More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4522 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_0151  phage integrase  97.67 
 
 		 429 aa  831    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4522  phage integrase  100 
 
 		 429 aa  877    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.292224 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0580  putative phage integrase  47.72 
 
 		 438 aa  386  1e-106  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1675  Phage integrase  46.3 
 
 		 419 aa  362  8e-99  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0922  Phage integrase  43.65 
 
 		 403 aa  346  5e-94  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.12188  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2924  integrase family protein  44.96 
 
 		 390 aa  345  8.999999999999999e-94  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1997  integrase family protein  44.69 
 
 		 400 aa  344  2e-93  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.726133 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1896  putative integrase prophage protein  46.23 
 
 		 411 aa  333  4e-90  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.240804  normal  0.815259 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1604  phage integrase family protein  43.13 
 
 		 459 aa  328  2.0000000000000001e-88  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0409  putative phage integrase  44.6 
 
 		 411 aa  327  3e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0341  integrase family protein  42.47 
 
 		 436 aa  323  5e-87  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4142  integrase family protein  43.75 
 
 		 401 aa  317  3e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2480  integrase family protein  43.5 
 
 		 397 aa  310  2.9999999999999997e-83  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2309  phage integrase family protein  41.65 
 
 		 410 aa  306  4.0000000000000004e-82  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.733964  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1142  integrase family protein  42.23 
 
 		 399 aa  305  1.0000000000000001e-81  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.441894  hitchhiker  0.0000269765 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0410  putative phage integrase  43.55 
 
 		 397 aa  303  4.0000000000000003e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.980223  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0275  phage integrase family protein  42.99 
 
 		 407 aa  302  8.000000000000001e-81  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2203  integrase family protein  42.42 
 
 		 404 aa  298  1e-79  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3983  integrase family protein  44.42 
 
 		 391 aa  298  2e-79  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2389  integrase  41.83 
 
 		 415 aa  297  3e-79  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.557961  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2283  integrase family protein  40.77 
 
 		 417 aa  296  4e-79  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.468069  normal  0.768394 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1348  phage integrase family protein  40.95 
 
 		 391 aa  293  5e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3334  phage integrase family protein  41.85 
 
 		 398 aa  292  1e-77  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0244  integrase family protein  41.73 
 
 		 408 aa  287  2e-76  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0637  phage integrase family protein  41.01 
 
 		 411 aa  287  2.9999999999999996e-76  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.102856 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1063  integrase family protein  44.83 
 
 		 359 aa  281  2e-74  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1070  integrase family protein  44.83 
 
 		 365 aa  280  3e-74  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2013  integrase  42 
 
 		 409 aa  279  8e-74  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0417759  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6554  integrase family protein  40.62 
 
 		 411 aa  279  9e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000624371  hitchhiker  0.00796568 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1496  phage integrase  42.94 
 
 		 343 aa  270  2.9999999999999997e-71  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.864475  normal  0.0288639 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0966  phage integrase  39.9 
 
 		 410 aa  269  5.9999999999999995e-71  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0357996 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1116  phage integrase family protein  38.14 
 
 		 434 aa  268  1e-70  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0425544  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3606  integrase family protein  39.71 
 
 		 420 aa  267  2e-70  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0253  integrase family protein  41.26 
 
 		 412 aa  265  1e-69  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5109  integrase family protein  39.71 
 
 		 420 aa  260  3e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1500  phage integrase family protein  37.84 
 
 		 432 aa  259  9e-68  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00572573  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2749  P4 family integrase  40.04 
 
 		 439 aa  251  2e-65  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5749  integrase family protein  39.23 
 
 		 407 aa  250  3e-65  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.857054  normal  1 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5029  phage integrase family protein  38.14 
 
 		 450 aa  246  4e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.440555  normal  0.789511 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0970  phage integrase family protein  40.05 
 
 		 406 aa  246  4e-64  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0847  phage integrase  36.52 
 
 		 403 aa  239  8e-62  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.237314  normal  0.433067 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1022  putative phage integrase  42.61 
 
 		 279 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.599421  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02454  integrase  46.91 
 
 		 228 aa  199  1.0000000000000001e-49  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2277  phage integrase family site specific recombinase  36.82 
 
 		 402 aa  196  5.000000000000001e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0249375  normal  0.0747113 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1298  integrase  35.57 
 
 		 400 aa  194  4e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.64566  normal  0.14409 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0239  phage integrase  33.33 
 
 		 384 aa  169  7e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0229  phage integrase  32.4 
 
 		 401 aa  169  1e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1087  prophage CP4-like integrase  33.98 
 
 		 402 aa  162  9e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0686158  normal  0.733302 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2541  putative CP4-like integrase  29.77 
 
 		 412 aa  161  2e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.016489  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2905  phage integrase family protein  34.41 
 
 		 436 aa  161  2e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02509  Fels-2 prophage protein  34.41 
 
 		 409 aa  161  3e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.291445  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02473  hypothetical protein  34.41 
 
 		 409 aa  161  3e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.36664  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4951  putative prophage integrase  28.5 
 
 		 408 aa  160  5e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0229116  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0767  prophage integrase  30.18 
 
 		 413 aa  153  5.9999999999999996e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.496617  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1546  phage integrase  32.09 
 
 		 387 aa  152  1e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.226246  normal  0.34056 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2892  phage integrase family protein  32.64 
 
 		 423 aa  152  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.196545 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2777  phage integrase family protein  30.73 
 
 		 414 aa  150  5e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.179227 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1823  prophage P4 integrase  31.36 
 
 		 421 aa  147  3e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0003918  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1053  integrase family protein  30.32 
 
 		 413 aa  147  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1471  phage integrase family site specific recombinase  29.59 
 
 		 415 aa  147  4.0000000000000006e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0928  phage integrase family site specific recombinase  29.37 
 
 		 438 aa  145  1e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0249275  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02085  prophage CP4-like integrase  28.3 
 
 		 412 aa  145  1e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00159504  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1063  integrase family protein  29.57 
 
 		 398 aa  145  2e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1631  integrase family protein  31.16 
 
 		 409 aa  145  2e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2362  integrase family protein  30.79 
 
 		 416 aa  144  2e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.965631  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1229  integrase family protein  29.11 
 
 		 402 aa  144  3e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.308607  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0372  phage family integrase  29.48 
 
 		 422 aa  144  4e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3163  integrase family protein  31.98 
 
 		 429 aa  143  6e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0193699 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2855  phage integrase family protein  31.17 
 
 		 412 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.866183 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0968  cp4-like integrase protein  28.54 
 
 		 391 aa  140  3.9999999999999997e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1442  phage integrase  31 
 
 		 404 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1902  integrase family protein  30.3 
 
 		 416 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.41933  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2952  phage integrase family protein  29.93 
 
 		 397 aa  140  3.9999999999999997e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  3.20289e-17 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4605  phage integrase family protein  29.56 
 
 		 418 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.801465  normal  0.0167588 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0747  Phage integrase  28.16 
 
 		 418 aa  140  4.999999999999999e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.236649  normal  0.444279 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1354  phage integrase  29.3 
 
 		 404 aa  139  7e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.226935  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03516  Int  29.13 
 
 		 394 aa  139  7.999999999999999e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.465426  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03468  hypothetical protein  29.13 
 
 		 394 aa  139  7.999999999999999e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.457385  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1357  phage family integrase  28.71 
 
 		 411 aa  139  1e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.183355  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2233  integrase family protein  30.33 
 
 		 397 aa  139  1e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0126025 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0723  integrase family protein  30.25 
 
 		 402 aa  139  1e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2365  Phage integrase  29.97 
 
 		 404 aa  138  2e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2875  phage integrase family protein  27.43 
 
 		 422 aa  138  2e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.698524  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1370  prophage CP4-57 integrase  28.46 
 
 		 399 aa  138  2e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000288538  normal  0.0147519 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4740  integrase family protein  28.84 
 
 		 418 aa  138  2e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2005  cp4-like integrase protein  29.4 
 
 		 425 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1267  phage integrase family protein  29.06 
 
 		 409 aa  137  4e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0699075 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5032  integrase  29.13 
 
 		 417 aa  137  5e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2977  integrase family protein  29.88 
 
 		 429 aa  137  5e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1281  integrase family protein  29.56 
 
 		 410 aa  137  5e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.250481  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004301  phage integrase  29.1 
 
 		 415 aa  136  9e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1686  phage integrase family protein  27.7 
 
 		 411 aa  136  9e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.034435  normal  0.0441759 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3887  integrase family protein  26.54 
 
 		 404 aa  136  9e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0958  integrase family protein  29.57 
 
 		 403 aa  135  9.999999999999999e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3853  phage integrase family site specific recombinase  27.2 
 
 		 404 aa  135  9.999999999999999e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0234676 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3253  integrase family protein  30.65 
 
 		 406 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.274925  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2073  putative integrase prophage protein  30.64 
 
 		 445 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.343069  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0374  site-specific recombinase, phage integrase family  28.89 
 
 		 396 aa  135  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.324346  normal  0.794104 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1791  phage integrase family protein  27.46 
 
 		 411 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.275952  normal  0.224939 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2953  phage integrase family protein  29.19 
 
 		 408 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.887066  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>