178 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_4288 on replicon NC_007959
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007959  Nham_4288  integrase catalytic subunit  100 
 
 		 547 aa  1091    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.167614  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4579  integrase catalytic subunit  46.27 
 
 		 551 aa  406  1.0000000000000001e-112  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4236  plasmid replication initiator protein-like protein  43.69 
 
 		 548 aa  402  1e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.754905 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4222  integrase catalytic subunit  46.01 
 
 		 541 aa  398  1e-109  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4306  integrase catalytic subunit  46.01 
 
 		 541 aa  398  1e-109  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4384  integrase catalytic subunit  46.01 
 
 		 541 aa  398  1e-109  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4604  integrase catalytic subunit  46.01 
 
 		 541 aa  398  1e-109  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2171  integrase catalytic subunit  42.04 
 
 		 556 aa  392  1e-108  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1222  integrase catalytic subunit  42.04 
 
 		 556 aa  392  1e-107  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1346  integrase catalytic subunit  42.04 
 
 		 556 aa  392  1e-107  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2648  integrase catalytic subunit  42.04 
 
 		 556 aa  392  1e-107  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.363679  normal  0.0869541 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0125  hypothetical protein  37.98 
 
 		 625 aa  357  3.9999999999999996e-97  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2505  transposon transposition protein B, putative  37.4 
 
 		 626 aa  346  6e-94  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0202  Integrase catalytic region  35.52 
 
 		 630 aa  319  7.999999999999999e-86  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00177404 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4045  transposase  42.32 
 
 		 572 aa  316  8e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.370062  normal  0.501685 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4972  transposase  42.32 
 
 		 562 aa  316  8e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0764461  normal  0.415785 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3010  integrase catalytic subunit  42.32 
 
 		 509 aa  315  9e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00333302 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5456  integrase catalytic region  41.26 
 
 		 547 aa  310  5.9999999999999995e-83  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0520655  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1173  integrase TniA  41.61 
 
 		 560 aa  309  8e-83  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.457536  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5462  transposase  39.71 
 
 		 552 aa  302  1e-80  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0058  transposase  37.08 
 
 		 595 aa  296  9e-79  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0187  urease, beta subunit  35.38 
 
 		 611 aa  296  1e-78  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3579  Integrase catalytic region  38.06 
 
 		 554 aa  291  2e-77  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.318948  normal  0.0294247 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3006  TniB  50.35 
 
 		 497 aa  288  1e-76  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.270037  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6241  integrase catalytic subunit  35.88 
 
 		 536 aa  287  2.9999999999999996e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.599345  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1647  transposase  32.88 
 
 		 616 aa  285  1.0000000000000001e-75  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4905  integrase catalytic subunit  40.48 
 
 		 599 aa  282  1e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3258  integrase catalytic subunit  40.48 
 
 		 599 aa  282  1e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.246577 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0220  Integrase catalytic region  32.36 
 
 		 618 aa  282  1e-74  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.611763  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6595  transposase  35.87 
 
 		 542 aa  271  2e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0693  integrase catalytic subunit  30.1 
 
 		 618 aa  261  3e-68  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.658571  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1590  integrase catalytic subunit  30.1 
 
 		 618 aa  261  3e-68  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4688  integrase catalytic subunit  44.77 
 
 		 382 aa  260  5.0000000000000005e-68  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.03329 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3047  transposase  32.14 
 
 		 636 aa  257  4e-67  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00784211  normal  0.39515 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0041  TniAdelta1  39.17 
 
 		 422 aa  254  2.0000000000000002e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.208656 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1680  TniA transposase  33.72 
 
 		 640 aa  254  3e-66  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2936  TniA transposase  33.72 
 
 		 640 aa  254  3e-66  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.572632  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1580  hypothetical protein  32.94 
 
 		 640 aa  251  2e-65  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00525053  normal  1 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4980  TniA transposase  32.3 
 
 		 640 aa  251  3e-65  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.01794 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2524  TniA transposase  32.88 
 
 		 632 aa  248  2e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0990147 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3039  integrase catalytic subunit  32.81 
 
 		 614 aa  246  9.999999999999999e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.532754  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4394  integrase catalytic subunit  33.33 
 
 		 550 aa  219  1e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4506  integrase catalytic subunit  33.26 
 
 		 560 aa  192  1e-47  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2136  transposase  40 
 
 		 322 aa  169  1e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0169548 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2133  hypothetical protein  35.74 
 
 		 291 aa  169  2e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0992239  normal  0.0302754 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6543  hypothetical protein  31.58 
 
 		 649 aa  157  5.0000000000000005e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0006  integrase catalytic region  30.53 
 
 		 652 aa  150  4e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.418357  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0008  integrase catalytic region  30.53 
 
 		 652 aa  150  4e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.171023  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0006  integrase catalytic subunit  30.53 
 
 		 652 aa  150  4e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0485417  normal  0.154735 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0014  transposase, putative  30.53 
 
 		 677 aa  150  5e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.285018  unclonable  0.000000281565 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0025  integrase catalytic subunit  28.87 
 
 		 810 aa  149  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2602  hypothetical protein  29.01 
 
 		 733 aa  148  3e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0193648  normal  0.873039 
 
 
-
 
NC_009477  SaurJH9_2745  integrase catalytic subunit  22.92 
 
 		 480 aa  139  2e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009619  SaurJH1_2822  integrase catalytic region  22.92 
 
 		 480 aa  139  2e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4720  Integrase catalytic region  29.8 
 
 		 670 aa  138  3.0000000000000003e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.086869 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2352  integrase catalytic region  28.27 
 
 		 721 aa  136  9.999999999999999e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.109072 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3679  integrase catalytic region  27.62 
 
 		 497 aa  132  2.0000000000000002e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.703248  normal  0.776463 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3862  integrase catalytic subunit  27.56 
 
 		 617 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.015096 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3875  integrase catalytic region  27.62 
 
 		 497 aa  132  2.0000000000000002e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.936093 
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4082  integrase catalytic region  27.62 
 
 		 497 aa  132  2.0000000000000002e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0484563 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4200  Integrase catalytic region  31.34 
 
 		 617 aa  130  9.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0220  putative transposase  22.7 
 
 		 481 aa  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0145675 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4577  Integrase catalytic region  28.81 
 
 		 900 aa  129  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3504  Integrase catalytic region  28.81 
 
 		 900 aa  129  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.661692  normal  1 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0072  transposase  23.33 
 
 		 481 aa  126  8.000000000000001e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4740  integrase catalytic region  26.97 
 
 		 902 aa  123  9.999999999999999e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1342  integrase catalytic subunit  27 
 
 		 663 aa  122  1.9999999999999998e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.139428 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2186  integrase catalytic subunit  26.48 
 
 		 581 aa  120  6e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.347784  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2199  Transposase-like Mu  24.86 
 
 		 558 aa  120  6e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3129  Transposase-like Mu  24.86 
 
 		 558 aa  120  7e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.509009 
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4385  integrase catalytic subunit  28.54 
 
 		 468 aa  120  7e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0067  integrase catalytic subunit  29.33 
 
 		 905 aa  119  9.999999999999999e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0193  integrase catalytic subunit  29.33 
 
 		 905 aa  119  9.999999999999999e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.952164  hitchhiker  0.00648226 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1330  integrase catalytic subunit  29.33 
 
 		 905 aa  119  9.999999999999999e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1715  integrase catalytic subunit  29.33 
 
 		 905 aa  119  9.999999999999999e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4946  integrase catalytic subunit  29.33 
 
 		 905 aa  119  9.999999999999999e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.275371 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1983  TnsA endonuclease  24.36 
 
 		 886 aa  119  1.9999999999999998e-25  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.176363 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1150  integrase catalytic subunit  28.37 
 
 		 560 aa  118  3e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.204343 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3184  TnsA endonuclease  28.35 
 
 		 902 aa  115  2.0000000000000002e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0015  integrase catalytic region  26.77 
 
 		 653 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0377  integrase catalytic subunit  24.11 
 
 		 636 aa  113  1.0000000000000001e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.893985  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2453  Integrase catalytic region  29.29 
 
 		 917 aa  112  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.481095  hitchhiker  0.00214195 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0977  Transposase-like Mu  26.01 
 
 		 561 aa  113  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.115724 
 
 
-
 
NC_004310  BR0729  transposase, putative  28.02 
 
 		 704 aa  112  2.0000000000000002e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0648986  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2981  Transposase-like Mu  25.05 
 
 		 567 aa  112  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1364  integrase catalytic subunit  28.53 
 
 		 782 aa  111  4.0000000000000004e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.565486  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1702  hypothetical protein  24.24 
 
 		 650 aa  107  6e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2267  integrase catalytic region  24.89 
 
 		 626 aa  106  9e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.102456 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2082  Transposase-like Mu  26.13 
 
 		 555 aa  106  1e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000413728 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0458  integrase catalytic subunit  28.7 
 
 		 710 aa  103  7e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.540763  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4752  integrase catalytic region  27.93 
 
 		 754 aa  101  3e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2235  integrase catalytic region  23.37 
 
 		 644 aa  100  8e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.986822  decreased coverage  0.00107006 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3210  integrase catalytic subunit  26.21 
 
 		 782 aa  96.3  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3873  Integrase catalytic region  28.16 
 
 		 960 aa  95.1  3e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3659  integrase catalytic subunit  30.92 
 
 		 785 aa  93.6  8e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0246  Integrase catalytic region  26.87 
 
 		 717 aa  92.4  2e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.337678 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0221  Tn7-like transposition protein B  26.35 
 
 		 728 aa  92.4  2e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.26166  normal  1 
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5369  Integrase catalytic region  24.7 
 
 		 907 aa  92  2e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.295571 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1192  integrase, catalytic region  24.57 
 
 		 740 aa  90.9  6e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.155684  normal  0.264871 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4687  integrase, catalytic region  41.04 
 
 		 168 aa  90.5  7e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.887528  normal  0.0224693 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>