91 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4107 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_4107  response regulator receiver protein  100 
 
 		 137 aa  283  8e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0882  response regulator receiver domain-containing protein  73.55 
 
 		 131 aa  188  2.9999999999999997e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.489217  normal  0.567354 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0923  response regulator receiver protein  68.7 
 
 		 132 aa  184  3e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3508  response regulator receiver protein  65.19 
 
 		 136 aa  184  3e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.790659  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2831  response regulator receiver protein  71.19 
 
 		 136 aa  182  2.0000000000000003e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3861  response regulator receiver protein  71.19 
 
 		 131 aa  181  4.0000000000000006e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.766529 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0033  response regulator receiver protein  64.18 
 
 		 153 aa  178  2e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.315681  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1810  response regulator receiver protein  68.64 
 
 		 142 aa  176  8e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2901  putative transcription regulator protein  61.67 
 
 		 132 aa  152  1e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0194664  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2455  response regulator receiver domain-containing protein  57.85 
 
 		 156 aa  151  2e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.275006  normal  0.0886076 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1259  response regulator receiver protein  56.25 
 
 		 136 aa  149  2e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.499071  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0607  response regulator receiver domain-containing protein  59.83 
 
 		 129 aa  144  3e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000161034  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2734  response regulator receiver protein  58.62 
 
 		 130 aa  144  5e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.434991  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1872  response regulator receiver domain-containing protein  55.22 
 
 		 139 aa  144  6e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3994  response regulator receiver protein  50.75 
 
 		 146 aa  137  3.9999999999999997e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.73116  normal  0.876977 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3636  response regulator receiver protein  53.45 
 
 		 126 aa  132  9.999999999999999e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6326  response regulator receiver protein  52.14 
 
 		 123 aa  118  1.9999999999999998e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.212906  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4742  response regulator receiver domain-containing protein  46.55 
 
 		 133 aa  112  2.0000000000000002e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.881112  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0398  response regulator receiver protein  37.8 
 
 		 132 aa  93.2  1e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.151817 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2236  response regulator receiver domain-containing protein  41.27 
 
 		 155 aa  87  8e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0475  response regulator receiver protein  42.37 
 
 		 143 aa  82.8  0.000000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2655  response regulator receiver protein  36.21 
 
 		 142 aa  70.9  0.000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.822475  normal  0.523205 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1461  response regulator receiver domain-containing protein  36.97 
 
 		 149 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544855  normal  0.363371 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5997  response regulator receiver protein  41.94 
 
 		 103 aa  68.2  0.00000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1664  response regulator receiver domain-containing protein  29.77 
 
 		 134 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0208755  normal  0.0661696 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4264  response regulator receiver protein  31.5 
 
 		 134 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.167858  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1245  DNA-binding response regulator,, putative  34.62 
 
 		 136 aa  62.8  0.000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.841287  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0291  putative transcription regulator protein  32.82 
 
 		 146 aa  62.4  0.000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4011  response regulator receiver protein  31.75 
 
 		 136 aa  62  0.000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4356  response regulator receiver protein  31.75 
 
 		 136 aa  62  0.000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.140431  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5998  response regulator receiver protein  31.75 
 
 		 136 aa  62  0.000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0152  response regulator receiver protein  31.75 
 
 		 146 aa  61.2  0.000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0144  response regulator receiver protein  31.75 
 
 		 146 aa  59.7  0.00000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5989  response regulator receiver protein  40.51 
 
 		 83 aa  59.3  0.00000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0122  response regulator receiver  31.67 
 
 		 136 aa  59.3  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.940533  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0091  response regulator receiver domain-containing protein  33.33 
 
 		 135 aa  58.9  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1635  response regulator  34.65 
 
 		 136 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1553  response regulator  34.65 
 
 		 136 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0128  response regulator  34.65 
 
 		 136 aa  57.4  0.00000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.450595  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0944  response regulator receiver domain-containing protein  30.47 
 
 		 175 aa  56.2  0.0000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1088  response regulator receiver domain-containing protein  30.47 
 
 		 175 aa  56.2  0.0000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4239  response regulator receiver protein  31.5 
 
 		 135 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.04072  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0791  response regulator receiver protein  31.03 
 
 		 131 aa  54.7  0.0000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.958147 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3765  response regulator receiver protein  29.92 
 
 		 135 aa  52  0.000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.238428  normal  0.0480348 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6315  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.91 
 
 		 403 aa  52  0.000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1507  response regulator receiver protein  31.03 
 
 		 143 aa  51.6  0.000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0181  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.58 
 
 		 737 aa  49.7  0.00001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1169  response regulator receiver domain-containing protein  31.03 
 
 		 129 aa  47  0.00008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0310  two component transcriptional regulator  31.53 
 
 		 223 aa  46.6  0.0001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.859655 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4295  response regulator receiver domain-containing protein  31.86 
 
 		 142 aa  45.1  0.0003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0715  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.2 
 
 		 245 aa  45.4  0.0003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00500528  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5153  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.7 
 
 		 1002 aa  44.7  0.0005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.437111  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1737  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.58 
 
 		 1037 aa  43.9  0.0007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.476029  normal  0.227269 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0212  response regulator receiver domain-containing protein  29.01 
 
 		 137 aa  43.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1849  response regulator receiver domain-containing protein  28.18 
 
 		 143 aa  42.7  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.369582  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1914  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.65 
 
 		 815 aa  42.7  0.001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.979442  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1737  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  32.56 
 
 		 720 aa  43.1  0.001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.166788  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3279  response regulator receiver  32.76 
 
 		 221 aa  43.1  0.001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.97215  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5812  response regulator receiver protein  28.18 
 
 		 138 aa  43.5  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.113001 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1122  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.57 
 
 		 234 aa  43.5  0.001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.752968  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4452  response regulator receiver domain-containing protein  26.98 
 
 		 136 aa  43.5  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.421397  normal  0.0817611 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06590  response regulator receiver protein  27.01 
 
 		 262 aa  43.5  0.001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000232495  n/a   
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1849  two component transcriptional regulator, LuxR family  27.27 
 
 		 197 aa  42.4  0.002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0165336  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3643  two component transcriptional regulator, winged helix family  25.64 
 
 		 225 aa  42.4  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2579  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.53 
 
 		 213 aa  42.4  0.002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0500394 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1235  two component LuxR family transcriptional regulator  25.2 
 
 		 211 aa  42.4  0.002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2714  two component transcriptional regulator  31.25 
 
 		 221 aa  42.4  0.002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.439006  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3516  two component transcriptional regulator  32.14 
 
 		 222 aa  42.7  0.002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.796525  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3303  two component LuxR family transcriptional regulator  26.05 
 
 		 222 aa  42  0.003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.248413 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3743  two component LuxR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 225 aa  41.6  0.003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3021  sporulation transcriptional activator Spo0A  25.42 
 
 		 264 aa  41.2  0.004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000341276  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1993  response regulator receiver  28.16 
 
 		 128 aa  41.6  0.004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0965  two-component response regulator PilR  32.97 
 
 		 446 aa  41.6  0.004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.25964  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1934  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  31.4 
 
 		 720 aa  41.2  0.004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.668168  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3341  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.86 
 
 		 225 aa  41.6  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.219699 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0892  response regulator receiver  24.53 
 
 		 233 aa  41.2  0.005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3511  two component LuxR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 221 aa  41.2  0.005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0444635 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003784  two-component system response regulator QseB  30.97 
 
 		 219 aa  41.2  0.005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000147394  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1815  two component LuxR family transcriptional regulator  25.22 
 
 		 213 aa  41.2  0.005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.922696  normal  0.34679 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1369  two component transcriptional regulator, LuxR family  28.89 
 
 		 218 aa  41.2  0.005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.380225  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3016  two component transcriptional regulator  31.25 
 
 		 221 aa  40.8  0.006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00666033 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1775  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.12 
 
 		 209 aa  40.4  0.007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.814588  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0736  Hpt sensor hybrid histidine kinase  29.46 
 
 		 1074 aa  40.8  0.007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2867  response regulator receiver protein  26.09 
 
 		 449 aa  40.8  0.007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1572  response regulator receiver modulated CheW protein  28.46 
 
 		 301 aa  40.8  0.007  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5476  two component transcriptional regulator, LuxR family  25.42 
 
 		 219 aa  40.4  0.008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.21854 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0439  two component transcriptional regulator  27.13 
 
 		 253 aa  40.4  0.008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1055  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 508 aa  40.4  0.008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00334907 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1199  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.18 
 
 		 962 aa  40.4  0.009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0973  two component LuxR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 216 aa  40.4  0.009  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.255067  normal  0.404517 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1244  DNA-binding response regulator  27.43 
 
 		 219 aa  40  0.01  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000551267  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>