187 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1433 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_1433  hypothetical protein  100 
 
 
208 aa  415  9.999999999999999e-116  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.238729  normal  0.170444 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0921  molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein A-like protein  48.22 
 
 
200 aa  135  4e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.370175  normal  0.499649 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1573  hypothetical protein  46.53 
 
 
199 aa  125  6e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0210508  normal  0.559729 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2928  hypothetical protein  46.53 
 
 
199 aa  121  6e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1484  hypothetical protein  41.97 
 
 
201 aa  119  3.9999999999999996e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.205253  normal  0.364405 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1637  4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol synthase  37.7 
 
 
534 aa  99.4  3e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.545096 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3672  4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol synthase  36.55 
 
 
533 aa  97.8  1e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4563  4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D- erythritolsynthas e  38.27 
 
 
575 aa  96.7  2e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4320  4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol synthase  36.04 
 
 
533 aa  96.7  2e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2489  hypothetical protein  37.31 
 
 
192 aa  96.3  3e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.152259  normal  0.0142288 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2955  4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol synthase  35 
 
 
539 aa  96.3  3e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.0101502 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5312  molybdenum cofactor cytidylyltransferase / molybdopterin molybdochelatase  35.6 
 
 
534 aa  95.5  5e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.664625 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2601  molybdopterin binding domain-containing protein  36.65 
 
 
534 aa  93.6  2e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.205872  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2199  molybdopterin binding protein  34.55 
 
 
534 aa  89  5e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0055  hypothetical protein  39.39 
 
 
201 aa  87.8  1e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.447473  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0971  hypothetical protein  37.76 
 
 
546 aa  86.3  3e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.84805  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1481  4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol synthase  37.89 
 
 
538 aa  86.3  3e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.475919  hitchhiker  0.00908696 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3911  molybdopterin binding domain-containing protein  36.32 
 
 
544 aa  84  0.000000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1294  molybdopterin molybdochelatase / molybdenum cofactor cytidylyltransferase  37.31 
 
 
538 aa  81.3  0.000000000000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.572199  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5429  hypothetical protein  32.84 
 
 
205 aa  78.2  0.00000000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1788  4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol synthase  36.55 
 
 
533 aa  77.4  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.148843  normal  0.17866 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0611  MobA-like protein-like protein  30.69 
 
 
187 aa  77  0.0000000000002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.819429  normal  0.87026 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2140  molybdenum cofactor biosynthesis protein  33.5 
 
 
202 aa  75.5  0.0000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2901  4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol synthase  32.83 
 
 
202 aa  75.5  0.0000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.150492 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2020  hypothetical protein  35.83 
 
 
191 aa  75.1  0.0000000000006  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4136  hypothetical protein  31.86 
 
 
199 aa  73.9  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00743019 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3932  molybdenum cofactor cytidylyltransferase / molybdopterin molybdochelatase  34.91 
 
 
214 aa  74.7  0.000000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.123559  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2771  4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D- erythritolsynthas e  31.16 
 
 
210 aa  74.7  0.000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0984  4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol synthase  40.41 
 
 
197 aa  73.6  0.000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0360339  normal 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0104  hypothetical protein  27.59 
 
 
204 aa  73.6  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.808072 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1188  4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol synthase  38.02 
 
 
197 aa  73.6  0.000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.143953  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0659  4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol synthase  32.85 
 
 
208 aa  73.6  0.000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2512  hypothetical protein  30.81 
 
 
221 aa  72.8  0.000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.721906  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2003  MobA-like protein-like  33.99 
 
 
455 aa  72.4  0.000000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00000020239  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2390  4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol synthase  34.72 
 
 
194 aa  72.4  0.000000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.905629 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3467  4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol synthase  38.97 
 
 
203 aa  72.4  0.000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.912757 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0825  MobA-like protein-like protein  36.22 
 
 
196 aa  72  0.000000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00207801  normal  0.0863561 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1779  hypothetical protein  33.15 
 
 
186 aa  71.6  0.000000000007  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1142  MobA-like protein-like protein  32.86 
 
 
197 aa  71.6  0.000000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.484774 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4656  hypothetical protein  34.69 
 
 
203 aa  70.9  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.720744  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0793  hypothetical protein  35.56 
 
 
207 aa  70.9  0.00000000001  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1415  4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol synthase  29 
 
 
204 aa  70.5  0.00000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0236  4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol synthase  27.84 
 
 
189 aa  69.7  0.00000000003  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.892544  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1413  hypothetical protein  28.02 
 
 
202 aa  69.7  0.00000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0598562  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6027  4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol synthase  33.51 
 
 
207 aa  69.7  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0124  hypothetical protein  25.51 
 
 
190 aa  69.3  0.00000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.362943  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0036  molybdenum cofactor cytidylyltransferase  31.43 
 
 
225 aa  69.3  0.00000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.251562 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1438  hypothetical protein  31.58 
 
 
228 aa  69.3  0.00000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5190  MobA-like protein-like protein  32.65 
 
 
198 aa  68.9  0.00000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.802275  normal  0.290751 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3139  metal dependent phosphohydrolase  29.38 
 
 
389 aa  66.6  0.0000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0710  hypothetical protein  31.78 
 
 
211 aa  67  0.0000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.107525 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0890  uncharacterized MobA-related protein  36.29 
 
 
194 aa  66.2  0.0000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.28742  normal  0.68349 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2831  molybdenum hydroxylase accessory protein, YgfJ family  29.8 
 
 
216 aa  66.6  0.0000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1495  hypothetical protein  32.16 
 
 
234 aa  65.9  0.0000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2712  MobA-like protein-like  29.59 
 
 
208 aa  65.9  0.0000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3790  uncharacterized MobA-related protein  37.1 
 
 
194 aa  65.5  0.0000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0141357 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5614  hypothetical protein  34.44 
 
 
185 aa  64.3  0.000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2410  4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol synthase  30 
 
 
194 aa  64.3  0.000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1816  metal dependent phosphohydrolase  27.36 
 
 
372 aa  64.3  0.000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2761  4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol synthase  30.05 
 
 
197 aa  64.3  0.000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0475  MobA-like protein-like protein  32.84 
 
 
539 aa  64.3  0.000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.173905  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2483  hypothetical protein  30.46 
 
 
199 aa  63.5  0.000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0886  hypothetical protein  31.69 
 
 
187 aa  63.5  0.000000002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2139  4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol synthase  30.1 
 
 
208 aa  63.2  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2187  molybdenum cofactor cytidylyltransferase / molybdopterin molybdochelatase  30.1 
 
 
208 aa  62.8  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5470  uncharacterized MobA-related protein  36.29 
 
 
194 aa  62.8  0.000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0663776 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0530  hypothetical protein  33.66 
 
 
207 aa  62.8  0.000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3554  uncharacterized MobA-related protein  36.29 
 
 
194 aa  62.8  0.000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2534  4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol synthase  32.16 
 
 
193 aa  62.8  0.000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.243799 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4813  uncharacterized MobA-related protein  36.29 
 
 
194 aa  62.8  0.000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.913909 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1757  4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol synthase  36.73 
 
 
199 aa  62.8  0.000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.79956  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1686  hypothetical protein  24.14 
 
 
195 aa  62.4  0.000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1058  4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol synthase  35.94 
 
 
197 aa  62  0.000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.134734 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13070  uncharacterized MobA-like protein  32.97 
 
 
194 aa  62  0.000000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4204  MobA-like protein-like protein  26.37 
 
 
204 aa  62  0.000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.212178  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0179  molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein A  23.28 
 
 
196 aa  61.2  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0188224  normal  0.479388 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0184  molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein A  23.28 
 
 
196 aa  61.2  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61110  hypothetical protein  35.14 
 
 
192 aa  60.5  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1630  hypothetical protein  32.06 
 
 
212 aa  60.5  0.00000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.670304  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4726  hypothetical protein  35.2 
 
 
195 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.048995 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0123  MobA-like protein  35.14 
 
 
190 aa  59.7  0.00000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.14106  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0203  hypothetical protein  31.09 
 
 
203 aa  59.3  0.00000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.761699  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1224  MobA-like protein-like protein  25 
 
 
201 aa  59.3  0.00000004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.607114  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0328  hypothetical protein  34.33 
 
 
207 aa  58.9  0.00000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0317  hypothetical protein  34.33 
 
 
207 aa  58.5  0.00000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.449595  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0306  hypothetical protein  33.83 
 
 
206 aa  58.5  0.00000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0865  4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol synthase  34.57 
 
 
210 aa  58.5  0.00000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0423814  normal  0.0468502 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2205  hypothetical protein  28.68 
 
 
242 aa  58.2  0.0000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1554  metal dependent phosphohydrolase  27.78 
 
 
370 aa  57.8  0.0000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.307535  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1381  MobA-like protein  34.25 
 
 
293 aa  57.8  0.0000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.223593  normal  0.271333 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2928  hypothetical protein  30.65 
 
 
210 aa  57.4  0.0000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.796136  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0540  molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein A  27.78 
 
 
207 aa  57.4  0.0000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1816  hypothetical protein  27.78 
 
 
200 aa  57  0.0000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0243  MobA-like protein  25.74 
 
 
216 aa  56.6  0.0000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00192406  normal  0.367058 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4718  uncharacterized MobA-related protein-like protein  33.87 
 
 
194 aa  56.6  0.0000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.819957 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4195  MobA-like protein-like protein  33.87 
 
 
194 aa  56.2  0.0000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0328  hypothetical protein  35.51 
 
 
227 aa  56.2  0.0000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0118  4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol synthase  33.5 
 
 
207 aa  55.8  0.0000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.176077  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3554  hypothetical protein  32.11 
 
 
188 aa  56.2  0.0000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.704282  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2695  hypothetical protein  30.93 
 
 
202 aa  56.2  0.0000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0332984  normal  0.676262 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>