231 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_0014 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_0014  transposase, putative  100 
 
 
677 aa  1393    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.285018  unclonable  0.000000281565 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0006  integrase catalytic region  99.85 
 
 
652 aa  1338    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.418357  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0008  integrase catalytic region  99.85 
 
 
652 aa  1338    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.171023  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0006  integrase catalytic subunit  99.85 
 
 
652 aa  1338    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0485417  normal  0.154735 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6543  hypothetical protein  33.97 
 
 
649 aa  288  2e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0015  integrase catalytic region  29.76 
 
 
653 aa  226  1e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3150  integrase catalytic subunit  27.13 
 
 
662 aa  198  3e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5218  integrase catalytic subunit  27.13 
 
 
662 aa  198  3e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.250569 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5056  integrase catalytic region  28.7 
 
 
575 aa  196  1e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0220  Integrase catalytic region  30.4 
 
 
618 aa  184  4.0000000000000006e-45  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.611763  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0693  integrase catalytic subunit  28.67 
 
 
618 aa  173  1e-41  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.658571  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1590  integrase catalytic subunit  28.67 
 
 
618 aa  173  1e-41  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3862  integrase catalytic subunit  32.06 
 
 
617 aa  165  2.0000000000000002e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.015096 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4200  Integrase catalytic region  29.53 
 
 
617 aa  164  4.0000000000000004e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0125  hypothetical protein  28.98 
 
 
625 aa  162  2e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2267  integrase catalytic region  31.25 
 
 
626 aa  158  4e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.102456 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0058  transposase  29.54 
 
 
595 aa  156  2e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3039  integrase catalytic subunit  28.43 
 
 
614 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.532754  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0377  integrase catalytic subunit  26.32 
 
 
636 aa  148  3e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.893985  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4579  integrase catalytic subunit  30.18 
 
 
551 aa  147  5e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2505  transposon transposition protein B, putative  27.4 
 
 
626 aa  146  1e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4236  plasmid replication initiator protein-like protein  30.19 
 
 
548 aa  146  1e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.754905 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1222  integrase catalytic subunit  29.86 
 
 
556 aa  145  2e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1346  integrase catalytic subunit  29.86 
 
 
556 aa  145  2e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2171  integrase catalytic subunit  29.86 
 
 
556 aa  145  2e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2648  integrase catalytic subunit  29.86 
 
 
556 aa  145  2e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.363679  normal  0.0869541 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3579  Integrase catalytic region  32.27 
 
 
554 aa  143  8e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.318948  normal  0.0294247 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3010  integrase catalytic subunit  30.07 
 
 
509 aa  142  3e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00333302 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4972  transposase  30.07 
 
 
562 aa  141  3e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0764461  normal  0.415785 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0458  integrase catalytic subunit  26.84 
 
 
710 aa  141  3e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.540763  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0202  Integrase catalytic region  28.15 
 
 
630 aa  141  3.9999999999999997e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00177404 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1173  integrase TniA  30.07 
 
 
560 aa  141  3.9999999999999997e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.457536  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4045  transposase  30.07 
 
 
572 aa  141  3.9999999999999997e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.370062  normal  0.501685 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0041  TniAdelta1  38.85 
 
 
422 aa  141  3.9999999999999997e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.208656 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2352  integrase catalytic region  28.97 
 
 
721 aa  140  6e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.109072 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4222  integrase catalytic subunit  29.13 
 
 
541 aa  140  7e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4306  integrase catalytic subunit  29.13 
 
 
541 aa  140  7e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4384  integrase catalytic subunit  29.13 
 
 
541 aa  140  7e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4604  integrase catalytic subunit  29.13 
 
 
541 aa  140  7e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2981  Transposase-like Mu  28.44 
 
 
567 aa  140  1e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4720  Integrase catalytic region  33.93 
 
 
670 aa  139  1e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.086869 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2082  Transposase-like Mu  28.12 
 
 
555 aa  139  2e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000413728 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5456  integrase catalytic region  29.55 
 
 
547 aa  139  2e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0520655  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0729  transposase, putative  28.33 
 
 
704 aa  138  3.0000000000000003e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0648986  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2186  integrase catalytic subunit  35.61 
 
 
581 aa  138  4e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.347784  normal 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4288  integrase catalytic subunit  30.53 
 
 
547 aa  137  7.000000000000001e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.167614  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0025  integrase catalytic subunit  26.84 
 
 
810 aa  134  3.9999999999999996e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4905  integrase catalytic subunit  29.41 
 
 
599 aa  134  5e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3258  integrase catalytic subunit  29.41 
 
 
599 aa  134  5e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.246577 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2936  TniA transposase  30.51 
 
 
640 aa  133  9e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.572632  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1680  TniA transposase  30.51 
 
 
640 aa  133  9e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1647  transposase  25.52 
 
 
616 aa  133  1.0000000000000001e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4688  integrase catalytic subunit  34.72 
 
 
382 aa  132  2.0000000000000002e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.03329 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2602  hypothetical protein  27.99 
 
 
733 aa  131  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0193648  normal  0.873039 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3006  TniB  35.04 
 
 
497 aa  131  5.0000000000000004e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.270037  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3047  transposase  30.43 
 
 
636 aa  130  7.000000000000001e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00784211  normal  0.39515 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1580  hypothetical protein  30.82 
 
 
640 aa  130  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00525053  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6241  integrase catalytic subunit  37.84 
 
 
536 aa  129  2.0000000000000002e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.599345  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5462  transposase  30.23 
 
 
552 aa  129  2.0000000000000002e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0117  integrase catalytic subunit  28.05 
 
 
614 aa  127  5e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.145881  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0243  integrase catalytic subunit  28.05 
 
 
614 aa  127  5e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00837519  hitchhiker  0.00531569 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2451  integrase catalytic subunit  28.05 
 
 
614 aa  127  5e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0255149  normal 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4980  TniA transposase  26.29 
 
 
640 aa  126  1e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.01794 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1702  hypothetical protein  27.53 
 
 
650 aa  125  2e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0977  Transposase-like Mu  31.34 
 
 
561 aa  124  4e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.115724 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0187  urease, beta subunit  28.86 
 
 
611 aa  123  9e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3129  Transposase-like Mu  26.09 
 
 
558 aa  123  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.509009 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2199  Transposase-like Mu  25.57 
 
 
558 aa  122  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4394  integrase catalytic subunit  27.75 
 
 
550 aa  122  3e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6595  transposase  38.38 
 
 
542 aa  121  4.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2235  integrase catalytic region  26.48 
 
 
644 aa  120  6e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.986822  decreased coverage  0.00107006 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2524  TniA transposase  25.79 
 
 
632 aa  120  6e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0990147 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1150  integrase catalytic subunit  31.58 
 
 
560 aa  119  1.9999999999999998e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.204343 
 
 
-
 
NC_009477  SaurJH9_2745  integrase catalytic subunit  25.33 
 
 
480 aa  119  1.9999999999999998e-25  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009619  SaurJH1_2822  integrase catalytic region  25.33 
 
 
480 aa  119  1.9999999999999998e-25  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3210  integrase catalytic subunit  25.97 
 
 
782 aa  118  3.9999999999999997e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1342  integrase catalytic subunit  39.04 
 
 
663 aa  117  5e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.139428 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1364  integrase catalytic subunit  30.49 
 
 
782 aa  117  6e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.565486  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2538  hypothetical protein  26.8 
 
 
762 aa  114  6e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1519  Integrase catalytic region  28.54 
 
 
774 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.263526 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0028  transposase  29.97 
 
 
651 aa  110  9.000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.680566  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4752  integrase catalytic region  23.75 
 
 
754 aa  110  1e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06219  hypothetical protein  29.55 
 
 
333 aa  109  1e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4506  integrase catalytic subunit  25.18 
 
 
560 aa  107  6e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2993  Transposase-like Mu  25.28 
 
 
677 aa  102  3e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4385  integrase catalytic subunit  29.51 
 
 
468 aa  100  6e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1192  integrase, catalytic region  25.14 
 
 
740 aa  96.7  1e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.155684  normal  0.264871 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5417  integrase catalytic subunit  27.63 
 
 
715 aa  95.5  3e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.751819 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5591  integrase catalytic subunit  27.63 
 
 
715 aa  95.5  3e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2185  transposase  30.58 
 
 
224 aa  93.6  1e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4740  integrase catalytic region  24.13 
 
 
902 aa  91.3  5e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4082  integrase catalytic region  26.32 
 
 
497 aa  90.9  7e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0484563 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3659  integrase catalytic subunit  26.19 
 
 
785 aa  90.9  7e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2088  hypothetical protein  25.07 
 
 
749 aa  90.9  7e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3875  integrase catalytic region  26.32 
 
 
497 aa  90.9  7e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.936093 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3679  integrase catalytic region  26.32 
 
 
497 aa  90.9  7e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.703248  normal  0.776463 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06969  hypothetical protein  24.79 
 
 
487 aa  90.1  1e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1859  integrase catalytic subunit  26.56 
 
 
791 aa  89.4  2e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0220  putative transposase  25.55 
 
 
481 aa  89  2e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0145675 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3935  putative transposase  26.65 
 
 
697 aa  89.4  2e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>