More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1740 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011757  Mchl_3440  DNA topoisomerase IV subunit B  60.37 
 
 		 685 aa  770    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.910743 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0425  DNA topoisomerase IV subunit B  60.53 
 
 		 698 aa  773    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.819354 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0557  DNA topoisomerase IV subunit B  60.84 
 
 		 680 aa  787    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2428  DNA topoisomerase IV subunit B  81.9 
 
 		 663 aa  1084    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.221174  normal  0.0343641 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1836  DNA topoisomerase IV subunit B  58.99 
 
 		 704 aa  742    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0943361  normal  0.0152057 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0591  DNA topoisomerase IV subunit B  60.84 
 
 		 699 aa  787    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1062  DNA topoisomerase IV subunit B  59.88 
 
 		 686 aa  748    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.388156  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2033  DNA topoisomerase IV subunit B  59.26 
 
 		 699 aa  739    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.440623  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2867  DNA topoisomerase IV subunit B  59.1 
 
 		 707 aa  738    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.018602 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2226  DNA topoisomerase IV subunit B  60.06 
 
 		 702 aa  743    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0672502  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1653  DNA topoisomerase IV subunit B  59.01 
 
 		 685 aa  772    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.0034  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3307  DNA topoisomerase IV subunit B  59.38 
 
 		 684 aa  766    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0772  DNA topoisomerase IV subunit B  81.75 
 
 		 663 aa  1083    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.117663  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3316  DNA topoisomerase IV subunit B  60.06 
 
 		 647 aa  767    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.492562  normal  0.69961 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2765  DNA topoisomerase IV subunit B  58.81 
 
 		 683 aa  729    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.170843  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3119  DNA topoisomerase IV subunit B  60.37 
 
 		 701 aa  770    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3980  DNA topoisomerase IV subunit B  60.22 
 
 		 687 aa  740    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4578  DNA topoisomerase IV subunit B  59.85 
 
 		 660 aa  775    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.941273 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2710  DNA topoisomerase IV subunit B  59.36 
 
 		 665 aa  774    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.24442  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1003  DNA topoisomerase IV subunit B  58.83 
 
 		 686 aa  772    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.674809  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2978  DNA topoisomerase IV subunit B  59.17 
 
 		 684 aa  734    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.141952 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2086  DNA topoisomerase IV subunit B  57.62 
 
 		 666 aa  744    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0442115  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1925  DNA topoisomerase IV subunit B  83 
 
 		 653 aa  1116    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2827  DNA topoisomerase IV subunit B  58.46 
 
 		 685 aa  756    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.116959  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2484  DNA topoisomerase IV subunit B  58.86 
 
 		 684 aa  730    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.185915 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2317  DNA topoisomerase IV subunit B  59.51 
 
 		 683 aa  777    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1740  DNA topoisomerase IV subunit B  100 
 
 		 669 aa  1379    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.00895559  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1091  DNA topoisomerase IV subunit B  58.42 
 
 		 659 aa  758    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1015  DNA topoisomerase IV subunit B  60.03 
 
 		 683 aa  794    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1215  DNA topoisomerase IV subunit B  60 
 
 		 691 aa  754    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.518041 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1328  DNA topoisomerase IV subunit B  57.47 
 
 		 672 aa  738    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.070173  normal  0.202878 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0749  DNA topoisomerase IV subunit B  80.76 
 
 		 654 aa  1066    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.120428  normal  0.923958 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3250  DNA topoisomerase IV subunit B  58.37 
 
 		 679 aa  752    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.629772  normal  0.680031 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0029  DNA topoisomerase IV subunit B  56.86 
 
 		 653 aa  730    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4352  DNA topoisomerase IV subunit B  59.14 
 
 		 682 aa  768    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.494271  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4757  DNA topoisomerase IV subunit B  58.53 
 
 		 678 aa  754    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.125119 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0407  DNA topoisomerase IV subunit B  81.29 
 
 		 663 aa  1078    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1836  DNA topoisomerase IV subunit B  82.16 
 
 		 656 aa  1093    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.456883 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2173  DNA topoisomerase IV subunit B  57.45 
 
 		 678 aa  756    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3657  DNA topoisomerase IV subunit B  59.94 
 
 		 704 aa  807    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0899  DNA topoisomerase IV subunit B  56.32 
 
 		 692 aa  764    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.712246  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0719  DNA topoisomerase IV subunit B  50.31 
 
 		 649 aa  615  9.999999999999999e-175  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1273  DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing)  45.02 
 
 		 648 aa  519  1e-146  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.804783  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2134  DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing)  43.12 
 
 		 647 aa  512  1e-144  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.208796  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0094  DNA gyrase, B subunit  44.19 
 
 		 636 aa  513  1e-144  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000363706  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0094  DNA gyrase, B subunit  44.03 
 
 		 636 aa  511  1e-143  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.000129942  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0328  DNA topoisomerase IV subunit B  44.01 
 
 		 631 aa  507  9.999999999999999e-143  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.934863  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0006  DNA gyrase, B subunit  43.31 
 
 		 650 aa  506  9.999999999999999e-143  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000273734  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0005  DNA gyrase subunit B  43.12 
 
 		 644 aa  505  9.999999999999999e-143  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.375435  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0319  DNA topoisomerase IV subunit B  43.96 
 
 		 631 aa  503  1e-141  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3614  DNA topoisomerase IV subunit B  43.43 
 
 		 631 aa  499  1e-140  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0659  DNA topoisomerase IV subunit B  43.23 
 
 		 631 aa  499  1e-140  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.59712  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2717  DNA gyrase, B subunit  43.64 
 
 		 649 aa  501  1e-140  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0374  DNA topoisomerase IV subunit B  44.57 
 
 		 631 aa  499  1e-140  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0279  DNA topoisomerase IV subunit B  43.23 
 
 		 631 aa  499  1e-140  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3325  DNA topoisomerase IV subunit B  43.15 
 
 		 630 aa  499  1e-140  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.707036 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0578  DNA topoisomerase IV subunit B  43.23 
 
 		 631 aa  499  1e-140  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02902  DNA topoisomerase IV subunit B  42.99 
 
 		 630 aa  497  1e-139  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0670  DNA topoisomerase IV, B subunit  42.99 
 
 		 630 aa  497  1e-139  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1702  DNA gyrase, B subunit  42.86 
 
 		 654 aa  497  1e-139  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.118209 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00875  DNA topoisomerase IV subunit B  43.15 
 
 		 626 aa  496  1e-139  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3367  DNA topoisomerase IV subunit B  43.03 
 
 		 630 aa  497  1e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0667  DNA topoisomerase IV subunit B  42.99 
 
 		 630 aa  497  1e-139  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.428879  decreased coverage  0.00919443 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3432  DNA topoisomerase IV subunit B  43.03 
 
 		 630 aa  498  1e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02852  hypothetical protein  42.99 
 
 		 630 aa  497  1e-139  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3208  DNA topoisomerase IV subunit B  42.99 
 
 		 630 aa  497  1e-139  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3362  DNA topoisomerase IV subunit B  43.03 
 
 		 630 aa  498  1e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.967466  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3463  DNA topoisomerase IV subunit B  42.99 
 
 		 630 aa  497  1e-139  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3534  DNA topoisomerase IV subunit B  43.03 
 
 		 630 aa  498  1e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3494  DNA topoisomerase IV subunit B  42.99 
 
 		 630 aa  497  1e-139  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4344  DNA topoisomerase IV subunit B  42.99 
 
 		 630 aa  497  1e-139  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3439  DNA topoisomerase IV subunit B  43.03 
 
 		 630 aa  498  1e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.909016  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3772  DNA topoisomerase IV subunit B  43.43 
 
 		 631 aa  493  9.999999999999999e-139  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0015  DNA gyrase, B subunit  42.68 
 
 		 644 aa  492  9.999999999999999e-139  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000155334 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4263  DNA topoisomerase IV subunit B  42.61 
 
 		 631 aa  493  9.999999999999999e-139  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00013039 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0105  DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing)  44.43 
 
 		 635 aa  494  9.999999999999999e-139  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2670  DNA topoisomerase IV subunit B  42.21 
 
 		 626 aa  494  9.999999999999999e-139  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0051  DNA gyrase, B subunit  43.34 
 
 		 640 aa  495  9.999999999999999e-139  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0132  DNA gyrase, B subunit  42.46 
 
 		 637 aa  486  1e-136  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.312038  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0047  DNA gyrase, B subunit  42.1 
 
 		 645 aa  488  1e-136  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.109606 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3443  DNA topoisomerase IV subunit B  42.61 
 
 		 630 aa  486  1e-136  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.411939  normal  0.211337 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0007  DNA gyrase subunit B  41.8 
 
 		 640 aa  487  1e-136  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.630363  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1393  DNA gyrase, B subunit  42.22 
 
 		 628 aa  487  1e-136  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4176  DNA topoisomerase IV subunit B  43.06 
 
 		 628 aa  483  1e-135  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.599957  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03685  DNA topoisomerase IV subunit B  43.31 
 
 		 631 aa  483  1e-135  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2101  DNA topoisomerase IV, B subunit  43.2 
 
 		 628 aa  482  1e-135  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.846279 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0499  DNA topoisomerase IV subunit B  43.29 
 
 		 635 aa  483  1e-135  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2123  DNA topoisomerase IV subunit B  43.38 
 
 		 640 aa  484  1e-135  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.59022  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0435  DNA topoisomerase IV subunit B  43.15 
 
 		 629 aa  483  1e-135  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.636054  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0005  DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing)  41.37 
 
 		 633 aa  483  1e-135  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2008  DNA topoisomerase IV subunit B  42.06 
 
 		 626 aa  481  1e-134  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000820641  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2376  DNA gyrase subunit B  42.79 
 
 		 641 aa  481  1e-134  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0419  DNA gyrase subunit B  42.13 
 
 		 632 aa  481  1e-134  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4195  DNA gyrase, B subunit  41.79 
 
 		 653 aa  480  1e-134  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00698411 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0005  DNA gyrase, B subunit  42.97 
 
 		 633 aa  481  1e-134  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0671  DNA gyrase, B subunit  42.64 
 
 		 627 aa  477  1e-133  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.958816  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0730  DNA topoisomerase IV subunit B  42.29 
 
 		 628 aa  477  1e-133  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000493764 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1547  DNA gyrase, B subunit  42.77 
 
 		 635 aa  476  1e-133  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.00189026  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3354  DNA topoisomerase IV subunit B  42.13 
 
 		 629 aa  477  1e-133  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.778526  normal  0.0858286 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1983  DNA topoisomerase IV subunit B  43.65 
 
 		 636 aa  478  1e-133  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.267905  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>