87 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1807 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_1807  TonB family protein  100 
 
 
233 aa  439  9.999999999999999e-123  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.390031  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2568  TonB family protein  38.26 
 
 
256 aa  115  3.9999999999999997e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.127416  hitchhiker  0.00103277 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1442  TonB family protein  45.45 
 
 
233 aa  113  3e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3311  TonB family protein  47.69 
 
 
232 aa  110  3e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2406  TonB family protein  45 
 
 
233 aa  109  4.0000000000000004e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.667004 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4622  TonB family protein  42.55 
 
 
233 aa  105  4e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.273599  hitchhiker  0.0000876595 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3051  TonB-like  41.95 
 
 
259 aa  103  2e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3076  TonB family protein  45.21 
 
 
234 aa  102  4e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00417889  normal  0.18008 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1116  TonB, C-terminal  32.46 
 
 
212 aa  71.2  0.00000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.117664 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2277  TonB-like protein  35.91 
 
 
219 aa  69.7  0.00000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.380607  normal  0.0262675 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1945  TonB family protein  44.87 
 
 
245 aa  67.8  0.0000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3718  periplasmic protein/ biopolymer transport  40.51 
 
 
238 aa  67.4  0.0000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5527  TonB-like protein  44.87 
 
 
243 aa  66.6  0.0000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1963  TONB transmembrane protein  37.37 
 
 
221 aa  65.5  0.0000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.425469 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1049  TonB-like  39.74 
 
 
223 aa  63.5  0.000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0327  tonB1 protein  30.65 
 
 
249 aa  63.5  0.000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000128507  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2237  TonB family protein  45.57 
 
 
243 aa  62.8  0.000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.988548  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2116  TonB family protein  51.67 
 
 
226 aa  62.4  0.000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1409  TonB family protein  48.33 
 
 
244 aa  62.4  0.000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.103412 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2024  TonB protein, putative  36.36 
 
 
244 aa  62  0.000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.561423  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3140  TonB protein  43.75 
 
 
245 aa  62  0.000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.426422  normal  0.0468636 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2223  TonB family protein  44.3 
 
 
226 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0534609  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5879  TonB-like  44.3 
 
 
243 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2198  TonB family protein  44.3 
 
 
243 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0522  TonB domain-containing protein  36.36 
 
 
248 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.507667  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1078  TonB family protein  48.33 
 
 
245 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0619  TonB domain-containing protein  36.73 
 
 
248 aa  59.7  0.00000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.938993  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1801  putative TonB protein  36.36 
 
 
229 aa  59.3  0.00000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.613166  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1090  TonB domain-containing protein  36.73 
 
 
246 aa  59.3  0.00000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0798  TonB domain-containing protein  36.73 
 
 
246 aa  59.3  0.00000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2062  TonB domain-containing protein  36.73 
 
 
246 aa  59.3  0.00000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1932  siderophore-mediated iron transport protein  36.36 
 
 
229 aa  59.3  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1663  hypothetical protein  25.48 
 
 
2449 aa  58.2  0.0000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0146  TonB family protein  32.52 
 
 
287 aa  57.8  0.0000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1202  TonB family protein  34.65 
 
 
244 aa  57  0.0000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000141399 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1792  TonB family protein  38.79 
 
 
218 aa  57.4  0.0000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.433494 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4496  TonB, C-terminal  36.05 
 
 
237 aa  57  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0910  TonB protein  39.74 
 
 
234 aa  57.4  0.0000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.979068  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1487  TonB family protein  34.65 
 
 
244 aa  57  0.0000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2475  TonB like protein  38.46 
 
 
230 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.672358  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1054  TonB protein  30 
 
 
236 aa  57  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2116  TonB family protein  38.32 
 
 
218 aa  55.5  0.0000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.223061  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0713  periplasmic protein TonB  37.93 
 
 
280 aa  55.5  0.0000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.015626 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1571  TonB family protein  47.89 
 
 
251 aa  54.3  0.000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.265243 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4093  TonB, C-terminal  34.88 
 
 
228 aa  53.5  0.000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0753  TonB family protein  25.58 
 
 
230 aa  53.1  0.000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.553846  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1566  TonB family protein  34.3 
 
 
251 aa  53.5  0.000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4255  TonB family protein  40.51 
 
 
441 aa  53.5  0.000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.510243  normal  0.585691 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3518  TonB family protein  38.37 
 
 
253 aa  52.4  0.000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.631261  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2301  TonB family protein  36.25 
 
 
242 aa  52  0.000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1944  TonB family protein  36.25 
 
 
242 aa  52  0.000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4047  TonB family protein  36.84 
 
 
245 aa  51.6  0.000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.866851 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1141  TonB family protein  31.78 
 
 
234 aa  52  0.000009  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1564  TonB family protein  34.25 
 
 
219 aa  50.4  0.00002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0761  TonB family protein  44.44 
 
 
247 aa  50.8  0.00002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.988659  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001355  ferric siderophore transport system binding protein TonB  33.33 
 
 
218 aa  50.1  0.00003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0107998  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4005  TonB family protein  37.97 
 
 
248 aa  50.1  0.00003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0773  TonB family protein  28.66 
 
 
251 aa  49.7  0.00004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0965  TonB family protein  38.46 
 
 
283 aa  49.7  0.00004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0610  pullulanase, type I  35.24 
 
 
1888 aa  49.3  0.00005  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3773  TonB family protein  31.4 
 
 
475 aa  48.9  0.00006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.854647  normal  0.705204 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3236  TonB family protein  36.71 
 
 
291 aa  48.9  0.00007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00481831  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0575  TonB family protein  33.77 
 
 
270 aa  48.9  0.00007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.10213  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1236  TonB family protein  39.34 
 
 
269 aa  48.5  0.00008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3670  TonB1 protein  36.71 
 
 
274 aa  48.5  0.00009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0491  TonB family protein  37.5 
 
 
283 aa  47.8  0.0001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.112802 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4331  TonB family protein  26.95 
 
 
288 aa  46.6  0.0003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.141316  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0668  TonB domain-containing protein  29.22 
 
 
193 aa  46.6  0.0003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2156  TonB-like  26.67 
 
 
219 aa  45.8  0.0005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3328  TonB family protein  36.71 
 
 
252 aa  46.2  0.0005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.379143  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05244  hypothetical protein  29.49 
 
 
243 aa  45.8  0.0006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1149  TonB family protein  33.77 
 
 
293 aa  45.8  0.0006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0789  TonB-like protein  35.9 
 
 
269 aa  45.8  0.0006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000813282  n/a   
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3668  TonB family protein  26.19 
 
 
244 aa  45.4  0.0007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0995  TonB family protein  31.82 
 
 
208 aa  45.1  0.001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0876  TonB-like protein  37.18 
 
 
275 aa  45.1  0.001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000261877  normal  0.0876537 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1020  TonB-like protein  37.18 
 
 
275 aa  45.1  0.001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000273603  normal  0.0339055 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1478  TonB protein  40 
 
 
231 aa  44.7  0.001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0184  TonB family protein  36.62 
 
 
267 aa  44.7  0.001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.140188 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2304  TonB family protein  30.59 
 
 
259 aa  43.9  0.002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1947  TonB family protein  30.59 
 
 
218 aa  43.9  0.002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1403  TonB family protein  40 
 
 
231 aa  43.9  0.002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1008  TonB family protein  33.75 
 
 
258 aa  43.5  0.003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.649476  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1173  TonB family protein  22.93 
 
 
282 aa  42.4  0.006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.140977  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01882  TonB family C-terminal domain protein  30.91 
 
 
271 aa  42.4  0.006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.162741  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2639  TonB family protein  27.91 
 
 
285 aa  41.6  0.009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0861  TonB family protein  32.58 
 
 
244 aa  41.6  0.01  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.44406  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>