More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1896 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc1896  putative integrase prophage protein  100 
 
 		 411 aa  839    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.240804  normal  0.815259 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2283  integrase family protein  64.6 
 
 		 417 aa  531  1e-149  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.468069  normal  0.768394 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2389  integrase  61.07 
 
 		 415 aa  488  1e-137  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.557961  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6554  integrase family protein  62.12 
 
 		 411 aa  475  1e-133  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000624371  hitchhiker  0.00796568 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0410  putative phage integrase  57.36 
 
 		 397 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.980223  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0409  putative phage integrase  56.93 
 
 		 411 aa  434  1e-120  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2924  integrase family protein  53.77 
 
 		 390 aa  416  9.999999999999999e-116  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0922  Phage integrase  52.12 
 
 		 403 aa  416  9.999999999999999e-116  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.12188  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0580  putative phage integrase  50.48 
 
 		 438 aa  402  1e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0341  integrase family protein  51.46 
 
 		 436 aa  399  9.999999999999999e-111  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1997  integrase family protein  50.39 
 
 		 400 aa  392  1e-108  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.726133 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1604  phage integrase family protein  51.02 
 
 		 459 aa  392  1e-108  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1142  integrase family protein  49.75 
 
 		 399 aa  374  1e-102  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.441894  hitchhiker  0.0000269765 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1675  Phage integrase  47.39 
 
 		 419 aa  372  1e-102  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0275  phage integrase family protein  50.51 
 
 		 407 aa  369  1e-101  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2480  integrase family protein  51.28 
 
 		 397 aa  370  1e-101  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2309  phage integrase family protein  47.77 
 
 		 410 aa  364  1e-99  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.733964  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4142  integrase family protein  49.15 
 
 		 401 aa  358  7e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2013  integrase  48.15 
 
 		 409 aa  342  5e-93  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0417759  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2203  integrase family protein  45.61 
 
 		 404 aa  336  3.9999999999999995e-91  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0966  phage integrase  46.04 
 
 		 410 aa  335  7.999999999999999e-91  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0357996 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3334  phage integrase family protein  47.07 
 
 		 398 aa  335  9e-91  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1116  phage integrase family protein  45.61 
 
 		 434 aa  330  2e-89  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0425544  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4522  phage integrase  45.98 
 
 		 429 aa  325  6e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.292224 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0151  phage integrase  45.73 
 
 		 429 aa  322  6e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0244  integrase family protein  45.25 
 
 		 408 aa  319  5e-86  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1348  phage integrase family protein  46.26 
 
 		 391 aa  315  7e-85  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3983  integrase family protein  49.37 
 
 		 391 aa  315  9.999999999999999e-85  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3606  integrase family protein  44.44 
 
 		 420 aa  312  5.999999999999999e-84  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5109  integrase family protein  44.23 
 
 		 420 aa  310  2e-83  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0253  integrase family protein  44.64 
 
 		 412 aa  309  5e-83  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5029  phage integrase family protein  44.39 
 
 		 450 aa  308  1.0000000000000001e-82  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.440555  normal  0.789511 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1070  integrase family protein  49.58 
 
 		 365 aa  304  2.0000000000000002e-81  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1063  integrase family protein  49.72 
 
 		 359 aa  303  4.0000000000000003e-81  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0970  phage integrase family protein  41.94 
 
 		 406 aa  300  3e-80  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1496  phage integrase  47.72 
 
 		 343 aa  300  4e-80  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.864475  normal  0.0288639 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1500  phage integrase family protein  43.62 
 
 		 432 aa  300  4e-80  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00572573  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0637  phage integrase family protein  42.18 
 
 		 411 aa  299  8e-80  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.102856 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5749  integrase family protein  45.52 
 
 		 407 aa  296  3e-79  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.857054  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1022  putative phage integrase  51.29 
 
 		 279 aa  278  2e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.599421  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0847  phage integrase  36.25 
 
 		 403 aa  239  9e-62  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.237314  normal  0.433067 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2749  P4 family integrase  39.25 
 
 		 439 aa  236  6e-61  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1298  integrase  37.69 
 
 		 400 aa  220  3e-56  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.64566  normal  0.14409 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02454  integrase  51.56 
 
 		 228 aa  219  7.999999999999999e-56  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2277  phage integrase family site specific recombinase  37.18 
 
 		 402 aa  218  1e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0249375  normal  0.0747113 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0229  phage integrase  35.56 
 
 		 401 aa  216  7e-55  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0239  phage integrase  34.59 
 
 		 384 aa  211  1e-53  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4951  putative prophage integrase  33.16 
 
 		 408 aa  206  9e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0229116  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1546  phage integrase  35.98 
 
 		 387 aa  201  3e-50  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.226246  normal  0.34056 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0928  phage integrase family site specific recombinase  34.9 
 
 		 438 aa  172  1e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0249275  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3887  integrase family protein  33.16 
 
 		 404 aa  171  2e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2638  integrase  32.44 
 
 		 409 aa  170  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  decreased coverage  9.23997e-16 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1237  integrase family protein  34.42 
 
 		 401 aa  170  4e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.184026  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0299  phage integrase family site specific recombinase  34.58 
 
 		 394 aa  169  9e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000127187 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3444  integrase family protein  35.25 
 
 		 401 aa  169  1e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.950055  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0374  site-specific recombinase, phage integrase family  33.85 
 
 		 396 aa  165  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.324346  normal  0.794104 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0329  site-specific recombinase, phage integrase family protein  33.5 
 
 		 402 aa  165  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.0019463  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2828  integrase family protein  32.09 
 
 		 396 aa  164  3e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3231  phage integrase  35.63 
 
 		 362 aa  162  1e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2777  phage integrase family protein  32.63 
 
 		 414 aa  162  1e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.179227 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0747  Phage integrase  32.98 
 
 		 418 aa  160  3e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.236649  normal  0.444279 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4002  phage integrase family site specific recombinase  33.69 
 
 		 387 aa  160  3e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2875  phage integrase family protein  31.48 
 
 		 422 aa  160  4e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.698524  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2365  Phage integrase  32.01 
 
 		 404 aa  160  5e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1087  prophage CP4-like integrase  32.67 
 
 		 402 aa  160  6e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0686158  normal  0.733302 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3853  phage integrase family site specific recombinase  31.57 
 
 		 404 aa  159  9e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0234676 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1354  phage integrase  32.18 
 
 		 404 aa  159  1e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.226935  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1290  prophage CP4-like integrase  31.56 
 
 		 404 aa  158  2e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0925  integrase family protein  31.31 
 
 		 404 aa  158  2e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0884  phage integrase family site specific recombinase  31.31 
 
 		 404 aa  158  2e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2953  phage integrase family protein  32.63 
 
 		 408 aa  157  3e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.887066  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0306  site-specific recombinase, phage integrase family  33.59 
 
 		 410 aa  157  4e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.644103 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2855  phage integrase family protein  33.16 
 
 		 412 aa  157  4e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.866183 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03516  Int  31.56 
 
 		 394 aa  156  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.465426  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03468  hypothetical protein  31.56 
 
 		 394 aa  156  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.457385  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1097  putative phage integrase  32.65 
 
 		 643 aa  156  6e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0408493  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1340  phage integrase family protein  32.91 
 
 		 487 aa  156  6e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.680009  normal  0.929089 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0444  phage integrase  30.73 
 
 		 417 aa  156  7e-37  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.159341  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4153  phage integrase family site specific recombinase  32.62 
 
 		 397 aa  155  9e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.448481  normal  0.0214927 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0968  cp4-like integrase protein  31.48 
 
 		 391 aa  155  1e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4738  integrase  32.54 
 
 		 396 aa  155  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.657187  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2480  integrase, phage family  32.25 
 
 		 413 aa  155  1e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00704938  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0053  integrase family protein  32.88 
 
 		 391 aa  155  1e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.613927 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1267  phage integrase family protein  30.18 
 
 		 409 aa  155  1e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0699075 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1053  integrase family protein  31.9 
 
 		 413 aa  154  2e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3112  site-specific recombinase, phage integrase family protein  32.54 
 
 		 394 aa  154  2e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0338398 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0681  integrase family protein  33.25 
 
 		 401 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2977  integrase family protein  33 
 
 		 429 aa  154  2e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3149  integrase family protein  30.03 
 
 		 402 aa  154  2.9999999999999998e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3377  site-specific recombinase, phage integrase family protein  32.54 
 
 		 394 aa  154  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0767  prophage integrase  32.25 
 
 		 413 aa  153  5.9999999999999996e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.496617  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4605  phage integrase family protein  31.41 
 
 		 418 aa  152  8e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.801465  normal  0.0167588 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3253  integrase family protein  33.25 
 
 		 406 aa  152  8.999999999999999e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.274925  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1135  integrase family protein  32.04 
 
 		 420 aa  152  8.999999999999999e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.660437  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3617  phage integrase family protein  30.56 
 
 		 390 aa  152  1e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0108  integrase family protein  31.81 
 
 		 389 aa  152  1e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6353  P4-like integrase  30.89 
 
 		 407 aa  152  1e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.276221  normal  0.142283 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1377  integrase family protein  29.29 
 
 		 404 aa  151  2e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.421262  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1752  phage integrase  31.22 
 
 		 404 aa  151  2e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2364  phage integrase family protein  31.22 
 
 		 404 aa  151  2e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>