 aa  279  6e-74  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0108  integrase family protein  36.27 
 
 		 389 aa  278  1e-73  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3281  integrase family protein  38.54 
 
 		 387 aa  277  2e-73  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0053  integrase family protein  37.24 
 
 		 391 aa  276  3e-73  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.613927 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4002  phage integrase family site specific recombinase  36.53 
 
 		 387 aa  274  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0666  integrase  34.45 
 
 		 395 aa  271  2e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.214947  hitchhiker  0.000000824162 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0306  site-specific recombinase, phage integrase family  35.05 
 
 		 410 aa  271  2e-71  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.644103 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1354  phage integrase  36.87 
 
 		 404 aa  271  2e-71  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.226935  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2638  integrase  36.79 
 
 		 409 aa  270  2.9999999999999997e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  decreased coverage  9.23997e-16 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4153  phage integrase family site specific recombinase  36.27 
 
 		 397 aa  269  5.9999999999999995e-71  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.448481  normal  0.0214927 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4738  integrase  35.75 
 
 		 396 aa  267  2e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.657187  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0329  site-specific recombinase, phage integrase family protein  36.43 
 
 		 402 aa  268  2e-70  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.0019463  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2828  integrase family protein  35.95 
 
 		 396 aa  266  5e-70  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3112  site-specific recombinase, phage integrase family protein  35.75 
 
 		 394 aa  266  5e-70  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0338398 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0681  integrase family protein  35.29 
 
 		 401 aa  266  5.999999999999999e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0299  phage integrase family site specific recombinase  36.43 
 
 		 394 aa  265  8e-70  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000127187 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2400  phage integrase family protein  37.22 
 
 		 404 aa  265  1e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0432428  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0374  site-specific recombinase, phage integrase family  36.15 
 
 		 396 aa  264  2e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.324346  normal  0.794104 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3377  site-specific recombinase, phage integrase family protein  35.23 
 
 		 394 aa  264  2e-69  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3853  phage integrase family site specific recombinase  33.84 
 
 		 404 aa  264  3e-69  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0234676 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02085  prophage CP4-like integrase  35.82 
 
 		 412 aa  263  4e-69  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00159504  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0884  phage integrase family site specific recombinase  33.59 
 
 		 404 aa  263  6e-69  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0925  integrase family protein  33.59 
 
 		 404 aa  263  6e-69  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1290  prophage CP4-like integrase  34.75 
 
 		 404 aa  258  1e-67  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1135  integrase family protein  34.2 
 
 		 420 aa  258  1e-67  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.660437  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1752  phage integrase  34.94 
 
 		 404 aa  258  2e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2364  phage integrase family protein  34.94 
 
 		 404 aa  258  2e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4836  integrase  34.39 
 
 		 421 aa  252  7e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.466297  normal  0.712135 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5344  site-specific recombinase, phage integrase family  34.4 
 
 		 402 aa  250  4e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.803856  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3444  integrase family protein  35.82 
 
 		 401 aa  250  4e-65  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.950055  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1627  phage integrase family protein  37.69 
 
 		 419 aa  250  4e-65  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3253  integrase family protein  36.87 
 
 		 406 aa  249  6e-65  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.274925  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3717  integrase family protein  34.41 
 
 		 419 aa  248  1e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3554  integrase family protein  34.41 
 
 		 419 aa  248  1e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3540  phage integrase family site specific recombinase  36.32 
 
 		 411 aa  248  2e-64  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000292707  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2421  phage integrase family protein  33.92 
 
 		 404 aa  248  2e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.359769  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01627  integrase  42.7 
 
 		 290 aa  246  4e-64  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2993  integrase family protein  35.43 
 
 		 411 aa  245  9e-64  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0241673  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1669  integrase family protein  35.57 
 
 		 421 aa  245  9.999999999999999e-64  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.553774  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4051  phage integrase family site specific recombinase  35.57 
 
 		 419 aa  244  1.9999999999999999e-63  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.102635  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40500  Phage integrase  36.41 
 
 		 401 aa  244  1.9999999999999999e-63  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2233  integrase family protein  36.25 
 
 		 397 aa  243  3e-63  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0126025 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4773  integrase  31.68 
 
 		 449 aa  244  3e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.368119  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1254  integrase family protein  33.92 
 
 		 406 aa  243  5e-63  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3353  phage integrase family protein  34.78 
 
 		 393 aa  241  1e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>