More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1836 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011757  Mchl_3440  DNA topoisomerase IV subunit B  62.42 
 
 		 685 aa  811    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.910743 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0425  DNA topoisomerase IV subunit B  60.74 
 
 		 698 aa  779    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.819354 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2428  DNA topoisomerase IV subunit B  83.99 
 
 		 663 aa  1110    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.221174  normal  0.0343641 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0407  DNA topoisomerase IV subunit B  83.69 
 
 		 663 aa  1102    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0591  DNA topoisomerase IV subunit B  62.04 
 
 		 699 aa  796    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2765  DNA topoisomerase IV subunit B  58.46 
 
 		 683 aa  753    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.170843  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0749  DNA topoisomerase IV subunit B  80.55 
 
 		 654 aa  1058    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.120428  normal  0.923958 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0557  DNA topoisomerase IV subunit B  62.04 
 
 		 680 aa  793    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2867  DNA topoisomerase IV subunit B  60 
 
 		 707 aa  749    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.018602 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1062  DNA topoisomerase IV subunit B  60.53 
 
 		 686 aa  749    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.388156  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1653  DNA topoisomerase IV subunit B  57.93 
 
 		 685 aa  781    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.0034  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1003  DNA topoisomerase IV subunit B  61.77 
 
 		 686 aa  800    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.674809  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0772  DNA topoisomerase IV subunit B  83.99 
 
 		 663 aa  1110    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.117663  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1215  DNA topoisomerase IV subunit B  59.85 
 
 		 691 aa  762    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.518041 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2033  DNA topoisomerase IV subunit B  59.17 
 
 		 699 aa  736    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.440623  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3119  DNA topoisomerase IV subunit B  62.42 
 
 		 701 aa  812    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1836  DNA topoisomerase IV subunit B  59.24 
 
 		 704 aa  743    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0943361  normal  0.0152057 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2710  DNA topoisomerase IV subunit B  61.01 
 
 		 665 aa  794    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.24442  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2978  DNA topoisomerase IV subunit B  59.2 
 
 		 684 aa  756    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.141952 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2086  DNA topoisomerase IV subunit B  59.01 
 
 		 666 aa  757    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0442115  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1925  DNA topoisomerase IV subunit B  81.55 
 
 		 653 aa  1088    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2827  DNA topoisomerase IV subunit B  59.97 
 
 		 685 aa  783    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.116959  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4578  DNA topoisomerase IV subunit B  59.4 
 
 		 660 aa  785    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.941273 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2484  DNA topoisomerase IV subunit B  59.32 
 
 		 684 aa  755    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.185915 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2317  DNA topoisomerase IV subunit B  59.33 
 
 		 683 aa  786    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1740  DNA topoisomerase IV subunit B  82.16 
 
 		 669 aa  1093    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.00895559  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1091  DNA topoisomerase IV subunit B  59.73 
 
 		 659 aa  773    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1015  DNA topoisomerase IV subunit B  59.6 
 
 		 683 aa  778    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2226  DNA topoisomerase IV subunit B  58.93 
 
 		 702 aa  736    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0672502  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1328  DNA topoisomerase IV subunit B  57.34 
 
 		 672 aa  746    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.070173  normal  0.202878 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3657  DNA topoisomerase IV subunit B  60.92 
 
 		 704 aa  791    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3980  DNA topoisomerase IV subunit B  59.78 
 
 		 687 aa  747    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0029  DNA topoisomerase IV subunit B  57.08 
 
 		 653 aa  727    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3307  DNA topoisomerase IV subunit B  62.69 
 
 		 684 aa  797    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2173  DNA topoisomerase IV subunit B  57.27 
 
 		 678 aa  760    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1836  DNA topoisomerase IV subunit B  100 
 
 		 656 aa  1348    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.456883 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3316  DNA topoisomerase IV subunit B  62.62 
 
 		 647 aa  809    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.492562  normal  0.69961 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0899  DNA topoisomerase IV subunit B  57.4 
 
 		 692 aa  758    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.712246  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4352  DNA topoisomerase IV subunit B  61.69 
 
 		 682 aa  790    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.494271  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3250  DNA topoisomerase IV subunit B  60.09 
 
 		 679 aa  767    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.629772  normal  0.680031 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4757  DNA topoisomerase IV subunit B  60.28 
 
 		 678 aa  776    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.125119 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0719  DNA topoisomerase IV subunit B  50.77 
 
 		 649 aa  615  1e-175  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1273  DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing)  46.71 
 
 		 648 aa  532  1e-150  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.804783  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2134  DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing)  44.87 
 
 		 647 aa  530  1e-149  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.208796  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0094  DNA gyrase, B subunit  45.38 
 
 		 636 aa  524  1e-147  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000363706  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0094  DNA gyrase, B subunit  45.23 
 
 		 636 aa  521  1e-146  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.000129942  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf800  DNA gyrase subunit B  44.72 
 
 		 647 aa  506  9.999999999999999e-143  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0105  DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing)  45.29 
 
 		 635 aa  504  1e-141  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0005  DNA gyrase subunit B  43.28 
 
 		 644 aa  500  1e-140  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.375435  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0006  DNA gyrase, B subunit  43.75 
 
 		 650 aa  499  1e-140  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000273734  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0051  DNA gyrase, B subunit  43.06 
 
 		 640 aa  497  1e-139  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0007  DNA gyrase subunit B  42.72 
 
 		 640 aa  496  1e-139  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.630363  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0374  DNA topoisomerase IV subunit B  43.77 
 
 		 631 aa  493  9.999999999999999e-139  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0328  DNA topoisomerase IV subunit B  43.14 
 
 		 631 aa  493  9.999999999999999e-139  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.934863  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0005  DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing)  42.79 
 
 		 633 aa  494  9.999999999999999e-139  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3367  DNA topoisomerase IV subunit B  42.44 
 
 		 630 aa  490  1e-137  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3534  DNA topoisomerase IV subunit B  42.44 
 
 		 630 aa  491  1e-137  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3439  DNA topoisomerase IV subunit B  42.44 
 
 		 630 aa  491  1e-137  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.909016  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0319  DNA topoisomerase IV subunit B  42.95 
 
 		 631 aa  490  1e-137  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3362  DNA topoisomerase IV subunit B  42.44 
 
 		 630 aa  491  1e-137  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.967466  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3432  DNA topoisomerase IV subunit B  42.44 
 
 		 630 aa  491  1e-137  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02902  DNA topoisomerase IV subunit B  42.39 
 
 		 630 aa  487  1e-136  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0670  DNA topoisomerase IV, B subunit  42.39 
 
 		 630 aa  487  1e-136  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3494  DNA topoisomerase IV subunit B  42.39 
 
 		 630 aa  487  1e-136  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0671  DNA gyrase, B subunit  43.89 
 
 		 627 aa  488  1e-136  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.958816  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0667  DNA topoisomerase IV subunit B  42.39 
 
 		 630 aa  487  1e-136  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.428879  decreased coverage  0.00919443 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3208  DNA topoisomerase IV subunit B  42.39 
 
 		 630 aa  487  1e-136  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3325  DNA topoisomerase IV subunit B  42.24 
 
 		 630 aa  488  1e-136  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.707036 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02852  hypothetical protein  42.39 
 
 		 630 aa  487  1e-136  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3463  DNA topoisomerase IV subunit B  42.39 
 
 		 630 aa  488  1e-136  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4344  DNA topoisomerase IV subunit B  42.39 
 
 		 630 aa  486  1e-136  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2717  DNA gyrase, B subunit  42.44 
 
 		 649 aa  483  1e-135  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00060  DNA gyrase, B subunit  43.14 
 
 		 642 aa  483  1e-135  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2748  DNA gyrase, B subunit  40.83 
 
 		 637 aa  483  1e-135  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000339515  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1702  DNA gyrase, B subunit  42.16 
 
 		 654 aa  479  1e-134  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.118209 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00060  DNA gyrase subunit B  43.24 
 
 		 654 aa  481  1e-134  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0159442  normal  0.243862 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3443  DNA topoisomerase IV subunit B  41.77 
 
 		 630 aa  482  1e-134  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.411939  normal  0.211337 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0015  DNA gyrase, B subunit  42.86 
 
 		 644 aa  480  1e-134  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000155334 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3614  DNA topoisomerase IV subunit B  42.11 
 
 		 631 aa  480  1e-134  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0403  DNA gyrase, B subunit  41.36 
 
 		 659 aa  481  1e-134  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0966  DNA gyrase, B subunit  42.75 
 
 		 650 aa  477  1e-133  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2670  DNA topoisomerase IV subunit B  41.93 
 
 		 626 aa  476  1e-133  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl006  DNA gyrase subunit B  42.55 
 
 		 635 aa  477  1e-133  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0007  DNA gyrase, B subunit  42.02 
 
 		 634 aa  478  1e-133  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.000000000328066  unclonable  0.0000000130354 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0419  DNA gyrase subunit B  42.79 
 
 		 632 aa  476  1e-133  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2101  DNA topoisomerase IV, B subunit  43.52 
 
 		 628 aa  476  1e-133  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.846279 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00875  DNA topoisomerase IV subunit B  41.84 
 
 		 626 aa  477  1e-133  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0006  DNA gyrase, B subunit  42.77 
 
 		 638 aa  475  1e-133  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.014329  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0279  DNA topoisomerase IV subunit B  41.59 
 
 		 631 aa  474  1e-132  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3772  DNA topoisomerase IV subunit B  42.06 
 
 		 631 aa  474  1e-132  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11740  DNA gyrase, B subunit  41.89 
 
 		 637 aa  474  1e-132  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00171708  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0659  DNA topoisomerase IV subunit B  41.59 
 
 		 631 aa  474  1e-132  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.59712  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0007  DNA gyrase, B subunit  41.9 
 
 		 642 aa  474  1e-132  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000235506  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0578  DNA topoisomerase IV subunit B  41.59 
 
 		 631 aa  474  1e-132  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0005  DNA gyrase, B subunit  42.12 
 
 		 633 aa  472  1e-132  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00050  DNA gyrase subunit B  43.4 
 
 		 645 aa  471  1.0000000000000001e-131  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0377504  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3554  DNA topoisomerase IV subunit B  43.08 
 
 		 632 aa  471  1.0000000000000001e-131  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.31863  normal  0.0483936 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1044  DNA gyrase, B subunit  41.73 
 
 		 675 aa  470  1.0000000000000001e-131  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.248456 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0730  DNA topoisomerase IV subunit B  41.95 
 
 		 628 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000493764 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0005  DNA gyrase, B subunit  42.99 
 
 		 640 aa  471  1.0000000000000001e-131  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>