More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3679 on replicon NC_009955
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009956  Dshi_3875  integrase catalytic region  100 
 
 		 497 aa  1004    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.936093 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3679  integrase catalytic region  100 
 
 		 497 aa  1004    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.703248  normal  0.776463 
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4082  integrase catalytic region  100 
 
 		 497 aa  1004    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0484563 
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4385  integrase catalytic subunit  55.41 
 
 		 468 aa  514  1e-144  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0220  putative transposase  51.71 
 
 		 481 aa  452  1.0000000000000001e-126  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0145675 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0072  transposase  50.8 
 
 		 481 aa  448  1.0000000000000001e-124  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009619  SaurJH1_2822  integrase catalytic region  45.56 
 
 		 480 aa  422  1e-116  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009477  SaurJH9_2745  integrase catalytic subunit  45.56 
 
 		 480 aa  422  1e-116  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1150  integrase catalytic subunit  30.38 
 
 		 560 aa  172  9e-42  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.204343 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2199  Transposase-like Mu  30.57 
 
 		 558 aa  172  2e-41  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0977  Transposase-like Mu  31.18 
 
 		 561 aa  170  4e-41  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.115724 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3129  Transposase-like Mu  30.36 
 
 		 558 aa  170  5e-41  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.509009 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2981  Transposase-like Mu  32.43 
 
 		 567 aa  165  2.0000000000000002e-39  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2186  integrase catalytic subunit  29.39 
 
 		 581 aa  161  2e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.347784  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2082  Transposase-like Mu  31.03 
 
 		 555 aa  160  5e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000413728 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5456  integrase catalytic region  32.58 
 
 		 547 aa  160  6e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0520655  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5462  transposase  32.6 
 
 		 552 aa  153  5.9999999999999996e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4579  integrase catalytic subunit  31.22 
 
 		 551 aa  152  2e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1342  integrase catalytic subunit  34.98 
 
 		 663 aa  143  7e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.139428 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0220  Integrase catalytic region  24.22 
 
 		 618 aa  143  8e-33  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.611763  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0125  hypothetical protein  29.02 
 
 		 625 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4604  integrase catalytic subunit  32.5 
 
 		 541 aa  128  3e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4384  integrase catalytic subunit  32.5 
 
 		 541 aa  128  3e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4222  integrase catalytic subunit  32.5 
 
 		 541 aa  128  3e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4306  integrase catalytic subunit  32.5 
 
 		 541 aa  128  3e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1647  transposase  26.62 
 
 		 616 aa  127  5e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0693  integrase catalytic subunit  26.4 
 
 		 618 aa  125  2e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.658571  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1590  integrase catalytic subunit  26.4 
 
 		 618 aa  125  2e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0117  integrase catalytic subunit  26.77 
 
 		 614 aa  121  3e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.145881  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0243  integrase catalytic subunit  26.77 
 
 		 614 aa  121  3e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00837519  hitchhiker  0.00531569 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2451  integrase catalytic subunit  26.77 
 
 		 614 aa  121  3e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0255149  normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4288  integrase catalytic subunit  27.62 
 
 		 547 aa  120  4.9999999999999996e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.167614  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2993  Transposase-like Mu  24.94 
 
 		 677 aa  120  7.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0202  Integrase catalytic region  28.38 
 
 		 630 aa  117  6e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00177404 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4236  plasmid replication initiator protein-like protein  30.13 
 
 		 548 aa  117  6.9999999999999995e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.754905 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3039  integrase catalytic subunit  27.15 
 
 		 614 aa  116  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.532754  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2505  transposon transposition protein B, putative  26.2 
 
 		 626 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4577  Integrase catalytic region  26.92 
 
 		 900 aa  114  4.0000000000000004e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3504  Integrase catalytic region  26.92 
 
 		 900 aa  114  4.0000000000000004e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.661692  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0187  urease, beta subunit  26.04 
 
 		 611 aa  114  5e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2171  integrase catalytic subunit  28.77 
 
 		 556 aa  113  7.000000000000001e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1222  integrase catalytic subunit  28.77 
 
 		 556 aa  113  7.000000000000001e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2648  integrase catalytic subunit  28.77 
 
 		 556 aa  113  7.000000000000001e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.363679  normal  0.0869541 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1346  integrase catalytic subunit  28.77 
 
 		 556 aa  113  7.000000000000001e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3862  integrase catalytic subunit  27.72 
 
 		 617 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.015096 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12826  transposase  30.49 
 
 		 469 aa  111  3e-23  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  1.44117e-18  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4200  Integrase catalytic region  26.85 
 
 		 617 aa  110  6e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4972  transposase  28.68 
 
 		 562 aa  110  7.000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0764461  normal  0.415785 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4045  transposase  28.68 
 
 		 572 aa  110  7.000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.370062  normal  0.501685 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3010  integrase catalytic subunit  28.68 
 
 		 509 aa  110  7.000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00333302 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1285  Integrase catalytic region  29.73 
 
 		 493 aa  109  1e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.543739  normal  0.626135 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4520  Integrase catalytic region  29.73 
 
 		 493 aa  109  1e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3006  TniB  30.96 
 
 		 497 aa  108  3e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.270037  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0058  transposase  24.77 
 
 		 595 aa  105  1e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1173  integrase TniA  29.3 
 
 		 560 aa  106  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.457536  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4946  Integrase catalytic region  29.22 
 
 		 489 aa  105  2e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3744  Integrase catalytic region  29.69 
 
 		 495 aa  105  2e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0190412  normal  0.14129 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1874  integrase catalytic subunit  25.11 
 
 		 441 aa  103  8e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2524  TniA transposase  25.9 
 
 		 632 aa  103  8e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0990147 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1107  integrase catalytic subunit  25.11 
 
 		 441 aa  103  8e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.515553  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0381  integrase catalytic subunit  25.11 
 
 		 441 aa  103  8e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0544  integrase catalytic subunit  25.11 
 
 		 441 aa  103  8e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.265235  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3258  integrase catalytic subunit  27.57 
 
 		 599 aa  102  1e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.246577 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4688  integrase catalytic subunit  30.6 
 
 		 382 aa  103  1e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.03329 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4905  integrase catalytic subunit  27.57 
 
 		 599 aa  102  1e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4980  TniA transposase  25.9 
 
 		 640 aa  102  1e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.01794 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6543  hypothetical protein  26.37 
 
 		 649 aa  102  2e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5446  integrase catalytic subunit  28.5 
 
 		 522 aa  100  6e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.517222  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0025  integrase catalytic subunit  26.28 
 
 		 810 aa  100  7e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2936  TniA transposase  26.68 
 
 		 640 aa  99.8  9e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.572632  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1680  TniA transposase  26.68 
 
 		 640 aa  99.8  9e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2928  integrase catalytic subunit  29.27 
 
 		 499 aa  99.8  1e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.171579  normal  0.300711 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2501  integrase catalytic subunit  29.27 
 
 		 499 aa  99.8  1e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.616096 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0041  TniAdelta1  31.29 
 
 		 422 aa  99.8  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.208656 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0571  integrase catalytic subunit  29.27 
 
 		 499 aa  99.8  1e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1688  integrase catalytic subunit  29.27 
 
 		 499 aa  99.8  1e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3047  transposase  23.08 
 
 		 636 aa  97.8  4e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00784211  normal  0.39515 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3191  Integrase catalytic region  26.17 
 
 		 417 aa  97.8  4e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000157181  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2820  Integrase catalytic region  26.17 
 
 		 417 aa  97.8  4e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1682  Integrase catalytic region  26.16 
 
 		 417 aa  97.4  5e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4740  integrase catalytic region  25.49 
 
 		 902 aa  97.4  6e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2267  integrase catalytic region  26.76 
 
 		 626 aa  95.1  3e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.102456 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6241  integrase catalytic subunit  28.21 
 
 		 536 aa  94.4  4e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.599345  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2257  integrase catalytic subunit  26.49 
 
 		 459 aa  94  5e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1285  integrase catalytic subunit  26.49 
 
 		 459 aa  94  5e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5369  Integrase catalytic region  25.21 
 
 		 907 aa  93.2  8e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.295571 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1580  hypothetical protein  26.24 
 
 		 640 aa  93.2  1e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00525053  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1010  integrase catalytic subunit  26.25 
 
 		 459 aa  92.8  1e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6595  transposase  28.42 
 
 		 542 aa  92.8  1e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0532  integrase catalytic subunit  26.01 
 
 		 459 aa  91.3  4e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5797  integrase catalytic subunit  32.64 
 
 		 245 aa  90.9  4e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0014  transposase, putative  26.32 
 
 		 677 aa  90.9  5e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.285018  unclonable  0.000000281565 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0006  integrase catalytic region  26.32 
 
 		 652 aa  90.9  5e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.418357  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0008  integrase catalytic region  26.32 
 
 		 652 aa  90.9  5e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.171023  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0006  integrase catalytic subunit  26.32 
 
 		 652 aa  90.9  5e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0485417  normal  0.154735 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5572  integrase catalytic subunit  28.61 
 
 		 510 aa  90.5  7e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.588721  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3579  Integrase catalytic region  28.86 
 
 		 554 aa  89.7  1e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.318948  normal  0.0294247 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4394  integrase catalytic subunit  29.25 
 
 		 550 aa  87.8  4e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2352  integrase catalytic region  24.93 
 
 		 721 aa  87.8  4e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.109072 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1105  integrase catalytic subunit  27.54 
 
 		 426 aa  87.4  5e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0473204  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>