102 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1192 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_1192  integrase, catalytic region  100 
 
 		 740 aa  1526    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.155684  normal  0.264871 
 
 
-
 
NC_004310  BR0729  transposase, putative  29.63 
 
 		 704 aa  238  3e-61  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0648986  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0458  integrase catalytic subunit  28.59 
 
 		 710 aa  207  6e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.540763  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4752  integrase catalytic region  29.52 
 
 		 754 aa  192  2e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2088  hypothetical protein  27.49 
 
 		 749 aa  184  5.0000000000000004e-45  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1519  Integrase catalytic region  25.51 
 
 		 774 aa  165  3e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.263526 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2538  hypothetical protein  28.48 
 
 		 762 aa  159  3e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3210  integrase catalytic subunit  28.96 
 
 		 782 aa  154  5e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3214  hypothetical protein  25.94 
 
 		 780 aa  121  6e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.262924  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6543  hypothetical protein  25 
 
 		 649 aa  113  1.0000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3862  integrase catalytic subunit  24.38 
 
 		 617 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.015096 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4200  Integrase catalytic region  25.29 
 
 		 617 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4579  integrase catalytic subunit  26.57 
 
 		 551 aa  103  1e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0220  Integrase catalytic region  23.24 
 
 		 618 aa  103  1e-20  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.611763  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6241  integrase catalytic subunit  28.7 
 
 		 536 aa  102  2e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.599345  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0025  integrase catalytic subunit  26.15 
 
 		 810 aa  102  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0006  integrase catalytic subunit  24.24 
 
 		 652 aa  101  4e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0485417  normal  0.154735 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0008  integrase catalytic region  24.24 
 
 		 652 aa  101  4e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.171023  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0006  integrase catalytic region  24.24 
 
 		 652 aa  101  4e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.418357  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0014  transposase, putative  24.24 
 
 		 677 aa  101  6e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.285018  unclonable  0.000000281565 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4236  plasmid replication initiator protein-like protein  26.28 
 
 		 548 aa  94.4  7e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.754905 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4288  integrase catalytic subunit  28.16 
 
 		 547 aa  93.6  1e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.167614  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4045  transposase  26.21 
 
 		 572 aa  92.8  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.370062  normal  0.501685 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4972  transposase  26.21 
 
 		 562 aa  92.4  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0764461  normal  0.415785 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3010  integrase catalytic subunit  26.21 
 
 		 509 aa  92.4  3e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00333302 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1173  integrase TniA  25.64 
 
 		 560 aa  89.7  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.457536  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1222  integrase catalytic subunit  24.04 
 
 		 556 aa  89.7  2e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1346  integrase catalytic subunit  24.04 
 
 		 556 aa  89.7  2e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2171  integrase catalytic subunit  24.04 
 
 		 556 aa  89.7  2e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2648  integrase catalytic subunit  24.04 
 
 		 556 aa  89.7  2e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.363679  normal  0.0869541 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5056  integrase catalytic region  23.37 
 
 		 575 aa  89  3e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3150  integrase catalytic subunit  23.37 
 
 		 662 aa  88.6  4e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5218  integrase catalytic subunit  23.37 
 
 		 662 aa  88.6  4e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.250569 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1647  transposase  26.62 
 
 		 616 aa  87.8  6e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0693  integrase catalytic subunit  26.85 
 
 		 618 aa  85.9  0.000000000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.658571  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1590  integrase catalytic subunit  26.85 
 
 		 618 aa  85.9  0.000000000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0125  hypothetical protein  22.08 
 
 		 625 aa  84.7  0.000000000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6595  transposase  27.12 
 
 		 542 aa  84.3  0.000000000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3039  integrase catalytic subunit  26.99 
 
 		 614 aa  83.6  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.532754  n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0041  TniAdelta1  24.5 
 
 		 422 aa  83.6  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.208656 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4905  integrase catalytic subunit  28.34 
 
 		 599 aa  83.2  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3258  integrase catalytic subunit  28.34 
 
 		 599 aa  83.2  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.246577 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3579  Integrase catalytic region  24.09 
 
 		 554 aa  82.8  0.00000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.318948  normal  0.0294247 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1364  integrase catalytic subunit  25.07 
 
 		 782 aa  82  0.00000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.565486  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1702  hypothetical protein  22.54 
 
 		 650 aa  81.6  0.00000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0058  transposase  25.65 
 
 		 595 aa  80.5  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4222  integrase catalytic subunit  24.9 
 
 		 541 aa  77.8  0.0000000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4306  integrase catalytic subunit  24.9 
 
 		 541 aa  77.8  0.0000000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4384  integrase catalytic subunit  24.9 
 
 		 541 aa  77.8  0.0000000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4604  integrase catalytic subunit  24.9 
 
 		 541 aa  77.8  0.0000000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2602  hypothetical protein  25.57 
 
 		 733 aa  76.6  0.000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0193648  normal  0.873039 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0187  urease, beta subunit  23.27 
 
 		 611 aa  75.9  0.000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5456  integrase catalytic region  28.06 
 
 		 547 aa  75.1  0.000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0520655  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1680  TniA transposase  23.62 
 
 		 640 aa  74.3  0.000000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2936  TniA transposase  23.62 
 
 		 640 aa  74.3  0.000000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.572632  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1580  hypothetical protein  26.4 
 
 		 640 aa  72.4  0.00000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00525053  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2267  integrase catalytic region  22.48 
 
 		 626 aa  69.3  0.0000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.102456 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0015  integrase catalytic region  23.44 
 
 		 653 aa  69.7  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2505  transposon transposition protein B, putative  21.19 
 
 		 626 aa  70.1  0.0000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4720  Integrase catalytic region  24.29 
 
 		 670 aa  69.3  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.086869 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5462  transposase  24.11 
 
 		 552 aa  68.6  0.0000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2352  integrase catalytic region  23.77 
 
 		 721 aa  67.8  0.0000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.109072 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0072  transposase  23.92 
 
 		 481 aa  66.2  0.000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06219  hypothetical protein  30.3 
 
 		 333 aa  65.5  0.000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2524  TniA transposase  23.85 
 
 		 632 aa  65.5  0.000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0990147 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4980  TniA transposase  24.42 
 
 		 640 aa  65.1  0.000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.01794 
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0178  hypothetical protein  26.32 
 
 		 659 aa  64.3  0.000000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00166978  n/a   
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0284  hypothetical protein  26.32 
 
 		 659 aa  64.3  0.000000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3047  transposase  25.87 
 
 		 636 aa  63.9  0.000000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00784211  normal  0.39515 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4688  integrase catalytic subunit  29.69 
 
 		 382 aa  63.5  0.00000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.03329 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06969  hypothetical protein  25.3 
 
 		 487 aa  63.9  0.00000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0202  Integrase catalytic region  21.56 
 
 		 630 aa  63.2  0.00000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00177404 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3542  hypothetical protein  24.94 
 
 		 689 aa  62  0.00000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0220  putative transposase  23.64 
 
 		 481 aa  61.6  0.00000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0145675 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1426  hypothetical protein  28.57 
 
 		 801 aa  60.5  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0377  integrase catalytic subunit  24.92 
 
 		 636 aa  58.9  0.0000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.893985  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2235  integrase catalytic region  21.72 
 
 		 644 aa  58.5  0.0000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.986822  decreased coverage  0.00107006 
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4385  integrase catalytic subunit  22.41 
 
 		 468 aa  55.8  0.000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3006  TniB  25.77 
 
 		 497 aa  55.1  0.000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.270037  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3679  integrase catalytic region  22.16 
 
 		 497 aa  54.3  0.000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.703248  normal  0.776463 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3875  integrase catalytic region  22.16 
 
 		 497 aa  54.3  0.000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.936093 
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4082  integrase catalytic region  22.16 
 
 		 497 aa  54.3  0.000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0484563 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1859  integrase catalytic subunit  25.18 
 
 		 791 aa  54.3  0.000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2133  hypothetical protein  24.9 
 
 		 291 aa  53.5  0.00001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0992239  normal  0.0302754 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0028  transposase  20.63 
 
 		 651 aa  52  0.00004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.680566  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6244  hypothetical protein  24.37 
 
 		 650 aa  52  0.00004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.156993  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3659  integrase catalytic subunit  23.95 
 
 		 785 aa  50.8  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4394  integrase catalytic subunit  30.48 
 
 		 550 aa  50.8  0.0001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4740  integrase catalytic region  23.4 
 
 		 902 aa  50.1  0.0001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1495  integrase catalytic region  25.39 
 
 		 657 aa  49.7  0.0002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000170756 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5778  integrase catalytic region  25.33 
 
 		 662 aa  48.1  0.0006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.13282  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2199  Transposase-like Mu  23.39 
 
 		 558 aa  48.1  0.0006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3129  Transposase-like Mu  23.39 
 
 		 558 aa  48.1  0.0006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.509009 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4577  Integrase catalytic region  23.66 
 
 		 900 aa  47.4  0.001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3504  Integrase catalytic region  23.66 
 
 		 900 aa  47.4  0.001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.661692  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2545  Integrase catalytic region  23.04 
 
 		 829 aa  47  0.001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000108599  hitchhiker  0.00117981 
 
 
-
 
NC_009477  SaurJH9_2745  integrase catalytic subunit  19.12 
 
 		 480 aa  45.8  0.003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009619  SaurJH1_2822  integrase catalytic region  19.12 
 
 		 480 aa  45.8  0.003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06222  hypothetical protein  20.9 
 
 		 300 aa  45.8  0.003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2820  Integrase catalytic region  25.86 
 
 		 417 aa  45.1  0.005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>