200 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_4579 on replicon NC_007961
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007961  Nham_4579  integrase catalytic subunit  100 
 
 		 551 aa  1103    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1222  integrase catalytic subunit  46.29 
 
 		 556 aa  478  1e-133  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1346  integrase catalytic subunit  46.29 
 
 		 556 aa  478  1e-133  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2171  integrase catalytic subunit  49.03 
 
 		 556 aa  478  1e-133  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2648  integrase catalytic subunit  46.29 
 
 		 556 aa  478  1e-133  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.363679  normal  0.0869541 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4236  plasmid replication initiator protein-like protein  47.55 
 
 		 548 aa  421  1e-116  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.754905 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4288  integrase catalytic subunit  46.27 
 
 		 547 aa  390  1e-107  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.167614  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4222  integrase catalytic subunit  41.85 
 
 		 541 aa  365  1e-99  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4306  integrase catalytic subunit  41.85 
 
 		 541 aa  365  1e-99  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4384  integrase catalytic subunit  41.85 
 
 		 541 aa  365  1e-99  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4604  integrase catalytic subunit  41.85 
 
 		 541 aa  365  1e-99  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3579  Integrase catalytic region  41.21 
 
 		 554 aa  354  2e-96  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.318948  normal  0.0294247 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4972  transposase  40.04 
 
 		 562 aa  348  1e-94  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0764461  normal  0.415785 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4045  transposase  40.04 
 
 		 572 aa  348  2e-94  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.370062  normal  0.501685 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0125  hypothetical protein  36.59 
 
 		 625 aa  346  5e-94  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1173  integrase TniA  39.49 
 
 		 560 aa  343  4e-93  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.457536  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3010  integrase catalytic subunit  42.68 
 
 		 509 aa  342  1e-92  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00333302 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2505  transposon transposition protein B, putative  36.21 
 
 		 626 aa  341  2e-92  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0202  Integrase catalytic region  39.5 
 
 		 630 aa  340  4e-92  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00177404 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4905  integrase catalytic subunit  43.07 
 
 		 599 aa  320  5e-86  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3258  integrase catalytic subunit  43.07 
 
 		 599 aa  320  5e-86  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.246577 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1647  transposase  35.78 
 
 		 616 aa  320  6e-86  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0058  transposase  36.35 
 
 		 595 aa  317  4e-85  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0187  urease, beta subunit  37.15 
 
 		 611 aa  317  4e-85  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6595  transposase  39.49 
 
 		 542 aa  314  1.9999999999999998e-84  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6241  integrase catalytic subunit  38.79 
 
 		 536 aa  313  4.999999999999999e-84  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.599345  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4688  integrase catalytic subunit  47.34 
 
 		 382 aa  313  7.999999999999999e-84  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.03329 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5456  integrase catalytic region  39.17 
 
 		 547 aa  312  9e-84  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0520655  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1580  hypothetical protein  36.76 
 
 		 640 aa  307  3e-82  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00525053  normal  1 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0041  TniAdelta1  43.21 
 
 		 422 aa  305  1.0000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.208656 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5462  transposase  39.3 
 
 		 552 aa  305  1.0000000000000001e-81  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4980  TniA transposase  37.23 
 
 		 640 aa  300  3e-80  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.01794 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2936  TniA transposase  36.18 
 
 		 640 aa  296  8e-79  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.572632  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1680  TniA transposase  36.18 
 
 		 640 aa  296  8e-79  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3039  integrase catalytic subunit  34.56 
 
 		 614 aa  295  1e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.532754  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2524  TniA transposase  36.67 
 
 		 632 aa  292  9e-78  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0990147 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0693  integrase catalytic subunit  31.01 
 
 		 618 aa  277  3e-73  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.658571  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1590  integrase catalytic subunit  31.01 
 
 		 618 aa  277  3e-73  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3047  transposase  33.46 
 
 		 636 aa  266  1e-69  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00784211  normal  0.39515 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3006  TniB  45.83 
 
 		 497 aa  261  2e-68  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.270037  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0220  Integrase catalytic region  29.83 
 
 		 618 aa  246  9e-64  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.611763  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4394  integrase catalytic subunit  31.36 
 
 		 550 aa  227  5.0000000000000005e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4506  integrase catalytic subunit  35.1 
 
 		 560 aa  214  1.9999999999999998e-54  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2136  transposase  36.72 
 
 		 322 aa  176  8e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0169548 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2602  hypothetical protein  31.81 
 
 		 733 aa  158  3e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0193648  normal  0.873039 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2133  hypothetical protein  35.74 
 
 		 291 aa  156  1e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0992239  normal  0.0302754 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0072  transposase  24.33 
 
 		 481 aa  153  8.999999999999999e-36  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4082  integrase catalytic region  31.22 
 
 		 497 aa  152  2e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0484563 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3875  integrase catalytic region  31.22 
 
 		 497 aa  152  2e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.936093 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3679  integrase catalytic region  31.22 
 
 		 497 aa  152  2e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.703248  normal  0.776463 
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0220  putative transposase  24.51 
 
 		 481 aa  149  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0145675 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0014  transposase, putative  30.18 
 
 		 677 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.285018  unclonable  0.000000281565 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0008  integrase catalytic region  30.18 
 
 		 652 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.171023  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0006  integrase catalytic region  30.18 
 
 		 652 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.418357  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0006  integrase catalytic subunit  30.18 
 
 		 652 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0485417  normal  0.154735 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0025  integrase catalytic subunit  31.55 
 
 		 810 aa  147  5e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009619  SaurJH1_2822  integrase catalytic region  24.87 
 
 		 480 aa  144  3e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009477  SaurJH9_2745  integrase catalytic subunit  24.87 
 
 		 480 aa  144  3e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6543  hypothetical protein  29.67 
 
 		 649 aa  139  2e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4720  Integrase catalytic region  28.42 
 
 		 670 aa  138  2e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.086869 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3862  integrase catalytic subunit  30.86 
 
 		 617 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.015096 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4200  Integrase catalytic region  30.86 
 
 		 617 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1702  hypothetical protein  25.98 
 
 		 650 aa  128  2.0000000000000002e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4385  integrase catalytic subunit  32.91 
 
 		 468 aa  128  3e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3129  Transposase-like Mu  26.32 
 
 		 558 aa  127  8.000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.509009 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2199  Transposase-like Mu  26.32 
 
 		 558 aa  127  8.000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0977  Transposase-like Mu  27.74 
 
 		 561 aa  122  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.115724 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1150  integrase catalytic subunit  27.25 
 
 		 560 aa  121  3e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.204343 
 
 
-
 
NC_004310  BR0729  transposase, putative  29.72 
 
 		 704 aa  120  6e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0648986  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3184  TnsA endonuclease  28.6 
 
 		 902 aa  119  9.999999999999999e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3504  Integrase catalytic region  29.16 
 
 		 900 aa  118  1.9999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.661692  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4577  Integrase catalytic region  29.16 
 
 		 900 aa  118  1.9999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2352  integrase catalytic region  29.19 
 
 		 721 aa  119  1.9999999999999998e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.109072 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1342  integrase catalytic subunit  25.98 
 
 		 663 aa  115  2.0000000000000002e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.139428 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2267  integrase catalytic region  29.05 
 
 		 626 aa  114  6e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.102456 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0015  integrase catalytic region  26.82 
 
 		 653 aa  108  3e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1364  integrase catalytic subunit  26.84 
 
 		 782 aa  107  4e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.565486  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4687  integrase, catalytic region  42.68 
 
 		 168 aa  108  4e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.887528  normal  0.0224693 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4740  integrase catalytic region  26.67 
 
 		 902 aa  106  9e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1519  Integrase catalytic region  26.7 
 
 		 774 aa  104  4e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.263526 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3659  integrase catalytic subunit  29.32 
 
 		 785 aa  102  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2981  Transposase-like Mu  24.34 
 
 		 567 aa  101  3e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2082  Transposase-like Mu  25.31 
 
 		 555 aa  101  4e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000413728 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3210  integrase catalytic subunit  25.61 
 
 		 782 aa  100  8e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5056  integrase catalytic region  29.14 
 
 		 575 aa  99.8  1e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3150  integrase catalytic subunit  29.14 
 
 		 662 aa  99.8  1e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5218  integrase catalytic subunit  29.14 
 
 		 662 aa  99.8  1e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.250569 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4752  integrase catalytic region  25.27 
 
 		 754 aa  99  2e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1116  HMG-I and HMG-Y, DNA-binding  24.82 
 
 		 721 aa  97.4  6e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06222  hypothetical protein  31.94 
 
 		 300 aa  97.1  8e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2186  integrase catalytic subunit  27.25 
 
 		 581 aa  96.3  1e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.347784  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3946  integrase catalytic subunit  29.77 
 
 		 696 aa  95.5  2e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1192  integrase, catalytic region  27.01 
 
 		 740 aa  95.1  3e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.155684  normal  0.264871 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0117  integrase catalytic subunit  24.56 
 
 		 614 aa  94.7  4e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.145881  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0243  integrase catalytic subunit  24.56 
 
 		 614 aa  94.7  4e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00837519  hitchhiker  0.00531569 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2451  integrase catalytic subunit  24.56 
 
 		 614 aa  94.7  4e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0255149  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0067  integrase catalytic subunit  26.15 
 
 		 905 aa  93.6  8e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0193  integrase catalytic subunit  26.15 
 
 		 905 aa  93.6  8e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.952164  hitchhiker  0.00648226 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1715  integrase catalytic subunit  26.15 
 
 		 905 aa  93.6  8e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4946  integrase catalytic subunit  26.15 
 
 		 905 aa  93.6  8e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.275371 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>