More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5741 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5741  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 235 aa  478  1e-134  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2358  AraC family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 234 aa  89.7  3e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.738853  normal  0.890173 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2397  two component transcriptional regulator, AraC family  35.62 
 
 		 269 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.92999  normal  0.351016 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1005  AraC family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 337 aa  78.6  0.00000000000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.829176  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0254  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 311 aa  75.5  0.0000000000007  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.215368  normal  0.68568 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1108  helix-turn-helix domain-containing protein  35.51 
 
 		 324 aa  74.7  0.000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.18334  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6076  transcriptional regulator, AraC family  33.59 
 
 		 349 aa  73.2  0.000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.132925 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1428  helix-turn-helix domain-containing protein  38.38 
 
 		 329 aa  72.4  0.000000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0360  transcriptional regulator, AraC family  35.29 
 
 		 131 aa  71.6  0.000000000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6761  AraC family transcriptional regulator  45.12 
 
 		 310 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.844239 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12440  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  34.13 
 
 		 307 aa  70.5  0.00000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3104  AraC family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 282 aa  70.1  0.00000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.187437 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5151  AraC family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 313 aa  69.7  0.00000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5240  AraC family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 313 aa  69.7  0.00000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.183417  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5532  AraC family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 313 aa  69.7  0.00000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.501091 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0886  transcriptional regulator, AraC family  39.56 
 
 		 332 aa  69.3  0.00000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1175  AraC family transcriptional regulator  43.9 
 
 		 322 aa  69.3  0.00000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.253072 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3754  AraC family transcriptional regulator  44.05 
 
 		 329 aa  68.6  0.00000000007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3316  helix-turn-helix domain-containing protein  34.21 
 
 		 330 aa  68.9  0.00000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.606896  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1911  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 369 aa  67.8  0.0000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1012  transcriptional regulator, AraC family  38.46 
 
 		 345 aa  67.8  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7173  two component AraC family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 268 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.495812 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0326  transcriptional regulator  28.76 
 
 		 323 aa  67  0.0000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.237468  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4375  AraC family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 348 aa  67  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0851  AraC family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 316 aa  67  0.0000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15650  hypothetical protein  42.31 
 
 		 318 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000726726  hitchhiker  5.71915e-19 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3991  AraC family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 348 aa  67  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1375  AraC family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 305 aa  67  0.0000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0970899 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7590  AraC family transcriptional regulator  43.9 
 
 		 310 aa  66.6  0.0000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3467  AraC family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 323 aa  66.6  0.0000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2777  AraC family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 325 aa  66.6  0.0000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3354  transcriptional regulator, AraC family  34.53 
 
 		 234 aa  66.6  0.0000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000174628 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3075  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 317 aa  66.2  0.0000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5085  transcriptional regulator, AraC family  39.51 
 
 		 323 aa  66.2  0.0000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0266874  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3533  AraC family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 348 aa  65.5  0.0000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2609  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 313 aa  65.5  0.0000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.263375  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7171  AraC family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 335 aa  65.5  0.0000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1362  transcriptional regulator, AraC family  34.62 
 
 		 332 aa  65.5  0.0000000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00431533  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0474  AraC family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 284 aa  65.1  0.0000000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1588  transcriptional regulator, AraC family  36.63 
 
 		 325 aa  64.3  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2641  transcriptional activator FtrA  35.56 
 
 		 322 aa  64.7  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2971  AraC family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 330 aa  64.3  0.000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.785867  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4554  transcriptional regulator, AraC family  30.83 
 
 		 351 aa  64.3  0.000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4889  two component AraC family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 288 aa  64.3  0.000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.298891  hitchhiker  0.00503781 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1665  transcriptional regulator, AraC family  38.38 
 
 		 271 aa  63.9  0.000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.127281  normal  0.0761778 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1670  transcriptional regulator, AraC family  38.2 
 
 		 338 aa  64.3  0.000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.135739 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4422  transcriptional regulator, AraC family  36.36 
 
 		 327 aa  63.9  0.000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.465856  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7377  two component AraC family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 278 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0377301  normal  0.284562 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1165  AraC family transcriptional regulator  28 
 
 		 278 aa  63.2  0.000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2206  AraC family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 317 aa  63.2  0.000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3301  transcriptional regulator, AraC family  35.92 
 
 		 331 aa  62.8  0.000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.688791  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1600  helix-turn-helix domain-containing protein  36.04 
 
 		 356 aa  62.8  0.000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.114816 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0622  transcriptional regulator  29.13 
 
 		 340 aa  62.8  0.000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.553854  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1829  AraC family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 319 aa  62.4  0.000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.362007  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41160  Response regulator  26.71 
 
 		 261 aa  62.4  0.000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4771  transcriptional regulator, AraC family  31.18 
 
 		 317 aa  62.4  0.000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4098  AraC family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 280 aa  62  0.000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00424275 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4709  AraC family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 327 aa  62  0.000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.954804  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2453  AraC family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 279 aa  62  0.000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  unclonable  0.00000000000537916  normal  0.591211 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26330  AraC family transcriptional regulator  34.82 
 
 		 278 aa  62  0.000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.643276  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0810  AraC family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 306 aa  61.6  0.000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8693  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 313 aa  62  0.000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2858  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  35.92 
 
 		 323 aa  61.2  0.00000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.113519 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3346  AraC family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 150 aa  61.2  0.00000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.143712  normal  0.196941 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4277  transcriptional regulator, AraC family  30.77 
 
 		 315 aa  61.6  0.00000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.421015 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2581  AraC family transcriptional regulator  33 
 
 		 319 aa  61.2  0.00000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0247972  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6350  two component AraC family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 271 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.787195  normal  0.900493 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2237  putative transcriptional regulator  34.82 
 
 		 278 aa  61.2  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2267  AraC family transcriptional regulator  37 
 
 		 334 aa  61.6  0.00000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0311911  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1602  transcriptional regulator  31.48 
 
 		 360 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3335  AraC family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 150 aa  61.2  0.00000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.602589  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5929  two component AraC family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 277 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.473719  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1608  transcriptional regulator, AraC family  37 
 
 		 334 aa  61.2  0.00000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.889742  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6198  two component AraC family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 277 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2321  transcriptional regulator, AraC family  31.63 
 
 		 317 aa  61.2  0.00000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.612609 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4336  AraC family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 311 aa  61.6  0.00000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3397  AraC family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 150 aa  61.2  0.00000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.287817 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0946  helix-turn-helix domain-containing protein  41.98 
 
 		 307 aa  61.2  0.00000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.233091  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6821  AraC family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 324 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2562  transcriptional regulator, AraC family  32.35 
 
 		 306 aa  60.8  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0914693  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1553  transcriptional regulator  30.69 
 
 		 331 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.741987 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1477  transcriptional regulator, AraC family  37.14 
 
 		 278 aa  60.5  0.00000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000537918  unclonable  0.00000296813 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0064  helix-turn-helix, AraC type  32.43 
 
 		 318 aa  60.5  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.585972  normal  0.173321 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5621  two component AraC family transcriptional regulator  23.86 
 
 		 277 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.289619  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6528  two component AraC family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 271 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.485144  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3807  AraC family two component transcriptional regulator  33.02 
 
 		 289 aa  60.5  0.00000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.536318  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6762  two component AraC family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 271 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.295507 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5103  helix-turn-helix domain-containing protein  31.07 
 
 		 307 aa  60.5  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.171619 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6477  two component AraC family transcriptional regulator  23.86 
 
 		 277 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0923467 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0104  AraC family transcriptional regulator  29.36 
 
 		 328 aa  60.5  0.00000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4744  transcriptional regulator, AraC family  31.63 
 
 		 157 aa  60.1  0.00000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.235772  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6041  transcriptional regulator, AraC family  31.63 
 
 		 303 aa  59.7  0.00000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.331066 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5242  helix-turn-helix domain-containing protein  29.13 
 
 		 302 aa  60.1  0.00000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5986  two component AraC family transcriptional regulator  23.86 
 
 		 277 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0117191 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0423  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 331 aa  60.1  0.00000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0800  transcriptional regulator, AraC family  31.15 
 
 		 401 aa  60.1  0.00000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00315678 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6195  AraC family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 299 aa  59.7  0.00000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.781051 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5827  helix-turn-helix domain-containing protein  26.16 
 
 		 316 aa  59.7  0.00000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.112164  normal  0.283627 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0072  transcriptional regulator, AraC family  37.63 
 
 		 322 aa  59.7  0.00000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.783427  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2917  transcriptional regulator, AraC family  31.68 
 
 		 118 aa  59.7  0.00000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.932782  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>