274 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1481 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_1481  4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol synthase  100 
 
 
538 aa  1048    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.475919  hitchhiker  0.00908696 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1294  molybdopterin molybdochelatase / molybdenum cofactor cytidylyltransferase  53.92 
 
 
538 aa  514  1e-144  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.572199  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4320  4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol synthase  48.4 
 
 
533 aa  420  1e-116  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3672  4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol synthase  48.4 
 
 
533 aa  418  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1637  4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol synthase  47.27 
 
 
534 aa  417  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.545096 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1788  4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol synthase  48.59 
 
 
533 aa  410  1e-113  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.148843  normal  0.17866 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2601  molybdopterin binding domain-containing protein  47.27 
 
 
534 aa  408  1.0000000000000001e-112  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.205872  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3911  molybdopterin binding domain-containing protein  47.55 
 
 
544 aa  400  9.999999999999999e-111  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5312  molybdenum cofactor cytidylyltransferase / molybdopterin molybdochelatase  45.88 
 
 
534 aa  400  9.999999999999999e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.664625 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2199  molybdopterin binding protein  45.59 
 
 
534 aa  394  1e-108  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2955  4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol synthase  46.93 
 
 
539 aa  391  1e-107  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.0101502 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0971  hypothetical protein  45.07 
 
 
546 aa  365  1e-99  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.84805  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4563  4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D- erythritolsynthas e  42.7 
 
 
575 aa  339  5.9999999999999996e-92  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0475  MobA-like protein-like protein  41.52 
 
 
539 aa  316  6e-85  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.173905  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1756  molybdopterin binding domain protein  51.51 
 
 
341 aa  273  6e-72  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.195217  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5449  molybdopterin binding domain-containing protein  52.94 
 
 
342 aa  273  8.000000000000001e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.179612 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3468  molybdopterin binding domain-containing protein  47.6 
 
 
348 aa  261  3e-68  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.967739 
 
 
-
 
NC_004310  BR0040  hypothetical protein  43.75 
 
 
321 aa  252  9.000000000000001e-66  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0040  hypothetical protein  43.75 
 
 
401 aa  251  2e-65  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1057  molybdopterin binding domain-containing protein  48.8 
 
 
336 aa  246  6e-64  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.680362  normal  0.149757 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0046  hypothetical protein  43.75 
 
 
319 aa  246  6e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1187  molybdopterin binding domain  48.05 
 
 
336 aa  244  3.9999999999999997e-63  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.262321  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0587  Fis family transcriptional regulator  46.57 
 
 
334 aa  236  1.0000000000000001e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0985  molybdopterin binding domain  48.35 
 
 
336 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.087675  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1936  molybdopterin biosynthesis protein  46.57 
 
 
334 aa  235  2.0000000000000002e-60  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0205763  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1762  molybdopterin biosynthesis protein  42.35 
 
 
333 aa  223  4.9999999999999996e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.248299  normal  0.280342 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4656  hypothetical protein  61.62 
 
 
203 aa  221  1.9999999999999999e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.720744  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2350  putative molybdopterin biosynthesis protein  42.86 
 
 
337 aa  216  8e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.294499  normal  0.371201 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1767  molybdopterin binding domain-containing protein  43.93 
 
 
357 aa  213  9e-54  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.885332 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0332  molybdopterin binding domain-containing protein  45.15 
 
 
336 aa  207  5e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.960235  normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6027  4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol synthase  52.55 
 
 
207 aa  181  4e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5614  hypothetical protein  51.96 
 
 
185 aa  170  7e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0660  molybdopterin binding domain-containing protein  37.8 
 
 
329 aa  164  3e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0826  molybdopterin binding domain-containing protein  38.44 
 
 
330 aa  157  6e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000805611  normal  0.0969879 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2761  molybdopterin binding domain protein  30.54 
 
 
340 aa  150  5e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00889272  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1398  molybdopterin binding domain protein  36.66 
 
 
332 aa  149  1.0000000000000001e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0932  molybdopterin binding domain-containing protein  33.53 
 
 
344 aa  147  3e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1552  molybdopterin binding domain-containing protein  33.24 
 
 
340 aa  147  3e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1478  molybdopterin binding domain-containing protein  29.25 
 
 
341 aa  141  3.9999999999999997e-32  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2764  molybdopterin binding domain-containing protein  31.63 
 
 
335 aa  140  4.999999999999999e-32  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1437  molybdenum cofactor synthesis domain protein  30.49 
 
 
324 aa  139  8.999999999999999e-32  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0642  molybdopterin binding domain protein  35.81 
 
 
347 aa  139  1e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.138777 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3441  molybdopterin binding domain protein  34.52 
 
 
340 aa  139  1e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.593613  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0997  molybdopterin binding domain-containing protein  32.89 
 
 
340 aa  136  9.999999999999999e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1807  molybdopterin binding domain protein  29.6 
 
 
345 aa  133  6.999999999999999e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2046  putative molybdenum cofactor biosynthesis protein  28.78 
 
 
337 aa  130  6e-29  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1761  molybdenum cofactor biosynthesis protein, putative  28.49 
 
 
337 aa  129  1.0000000000000001e-28  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.647505  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0219  putative molybdenum cofactor biosynthesis protein  29.02 
 
 
341 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.416217  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3500  molybdopterin binding domain protein  28.05 
 
 
341 aa  128  3e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1563  molybdopterin binding domain protein  31.09 
 
 
340 aa  123  9e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.229434  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2003  MobA-like protein-like  41.97 
 
 
455 aa  121  3e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00000020239  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2901  4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol synthase  41.8 
 
 
202 aa  121  3e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.150492 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1600  molybdopterin binding domain protein  28.53 
 
 
339 aa  120  9e-26  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.511958  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1573  molybdopterin binding domain-containing protein  32.13 
 
 
339 aa  120  9e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.214865  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1688  molybdopterin binding domain protein  27.85 
 
 
324 aa  117  5e-25  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1027  molybdopterin biosynthesis protein, putative  29.7 
 
 
343 aa  115  1.0000000000000001e-24  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3538  molybdenum cofactor cytidylyltransferase  31.76 
 
 
341 aa  115  3e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0377  molybdopterin binding domain protein  30.56 
 
 
330 aa  112  2.0000000000000002e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00000620361  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2390  4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol synthase  38.17 
 
 
194 aa  108  2e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.905629 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1568  molybdenum cofactor cytidylyltransferase  38.38 
 
 
200 aa  106  8e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0328767  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1058  4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol synthase  44.15 
 
 
197 aa  104  4e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.134734 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3467  4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol synthase  42.49 
 
 
203 aa  103  7e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.912757 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0260  molybdopterin binding domain protein  28.61 
 
 
344 aa  103  9e-21  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.501358  normal  0.241129 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1824  molybdopterin binding domain protein  31.34 
 
 
346 aa  102  2e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0289646  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1188  4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol synthase  42.55 
 
 
197 aa  99.8  1e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.143953  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5429  hypothetical protein  38.1 
 
 
205 aa  100  1e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5450  4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol synthase  49.65 
 
 
201 aa  99.8  1e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.15982 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0710  hypothetical protein  39.04 
 
 
211 aa  99  2e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.107525 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2761  4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol synthase  36.76 
 
 
197 aa  99.4  2e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2140  molybdenum cofactor biosynthesis protein  38.1 
 
 
202 aa  98.6  3e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0036  molybdenum cofactor cytidylyltransferase  42.18 
 
 
225 aa  98.2  4e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.251562 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1757  4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol synthase  46.23 
 
 
199 aa  96.3  1e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.79956  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1566  formylmethanofuran dehydrogenase subunit E region  26.11 
 
 
557 aa  95.5  2e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2771  4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D- erythritolsynthas e  36.98 
 
 
210 aa  95.1  3e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1417  molybdopterin binding domain-containing protein  26.13 
 
 
342 aa  93.6  9e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2831  molybdenum hydroxylase accessory protein, YgfJ family  34.97 
 
 
216 aa  92.4  2e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0659  4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol synthase  34.87 
 
 
208 aa  91.3  4e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0886  hypothetical protein  37.84 
 
 
187 aa  90.5  6e-17  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0984  4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol synthase  40.43 
 
 
197 aa  89.4  1e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0360339  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0685  tungsten formylmethanofuran dehydrogenase family protein/molybdopterin binding protein  27.64 
 
 
551 aa  89  2e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.518875  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1613  formylmethanofuran dehydrogenase subunit E region  27.41 
 
 
547 aa  86.7  0.000000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1415  4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol synthase  33.51 
 
 
204 aa  85.5  0.000000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3932  molybdenum cofactor cytidylyltransferase / molybdopterin molybdochelatase  32.86 
 
 
214 aa  85.9  0.000000000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.123559  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2205  hypothetical protein  28.12 
 
 
242 aa  85.1  0.000000000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2212  molybdopterin binding domain  26.41 
 
 
409 aa  84.7  0.000000000000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.0000000001586  hitchhiker  0.00707587 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0032  molybdopterin binding domain-containing protein  25 
 
 
544 aa  83.2  0.00000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.360956  normal  0.467855 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0025  formylmethanofuran dehydrogenase subunit E region  24.35 
 
 
540 aa  82.4  0.00000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4136  hypothetical protein  29.41 
 
 
199 aa  82  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00743019 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1079  molybdopterin biosynthesis enzyme  34.55 
 
 
218 aa  79.7  0.0000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1433  hypothetical protein  37.36 
 
 
208 aa  79  0.0000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.238729  normal  0.170444 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0236  4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol synthase  28.57 
 
 
189 aa  78.2  0.0000000000003  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.892544  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4204  MobA-like protein-like protein  24.75 
 
 
204 aa  78.6  0.0000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.212178  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0865  4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol synthase  38.79 
 
 
210 aa  78.6  0.0000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0423814  normal  0.0468502 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5190  MobA-like protein-like protein  32.45 
 
 
198 aa  78.6  0.0000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.802275  normal  0.290751 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0124  hypothetical protein  29.19 
 
 
190 aa  75.5  0.000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.362943  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1225  formylmethanofuran dehydrogenase subunit E region  26.55 
 
 
543 aa  74.7  0.000000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.524983  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2091  molybdopterin binding protein  37.5 
 
 
202 aa  74.7  0.000000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.865191  normal  0.570459 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0104  hypothetical protein  28.42 
 
 
204 aa  74.3  0.000000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.808072 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2977  hypothetical protein  36.57 
 
 
195 aa  73.6  0.000000000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000274563  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0825  MobA-like protein-like protein  38.14 
 
 
196 aa  73.6  0.00000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00207801  normal  0.0863561 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>