More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0152 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_0152  response regulator receiver protein  100 
 
 		 146 aa  300  4.0000000000000003e-81  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0144  response regulator receiver protein  98.63 
 
 		 146 aa  295  2e-79  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0291  putative transcription regulator protein  92.41 
 
 		 146 aa  273  6e-73  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0122  response regulator receiver  62.96 
 
 		 136 aa  169  2e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.940533  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0091  response regulator receiver domain-containing protein  58.78 
 
 		 135 aa  154  3e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2655  response regulator receiver protein  45.45 
 
 		 142 aa  103  5e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.822475  normal  0.523205 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1461  response regulator receiver domain-containing protein  43.8 
 
 		 149 aa  100  6e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544855  normal  0.363371 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1507  response regulator receiver protein  39.67 
 
 		 143 aa  88.2  3e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0944  response regulator receiver domain-containing protein  34.81 
 
 		 175 aa  80.5  0.000000000000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1088  response regulator receiver domain-containing protein  34.81 
 
 		 175 aa  80.5  0.000000000000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0475  response regulator receiver protein  39.67 
 
 		 143 aa  79.3  0.00000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2901  putative transcription regulator protein  36.84 
 
 		 132 aa  78.2  0.00000000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0194664  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1664  response regulator receiver domain-containing protein  37.8 
 
 		 134 aa  77.8  0.00000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0208755  normal  0.0661696 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5998  response regulator receiver protein  37.31 
 
 		 136 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4356  response regulator receiver protein  37.31 
 
 		 136 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.140431  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4011  response regulator receiver protein  37.31 
 
 		 136 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2236  response regulator receiver domain-containing protein  38.14 
 
 		 155 aa  74.3  0.0000000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4264  response regulator receiver protein  37.61 
 
 		 134 aa  73.6  0.0000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.167858  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4239  response regulator receiver protein  38.46 
 
 		 135 aa  72.8  0.000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.04072  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1259  response regulator receiver protein  34.81 
 
 		 136 aa  72  0.000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.499071  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1810  response regulator receiver protein  37.01 
 
 		 142 aa  71.6  0.000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3861  response regulator receiver protein  34.96 
 
 		 131 aa  69.7  0.00000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.766529 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3765  response regulator receiver protein  38.02 
 
 		 135 aa  69.7  0.00000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.238428  normal  0.0480348 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0033  response regulator receiver protein  38.05 
 
 		 153 aa  70.1  0.00000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.315681  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0923  response regulator receiver protein  36.52 
 
 		 132 aa  69.3  0.00000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3636  response regulator receiver protein  34.75 
 
 		 126 aa  68.9  0.00000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3508  response regulator receiver protein  34.09 
 
 		 136 aa  68.2  0.00000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.790659  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6326  response regulator receiver protein  36.84 
 
 		 123 aa  68.2  0.00000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.212906  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0960  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.78 
 
 		 1245 aa  67.8  0.00000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0882  response regulator receiver domain-containing protein  32.52 
 
 		 131 aa  68.2  0.00000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.489217  normal  0.567354 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2831  response regulator receiver protein  34.09 
 
 		 136 aa  67.8  0.00000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0398  response regulator receiver protein  32.79 
 
 		 132 aa  66.6  0.0000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.151817 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1245  DNA-binding response regulator,, putative  31.45 
 
 		 136 aa  65.5  0.0000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.841287  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2811  PAS  31.85 
 
 		 1023 aa  64.7  0.0000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0211559  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0128  response regulator  30.4 
 
 		 136 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.450595  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2455  response regulator receiver domain-containing protein  31.3 
 
 		 156 aa  64.3  0.0000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.275006  normal  0.0886076 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0791  response regulator receiver protein  33.91 
 
 		 131 aa  64.3  0.0000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.958147 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6315  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.61 
 
 		 403 aa  64.3  0.0000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1635  response regulator  30.4 
 
 		 136 aa  63.5  0.0000000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1553  response regulator  30.4 
 
 		 136 aa  63.5  0.0000000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1872  response regulator receiver domain-containing protein  33.58 
 
 		 139 aa  63.2  0.000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0181  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.48 
 
 		 737 aa  62.4  0.000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1169  response regulator receiver domain-containing protein  34.48 
 
 		 129 aa  61.2  0.000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4107  response regulator receiver protein  31.75 
 
 		 137 aa  61.2  0.000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5346  PAS  30.89 
 
 		 1060 aa  60.8  0.000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6561  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.96 
 
 		 863 aa  60.5  0.000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4295  response regulator receiver domain-containing protein  32 
 
 		 142 aa  60.5  0.000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0040  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.09 
 
 		 1193 aa  58.9  0.00000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.802864 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1441  PAS  30.3 
 
 		 794 aa  59.3  0.00000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.876573  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3288  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.59 
 
 		 1032 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.314025 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3652  Signal transduction histidine kinase-like  32.82 
 
 		 765 aa  58.9  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.471696  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2302  response regulator receiver domain-containing protein  30.65 
 
 		 127 aa  58.2  0.00000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1849  response regulator receiver domain-containing protein  32.09 
 
 		 143 aa  58.2  0.00000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.369582  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2205  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.77 
 
 		 887 aa  57.4  0.00000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.188088 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3317  two component transcriptional regulator  30.91 
 
 		 227 aa  57.4  0.00000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50630  Periplasmic hybrid histidine protein kinase, two-component  27.48 
 
 		 1030 aa  57.4  0.00000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.366718  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2934  PAS  26.27 
 
 		 955 aa  57  0.00000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000914767  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0370  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.83 
 
 		 1070 aa  57  0.00000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0210  DNA-binding response regulator  28.91 
 
 		 225 aa  56.6  0.0000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3994  response regulator receiver protein  32.73 
 
 		 146 aa  56.6  0.0000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.73116  normal  0.876977 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0125  Histidine kinase  31.71 
 
 		 615 aa  57  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2106  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.57 
 
 		 993 aa  55.5  0.0000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.295041 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3522  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.09 
 
 		 1287 aa  55.8  0.0000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2190  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.82 
 
 		 219 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1096  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.81 
 
 		 1548 aa  55.5  0.0000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.363033 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0840  transcriptional activator protein CopR  31.19 
 
 		 222 aa  55.1  0.0000003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.048163  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4470  two component LuxR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 232 aa  55.1  0.0000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.370568  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3000  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.66 
 
 		 968 aa  55.1  0.0000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3080  histidine kinase  32.61 
 
 		 1088 aa  54.7  0.0000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0169759  normal  0.77184 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3456  two component transcriptional regulator  31.82 
 
 		 220 aa  54.7  0.0000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.836579  normal  0.262944 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3004  two component transcriptional regulator  27.34 
 
 		 221 aa  54.7  0.0000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.195535 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4039  winged helix family two component transcriptional regulator  27.34 
 
 		 221 aa  54.7  0.0000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4978  winged helix family two component transcriptional regulator  27.34 
 
 		 221 aa  54.7  0.0000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.140502  normal  0.541541 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2277  DNA-binding response regulator TctD  34.51 
 
 		 287 aa  54.3  0.0000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4876  two component transcriptional regulator  32.74 
 
 		 221 aa  54.3  0.0000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.292661  normal  0.262349 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2369  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.69 
 
 		 1316 aa  54.3  0.0000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1501  DNA-binding response regulator TctD  34.51 
 
 		 252 aa  53.9  0.0000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.412982  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6654  Hpt sensor hybrid histidine kinase  28.23 
 
 		 829 aa  54.3  0.0000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000220106 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0952  DNA-binding response regulator TctD  34.51 
 
 		 252 aa  53.9  0.0000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1400  two component signal transduction response regulator  26.72 
 
 		 214 aa  53.9  0.0000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0114  DNA-binding response regulator TctD  34.51 
 
 		 252 aa  53.9  0.0000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3603  GGDEF domain-containing protein  31.43 
 
 		 570 aa  54.3  0.0000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1037  transcriptional regulatory protein TctD  34.51 
 
 		 252 aa  53.9  0.0000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2674  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.06 
 
 		 1305 aa  53.9  0.0000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1165  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 459 aa  53.9  0.0000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000192138 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0960  histidine kinase  32.46 
 
 		 258 aa  53.9  0.0000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3097  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 458 aa  53.9  0.0000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.948135  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3285  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.58 
 
 		 224 aa  53.5  0.0000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00225391  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0607  response regulator receiver domain-containing protein  33.64 
 
 		 129 aa  53.5  0.0000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000161034  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1324  extracellular solute-binding protein  28.07 
 
 		 220 aa  53.5  0.0000009  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.273971  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5322  two component LuxR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 220 aa  52.8  0.000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.929677 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3821  Cache sensor hybrid histidine kinase  31.93 
 
 		 759 aa  53.5  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0769557 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2831  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.58 
 
 		 1407 aa  53.1  0.000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.160519  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1143  two component transcriptional regulator  34.62 
 
 		 224 aa  53.5  0.000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.606905  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0504  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 443 aa  53.1  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0533  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  30.16 
 
 		 443 aa  53.1  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.141325  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3267  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.63 
 
 		 220 aa  53.1  0.000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.387524  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6029  two component transcriptional regulator  34.26 
 
 		 222 aa  53.1  0.000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.167629 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0537  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  30.16 
 
 		 446 aa  53.1  0.000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1908  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.76 
 
 		 991 aa  53.1  0.000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>