More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_4273 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010506  Swoo_4273  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  100 
 
 
499 aa  1004    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1960  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.38 
 
 
1680 aa  227  4e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.529564  normal  0.0344276 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1688  PAS sensor protein  32.81 
 
 
823 aa  164  4.0000000000000004e-39  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1961  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.77 
 
 
1713 aa  152  1e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.280335  normal  0.123564 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2015  putative PAS/PAC sensor protein  32.79 
 
 
1119 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000673901 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4180  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.82 
 
 
657 aa  126  7e-28  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0157583  normal  0.971406 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0692  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.16 
 
 
620 aa  123  9e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0328  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.72 
 
 
951 aa  122  1.9999999999999998e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3132  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.11 
 
 
743 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.583735  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6438  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.94 
 
 
668 aa  119  1.9999999999999998e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.160303  normal  0.0428099 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2663  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.55 
 
 
979 aa  117  3e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.366427 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1215  PAS  27.6 
 
 
515 aa  117  5e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1434  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.2 
 
 
1186 aa  116  7.999999999999999e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1752  cAMP phosphodiesterase  32 
 
 
807 aa  116  8.999999999999998e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2450  PAS sensor signal transduction histidine kinase  27.86 
 
 
499 aa  116  8.999999999999998e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1143  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.76 
 
 
502 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.36757  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1704  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.94 
 
 
1168 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01447  cAMP phosphodiesterase, heme-regulated  32 
 
 
799 aa  115  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2168  cAMP phosphodiesterase  32 
 
 
799 aa  115  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.300565  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1574  cAMP phosphodiesterase  31.53 
 
 
807 aa  115  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2158  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32 
 
 
799 aa  114  3e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0139008  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0267  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.6 
 
 
631 aa  114  3e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.172451  normal  0.0925086 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1684  cAMP phosphodiesterase  31 
 
 
807 aa  114  3e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0578  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.74 
 
 
632 aa  113  6e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.177294  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1678  cAMP phosphodiesterase  32 
 
 
807 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1615  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.11 
 
 
608 aa  111  3e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2969  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.41 
 
 
634 aa  110  5e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.163827 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3301  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  28.22 
 
 
626 aa  110  7.000000000000001e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2070  sensory box protein  27.59 
 
 
771 aa  109  9.000000000000001e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.794479  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3211  bacteriophytochrome-like protein  29.76 
 
 
842 aa  108  2e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.880007  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2979  PAS sensor, serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit  26.53 
 
 
754 aa  108  3e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2441  methyl-accepting chemotaxis protein  27.25 
 
 
710 aa  107  4e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.323327  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2941  putative PAS/PAC sensor protein  26.62 
 
 
1169 aa  106  1e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.725686  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8025  sensory methylation accepting chemotaxis protein  27.02 
 
 
594 aa  106  1e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2214  PAS  27.44 
 
 
710 aa  105  2e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.119974  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3508  putative PAS/PAC sensor protein  25.87 
 
 
554 aa  105  2e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.254838 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1017  methyl-accepting chemotaxis protein  28.21 
 
 
438 aa  105  3e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1683  sensory box protein  28.96 
 
 
853 aa  104  4e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1769  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  27.06 
 
 
692 aa  104  5e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000694205 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1826  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.4 
 
 
630 aa  102  1e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0888009 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3230  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  28.32 
 
 
587 aa  102  1e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.235799 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0900  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  60.47 
 
 
573 aa  101  4e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.476047  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01857  methyl-accepting chemotaxis protein II  63.75 
 
 
553 aa  99.4  1e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.13191  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1754  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  63.75 
 
 
553 aa  99.4  1e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0705276  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1746  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  63.75 
 
 
553 aa  99.4  1e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01846  hypothetical protein  63.75 
 
 
553 aa  99.4  1e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.186429  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1298  methyl-accepting chemotaxis protein II  63.75 
 
 
553 aa  99.4  1e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00038087 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0033  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  68.06 
 
 
593 aa  99.4  1e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.684678  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2119  methyl-accepting chemotaxis protein II  63.75 
 
 
553 aa  99.4  1e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0158521  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2624  methyl-accepting chemotaxis protein II  63.75 
 
 
553 aa  99.4  1e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.784316  hitchhiker  0.00000000183949 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1982  methyl-accepting chemotaxis protein II  63.75 
 
 
553 aa  99.4  1e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2493  PAS sensor protein  34.13 
 
 
394 aa  99  2e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0714891  decreased coverage  0.00496497 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3412  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  65.82 
 
 
528 aa  98.6  2e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0936318  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0372  methyl-accepting chemotaxis protein  26.85 
 
 
465 aa  98.6  2e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1093  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.77 
 
 
1721 aa  98.6  2e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2179  methyl-accepting chemotaxis protein II  63.75 
 
 
472 aa  98.2  3e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.472287  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3461  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  50.98 
 
 
328 aa  98.6  3e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.948004  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2134  methyl-accepting chemotaxis protein II  63.75 
 
 
553 aa  98.2  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  1.16019e-17 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1326  methyl-accepting chemotaxis protein II  63.75 
 
 
553 aa  98.2  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.452066  hitchhiker  2.3261e-17 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1203  methyl-accepting chemotaxis protein II  63.75 
 
 
553 aa  97.8  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.697919  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2079  methyl-accepting chemotaxis protein II  63.75 
 
 
553 aa  98.2  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.429347  hitchhiker  1.96177e-16 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2074  methyl-accepting chemotaxis protein II  63.75 
 
 
553 aa  98.2  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.162752  hitchhiker  0.000345874 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1630  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  45.11 
 
 
521 aa  97.4  5e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.814601 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1981  methyl-accepting protein IV  64.1 
 
 
533 aa  97.4  5e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1542  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  62.5 
 
 
566 aa  97.4  5e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.350049  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2609  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  62.5 
 
 
561 aa  97.4  5e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01856  methyl-accepting protein IV  64.1 
 
 
533 aa  97.1  6e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.293195  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1755  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  64.1 
 
 
533 aa  97.1  6e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0930328  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1299  methyl-accepting protein IV  64.1 
 
 
533 aa  97.1  6e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00139959 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1747  methyl-accepting protein IV  64.1 
 
 
533 aa  97.1  6e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01845  hypothetical protein  64.1 
 
 
533 aa  97.1  6e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.282402  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2178  methyl-accepting protein IV  64.1 
 
 
533 aa  97.1  6e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2623  methyl-accepting protein IV  64.1 
 
 
533 aa  97.1  6e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000448067 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2786  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  23.53 
 
 
496 aa  97.1  7e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00094173  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2004  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  63.75 
 
 
591 aa  97.1  7e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000169064  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1006  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  58.14 
 
 
573 aa  96.7  8e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2035  putative transducer  66.18 
 
 
626 aa  96.7  8e-19  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4308  chemotaxis sensory transducer, Pas/Pac sensor  28.91 
 
 
439 aa  96.7  9e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.458128 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3595  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  60.71 
 
 
515 aa  96.7  9e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2345  putative methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  40.41 
 
 
666 aa  96.7  9e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.60686 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2398  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  61.73 
 
 
656 aa  95.9  1e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.201842  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1514  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  64.47 
 
 
562 aa  96.3  1e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.957025  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4500  methyl-accepting chemotaxis protein  41.13 
 
 
467 aa  96.3  1e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000193555 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0207  protein phosphatase 2C-like, stage II sporulation E  22.99 
 
 
684 aa  96.3  1e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.543577  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1932  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  60.76 
 
 
682 aa  95.9  1e-18  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2029  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  61.25 
 
 
529 aa  95.9  1e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.174718  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0671  putative methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  52.48 
 
 
531 aa  96.3  1e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.178659  hitchhiker  0.000000219808 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7643  sensory methylation accepting chemotaxis protein  27.59 
 
 
575 aa  96.7  1e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4463  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  64.94 
 
 
552 aa  96.7  1e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.43301 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1902  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  55.06 
 
 
521 aa  96.3  1e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00326538  normal  0.948878 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1857  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  61.25 
 
 
561 aa  96.3  1e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.769355  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2637  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  40 
 
 
667 aa  95.9  1e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0295827  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4887  methyl-accepting chemotaxis protein I  61.25 
 
 
553 aa  95.5  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0826  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  58.33 
 
 
529 aa  95.5  2e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.227259  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6518  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  66.22 
 
 
514 aa  95.5  2e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.73924  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4939  methyl-accepting chemotaxis protein I  61.25 
 
 
553 aa  95.5  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.188217  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3929  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  30.35 
 
 
432 aa  95.1  2e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.320074  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1007  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  58.14 
 
 
573 aa  95.5  2e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.02936  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4786  methyl-accepting chemotaxis protein I  61.25 
 
 
553 aa  95.5  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.709187  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3087  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  68.57 
 
 
527 aa  95.1  2e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.823637 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>