More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5788 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012792  Vapar_5788  alpha/beta hydrolase fold protein  100 
 
 
321 aa  654    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6868  Alpha/beta hydrolase  57.35 
 
 
312 aa  332  5e-90  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2417  Alpha/beta hydrolase fold  50 
 
 
302 aa  269  5e-71  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0271863 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1760  alpha/beta hydrolase fold  47.1 
 
 
302 aa  266  4e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.176394  normal  0.0428772 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3581  alpha/beta hydrolase fold  48 
 
 
302 aa  263  2e-69  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5344  putative hydrolase  48.72 
 
 
317 aa  263  3e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.824632  normal  0.198209 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0167  alpha/beta hydrolase fold  49.24 
 
 
304 aa  263  4e-69  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.105219 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3257  alpha/beta hydrolase fold protein  47.27 
 
 
302 aa  261  1e-68  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0146  alpha/beta hydrolase fold  48.38 
 
 
306 aa  254  1.0000000000000001e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.618163 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1465  alpha/beta hydrolase fold  50 
 
 
296 aa  254  2.0000000000000002e-66  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4310  alpha/beta hydrolase fold protein  45.64 
 
 
309 aa  233  5e-60  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.680972  normal  0.0221146 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3967  alpha/beta hydrolase fold  41.43 
 
 
306 aa  204  2e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4400  alpha/beta hydrolase fold  41.43 
 
 
306 aa  204  2e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.334375 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0851  alpha/beta hydrolase fold  43.91 
 
 
320 aa  198  7.999999999999999e-50  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3621  alpha/beta hydrolase fold protein  39.72 
 
 
335 aa  195  7e-49  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0448853  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0490  alpha/beta hydrolase fold  37.41 
 
 
283 aa  188  1e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1225  alpha/beta hydrolase fold  43.7 
 
 
292 aa  186  5e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.475843  normal  0.369187 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26090  putative hydrolase  36.83 
 
 
319 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.860193 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4769  alpha/beta hydrolase fold  39.93 
 
 
282 aa  180  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1736  alpha/beta hydrolase fold  39.21 
 
 
290 aa  177  3e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02030  predicted hydrolase or acyltransferase of alpha/beta superfamily  35.12 
 
 
341 aa  173  3.9999999999999995e-42  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0732  hydrolase or acyltransferase (alpha/beta hydrolase superfamily)-like protein  36.2 
 
 
346 aa  172  6.999999999999999e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2996  alpha/beta hydrolase fold protein  40 
 
 
335 aa  169  8e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.761802  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3105  alpha/beta hydrolase fold  33.92 
 
 
291 aa  168  1e-40  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4334  alpha/beta hydrolase fold protein  36.59 
 
 
278 aa  167  2.9999999999999998e-40  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0684332 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4626  alpha/beta hydrolase fold protein  36.71 
 
 
348 aa  162  6e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.804772 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0310  alpha/beta hydrolase fold  36.99 
 
 
324 aa  162  6e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.40951  normal  0.178465 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1083  alpha/beta hydrolase fold  34.51 
 
 
291 aa  161  1e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6445  alpha/beta hydrolase fold protein  36.93 
 
 
340 aa  161  1e-38  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.668195  normal  0.673954 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1083  alpha/beta hydrolase fold  34.15 
 
 
291 aa  160  3e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2211  putative hydrolase  34.02 
 
 
320 aa  159  7e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.498461  normal  0.459037 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0971  alpha/beta hydrolase fold  33.68 
 
 
287 aa  158  1e-37  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.419723 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3580  alpha/beta hydrolase fold  34.03 
 
 
309 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.726937  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4419  alpha/beta hydrolase fold  34.03 
 
 
309 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3948  alpha/beta hydrolase fold  34.03 
 
 
309 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.358584 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1800  alpha/beta hydrolase fold  33.78 
 
 
351 aa  158  1e-37  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0840608  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4288  alpha/beta hydrolase fold protein  36.02 
 
 
262 aa  157  2e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.262225  normal  0.18848 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4088  alpha/beta hydrolase fold protein  38.65 
 
 
309 aa  157  3e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.90454  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1492  alpha/beta hydrolase fold  33.7 
 
 
291 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6337  alpha/beta hydrolase fold  33.7 
 
 
291 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7003  alpha/beta hydrolase fold  33.7 
 
 
291 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00535586 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2543  alpha/beta hydrolase fold  34.42 
 
 
298 aa  154  2.9999999999999998e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.239971  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3925  alpha/beta hydrolase fold  32.28 
 
 
298 aa  152  5.9999999999999996e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0345488  normal  0.030729 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2748  alpha/beta hydrolase fold protein  33.1 
 
 
311 aa  149  7e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00012747 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0533  alpha/beta hydrolase fold  33.22 
 
 
284 aa  148  1.0000000000000001e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3091  Alpha/beta hydrolase  31.79 
 
 
294 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.1055 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2869  alpha/beta hydrolase fold protein  31.72 
 
 
291 aa  144  1e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.415646  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2767  alpha/beta hydrolase fold  30.41 
 
 
297 aa  139  6e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.505439 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2627  alpha/beta hydrolase  32.71 
 
 
289 aa  135  9.999999999999999e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.158878 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2809  alpha/beta hydrolase fold protein  30.55 
 
 
302 aa  132  1.0000000000000001e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5733  alpha/beta hydrolase fold protein  31.32 
 
 
288 aa  129  5.0000000000000004e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3922  Alpha/beta hydrolase fold  33.56 
 
 
291 aa  122  8e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.505455  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3459  alpha/beta hydrolase fold  33 
 
 
297 aa  121  9.999999999999999e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.926799 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09470  Alpha/beta hydrolase fold protein  32.71 
 
 
290 aa  120  1.9999999999999998e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.688745  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4283  alpha/beta hydrolase fold  31.19 
 
 
300 aa  120  3.9999999999999996e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4189  alpha/beta hydrolase fold protein  32.62 
 
 
281 aa  119  7e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2668  alpha/beta hydrolase fold protein  29.74 
 
 
278 aa  119  9e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2696  alpha/beta hydrolase fold  30.14 
 
 
291 aa  116  6e-25  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.498963  decreased coverage  0.00208278 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1864  Alpha/beta hydrolase  32.33 
 
 
301 aa  115  7.999999999999999e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.541932  hitchhiker  0.00668375 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2970  alpha/beta hydrolase fold  31.25 
 
 
315 aa  114  2.0000000000000002e-24  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1354  alpha/beta hydrolase fold  32.57 
 
 
302 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.420067  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0685  Alpha/beta hydrolase fold  28.99 
 
 
287 aa  112  1.0000000000000001e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.339922  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_29750  predicted hydrolase or acyltransferase of alpha/beta superfamily  30.04 
 
 
293 aa  111  1.0000000000000001e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0983  alpha/beta hydrolase fold  32.39 
 
 
312 aa  111  1.0000000000000001e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3063  alpha/beta hydrolase fold protein  32.2 
 
 
295 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.841817  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0535  alpha/beta hydrolase fold  31.62 
 
 
298 aa  111  2.0000000000000002e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0987  alpha/beta hydrolase fold  30.25 
 
 
288 aa  110  3e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0567924  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2732  alpha/beta hydrolase fold  30.64 
 
 
292 aa  110  5e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0202  alpha/beta hydrolase fold  30.48 
 
 
292 aa  109  6e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.928945 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0771  alpha/beta hydrolase fold protein  28.62 
 
 
312 aa  109  7.000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1035  alpha/beta hydrolase fold protein  29.43 
 
 
303 aa  108  1e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.493601  normal  0.43821 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8637  alpha/beta hydrolase fold protein  26.79 
 
 
370 aa  108  2e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0532982  normal  0.751963 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5198  alpha/beta hydrolase fold protein  26.06 
 
 
290 aa  106  4e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  8.45411e-23 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3822  alpha/beta hydrolase fold  30.1 
 
 
291 aa  106  5e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000931508 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3398  alpha/beta hydrolase fold protein  28.08 
 
 
292 aa  106  5e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00619315  normal  0.16615 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2119  alpha/beta hydrolase fold  31.19 
 
 
307 aa  106  5e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2139  alpha/beta hydrolase fold protein  30.1 
 
 
292 aa  105  9e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.021352  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3097  alpha/beta hydrolase fold  30.3 
 
 
301 aa  105  1e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1373  alpha/beta hydrolase fold protein  28.86 
 
 
290 aa  105  1e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.292438  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0366  haloacetate dehalogenase H-1  30.36 
 
 
304 aa  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2775  alpha/beta hydrolase  31.4 
 
 
293 aa  105  1e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3194  alpha/beta hydrolase fold  29.53 
 
 
309 aa  105  1e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0270844 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0364  haloacetate dehalogenase H-1  30.36 
 
 
304 aa  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10135  epoxide hydrolase ephF  28.48 
 
 
300 aa  104  2e-21  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.890635 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5258  haloacetate dehalogenase  30.24 
 
 
292 aa  104  2e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0608226  normal  0.0520418 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0373  haloacetate dehalogenase H-1  30.36 
 
 
304 aa  103  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.244741  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1343  alpha/beta hydrolase fold protein  28.52 
 
 
290 aa  103  3e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0503  alpha/beta hydrolase fold protein  29.41 
 
 
292 aa  103  4e-21  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0988269  hitchhiker  0.00000243689 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3868  alpha/beta hydrolase fold  30.36 
 
 
305 aa  103  4e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.144177 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4324  alpha/beta hydrolase fold  30.94 
 
 
309 aa  103  6e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1787  alpha/beta hydrolase fold protein  30.88 
 
 
304 aa  102  7e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.994871  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1661  alpha/beta hydrolase fold  34.23 
 
 
294 aa  102  1e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.395016  normal  0.0474032 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1001  alpha/beta hydrolase fold  29 
 
 
291 aa  102  1e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.11991  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6167  alpha/beta hydrolase fold protein  30.24 
 
 
289 aa  101  2e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00000738645  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2960  alpha/beta hydrolase fold  28.91 
 
 
298 aa  100  3e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3226  alpha/beta hydrolase fold protein  30.41 
 
 
297 aa  100  3e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000476161 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1728  alpha/beta hydrolase fold protein  29.75 
 
 
294 aa  100  3e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.637652  normal  0.0268844 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3414  alpha/beta hydrolase fold protein  31.8 
 
 
294 aa  100  4e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6597  alpha/beta hydrolase fold protein  29.9 
 
 
301 aa  99.8  6e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.446556  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0829  alpha/beta hydrolase fold protein  29.84 
 
 
298 aa  99.8  6e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.394876  normal  0.0369902 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>