176 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_3504 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012857  Rpic12D_3504  Integrase catalytic region  100 
 
 		 900 aa  1863    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.661692  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3184  TnsA endonuclease  46.8 
 
 		 902 aa  758    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4577  Integrase catalytic region  100 
 
 		 900 aa  1863    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4740  integrase catalytic region  62.1 
 
 		 902 aa  1172    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1983  TnsA endonuclease  32.31 
 
 		 886 aa  427  1e-118  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.176363 
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5369  Integrase catalytic region  32.88 
 
 		 907 aa  407  1.0000000000000001e-112  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.295571 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0067  integrase catalytic subunit  31.6 
 
 		 905 aa  391  1e-107  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0193  integrase catalytic subunit  31.6 
 
 		 905 aa  391  1e-107  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.952164  hitchhiker  0.00648226 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1330  integrase catalytic subunit  31.6 
 
 		 905 aa  391  1e-107  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1715  integrase catalytic subunit  31.6 
 
 		 905 aa  391  1e-107  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4946  integrase catalytic subunit  31.6 
 
 		 905 aa  391  1e-107  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.275371 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2453  Integrase catalytic region  31.4 
 
 		 917 aa  379  1e-103  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.481095  hitchhiker  0.00214195 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1659  Integrase catalytic region  31.17 
 
 		 922 aa  379  1e-103  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3873  Integrase catalytic region  30.26 
 
 		 960 aa  340  7e-92  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2895  integrase catalytic subunit  28.9 
 
 		 976 aa  339  9.999999999999999e-92  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0212  integrase catalytic subunit  30.31 
 
 		 1010 aa  340  9.999999999999999e-92  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0544  integrase catalytic region  27.03 
 
 		 947 aa  260  8e-68  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4430  hypothetical protein  28.36 
 
 		 876 aa  239  2e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0564261  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1038  hypothetical protein  27.3 
 
 		 904 aa  219  1e-55  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.863705  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0220  Integrase catalytic region  28.5 
 
 		 618 aa  169  2e-40  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.611763  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3568  Integrase catalytic region  29.83 
 
 		 794 aa  144  8e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.351926 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0693  integrase catalytic subunit  26.37 
 
 		 618 aa  131  7.000000000000001e-29  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.658571  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1590  integrase catalytic subunit  26.37 
 
 		 618 aa  131  7.000000000000001e-29  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0125  hypothetical protein  26.7 
 
 		 625 aa  123  9.999999999999999e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4222  integrase catalytic subunit  26.44 
 
 		 541 aa  123  9.999999999999999e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4306  integrase catalytic subunit  26.44 
 
 		 541 aa  123  9.999999999999999e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4384  integrase catalytic subunit  26.44 
 
 		 541 aa  123  9.999999999999999e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4604  integrase catalytic subunit  26.44 
 
 		 541 aa  123  9.999999999999999e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1222  integrase catalytic subunit  26.72 
 
 		 556 aa  123  9.999999999999999e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1346  integrase catalytic subunit  26.72 
 
 		 556 aa  123  9.999999999999999e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2171  integrase catalytic subunit  26.72 
 
 		 556 aa  123  9.999999999999999e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2648  integrase catalytic subunit  26.72 
 
 		 556 aa  123  9.999999999999999e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.363679  normal  0.0869541 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4288  integrase catalytic subunit  28.81 
 
 		 547 aa  121  4.9999999999999996e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.167614  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4579  integrase catalytic subunit  29.16 
 
 		 551 aa  118  3.9999999999999997e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0202  Integrase catalytic region  28.51 
 
 		 630 aa  117  7.999999999999999e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00177404 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3679  integrase catalytic region  26.92 
 
 		 497 aa  114  8.000000000000001e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.703248  normal  0.776463 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3875  integrase catalytic region  26.92 
 
 		 497 aa  114  8.000000000000001e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.936093 
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4082  integrase catalytic region  26.92 
 
 		 497 aa  114  8.000000000000001e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0484563 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1647  transposase  25.85 
 
 		 616 aa  110  1e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5456  integrase catalytic region  26.34 
 
 		 547 aa  109  2e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0520655  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1702  hypothetical protein  27.99 
 
 		 650 aa  108  4e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1173  integrase TniA  26.25 
 
 		 560 aa  108  5e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.457536  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3010  integrase catalytic subunit  26.25 
 
 		 509 aa  106  2e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00333302 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4045  transposase  26.7 
 
 		 572 aa  106  2e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.370062  normal  0.501685 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4972  transposase  26.25 
 
 		 562 aa  106  2e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0764461  normal  0.415785 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4905  integrase catalytic subunit  28.83 
 
 		 599 aa  105  3e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3258  integrase catalytic subunit  28.83 
 
 		 599 aa  105  3e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.246577 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5462  transposase  26.65 
 
 		 552 aa  105  3e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6595  transposase  30.28 
 
 		 542 aa  105  3e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4236  plasmid replication initiator protein-like protein  28.05 
 
 		 548 aa  105  3e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.754905 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3579  Integrase catalytic region  26.1 
 
 		 554 aa  105  4e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.318948  normal  0.0294247 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2352  integrase catalytic region  31.48 
 
 		 721 aa  104  7e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.109072 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6241  integrase catalytic subunit  28.36 
 
 		 536 aa  103  1e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.599345  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0187  urease, beta subunit  26.4 
 
 		 611 aa  103  2e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0977  Transposase-like Mu  25.16 
 
 		 561 aa  102  4e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.115724 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3659  integrase catalytic subunit  30 
 
 		 785 aa  101  8e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2505  transposon transposition protein B, putative  29.07 
 
 		 626 aa  101  8e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3006  TniB  34.95 
 
 		 497 aa  100  1e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.270037  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3047  transposase  24.22 
 
 		 636 aa  100  2e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00784211  normal  0.39515 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3039  integrase catalytic subunit  26.92 
 
 		 614 aa  98.6  4e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.532754  n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0041  TniAdelta1  25.75 
 
 		 422 aa  98.2  6e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.208656 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3862  integrase catalytic subunit  25.73 
 
 		 617 aa  96.7  2e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.015096 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1580  hypothetical protein  25.23 
 
 		 640 aa  95.5  4e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00525053  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2602  hypothetical protein  30.89 
 
 		 733 aa  94  1e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0193648  normal  0.873039 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2199  Transposase-like Mu  26.44 
 
 		 558 aa  92.8  2e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1680  TniA transposase  23.26 
 
 		 640 aa  92.8  3e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3129  Transposase-like Mu  26.44 
 
 		 558 aa  92.8  3e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.509009 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0058  transposase  28.37 
 
 		 595 aa  92.8  3e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0377  integrase catalytic subunit  26.15 
 
 		 636 aa  92.4  3e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.893985  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4688  integrase catalytic subunit  28.67 
 
 		 382 aa  92.4  3e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.03329 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2936  TniA transposase  23.26 
 
 		 640 aa  92.8  3e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.572632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4394  integrase catalytic subunit  24.4 
 
 		 550 aa  91.7  5e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4200  Integrase catalytic region  25.07 
 
 		 617 aa  91.7  6e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1150  integrase catalytic subunit  27.27 
 
 		 560 aa  90.5  1e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.204343 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4980  TniA transposase  25.44 
 
 		 640 aa  90.5  1e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.01794 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6543  hypothetical protein  24.86 
 
 		 649 aa  90.1  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0006  integrase catalytic region  26.25 
 
 		 652 aa  88.2  6e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.418357  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0008  integrase catalytic region  26.25 
 
 		 652 aa  88.2  6e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.171023  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0006  integrase catalytic subunit  26.25 
 
 		 652 aa  88.2  6e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0485417  normal  0.154735 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0014  transposase, putative  26.25 
 
 		 677 aa  88.2  7e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.285018  unclonable  0.000000281565 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2524  TniA transposase  24.69 
 
 		 632 aa  87.4  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0990147 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4720  Integrase catalytic region  30.83 
 
 		 670 aa  86.7  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.086869 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4506  integrase catalytic subunit  26.94 
 
 		 560 aa  84.7  0.000000000000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009477  SaurJH9_2745  integrase catalytic subunit  20.57 
 
 		 480 aa  84.3  0.000000000000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009619  SaurJH1_2822  integrase catalytic region  20.57 
 
 		 480 aa  84.3  0.000000000000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4385  integrase catalytic subunit  23.86 
 
 		 468 aa  84  0.00000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0220  putative transposase  23.51 
 
 		 481 aa  83.6  0.00000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0145675 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0015  integrase catalytic region  25.31 
 
 		 653 aa  83.6  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0072  transposase  23.03 
 
 		 481 aa  83.2  0.00000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1364  integrase catalytic subunit  26.2 
 
 		 782 aa  83.2  0.00000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.565486  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3150  integrase catalytic subunit  22.43 
 
 		 662 aa  82  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5218  integrase catalytic subunit  22.43 
 
 		 662 aa  82  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.250569 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5056  integrase catalytic region  22.43 
 
 		 575 aa  81.6  0.00000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2267  integrase catalytic region  26.52 
 
 		 626 aa  79.7  0.0000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.102456 
 
 
-
 
NC_004310  BR0729  transposase, putative  25.53 
 
 		 704 aa  76.3  0.000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0648986  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2981  Transposase-like Mu  24.51 
 
 		 567 aa  75.5  0.000000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0025  integrase catalytic subunit  22.77 
 
 		 810 aa  75.1  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2186  integrase catalytic subunit  24.72 
 
 		 581 aa  73.2  0.00000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.347784  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2082  Transposase-like Mu  25.09 
 
 		 555 aa  73.2  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000413728 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06222  hypothetical protein  45.45 
 
 		 300 aa  71.6  0.00000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>