170 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_1859 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_1859  integrase catalytic subunit  100 
 
 		 791 aa  1631    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0015  integrase catalytic region  28.79 
 
 		 653 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3862  integrase catalytic subunit  29.02 
 
 		 617 aa  111  5e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.015096 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4200  Integrase catalytic region  28.52 
 
 		 617 aa  111  6e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2352  integrase catalytic region  29.84 
 
 		 721 aa  98.6  4e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.109072 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2186  integrase catalytic subunit  28.48 
 
 		 581 aa  93.6  1e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.347784  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0006  integrase catalytic region  26.56 
 
 		 652 aa  89.4  2e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.418357  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0006  integrase catalytic subunit  26.56 
 
 		 652 aa  89.4  2e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0485417  normal  0.154735 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0008  integrase catalytic region  26.56 
 
 		 652 aa  89.4  2e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.171023  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0014  transposase, putative  26.56 
 
 		 677 aa  89.4  3e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.285018  unclonable  0.000000281565 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0693  integrase catalytic subunit  24.2 
 
 		 618 aa  87  0.000000000000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.658571  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1590  integrase catalytic subunit  24.2 
 
 		 618 aa  87  0.000000000000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0025  integrase catalytic subunit  27.64 
 
 		 810 aa  87  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4720  Integrase catalytic region  24.41 
 
 		 670 aa  82  0.00000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.086869 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1580  hypothetical protein  27.48 
 
 		 640 aa  80.1  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00525053  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2267  integrase catalytic region  21.7 
 
 		 626 aa  80.1  0.0000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.102456 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3039  integrase catalytic subunit  27.5 
 
 		 614 aa  79.3  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.532754  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1150  integrase catalytic subunit  29.52 
 
 		 560 aa  79.3  0.0000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.204343 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2981  Transposase-like Mu  27.86 
 
 		 567 aa  79  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2082  Transposase-like Mu  27.24 
 
 		 555 aa  78.2  0.0000000000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000413728 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4980  TniA transposase  28.11 
 
 		 640 aa  77  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.01794 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0125  hypothetical protein  24.82 
 
 		 625 aa  75.9  0.000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2524  TniA transposase  28.11 
 
 		 632 aa  74.7  0.000000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0990147 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0220  Integrase catalytic region  26.22 
 
 		 618 aa  73.9  0.00000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.611763  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2936  TniA transposase  27.59 
 
 		 640 aa  73.6  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.572632  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1680  TniA transposase  27.59 
 
 		 640 aa  73.6  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4236  plasmid replication initiator protein-like protein  30.19 
 
 		 548 aa  73.2  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.754905 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6241  integrase catalytic subunit  27.84 
 
 		 536 aa  72.4  0.00000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.599345  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6543  hypothetical protein  22.78 
 
 		 649 aa  72.4  0.00000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0377  integrase catalytic subunit  27.38 
 
 		 636 aa  72.8  0.00000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.893985  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3365  Integrase catalytic region  27.39 
 
 		 718 aa  72.8  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.582921  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0058  transposase  24.57 
 
 		 595 aa  70.9  0.00000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0458  integrase catalytic subunit  24.03 
 
 		 710 aa  70.9  0.00000000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.540763  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5056  integrase catalytic region  22.92 
 
 		 575 aa  70.5  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3150  integrase catalytic subunit  22.92 
 
 		 662 aa  70.5  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5218  integrase catalytic subunit  22.92 
 
 		 662 aa  70.5  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.250569 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5462  transposase  26.46 
 
 		 552 aa  70.1  0.0000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5456  integrase catalytic region  26.23 
 
 		 547 aa  69.3  0.0000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0520655  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4752  integrase catalytic region  24.49 
 
 		 754 aa  70.1  0.0000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3659  integrase catalytic subunit  24.56 
 
 		 785 aa  68.9  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1364  integrase catalytic subunit  25.22 
 
 		 782 aa  68.6  0.0000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.565486  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3129  Transposase-like Mu  27.07 
 
 		 558 aa  68.2  0.0000000007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.509009 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2199  Transposase-like Mu  27.07 
 
 		 558 aa  68.2  0.0000000007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0977  Transposase-like Mu  30.9 
 
 		 561 aa  67  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.115724 
 
 
-
 
NC_004310  BR0729  transposase, putative  21.59 
 
 		 704 aa  66.2  0.000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0648986  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1222  integrase catalytic subunit  27.12 
 
 		 556 aa  66.2  0.000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1346  integrase catalytic subunit  27.12 
 
 		 556 aa  66.2  0.000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2171  integrase catalytic subunit  27.12 
 
 		 556 aa  66.2  0.000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2648  integrase catalytic subunit  27.12 
 
 		 556 aa  66.2  0.000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.363679  normal  0.0869541 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0117  integrase catalytic subunit  23.95 
 
 		 614 aa  65.9  0.000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.145881  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0243  integrase catalytic subunit  23.95 
 
 		 614 aa  65.9  0.000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00837519  hitchhiker  0.00531569 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2451  integrase catalytic subunit  23.95 
 
 		 614 aa  65.9  0.000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0255149  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1702  hypothetical protein  24.17 
 
 		 650 aa  65.1  0.000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1659  Integrase catalytic region  25.65 
 
 		 922 aa  65.1  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1519  Integrase catalytic region  23.28 
 
 		 774 aa  63.5  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.263526 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2505  transposon transposition protein B, putative  25.27 
 
 		 626 aa  62.4  0.00000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1495  integrase catalytic region  27.01 
 
 		 657 aa  60.5  0.0000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000170756 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5778  integrase catalytic region  26.29 
 
 		 662 aa  60.5  0.0000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.13282  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3579  Integrase catalytic region  26.09 
 
 		 554 aa  60.1  0.0000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.318948  normal  0.0294247 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06219  hypothetical protein  24.7 
 
 		 333 aa  59.3  0.0000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0067  integrase catalytic subunit  26.82 
 
 		 905 aa  58.9  0.0000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0193  integrase catalytic subunit  26.82 
 
 		 905 aa  58.9  0.0000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.952164  hitchhiker  0.00648226 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1330  integrase catalytic subunit  26.82 
 
 		 905 aa  58.9  0.0000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1715  integrase catalytic subunit  26.82 
 
 		 905 aa  58.9  0.0000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4946  integrase catalytic subunit  26.82 
 
 		 905 aa  58.9  0.0000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.275371 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4688  integrase catalytic subunit  25.94 
 
 		 382 aa  58.2  0.0000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.03329 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1647  transposase  23.43 
 
 		 616 aa  58.2  0.0000006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0178  hypothetical protein  28.84 
 
 		 659 aa  57.8  0.0000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00166978  n/a   
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0284  hypothetical protein  28.84 
 
 		 659 aa  57.8  0.0000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4740  integrase catalytic region  24.65 
 
 		 902 aa  57.8  0.0000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0187  urease, beta subunit  24.54 
 
 		 611 aa  57.4  0.0000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3752  integrase catalytic subunit  25.26 
 
 		 772 aa  57.4  0.000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0202  Integrase catalytic region  25.45 
 
 		 630 aa  57.4  0.000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00177404 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4045  transposase  25.29 
 
 		 572 aa  57  0.000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.370062  normal  0.501685 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4972  transposase  25.29 
 
 		 562 aa  57  0.000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0764461  normal  0.415785 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06969  hypothetical protein  27.48 
 
 		 487 aa  57.4  0.000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1342  integrase catalytic subunit  29.89 
 
 		 663 aa  56.6  0.000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.139428 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3010  integrase catalytic subunit  25.29 
 
 		 509 aa  56.2  0.000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00333302 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3210  integrase catalytic subunit  20.5 
 
 		 782 aa  56.6  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1828  Integrase catalytic region  32.17 
 
 		 341 aa  55.8  0.000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.422138 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0613  integrase catalytic subunit  26.29 
 
 		 634 aa  55.8  0.000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.514295  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3183  integrase catalytic subunit  26.29 
 
 		 634 aa  55.8  0.000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0522653  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2955  prophage MuMc02, transposase protein A, putative  24.47 
 
 		 709 aa  55.5  0.000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.456308  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0151  hypothetical protein  26.44 
 
 		 456 aa  55.5  0.000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4577  Integrase catalytic region  25.23 
 
 		 900 aa  55.5  0.000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3504  Integrase catalytic region  25.23 
 
 		 900 aa  55.5  0.000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.661692  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4905  integrase catalytic subunit  26.42 
 
 		 599 aa  55.5  0.000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3258  integrase catalytic subunit  26.42 
 
 		 599 aa  55.5  0.000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.246577 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3214  hypothetical protein  24.28 
 
 		 780 aa  54.3  0.000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.262924  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0270  bacteriophage DNA transposition protein A, putative  36.62 
 
 		 690 aa  53.5  0.00001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.513793  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4222  integrase catalytic subunit  24.87 
 
 		 541 aa  53.5  0.00001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4306  integrase catalytic subunit  24.87 
 
 		 541 aa  53.5  0.00001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4384  integrase catalytic subunit  24.87 
 
 		 541 aa  53.5  0.00001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4604  integrase catalytic subunit  24.87 
 
 		 541 aa  53.5  0.00001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2235  integrase catalytic region  21.96 
 
 		 644 aa  53.9  0.00001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.986822  decreased coverage  0.00107006 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2545  Integrase catalytic region  25.14 
 
 		 829 aa  54.3  0.00001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000108599  hitchhiker  0.00117981 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0312  Integrase catalytic region  28.86 
 
 		 416 aa  53.5  0.00001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1192  integrase, catalytic region  25.43 
 
 		 740 aa  53.9  0.00001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.155684  normal  0.264871 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2115  integrase catalytic region  34.94 
 
 		 738 aa  53.1  0.00002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.245855  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2068  integrase catalytic region  34.94 
 
 		 738 aa  52.8  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00349038  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>