50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_3542 on replicon NC_007494
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007494  RSP_3542  hypothetical protein  100 
 
 		 689 aa  1420    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1426  hypothetical protein  36.58 
 
 		 801 aa  231  3e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3183  hypothetical protein  87.6 
 
 		 355 aa  227  7e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3229  hypothetical protein  71.74 
 
 		 610 aa  140  1e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3528  hypothetical protein  65.48 
 
 		 636 aa  108  2e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3194  hypothetical protein  44.23 
 
 		 623 aa  107  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3214  hypothetical protein  28.48 
 
 		 780 aa  102  3e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.262924  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0729  transposase, putative  25.82 
 
 		 704 aa  73.2  0.00000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0648986  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2538  hypothetical protein  29.67 
 
 		 762 aa  71.2  0.00000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0458  integrase catalytic subunit  25.89 
 
 		 710 aa  68.9  0.0000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.540763  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4754  hypothetical protein  38.04 
 
 		 609 aa  62  0.00000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1192  integrase, catalytic region  25.17 
 
 		 740 aa  61.6  0.00000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.155684  normal  0.264871 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2090  hypothetical protein  34.15 
 
 		 618 aa  61.2  0.00000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4752  integrase catalytic region  22.81 
 
 		 754 aa  60.8  0.00000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2088  hypothetical protein  27.24 
 
 		 749 aa  60.8  0.00000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2500  hypothetical protein  36.59 
 
 		 400 aa  60.1  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6543  hypothetical protein  26.57 
 
 		 649 aa  56.6  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5778  integrase catalytic region  23.4 
 
 		 662 aa  55.5  0.000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.13282  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2352  integrase catalytic region  26.67 
 
 		 721 aa  55.8  0.000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.109072 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1190  hypothetical protein  40 
 
 		 612 aa  55.5  0.000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.204201  normal  0.1151 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0025  integrase catalytic subunit  23.84 
 
 		 810 aa  54.7  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4306  integrase catalytic subunit  24.11 
 
 		 541 aa  54.3  0.000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4604  integrase catalytic subunit  24.11 
 
 		 541 aa  54.3  0.000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4384  integrase catalytic subunit  24.11 
 
 		 541 aa  54.3  0.000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4222  integrase catalytic subunit  24.11 
 
 		 541 aa  54.3  0.000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2199  Transposase-like Mu  25.79 
 
 		 558 aa  52.8  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3129  Transposase-like Mu  25.79 
 
 		 558 aa  52.8  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.509009 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1495  integrase catalytic region  23.56 
 
 		 657 aa  51.6  0.00005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000170756 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2082  Transposase-like Mu  29.94 
 
 		 555 aa  48.5  0.0004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000413728 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2981  Transposase-like Mu  29.12 
 
 		 567 aa  48.1  0.0005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0058  transposase  24.93 
 
 		 595 aa  47.8  0.0006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1519  Integrase catalytic region  22.77 
 
 		 774 aa  47.4  0.0008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.263526 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2186  integrase catalytic subunit  29.01 
 
 		 581 aa  46.6  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.347784  normal  1 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4688  integrase catalytic subunit  33.55 
 
 		 382 aa  46.6  0.001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.03329 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1859  integrase catalytic subunit  28.4 
 
 		 791 aa  47  0.001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0496  integrase  25.93 
 
 		 523 aa  46.2  0.002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.772953  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0028  transposase  22.54 
 
 		 651 aa  46.6  0.002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.680566  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1342  integrase catalytic subunit  26.06 
 
 		 663 aa  45.8  0.002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.139428 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2602  hypothetical protein  22.6 
 
 		 733 aa  45.4  0.003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0193648  normal  0.873039 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3168  Integrase catalytic region  30.84 
 
 		 350 aa  45.8  0.003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3201  hypothetical protein  29.87 
 
 		 610 aa  45.1  0.004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2063  transposase  26.32 
 
 		 319 aa  45.1  0.005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000046959  decreased coverage  0.0000244555 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2306  integrase catalytic region  29.41 
 
 		 362 aa  44.7  0.005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3001  integrase catalytic region  29.41 
 
 		 362 aa  44.7  0.005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2536  hypothetical protein  31.25 
 
 		 617 aa  44.7  0.005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0977  Transposase-like Mu  26.58 
 
 		 561 aa  44.7  0.006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.115724 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0006  integrase catalytic region  26.04 
 
 		 652 aa  43.9  0.009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.418357  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0008  integrase catalytic region  26.04 
 
 		 652 aa  43.9  0.009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.171023  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0006  integrase catalytic subunit  26.04 
 
 		 652 aa  43.9  0.009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0485417  normal  0.154735 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0014  transposase, putative  26.04 
 
 		 677 aa  43.9  0.009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.285018  unclonable  0.000000281565 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>