More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1259 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_1259  response regulator receiver protein  100 
 
 		 136 aa  280  5.000000000000001e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.499071  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3508  response regulator receiver protein  60.61 
 
 		 136 aa  171  5e-42  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.790659  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0882  response regulator receiver domain-containing protein  65.55 
 
 		 131 aa  170  6.999999999999999e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.489217  normal  0.567354 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2831  response regulator receiver protein  60.61 
 
 		 136 aa  169  1e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3861  response regulator receiver protein  64.96 
 
 		 131 aa  164  5e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.766529 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0923  response regulator receiver protein  60.16 
 
 		 132 aa  161  2.0000000000000002e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2455  response regulator receiver domain-containing protein  61.54 
 
 		 156 aa  161  3e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.275006  normal  0.0886076 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1810  response regulator receiver protein  62.39 
 
 		 142 aa  160  7e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0033  response regulator receiver protein  56.39 
 
 		 153 aa  154  4e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.315681  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3994  response regulator receiver protein  53.28 
 
 		 146 aa  150  5.9999999999999996e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.73116  normal  0.876977 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4107  response regulator receiver protein  56.25 
 
 		 137 aa  149  2e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3636  response regulator receiver protein  53.85 
 
 		 126 aa  136  8.999999999999999e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0607  response regulator receiver domain-containing protein  50.41 
 
 		 129 aa  132  1.9999999999999998e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000161034  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2901  putative transcription regulator protein  53.78 
 
 		 132 aa  131  3e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0194664  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1872  response regulator receiver domain-containing protein  51.26 
 
 		 139 aa  126  1.0000000000000001e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2734  response regulator receiver protein  49.19 
 
 		 130 aa  126  1.0000000000000001e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.434991  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4742  response regulator receiver domain-containing protein  46.88 
 
 		 133 aa  117  4.9999999999999996e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.881112  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0398  response regulator receiver protein  46.96 
 
 		 132 aa  114  5e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.151817 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6326  response regulator receiver protein  51.75 
 
 		 123 aa  111  4.0000000000000004e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.212906  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2236  response regulator receiver domain-containing protein  38.33 
 
 		 155 aa  80.9  0.000000000000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0291  putative transcription regulator protein  35 
 
 		 146 aa  73.2  0.000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1664  response regulator receiver domain-containing protein  36.36 
 
 		 134 aa  73.2  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0208755  normal  0.0661696 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0152  response regulator receiver protein  34.81 
 
 		 146 aa  72  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0144  response regulator receiver protein  34.33 
 
 		 146 aa  68.9  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0475  response regulator receiver protein  37.04 
 
 		 143 aa  68.9  0.00000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5998  response regulator receiver protein  34.55 
 
 		 136 aa  68.2  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4011  response regulator receiver protein  34.55 
 
 		 136 aa  68.2  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4356  response regulator receiver protein  34.55 
 
 		 136 aa  68.2  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.140431  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0791  response regulator receiver protein  37.72 
 
 		 131 aa  67.4  0.00000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.958147 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4264  response regulator receiver protein  35.71 
 
 		 134 aa  67.4  0.00000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.167858  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0944  response regulator receiver domain-containing protein  31.58 
 
 		 175 aa  63.2  0.000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1088  response regulator receiver domain-containing protein  31.58 
 
 		 175 aa  63.2  0.000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0122  response regulator receiver  33.33 
 
 		 136 aa  62.4  0.000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.940533  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0091  response regulator receiver domain-containing protein  35.96 
 
 		 135 aa  62.4  0.000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3611  response regulator receiver protein  30.53 
 
 		 191 aa  62.4  0.000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.194602  normal  0.24428 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2655  response regulator receiver protein  30.17 
 
 		 142 aa  60.5  0.000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.822475  normal  0.523205 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4295  response regulator receiver domain-containing protein  33.91 
 
 		 142 aa  60.5  0.000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6315  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.64 
 
 		 403 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1461  response regulator receiver domain-containing protein  32.48 
 
 		 149 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544855  normal  0.363371 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5997  response regulator receiver protein  36.56 
 
 		 103 aa  58.5  0.00000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1169  response regulator receiver domain-containing protein  33.9 
 
 		 129 aa  58.5  0.00000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4239  response regulator receiver protein  34.55 
 
 		 135 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.04072  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1507  response regulator receiver protein  31.03 
 
 		 143 aa  57.4  0.00000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1914  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.97 
 
 		 815 aa  56.2  0.0000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.979442  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3765  response regulator receiver protein  34.23 
 
 		 135 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.238428  normal  0.0480348 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1245  DNA-binding response regulator,, putative  31.53 
 
 		 136 aa  55.1  0.0000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.841287  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5812  response regulator receiver protein  30.91 
 
 		 138 aa  53.9  0.0000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.113001 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1851  two component LuxR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 262 aa  53.5  0.0000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.467917  normal  0.53175 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1123  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.94 
 
 		 242 aa  53.1  0.000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1553  response regulator  29.82 
 
 		 136 aa  52.4  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0128  response regulator  30.36 
 
 		 136 aa  52.4  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.450595  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1635  response regulator  29.82 
 
 		 136 aa  52.4  0.000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0293  two component LuxR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 222 aa  52.4  0.000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1122  two component transcriptional regulator, LuxR family  28.45 
 
 		 234 aa  52.4  0.000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.752968  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1588  two component LuxR family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 215 aa  51.6  0.000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.731747  normal  0.987016 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5989  response regulator receiver protein  38.16 
 
 		 83 aa  51.6  0.000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1849  response regulator receiver domain-containing protein  31.82 
 
 		 143 aa  51.6  0.000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.369582  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3628  two component LuxR family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 292 aa  51.2  0.000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.350857 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0094  two component LuxR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 222 aa  50.4  0.000009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2360  response regulator receiver protein  30.6 
 
 		 523 aa  49.7  0.00001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3986  two component LuxR family transcriptional regulator  26.95 
 
 		 217 aa  49.7  0.00001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.039666 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0539  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.82 
 
 		 816 aa  50.1  0.00001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.146269  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18340  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  26.72 
 
 		 209 aa  49.3  0.00002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1421  response regulator receiver protein  28.32 
 
 		 145 aa  48.9  0.00002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.512888  normal  0.112783 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0130  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.48 
 
 		 224 aa  48.9  0.00002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00147609  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4334  two component LuxR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 209 aa  48.5  0.00003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.255025  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0978  two component signal transduction response regulator  22.61 
 
 		 223 aa  48.5  0.00003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0402933  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1336  two component LuxR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 208 aa  48.5  0.00003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4502  two component transcriptional regulator, LuxR family  27.83 
 
 		 205 aa  48.5  0.00003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.438194 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0745  two-component regulator  28.7 
 
 		 223 aa  48.1  0.00004  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.802142  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0799  two component transcriptional regulator, LuxR family  27.86 
 
 		 226 aa  48.1  0.00004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3341  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.87 
 
 		 225 aa  47.8  0.00005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.219699 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1579  two component LuxR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 242 aa  47.8  0.00005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0181  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.6 
 
 		 737 aa  47.4  0.00006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0029  two component LuxR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 220 aa  47.4  0.00007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.268532  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5014  two component LuxR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 209 aa  47  0.00008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.103708  normal  0.29037 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4628  two component LuxR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 219 aa  47  0.00008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2141  response regulator  25.64 
 
 		 214 aa  47  0.00009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.126922  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2408  two component LuxR family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 219 aa  47  0.00009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0426941  normal  0.882432 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5322  two component LuxR family transcriptional regulator  27.19 
 
 		 220 aa  46.6  0.0001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.929677 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1595  two component transcriptional regulator, LuxR family  27.59 
 
 		 203 aa  46.2  0.0001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.356259  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3279  response regulator receiver  30.97 
 
 		 221 aa  46.2  0.0001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.97215  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3743  two component LuxR family transcriptional regulator  26.27 
 
 		 225 aa  46.2  0.0001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2543  two component LuxR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 230 aa  46.2  0.0001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.149636  normal  0.0443917 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3643  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.87 
 
 		 225 aa  46.6  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1684  response regulator receiver protein  30.97 
 
 		 207 aa  46.6  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.966789 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3511  two component LuxR family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 221 aa  46.2  0.0001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0444635 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2748  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  28.93 
 
 		 542 aa  46.2  0.0001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2713  two component LuxR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 216 aa  45.8  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3273  two component Fis family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 194 aa  46.2  0.0002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02748  response regulator  24.79 
 
 		 214 aa  45.4  0.0002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0866  two component LuxR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 220 aa  45.8  0.0002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1358  two component LuxR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 220 aa  45.8  0.0002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.110964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0131  DNA-binding response regulator  28.35 
 
 		 187 aa  45.1  0.0003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00417692  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0852  GAF sensor hybrid histidine kinase  30.63 
 
 		 1055 aa  45.1  0.0003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2345  two component signal transduction response regulator  30 
 
 		 455 aa  45.4  0.0003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00459366  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3516  two component transcriptional regulator  30.53 
 
 		 222 aa  45.1  0.0003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.796525  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3303  two component LuxR family transcriptional regulator  22.81 
 
 		 222 aa  45.4  0.0003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.248413 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2990  two component LuxR family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 223 aa  45.4  0.0003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.656569  normal  0.240376 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1072  two component LuxR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 219 aa  45.4  0.0003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.562029  normal  0.0679961 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>