More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3636 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_3636  response regulator receiver protein  100 
 
 		 126 aa  259  1e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0923  response regulator receiver protein  58.47 
 
 		 132 aa  151  2e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0882  response regulator receiver domain-containing protein  57.63 
 
 		 131 aa  149  1e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.489217  normal  0.567354 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3861  response regulator receiver protein  55.08 
 
 		 131 aa  144  5e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.766529 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1810  response regulator receiver protein  53.28 
 
 		 142 aa  143  8.000000000000001e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3508  response regulator receiver protein  54.24 
 
 		 136 aa  142  1e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.790659  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2831  response regulator receiver protein  54.24 
 
 		 136 aa  142  1e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0033  response regulator receiver protein  55.17 
 
 		 153 aa  140  5e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.315681  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2455  response regulator receiver domain-containing protein  53.39 
 
 		 156 aa  139  9.999999999999999e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.275006  normal  0.0886076 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1259  response regulator receiver protein  53.85 
 
 		 136 aa  136  8.999999999999999e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.499071  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3994  response regulator receiver protein  52.99 
 
 		 146 aa  132  9.999999999999999e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.73116  normal  0.876977 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4107  response regulator receiver protein  53.45 
 
 		 137 aa  132  9.999999999999999e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2901  putative transcription regulator protein  48.7 
 
 		 132 aa  126  1.0000000000000001e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0194664  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2734  response regulator receiver protein  48.39 
 
 		 130 aa  125  1.0000000000000001e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.434991  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0607  response regulator receiver domain-containing protein  50.85 
 
 		 129 aa  125  2.0000000000000002e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000161034  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1872  response regulator receiver domain-containing protein  47.06 
 
 		 139 aa  123  1e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6326  response regulator receiver protein  50.85 
 
 		 123 aa  114  3.9999999999999997e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.212906  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4742  response regulator receiver domain-containing protein  39.83 
 
 		 133 aa  95.1  3e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.881112  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0398  response regulator receiver protein  38.1 
 
 		 132 aa  94.7  4e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.151817 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2236  response regulator receiver domain-containing protein  37.3 
 
 		 155 aa  83.2  0.000000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0475  response regulator receiver protein  38.84 
 
 		 143 aa  79  0.00000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0944  response regulator receiver domain-containing protein  34.21 
 
 		 175 aa  73.2  0.000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1088  response regulator receiver domain-containing protein  34.21 
 
 		 175 aa  73.2  0.000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0291  putative transcription regulator protein  35.59 
 
 		 146 aa  70.1  0.00000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0152  response regulator receiver protein  34.75 
 
 		 146 aa  68.9  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0144  response regulator receiver protein  34.75 
 
 		 146 aa  67.8  0.00000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1461  response regulator receiver domain-containing protein  33.86 
 
 		 149 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544855  normal  0.363371 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4264  response regulator receiver protein  30.65 
 
 		 134 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.167858  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0122  response regulator receiver  34.75 
 
 		 136 aa  64.3  0.0000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.940533  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0181  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.91 
 
 		 737 aa  64.7  0.0000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0993  response regulator receiver protein  36.9 
 
 		 127 aa  63.9  0.0000000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.250481  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0791  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 131 aa  63.5  0.000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.958147 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5997  response regulator receiver protein  37 
 
 		 103 aa  62  0.000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2655  response regulator receiver protein  32.54 
 
 		 142 aa  62  0.000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.822475  normal  0.523205 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3814  response regulator receiver protein  35.71 
 
 		 127 aa  61.6  0.000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.466742  normal  0.446242 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3481  sporulation transcriptional activator Spo0A  34.83 
 
 		 272 aa  61.2  0.000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0151287  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1664  response regulator receiver domain-containing protein  28.46 
 
 		 134 aa  60.8  0.000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0208755  normal  0.0661696 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4295  response regulator receiver domain-containing protein  36.28 
 
 		 142 aa  60.8  0.000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1346  two component transcriptional regulator, LuxR family  28.8 
 
 		 236 aa  60.1  0.00000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.361751  hitchhiker  0.00000337078 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2926  two component LuxR family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 223 aa  59.3  0.00000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.380263  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1071  two component LuxR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 209 aa  58.9  0.00000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1169  response regulator receiver domain-containing protein  32.46 
 
 		 129 aa  58.2  0.00000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0091  response regulator receiver domain-containing protein  32.77 
 
 		 135 aa  58.2  0.00000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4011  response regulator receiver protein  28.46 
 
 		 136 aa  57.8  0.00000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5998  response regulator receiver protein  28.46 
 
 		 136 aa  57.8  0.00000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4356  response regulator receiver protein  28.46 
 
 		 136 aa  57.8  0.00000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.140431  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0978  two component signal transduction response regulator  29.2 
 
 		 223 aa  57.8  0.00000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0402933  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2730  response regulator receiver  28.8 
 
 		 216 aa  57.4  0.00000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.776601  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0513  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.04 
 
 		 209 aa  56.6  0.0000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.52986  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0799  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.17 
 
 		 226 aa  56.6  0.0000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0128  response regulator  28.93 
 
 		 136 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.450595  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3078  DNA-binding response regulator, LuxR family  27.59 
 
 		 213 aa  55.8  0.0000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000185138 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8799  response regulator receiver protein  28.95 
 
 		 227 aa  55.1  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.755207  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2245  DNA-binding response regulator, LuxR family  28.45 
 
 		 213 aa  55.5  0.0000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1633  two component LuxR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 254 aa  55.5  0.0000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2902  two component LuxR family transcriptional regulator  28 
 
 		 212 aa  55.1  0.0000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.255362  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0121  two component LuxR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 210 aa  55.1  0.0000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.830531  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3743  two component LuxR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 225 aa  54.7  0.0000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2443  two component LuxR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 215 aa  54.7  0.0000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3278  two component LuxR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 214 aa  54.3  0.0000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.749326 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2496  two component LuxR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 212 aa  53.9  0.0000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.996792 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1507  response regulator receiver protein  31.9 
 
 		 143 aa  53.9  0.0000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0214  two component LuxR family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 220 aa  53.9  0.0000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2087  two component LuxR family transcriptional regulator  28.45 
 
 		 213 aa  53.9  0.0000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0358431  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2741  winged helix family two component transcriptional regulator  29.6 
 
 		 250 aa  53.9  0.0000008  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0957275  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1400  two component signal transduction response regulator  21.6 
 
 		 214 aa  53.9  0.0000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3763  two component LuxR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 221 aa  53.9  0.0000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0403461 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2699  transmission activator LetA  28.07 
 
 		 219 aa  53.5  0.0000009  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1553  response regulator  28.1 
 
 		 136 aa  53.5  0.0000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1635  response regulator  28.1 
 
 		 136 aa  53.5  0.0000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3765  response regulator receiver protein  36.14 
 
 		 135 aa  53.5  0.0000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.238428  normal  0.0480348 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0065  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.65 
 
 		 204 aa  53.5  0.000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2571  transmission activator LetA  28.07 
 
 		 219 aa  53.5  0.000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0621  two component LuxR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 212 aa  53.1  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.881689 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1235  two component LuxR family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 211 aa  53.1  0.000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1245  DNA-binding response regulator,, putative  27.5 
 
 		 136 aa  53.1  0.000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.841287  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2141  response regulator  29.2 
 
 		 214 aa  52.8  0.000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.126922  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1914  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.7 
 
 		 815 aa  53.1  0.000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.979442  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2579  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.71 
 
 		 213 aa  53.1  0.000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0500394 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3611  response regulator receiver protein  26.79 
 
 		 191 aa  53.5  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.194602  normal  0.24428 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1051  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.25 
 
 		 211 aa  52.8  0.000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0337978 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3369  two component transcriptional regulator  29.6 
 
 		 250 aa  52.8  0.000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.881494  normal  0.845013 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3372  two component LuxR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 212 aa  52.8  0.000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.383896 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0892  response regulator receiver  32.04 
 
 		 233 aa  52  0.000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3279  response regulator receiver  33.88 
 
 		 221 aa  52.8  0.000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.97215  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4778  two component LuxR family transcriptional regulator  30 
 
 		 208 aa  52.4  0.000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00000269792  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1319  two component LuxR family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 216 aa  52.8  0.000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0542522  decreased coverage  0.000972679 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0090  two component LuxR family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 210 aa  52.4  0.000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3511  two component LuxR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 221 aa  52.4  0.000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0444635 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2258  two component LuxR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 254 aa  52.4  0.000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00245701 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2668  two component LuxR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 213 aa  52.4  0.000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.18046  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1615  response regulator receiver protein  26.23 
 
 		 256 aa  52.8  0.000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1318  response regulator receiver  30.91 
 
 		 225 aa  52  0.000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4744  response regulator receiver protein  28.57 
 
 		 209 aa  52.4  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.620464  normal  0.690137 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4239  response regulator receiver protein  34.94 
 
 		 135 aa  51.6  0.000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.04072  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4606  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.46 
 
 		 207 aa  52  0.000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.296562 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2277  DNA-binding response regulator TctD  32.5 
 
 		 287 aa  51.6  0.000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1037  transcriptional regulatory protein TctD  32.5 
 
 		 252 aa  52  0.000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0901  two component LuxR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 235 aa  52  0.000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0114  DNA-binding response regulator TctD  32.5 
 
 		 252 aa  52  0.000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>