More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1708 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_1708  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 211 aa  420  1e-117  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.882341  normal  1 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3893  GntR family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 243 aa  100  1e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  hitchhiker  0.000000224678  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4146  GntR family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 243 aa  100  1e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.10084  normal  0.977946 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5092  GntR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 217 aa  79  0.00000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00344916 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4343  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 218 aa  78.2  0.00000000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 225 aa  77.4  0.0000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  32.18 
 
 		 228 aa  77  0.0000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1913  transcriptional regulator, GntR family  33.01 
 
 		 223 aa  74.7  0.0000000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4083  GntR domain protein  33.33 
 
 		 222 aa  73.9  0.000000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3048  GntR family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 225 aa  73.2  0.000000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8557  transcriptional regulator, GntR family  35.33 
 
 		 217 aa  72.8  0.000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2372  transcriptional regulator, GntR family  33.54 
 
 		 225 aa  72.4  0.000000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000612735  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0430  transcriptional regulator, GntR family  34.73 
 
 		 235 aa  72  0.000000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0615592  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0665  transcriptional regulator, GntR family  35.51 
 
 		 249 aa  72  0.000000000007  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.0305272 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 230 aa  71.6  0.000000000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3604  GntR family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 214 aa  70.1  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.463907 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1124  transcriptional regulator, GntR family  31.47 
 
 		 223 aa  70.1  0.00000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6398  transcriptional regulator, GntR family  34.67 
 
 		 215 aa  69.7  0.00000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3536  GntR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 247 aa  69.7  0.00000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3042  GntR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 226 aa  69.3  0.00000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0576  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 222 aa  69.3  0.00000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5875  GntR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 229 aa  68.2  0.00000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4803  transcriptional regulator, GntR family  27.14 
 
 		 225 aa  67.8  0.0000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1925  GntR family transcriptional regulator  32.72 
 
 		 222 aa  67.8  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.554329  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23200  transcriptional regulator, GntR  31.28 
 
 		 240 aa  67.8  0.0000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1030  GntR family transcriptional regulator  26.11 
 
 		 237 aa  67.8  0.0000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.48599  normal  0.150605 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0537  GntR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 248 aa  68.2  0.0000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00104238 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4064  GntR family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 227 aa  67.8  0.0000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.916339  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1431  GntR family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 222 aa  67.8  0.0000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.773512 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2816  GntR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 235 aa  67  0.0000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00368325  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1595  GntR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 231 aa  67.4  0.0000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000118605  normal  0.686931 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1028  GntR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 230 aa  67.4  0.0000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.000000104073  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5651  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 219 aa  66.2  0.0000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0870438  normal  0.299655 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2552  GntR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 245 aa  66.6  0.0000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000205206  normal  0.288206 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5097  GntR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 216 aa  66.2  0.0000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0208  GntR family transcriptional regulator  25.59 
 
 		 229 aa  66.2  0.0000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00667385  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0584  transcriptional regulator, GntR family  35.53 
 
 		 231 aa  66.2  0.0000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.525368  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28010  transcriptional regulator, GntR family  36.92 
 
 		 219 aa  65.9  0.0000000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0384037  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1763  GntR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 241 aa  65.9  0.0000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.481898  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0417  GntR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 254 aa  65.9  0.0000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1505  transcriptional regulator, GntR family  28.16 
 
 		 243 aa  65.5  0.0000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.160619  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0572  transcriptional regulator, GntR family  36.81 
 
 		 216 aa  65.9  0.0000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.666259  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3437  GntR family transcriptional regulator  32.72 
 
 		 238 aa  65.5  0.0000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00721447  normal  0.10278 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1934  GntR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 238 aa  65.1  0.0000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.168362  hitchhiker  0.000000002523 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3891  transcriptional regulator GntR family  32.17 
 
 		 231 aa  65.1  0.0000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.556155  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3082  GntR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 241 aa  65.1  0.0000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0349212 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3197  GntR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 242 aa  65.1  0.0000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  26.55 
 
 		 226 aa  65.1  0.0000000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1661  GntR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 230 aa  65.1  0.0000000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4345  GntR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 242 aa  64.7  0.000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3010  GntR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 209 aa  64.3  0.000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.276593 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7238  transcriptional regulator GntR family  29.5 
 
 		 224 aa  64.7  0.000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.178912  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53920  transcriptional regulator  32.35 
 
 		 240 aa  64.3  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.531171  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 229 aa  64.3  0.000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0673  GntR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 233 aa  64.7  0.000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.990367 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3718  putative GntR family transcriptional regulator  27.83 
 
 		 209 aa  63.5  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.510184  normal  0.423567 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2333  GntR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 238 aa  63.9  0.000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.527944  hitchhiker  0.0000370874 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1439  transcriptional regulator, GntR family  28.11 
 
 		 238 aa  63.5  0.000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4119  GntR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 258 aa  63.5  0.000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.260522  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1774  GntR family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 234 aa  63.9  0.000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.253131  hitchhiker  0.0000230253 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2906  GntR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 226 aa  63.9  0.000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.359044  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3643  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 255 aa  63.5  0.000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3656  putative GntR family transcriptional regulator  27.83 
 
 		 209 aa  63.5  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2079  GntR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 240 aa  63.5  0.000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.70187  normal  0.119624 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3550  putative GntR-family transcriptional regulator  27.83 
 
 		 209 aa  63.5  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.829972  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0915  GntR domain-containing protein  29.69 
 
 		 226 aa  63.5  0.000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4721  transcriptional regulator  32.35 
 
 		 240 aa  63.9  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2737  transcriptional regulator, GntR family  31.45 
 
 		 231 aa  63.9  0.000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.224257 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1174  GntR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 241 aa  63.9  0.000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3621  putative GntR family transcriptional regulator  27.83 
 
 		 209 aa  63.5  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.355756  normal  0.900731 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3051  GntR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 231 aa  63.5  0.000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.487001  normal  0.14634 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4139  GntR family transcriptional regulator  28.75 
 
 		 255 aa  63.2  0.000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2084  transcriptional regulator GntR  29.61 
 
 		 239 aa  63.2  0.000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.853758  hitchhiker  0.00432704 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1081  transcriptional regulator GntR family  34.78 
 
 		 222 aa  63.2  0.000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3350  transcriptional regulator, GntR family  30.57 
 
 		 234 aa  63.2  0.000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.398966  normal  0.021988 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2422  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 253 aa  63.2  0.000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6326  putative transcriptional regulator  31.71 
 
 		 226 aa  63.2  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1173  GntR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 234 aa  63.2  0.000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1961  GntR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 227 aa  62.8  0.000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0634218  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0346  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 238 aa  62.8  0.000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7701  transcriptional regulator, GntR family  37.63 
 
 		 212 aa  62.8  0.000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.788387  normal  0.631599 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0110  transcriptional regulator, GntR family  34.57 
 
 		 229 aa  62.8  0.000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1887  GntR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 219 aa  62.8  0.000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000514659  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1199  GntR family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 226 aa  62.8  0.000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1126  GntR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 219 aa  62.8  0.000000004  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.373714  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2514  GntR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 234 aa  62.8  0.000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1752  GntR family transcriptional regulator  28.88 
 
 		 217 aa  62.8  0.000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1095  GntR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 253 aa  62.4  0.000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.103754 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1336  GntR family transcriptional regulator  51.32 
 
 		 246 aa  62.4  0.000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4693  GntR family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 267 aa  62.4  0.000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4314  transcriptional regulator, GntR family  30.93 
 
 		 243 aa  62.4  0.000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.948957 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4046  GntR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 255 aa  62  0.000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0073  GntR family transcriptional regulator  34.73 
 
 		 232 aa  62  0.000000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3944  transcriptional regulator, GntR family  27.98 
 
 		 258 aa  62  0.000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2458  GntR family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 235 aa  62  0.000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3628  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 262 aa  62  0.000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0316  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 262 aa  62  0.000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2769  transcriptional regulator, GntR family  33.54 
 
 		 223 aa  62  0.000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4020  GntR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 255 aa  62  0.000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3549  putative GntR-family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 209 aa  62  0.000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>