171 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0458 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0458  integrase catalytic subunit  100 
 
 		 710 aa  1451    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.540763  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0729  transposase, putative  34.51 
 
 		 704 aa  375  1e-102  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0648986  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4752  integrase catalytic region  32.62 
 
 		 754 aa  265  2e-69  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2088  hypothetical protein  27.55 
 
 		 749 aa  225  2e-57  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2538  hypothetical protein  26.07 
 
 		 762 aa  201  5e-50  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1192  integrase, catalytic region  29.03 
 
 		 740 aa  200  7.999999999999999e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.155684  normal  0.264871 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3210  integrase catalytic subunit  30.07 
 
 		 782 aa  193  1e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3214  hypothetical protein  28.05 
 
 		 780 aa  150  8e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.262924  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0014  transposase, putative  26.71 
 
 		 677 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.285018  unclonable  0.000000281565 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0025  integrase catalytic subunit  24.45 
 
 		 810 aa  142  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0008  integrase catalytic region  26.71 
 
 		 652 aa  142  3e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.171023  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0006  integrase catalytic region  26.71 
 
 		 652 aa  142  3e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.418357  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0006  integrase catalytic subunit  26.71 
 
 		 652 aa  142  3e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0485417  normal  0.154735 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1519  Integrase catalytic region  24.45 
 
 		 774 aa  134  6.999999999999999e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.263526 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6543  hypothetical protein  26.67 
 
 		 649 aa  130  8.000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4200  Integrase catalytic region  24.04 
 
 		 617 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3862  integrase catalytic subunit  24.73 
 
 		 617 aa  125  3e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.015096 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0220  Integrase catalytic region  24.8 
 
 		 618 aa  123  9.999999999999999e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.611763  n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0041  TniAdelta1  33.33 
 
 		 422 aa  115  4.0000000000000004e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.208656 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3010  integrase catalytic subunit  31.85 
 
 		 509 aa  106  1e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00333302 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4045  transposase  31.97 
 
 		 572 aa  106  1e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.370062  normal  0.501685 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4972  transposase  31.97 
 
 		 562 aa  106  1e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0764461  normal  0.415785 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0693  integrase catalytic subunit  25.11 
 
 		 618 aa  105  4e-21  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.658571  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1590  integrase catalytic subunit  25.11 
 
 		 618 aa  105  4e-21  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4236  plasmid replication initiator protein-like protein  27.57 
 
 		 548 aa  103  9e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.754905 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1173  integrase TniA  31.67 
 
 		 560 aa  101  6e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.457536  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0015  integrase catalytic region  25.47 
 
 		 653 aa  99  3e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2602  hypothetical protein  26.91 
 
 		 733 aa  98.6  4e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0193648  normal  0.873039 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0125  hypothetical protein  27.25 
 
 		 625 aa  96.7  2e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4288  integrase catalytic subunit  28.1 
 
 		 547 aa  95.5  3e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.167614  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0187  urease, beta subunit  25.82 
 
 		 611 aa  90.1  1e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4222  integrase catalytic subunit  24.77 
 
 		 541 aa  90.1  1e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4306  integrase catalytic subunit  24.77 
 
 		 541 aa  90.1  1e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4384  integrase catalytic subunit  24.77 
 
 		 541 aa  90.1  1e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4604  integrase catalytic subunit  24.77 
 
 		 541 aa  90.1  1e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2505  transposon transposition protein B, putative  25.69 
 
 		 626 aa  89.4  2e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0202  Integrase catalytic region  25.81 
 
 		 630 aa  87  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00177404 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3579  Integrase catalytic region  26.85 
 
 		 554 aa  86.7  0.000000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.318948  normal  0.0294247 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06969  hypothetical protein  28.52 
 
 		 487 aa  86.3  0.000000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1364  integrase catalytic subunit  25.62 
 
 		 782 aa  86.3  0.000000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.565486  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3039  integrase catalytic subunit  29.1 
 
 		 614 aa  85.9  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.532754  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1580  hypothetical protein  24.62 
 
 		 640 aa  86.3  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00525053  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5456  integrase catalytic region  27.86 
 
 		 547 aa  86.3  0.000000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0520655  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1680  TniA transposase  26.3 
 
 		 640 aa  85.5  0.000000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2936  TniA transposase  26.3 
 
 		 640 aa  85.5  0.000000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.572632  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5056  integrase catalytic region  23.24 
 
 		 575 aa  84  0.000000000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5462  transposase  26.44 
 
 		 552 aa  84  0.00000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3150  integrase catalytic subunit  23.24 
 
 		 662 aa  83.2  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5218  integrase catalytic subunit  23.24 
 
 		 662 aa  83.2  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.250569 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1222  integrase catalytic subunit  27.82 
 
 		 556 aa  83.6  0.00000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1346  integrase catalytic subunit  27.82 
 
 		 556 aa  83.6  0.00000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2171  integrase catalytic subunit  27.82 
 
 		 556 aa  83.6  0.00000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2648  integrase catalytic subunit  27.82 
 
 		 556 aa  83.6  0.00000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.363679  normal  0.0869541 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0058  transposase  27.62 
 
 		 595 aa  82.8  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4579  integrase catalytic subunit  25.63 
 
 		 551 aa  82  0.00000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3006  TniB  27.92 
 
 		 497 aa  81.6  0.00000000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.270037  normal  1 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6595  transposase  26.91 
 
 		 542 aa  79.7  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2235  integrase catalytic region  25.8 
 
 		 644 aa  79.7  0.0000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.986822  decreased coverage  0.00107006 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3659  integrase catalytic subunit  27.09 
 
 		 785 aa  79  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4980  TniA transposase  26.11 
 
 		 640 aa  79  0.0000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.01794 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06219  hypothetical protein  28.85 
 
 		 333 aa  76.6  0.000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0377  integrase catalytic subunit  23.02 
 
 		 636 aa  75.9  0.000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.893985  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2267  integrase catalytic region  24.64 
 
 		 626 aa  76.3  0.000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.102456 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4688  integrase catalytic subunit  29.26 
 
 		 382 aa  76.3  0.000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.03329 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2524  TniA transposase  26.11 
 
 		 632 aa  75.5  0.000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0990147 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4905  integrase catalytic subunit  27.79 
 
 		 599 aa  75.1  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3258  integrase catalytic subunit  27.79 
 
 		 599 aa  75.1  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.246577 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4720  Integrase catalytic region  25.44 
 
 		 670 aa  75.1  0.000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.086869 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1702  hypothetical protein  24.89 
 
 		 650 aa  74.7  0.000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2352  integrase catalytic region  22.19 
 
 		 721 aa  73.9  0.00000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.109072 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1659  Integrase catalytic region  25.28 
 
 		 922 aa  72  0.00000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1859  integrase catalytic subunit  24.03 
 
 		 791 aa  71.6  0.00000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3222  integrase catalytic subunit  25.76 
 
 		 539 aa  71.2  0.00000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0196436  normal  0.424387 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1426  hypothetical protein  23.64 
 
 		 801 aa  70.9  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1150  integrase catalytic subunit  26.43 
 
 		 560 aa  69.7  0.0000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.204343 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3542  hypothetical protein  25.89 
 
 		 689 aa  69.3  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0613  integrase catalytic subunit  24.78 
 
 		 634 aa  67.4  0.0000000009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.514295  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3183  integrase catalytic subunit  24.78 
 
 		 634 aa  67.4  0.0000000009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0522653  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0067  integrase catalytic subunit  22.1 
 
 		 905 aa  66.6  0.000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0193  integrase catalytic subunit  22.1 
 
 		 905 aa  66.6  0.000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.952164  hitchhiker  0.00648226 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1330  integrase catalytic subunit  22.1 
 
 		 905 aa  66.6  0.000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1715  integrase catalytic subunit  22.1 
 
 		 905 aa  66.6  0.000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4946  integrase catalytic subunit  22.1 
 
 		 905 aa  66.6  0.000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.275371 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0977  Transposase-like Mu  29.35 
 
 		 561 aa  65.9  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.115724 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4394  integrase catalytic subunit  24.4 
 
 		 550 aa  65.9  0.000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6241  integrase catalytic subunit  28.29 
 
 		 536 aa  64.7  0.000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.599345  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2082  Transposase-like Mu  23.12 
 
 		 555 aa  64.3  0.000000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000413728 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1647  transposase  22.31 
 
 		 616 aa  64.3  0.000000008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3129  Transposase-like Mu  29.94 
 
 		 558 aa  63.5  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.509009 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2199  Transposase-like Mu  29.94 
 
 		 558 aa  63.5  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009619  SaurJH1_2822  integrase catalytic region  22.35 
 
 		 480 aa  62.8  0.00000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009477  SaurJH9_2745  integrase catalytic subunit  22.35 
 
 		 480 aa  62.8  0.00000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0220  putative transposase  22.42 
 
 		 481 aa  62.4  0.00000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0145675 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4740  integrase catalytic region  23.77 
 
 		 902 aa  60.8  0.00000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0072  transposase  22.26 
 
 		 481 aa  60.5  0.0000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2186  integrase catalytic subunit  25.45 
 
 		 581 aa  60.1  0.0000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.347784  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2133  hypothetical protein  33.07 
 
 		 291 aa  60.5  0.0000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0992239  normal  0.0302754 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2545  Integrase catalytic region  23.01 
 
 		 829 aa  59.3  0.0000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000108599  hitchhiker  0.00117981 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3679  integrase catalytic region  23.7 
 
 		 497 aa  59.7  0.0000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.703248  normal  0.776463 
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4082  integrase catalytic region  23.7 
 
 		 497 aa  59.7  0.0000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0484563 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>