More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0749 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_0425  DNA topoisomerase IV subunit B  59.29 
 
 		 698 aa  762    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.819354 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0407  DNA topoisomerase IV subunit B  81.07 
 
 		 663 aa  1072    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0557  DNA topoisomerase IV subunit B  61.9 
 
 		 680 aa  803    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2173  DNA topoisomerase IV subunit B  55.76 
 
 		 678 aa  739    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0591  DNA topoisomerase IV subunit B  61.9 
 
 		 699 aa  804    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2226  DNA topoisomerase IV subunit B  60.19 
 
 		 702 aa  742    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0672502  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1836  DNA topoisomerase IV subunit B  59.2 
 
 		 704 aa  747    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0943361  normal  0.0152057 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2033  DNA topoisomerase IV subunit B  59.41 
 
 		 699 aa  746    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.440623  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0029  DNA topoisomerase IV subunit B  56.68 
 
 		 653 aa  721    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4757  DNA topoisomerase IV subunit B  60.92 
 
 		 678 aa  781    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.125119 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1653  DNA topoisomerase IV subunit B  60.06 
 
 		 685 aa  785    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.0034  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0772  DNA topoisomerase IV subunit B  81.37 
 
 		 663 aa  1076    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.117663  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3119  DNA topoisomerase IV subunit B  62.29 
 
 		 701 aa  793    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3980  DNA topoisomerase IV subunit B  61.17 
 
 		 687 aa  752    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3250  DNA topoisomerase IV subunit B  60.09 
 
 		 679 aa  773    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.629772  normal  0.680031 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0749  DNA topoisomerase IV subunit B  100 
 
 		 654 aa  1346    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.120428  normal  0.923958 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2710  DNA topoisomerase IV subunit B  59.45 
 
 		 665 aa  773    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.24442  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2978  DNA topoisomerase IV subunit B  61.75 
 
 		 684 aa  761    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.141952 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2086  DNA topoisomerase IV subunit B  57.58 
 
 		 666 aa  737    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0442115  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1925  DNA topoisomerase IV subunit B  80.31 
 
 		 653 aa  1066    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2827  DNA topoisomerase IV subunit B  59.66 
 
 		 685 aa  771    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.116959  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2484  DNA topoisomerase IV subunit B  61.6 
 
 		 684 aa  756    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.185915 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2765  DNA topoisomerase IV subunit B  59.72 
 
 		 683 aa  739    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.170843  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2317  DNA topoisomerase IV subunit B  60.52 
 
 		 683 aa  786    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1740  DNA topoisomerase IV subunit B  80.76 
 
 		 669 aa  1067    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.00895559  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1091  DNA topoisomerase IV subunit B  56.9 
 
 		 659 aa  734    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2428  DNA topoisomerase IV subunit B  81.37 
 
 		 663 aa  1075    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.221174  normal  0.0343641 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1003  DNA topoisomerase IV subunit B  61.9 
 
 		 686 aa  790    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.674809  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1015  DNA topoisomerase IV subunit B  59.41 
 
 		 683 aa  785    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3307  DNA topoisomerase IV subunit B  60.47 
 
 		 684 aa  780    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2867  DNA topoisomerase IV subunit B  58.11 
 
 		 707 aa  732    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.018602 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1328  DNA topoisomerase IV subunit B  57.42 
 
 		 672 aa  749    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.070173  normal  0.202878 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1215  DNA topoisomerase IV subunit B  60.06 
 
 		 691 aa  761    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.518041 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3440  DNA topoisomerase IV subunit B  62.29 
 
 		 685 aa  792    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.910743 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4352  DNA topoisomerase IV subunit B  60.93 
 
 		 682 aa  786    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.494271  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1062  DNA topoisomerase IV subunit B  59.85 
 
 		 686 aa  749    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.388156  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1836  DNA topoisomerase IV subunit B  80.55 
 
 		 656 aa  1058    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.456883 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4578  DNA topoisomerase IV subunit B  56.86 
 
 		 660 aa  753    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.941273 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3657  DNA topoisomerase IV subunit B  62.21 
 
 		 704 aa  813    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0899  DNA topoisomerase IV subunit B  57.98 
 
 		 692 aa  770    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.712246  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3316  DNA topoisomerase IV subunit B  62.13 
 
 		 647 aa  793    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.492562  normal  0.69961 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0719  DNA topoisomerase IV subunit B  50.55 
 
 		 649 aa  620  1e-176  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1273  DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing)  45.44 
 
 		 648 aa  520  1e-146  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.804783  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0094  DNA gyrase, B subunit  44.32 
 
 		 636 aa  514  1e-144  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000363706  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2134  DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing)  44.17 
 
 		 647 aa  514  1e-144  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.208796  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0094  DNA gyrase, B subunit  44.17 
 
 		 636 aa  512  1e-144  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.000129942  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0105  DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing)  44.91 
 
 		 635 aa  499  1e-140  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0007  DNA gyrase subunit B  43.48 
 
 		 640 aa  499  1e-140  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.630363  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0006  DNA gyrase, B subunit  43.01 
 
 		 650 aa  496  1e-139  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000273734  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0015  DNA gyrase, B subunit  42.75 
 
 		 644 aa  490  1e-137  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000155334 
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf800  DNA gyrase subunit B  42.51 
 
 		 647 aa  489  1e-137  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0005  DNA gyrase subunit B  42.83 
 
 		 644 aa  488  1e-136  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.375435  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0016  DNA gyrase, B subunit  42.34 
 
 		 649 aa  483  1e-135  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00028541  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0015  DNA gyrase, B subunit  42.33 
 
 		 644 aa  484  1e-135  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.000401037  normal  0.862842 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0015  DNA gyrase, B subunit  42.84 
 
 		 643 aa  483  1e-135  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00473367  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0047  DNA gyrase, B subunit  43.3 
 
 		 645 aa  484  1e-135  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.109606 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0051  DNA gyrase, B subunit  42.92 
 
 		 640 aa  484  1e-135  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4195  DNA gyrase, B subunit  43.7 
 
 		 653 aa  482  1e-135  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00698411 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0036  DNA gyrase subunit B  43.03 
 
 		 643 aa  479  1e-134  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0029  DNA gyrase, B subunit  42.57 
 
 		 637 aa  475  1e-133  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3685  DNA gyrase, B subunit  41.67 
 
 		 636 aa  476  1e-133  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.50658  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0005  DNA gyrase, B subunit  43.21 
 
 		 647 aa  477  1e-133  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0006  DNA gyrase, B subunit  42.75 
 
 		 642 aa  473  1e-132  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.965796  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1044  DNA gyrase, B subunit  41.51 
 
 		 675 aa  473  1e-132  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.248456 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0419  DNA gyrase subunit B  42.68 
 
 		 632 aa  472  1e-132  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0006  DNA gyrase, B subunit  43.7 
 
 		 649 aa  473  1e-132  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1702  DNA gyrase, B subunit  41.91 
 
 		 654 aa  471  1.0000000000000001e-131  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.118209 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1393  DNA gyrase, B subunit  42.5 
 
 		 628 aa  471  1.0000000000000001e-131  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00050  DNA gyrase subunit B  42.94 
 
 		 645 aa  469  1.0000000000000001e-131  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0377504  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0005  DNA gyrase, B subunit  42.15 
 
 		 633 aa  469  1.0000000000000001e-131  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0671  DNA gyrase, B subunit  42.64 
 
 		 627 aa  468  9.999999999999999e-131  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.958816  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00060  DNA gyrase, B subunit  42.38 
 
 		 642 aa  469  9.999999999999999e-131  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0132  DNA gyrase, B subunit  42.5 
 
 		 637 aa  466  9.999999999999999e-131  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.312038  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2805  DNA gyrase subunit B  42.48 
 
 		 633 aa  468  9.999999999999999e-131  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.035041  hitchhiker  0.00161489 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0009  DNA gyrase subunit B  43.08 
 
 		 633 aa  466  9.999999999999999e-131  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000695632  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0007  DNA gyrase, B subunit  42.39 
 
 		 634 aa  468  9.999999999999999e-131  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.000000000328066  unclonable  0.0000000130354 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0005  DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing)  40.97 
 
 		 633 aa  468  9.999999999999999e-131  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2717  DNA gyrase, B subunit  41.48 
 
 		 649 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0328  DNA topoisomerase IV subunit B  40.16 
 
 		 631 aa  462  1e-129  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.934863  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2670  DNA topoisomerase IV subunit B  40.44 
 
 		 626 aa  464  1e-129  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0005  DNA gyrase, B subunit  41.68 
 
 		 635 aa  465  1e-129  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0006  DNA gyrase, B subunit  42.7 
 
 		 648 aa  464  1e-129  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  0.000000466462  hitchhiker  0.000000932752 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0177  DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing)  40.34 
 
 		 641 aa  463  1e-129  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.724108  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0499  DNA topoisomerase IV subunit B  42.11 
 
 		 635 aa  464  1e-129  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0010  DNA gyrase, B subunit  42.05 
 
 		 644 aa  465  1e-129  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000291276  normal  0.113655 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0374  DNA topoisomerase IV subunit B  42.08 
 
 		 631 aa  462  1e-129  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0006  DNA gyrase, B subunit  42.05 
 
 		 645 aa  463  1e-129  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0161215 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1413  DNA gyrase subunit B  41.01 
 
 		 652 aa  463  1e-129  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.805897  normal  0.136461 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2376  DNA gyrase subunit B  40.92 
 
 		 641 aa  459  9.999999999999999e-129  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3614  DNA topoisomerase IV subunit B  40.4 
 
 		 631 aa  462  9.999999999999999e-129  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4963  DNA topoisomerase IV, B subunit  41.15 
 
 		 634 aa  461  9.999999999999999e-129  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0551  DNA topoisomerase IV subunit B  40.99 
 
 		 634 aa  461  9.999999999999999e-129  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0335  DNA gyrase, B subunit  43.39 
 
 		 645 aa  461  9.999999999999999e-129  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.457317 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2123  DNA topoisomerase IV subunit B  41.83 
 
 		 640 aa  460  9.999999999999999e-129  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.59022  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0947  DNA topoisomerase IV subunit B  41.28 
 
 		 630 aa  460  9.999999999999999e-129  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.798803  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11740  DNA gyrase, B subunit  40.8 
 
 		 637 aa  459  9.999999999999999e-129  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00171708  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0005  DNA gyrase, B subunit  42.4 
 
 		 644 aa  462  9.999999999999999e-129  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00336478  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0319  DNA topoisomerase IV subunit B  40.38 
 
 		 631 aa  461  9.999999999999999e-129  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00060  DNA gyrase subunit B  41.77 
 
 		 654 aa  461  9.999999999999999e-129  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0159442  normal  0.243862 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0006  DNA gyrase, B subunit  41.9 
 
 		 638 aa  462  9.999999999999999e-129  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.014329  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>