145 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_6326 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_6326  response regulator receiver protein  100 
 
 		 123 aa  251  2.0000000000000002e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.212906  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2734  response regulator receiver protein  58.47 
 
 		 130 aa  132  9.999999999999999e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.434991  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1810  response regulator receiver protein  54.47 
 
 		 142 aa  132  1.9999999999999998e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3861  response regulator receiver protein  52.03 
 
 		 131 aa  126  9.000000000000001e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.766529 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2455  response regulator receiver domain-containing protein  52.1 
 
 		 156 aa  124  3e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.275006  normal  0.0886076 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0923  response regulator receiver protein  55.46 
 
 		 132 aa  124  4.0000000000000003e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2831  response regulator receiver protein  51.24 
 
 		 136 aa  123  8.000000000000001e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0882  response regulator receiver domain-containing protein  53.78 
 
 		 131 aa  123  8.000000000000001e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.489217  normal  0.567354 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3508  response regulator receiver protein  51.24 
 
 		 136 aa  123  8.000000000000001e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.790659  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0033  response regulator receiver protein  51.26 
 
 		 153 aa  119  9.999999999999999e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.315681  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4107  response regulator receiver protein  52.14 
 
 		 137 aa  118  1.9999999999999998e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0607  response regulator receiver domain-containing protein  51.26 
 
 		 129 aa  117  3.9999999999999996e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000161034  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3636  response regulator receiver protein  50.85 
 
 		 126 aa  114  3.9999999999999997e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3994  response regulator receiver protein  52.21 
 
 		 146 aa  113  6.9999999999999995e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.73116  normal  0.876977 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2901  putative transcription regulator protein  51.33 
 
 		 132 aa  112  2.0000000000000002e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0194664  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1259  response regulator receiver protein  51.75 
 
 		 136 aa  111  3e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.499071  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1872  response regulator receiver domain-containing protein  51.72 
 
 		 139 aa  110  5e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4742  response regulator receiver domain-containing protein  43.22 
 
 		 133 aa  93.2  1e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.881112  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0398  response regulator receiver protein  43.97 
 
 		 132 aa  85.9  2e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.151817 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0475  response regulator receiver protein  44.72 
 
 		 143 aa  77.4  0.00000000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0291  putative transcription regulator protein  38.6 
 
 		 146 aa  70.9  0.000000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2236  response regulator receiver domain-containing protein  38.98 
 
 		 155 aa  68.9  0.00000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0091  response regulator receiver domain-containing protein  38.6 
 
 		 135 aa  69.3  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0152  response regulator receiver protein  36.84 
 
 		 146 aa  68.2  0.00000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1461  response regulator receiver domain-containing protein  40.18 
 
 		 149 aa  67.8  0.00000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544855  normal  0.363371 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0144  response regulator receiver protein  36.84 
 
 		 146 aa  67.8  0.00000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2655  response regulator receiver protein  40.18 
 
 		 142 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.822475  normal  0.523205 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0122  response regulator receiver  34.51 
 
 		 136 aa  62.8  0.000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.940533  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1507  response regulator receiver protein  37.5 
 
 		 143 aa  60.5  0.000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1245  DNA-binding response regulator,, putative  36.04 
 
 		 136 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.841287  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5997  response regulator receiver protein  39.19 
 
 		 103 aa  58.9  0.00000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5989  response regulator receiver protein  39.19 
 
 		 83 aa  58.5  0.00000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0944  response regulator receiver domain-containing protein  32.74 
 
 		 175 aa  58.2  0.00000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1088  response regulator receiver domain-containing protein  32.74 
 
 		 175 aa  58.2  0.00000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1664  response regulator receiver domain-containing protein  36.61 
 
 		 134 aa  57  0.00000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0208755  normal  0.0661696 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1169  response regulator receiver domain-containing protein  35.14 
 
 		 129 aa  56.6  0.0000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4264  response regulator receiver protein  34.55 
 
 		 134 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.167858  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4295  response regulator receiver domain-containing protein  38.6 
 
 		 142 aa  55.8  0.0000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0791  response regulator receiver protein  34.91 
 
 		 131 aa  56.2  0.0000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.958147 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0128  response regulator  34.55 
 
 		 136 aa  54.7  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.450595  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1635  response regulator  34.55 
 
 		 136 aa  54.7  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1553  response regulator  34.55 
 
 		 136 aa  54.7  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4011  response regulator receiver protein  33.64 
 
 		 136 aa  54.3  0.0000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4356  response regulator receiver protein  33.64 
 
 		 136 aa  54.3  0.0000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.140431  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5998  response regulator receiver protein  33.64 
 
 		 136 aa  54.3  0.0000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5812  response regulator receiver protein  34.91 
 
 		 138 aa  54.3  0.0000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.113001 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1215  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  29.51 
 
 		 944 aa  50.8  0.000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.960151  normal  0.101285 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0181  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.23 
 
 		 737 aa  50.8  0.000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0293  two component LuxR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 222 aa  48.5  0.00003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3341  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.86 
 
 		 225 aa  48.5  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.219699 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4239  response regulator receiver protein  39.19 
 
 		 135 aa  48.1  0.00003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.04072  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6315  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.11 
 
 		 403 aa  47.8  0.00005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0238  CheA signal transduction histidine kinases  36.84 
 
 		 764 aa  47.8  0.00006  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1969  sigma-54 dependent transcriptional regulator/response regulator  29.82 
 
 		 473 aa  47.4  0.00007  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.440374  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6288  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.68 
 
 		 224 aa  47  0.00008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0171319  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3643  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.86 
 
 		 225 aa  47  0.00008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1218  response regulator receiver  29.73 
 
 		 134 aa  46.6  0.0001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1849  response regulator receiver domain-containing protein  32.11 
 
 		 143 aa  46.6  0.0001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.369582  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3765  response regulator receiver protein  37.84 
 
 		 135 aa  46.2  0.0001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.238428  normal  0.0480348 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6108  two component response regulator  32.11 
 
 		 226 aa  46.2  0.0002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.655098  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4906  response regulator receiver  40.48 
 
 		 205 aa  45.8  0.0002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.275081  normal  0.875639 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2109  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  31.82 
 
 		 515 aa  45.4  0.0003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4452  response regulator receiver domain-containing protein  33.64 
 
 		 136 aa  45.1  0.0003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.421397  normal  0.0817611 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0397  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  33.93 
 
 		 755 aa  45.4  0.0003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.243308 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4778  two component LuxR family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 208 aa  45.4  0.0003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00000269792  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0830  transcriptional regulator  23.89 
 
 		 211 aa  45.1  0.0003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0726  response regulator  23.89 
 
 		 211 aa  44.7  0.0004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3601  response regulator receiver protein  32.46 
 
 		 224 aa  44.7  0.0004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1993  response regulator receiver  31.73 
 
 		 128 aa  44.3  0.0005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0354  putative two-component response regulator  25.69 
 
 		 228 aa  43.9  0.0007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0481985  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0973  two component LuxR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 216 aa  43.9  0.0007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.255067  normal  0.404517 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1025  DNA-binding response regulator KdpE  34.62 
 
 		 234 aa  43.5  0.0008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0654  response regulator receiver protein  28.7 
 
 		 413 aa  43.9  0.0008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.113697  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1872  DNA-binding response regulator KdpE  34.62 
 
 		 234 aa  43.5  0.0009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0800306  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0588  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.63 
 
 		 204 aa  43.5  0.0009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.311075  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1088  DNA-binding response regulator KdpE  34.62 
 
 		 234 aa  43.5  0.0009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0779  DNA-binding response regulator KdpE  34.62 
 
 		 234 aa  43.5  0.0009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.97246  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1254  KDP operon transcriptional regulatory protein KdpE  34.62 
 
 		 234 aa  43.5  0.0009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  decreased coverage  0.00667548  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0371  DNA-binding response regulator KdpE  34.62 
 
 		 234 aa  43.5  0.0009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0720  DNA-binding response regulator  24.07 
 
 		 229 aa  43.1  0.001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.503154 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1397  DNA-binding response regulator KdpE  34.62 
 
 		 232 aa  43.5  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.089264  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2115  response regulator receiver protein  29.09 
 
 		 493 aa  43.1  0.001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3357  two component LuxR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 238 aa  43.5  0.001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.1255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3743  two component LuxR family transcriptional regulator  25 
 
 		 225 aa  42.7  0.001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2846  two component LuxR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 209 aa  42.7  0.001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1246  KDP operon transcriptional regulatory protein KdpE  34.62 
 
 		 232 aa  43.5  0.001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2035  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 493 aa  43.1  0.001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.806395  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2394  response regulator receiver protein  26.26 
 
 		 126 aa  43.5  0.001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2212  chemotaxis protein CheY  29.09 
 
 		 128 aa  42.4  0.002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0137  DNA-binding response regulator  29.73 
 
 		 187 aa  42.7  0.002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3753  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.46 
 
 		 913 aa  42.4  0.002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0468324  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2666  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  31.25 
 
 		 459 aa  42.4  0.002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0131  DNA-binding response regulator  29.73 
 
 		 187 aa  42.7  0.002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00417692  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2709  response regulator receiver protein  25.89 
 
 		 135 aa  42.4  0.002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.755164  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4259  two component transcriptional regulator  34.86 
 
 		 225 aa  42.7  0.002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.648982  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0539  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.96 
 
 		 816 aa  42.7  0.002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.146269  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0846  response regulator receiver protein  29.41 
 
 		 139 aa  42.4  0.002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00282438 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4007  two component transcriptional regulator  30.3 
 
 		 225 aa  41.6  0.003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2579  two component transcriptional regulator, LuxR family  27.93 
 
 		 352 aa  42  0.003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0445779 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3092  response regulator receiver protein  29.25 
 
 		 128 aa  42  0.003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0109887  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>