210 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0025 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_0025  integrase catalytic subunit  100 
 
 		 810 aa  1675    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4200  Integrase catalytic region  31.9 
 
 		 617 aa  192  2e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3862  integrase catalytic subunit  31.19 
 
 		 617 aa  189  2e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.015096 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2602  hypothetical protein  28.35 
 
 		 733 aa  171  6e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0193648  normal  0.873039 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0693  integrase catalytic subunit  28.57 
 
 		 618 aa  170  8e-41  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.658571  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1590  integrase catalytic subunit  28.57 
 
 		 618 aa  170  8e-41  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0220  Integrase catalytic region  26.54 
 
 		 618 aa  166  2.0000000000000002e-39  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.611763  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6543  hypothetical protein  27.85 
 
 		 649 aa  163  1e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1222  integrase catalytic subunit  30.09 
 
 		 556 aa  159  2e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1346  integrase catalytic subunit  30.09 
 
 		 556 aa  159  2e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2171  integrase catalytic subunit  30.09 
 
 		 556 aa  159  2e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2648  integrase catalytic subunit  30.09 
 
 		 556 aa  159  2e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.363679  normal  0.0869541 
 
 
-
 
NC_004310  BR0729  transposase, putative  28.71 
 
 		 704 aa  150  8e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0648986  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4236  plasmid replication initiator protein-like protein  29.9 
 
 		 548 aa  150  1.0000000000000001e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.754905 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2267  integrase catalytic region  27.06 
 
 		 626 aa  149  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.102456 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2505  transposon transposition protein B, putative  29.38 
 
 		 626 aa  148  4.0000000000000006e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0125  hypothetical protein  26.04 
 
 		 625 aa  147  7.0000000000000006e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4579  integrase catalytic subunit  31.55 
 
 		 551 aa  147  9e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1647  transposase  26.65 
 
 		 616 aa  140  7e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4288  integrase catalytic subunit  28.87 
 
 		 547 aa  137  7.000000000000001e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.167614  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0458  integrase catalytic subunit  26.62 
 
 		 710 aa  137  7.000000000000001e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.540763  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0006  integrase catalytic subunit  26.84 
 
 		 652 aa  135  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0485417  normal  0.154735 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0006  integrase catalytic region  26.84 
 
 		 652 aa  135  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.418357  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0008  integrase catalytic region  26.84 
 
 		 652 aa  135  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.171023  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0014  transposase, putative  26.84 
 
 		 677 aa  134  5e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.285018  unclonable  0.000000281565 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1519  Integrase catalytic region  25.65 
 
 		 774 aa  134  6.999999999999999e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.263526 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2352  integrase catalytic region  28.79 
 
 		 721 aa  134  7.999999999999999e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.109072 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4980  TniA transposase  27.83 
 
 		 640 aa  133  2.0000000000000002e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.01794 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5056  integrase catalytic region  23.95 
 
 		 575 aa  131  5.0000000000000004e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5456  integrase catalytic region  29.2 
 
 		 547 aa  130  7.000000000000001e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0520655  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2524  TniA transposase  27.59 
 
 		 632 aa  130  9.000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0990147 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4752  integrase catalytic region  29.55 
 
 		 754 aa  130  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3150  integrase catalytic subunit  23.95 
 
 		 662 aa  130  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5218  integrase catalytic subunit  23.95 
 
 		 662 aa  130  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.250569 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4720  Integrase catalytic region  28.93 
 
 		 670 aa  129  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.086869 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3210  integrase catalytic subunit  25.65 
 
 		 782 aa  127  1e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5462  transposase  29.19 
 
 		 552 aa  126  2e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0202  Integrase catalytic region  27.34 
 
 		 630 aa  125  2e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00177404 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1680  TniA transposase  26.3 
 
 		 640 aa  121  3.9999999999999996e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2936  TniA transposase  26.3 
 
 		 640 aa  121  3.9999999999999996e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.572632  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0377  integrase catalytic subunit  24.95 
 
 		 636 aa  121  6e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.893985  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4222  integrase catalytic subunit  31.77 
 
 		 541 aa  120  9e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4306  integrase catalytic subunit  31.77 
 
 		 541 aa  120  9e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4384  integrase catalytic subunit  31.77 
 
 		 541 aa  120  9e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4604  integrase catalytic subunit  31.77 
 
 		 541 aa  120  9e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1702  hypothetical protein  29.26 
 
 		 650 aa  120  9.999999999999999e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1580  hypothetical protein  26.89 
 
 		 640 aa  120  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00525053  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0977  Transposase-like Mu  29.87 
 
 		 561 aa  119  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.115724 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0015  integrase catalytic region  24.29 
 
 		 653 aa  119  3e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1150  integrase catalytic subunit  29.41 
 
 		 560 aa  117  1.0000000000000001e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.204343 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1342  integrase catalytic subunit  28.83 
 
 		 663 aa  115  2.0000000000000002e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.139428 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4394  integrase catalytic subunit  26.8 
 
 		 550 aa  115  3e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2082  Transposase-like Mu  30.09 
 
 		 555 aa  114  8.000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000413728 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2088  hypothetical protein  26.3 
 
 		 749 aa  114  1.0000000000000001e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0058  transposase  26.13 
 
 		 595 aa  113  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2538  hypothetical protein  28.61 
 
 		 762 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4045  transposase  28.93 
 
 		 572 aa  112  2.0000000000000002e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.370062  normal  0.501685 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4972  transposase  28.93 
 
 		 562 aa  112  2.0000000000000002e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0764461  normal  0.415785 
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4385  integrase catalytic subunit  26.55 
 
 		 468 aa  113  2.0000000000000002e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3047  transposase  28.96 
 
 		 636 aa  112  3e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00784211  normal  0.39515 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3010  integrase catalytic subunit  28.93 
 
 		 509 aa  112  3e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00333302 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3129  Transposase-like Mu  30.88 
 
 		 558 aa  112  4.0000000000000004e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.509009 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2199  Transposase-like Mu  30.88 
 
 		 558 aa  112  4.0000000000000004e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6241  integrase catalytic subunit  30.5 
 
 		 536 aa  110  8.000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.599345  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3039  integrase catalytic subunit  29.71 
 
 		 614 aa  110  1e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.532754  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6595  transposase  29.29 
 
 		 542 aa  109  2e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0072  transposase  24.3 
 
 		 481 aa  109  3e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0187  urease, beta subunit  27.12 
 
 		 611 aa  108  4e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2981  Transposase-like Mu  28.91 
 
 		 567 aa  107  6e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2186  integrase catalytic subunit  30 
 
 		 581 aa  107  1e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.347784  normal  1 
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0220  putative transposase  24.05 
 
 		 481 aa  106  2e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0145675 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4905  integrase catalytic subunit  28.26 
 
 		 599 aa  105  3e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3258  integrase catalytic subunit  28.26 
 
 		 599 aa  105  3e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.246577 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1173  integrase TniA  27.67 
 
 		 560 aa  105  5e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.457536  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0117  integrase catalytic subunit  28.24 
 
 		 614 aa  104  7e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.145881  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0243  integrase catalytic subunit  28.24 
 
 		 614 aa  104  7e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00837519  hitchhiker  0.00531569 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2451  integrase catalytic subunit  28.24 
 
 		 614 aa  104  7e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0255149  normal  1 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0041  TniAdelta1  31.38 
 
 		 422 aa  103  9e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.208656 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4688  integrase catalytic subunit  29.53 
 
 		 382 aa  103  1e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.03329 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1192  integrase, catalytic region  26.16 
 
 		 740 aa  100  8e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.155684  normal  0.264871 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3679  integrase catalytic region  26.28 
 
 		 497 aa  100  1e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.703248  normal  0.776463 
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4082  integrase catalytic region  26.28 
 
 		 497 aa  100  1e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0484563 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3579  Integrase catalytic region  28.53 
 
 		 554 aa  100  1e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.318948  normal  0.0294247 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3875  integrase catalytic region  26.28 
 
 		 497 aa  100  1e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.936093 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06219  hypothetical protein  26.6 
 
 		 333 aa  100  1e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3214  hypothetical protein  25.37 
 
 		 780 aa  99.8  2e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.262924  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3006  TniB  28.52 
 
 		 497 aa  97.1  1e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.270037  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2235  integrase catalytic region  27.25 
 
 		 644 aa  97.1  1e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.986822  decreased coverage  0.00107006 
 
 
-
 
NC_009619  SaurJH1_2822  integrase catalytic region  26.07 
 
 		 480 aa  95.5  4e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009477  SaurJH9_2745  integrase catalytic subunit  26.07 
 
 		 480 aa  95.5  4e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1116  HMG-I and HMG-Y, DNA-binding  25.8 
 
 		 721 aa  90.5  1e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0028  transposase  25.68 
 
 		 651 aa  90.1  2e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.680566  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4506  integrase catalytic subunit  25.64 
 
 		 560 aa  87.4  0.000000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1859  integrase catalytic subunit  27.64 
 
 		 791 aa  87  0.000000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2993  Transposase-like Mu  26.71 
 
 		 677 aa  87  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0246  Integrase catalytic region  24.42 
 
 		 717 aa  83.6  0.00000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.337678 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0496  integrase  28.38 
 
 		 523 aa  81.6  0.00000000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.772953  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2133  hypothetical protein  30.37 
 
 		 291 aa  78.6  0.0000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0992239  normal  0.0302754 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1364  integrase catalytic subunit  26.25 
 
 		 782 aa  78.2  0.0000000000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.565486  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0613  integrase catalytic subunit  26.58 
 
 		 634 aa  77.4  0.000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.514295  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>