102 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2538 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_2538  hypothetical protein  100 
 
 		 762 aa  1567    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2088  hypothetical protein  31.56 
 
 		 749 aa  355  2e-96  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4752  integrase catalytic region  27.02 
 
 		 754 aa  248  2e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3210  integrase catalytic subunit  29.49 
 
 		 782 aa  213  9e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0729  transposase, putative  26.77 
 
 		 704 aa  201  6e-50  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0648986  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0458  integrase catalytic subunit  26.94 
 
 		 710 aa  197  4.0000000000000005e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.540763  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1192  integrase, catalytic region  28.51 
 
 		 740 aa  147  1e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.155684  normal  0.264871 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3214  hypothetical protein  24.09 
 
 		 780 aa  134  9e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.262924  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1519  Integrase catalytic region  25.2 
 
 		 774 aa  126  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.263526 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0006  integrase catalytic subunit  26.8 
 
 		 652 aa  114  5e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0485417  normal  0.154735 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0008  integrase catalytic region  26.8 
 
 		 652 aa  114  5e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.171023  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0006  integrase catalytic region  26.8 
 
 		 652 aa  114  5e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.418357  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0014  transposase, putative  26.8 
 
 		 677 aa  114  6e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.285018  unclonable  0.000000281565 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0025  integrase catalytic subunit  28.61 
 
 		 810 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0015  integrase catalytic region  25 
 
 		 653 aa  93.6  1e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6543  hypothetical protein  26.42 
 
 		 649 aa  92  4e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0125  hypothetical protein  25.82 
 
 		 625 aa  84.7  0.000000000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2352  integrase catalytic region  24.14 
 
 		 721 aa  84.7  0.000000000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.109072 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6241  integrase catalytic subunit  25.94 
 
 		 536 aa  81.6  0.00000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.599345  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0220  Integrase catalytic region  29.02 
 
 		 618 aa  77  0.000000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.611763  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3129  Transposase-like Mu  30.56 
 
 		 558 aa  77  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.509009 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2199  Transposase-like Mu  30.56 
 
 		 558 aa  76.6  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2235  integrase catalytic region  26.97 
 
 		 644 aa  75.9  0.000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.986822  decreased coverage  0.00107006 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2981  Transposase-like Mu  26.71 
 
 		 567 aa  75.5  0.000000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1580  hypothetical protein  24.74 
 
 		 640 aa  75.1  0.000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00525053  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1680  TniA transposase  23.55 
 
 		 640 aa  72.8  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2936  TniA transposase  23.55 
 
 		 640 aa  72.8  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.572632  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06969  hypothetical protein  22.57 
 
 		 487 aa  71.6  0.00000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3542  hypothetical protein  29.67 
 
 		 689 aa  71.2  0.00000000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1150  integrase catalytic subunit  28.06 
 
 		 560 aa  69.7  0.0000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.204343 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6595  transposase  27.35 
 
 		 542 aa  69.3  0.0000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2082  Transposase-like Mu  27.8 
 
 		 555 aa  69.3  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000413728 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4905  integrase catalytic subunit  26.9 
 
 		 599 aa  68.9  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3258  integrase catalytic subunit  26.9 
 
 		 599 aa  68.9  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.246577 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1426  hypothetical protein  27.13 
 
 		 801 aa  68.9  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06219  hypothetical protein  27.59 
 
 		 333 aa  68.2  0.0000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4980  TniA transposase  23.51 
 
 		 640 aa  67.4  0.000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.01794 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2524  TniA transposase  23.51 
 
 		 632 aa  67.4  0.000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0990147 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0693  integrase catalytic subunit  27.23 
 
 		 618 aa  66.2  0.000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.658571  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1590  integrase catalytic subunit  27.23 
 
 		 618 aa  66.2  0.000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1173  integrase TniA  26.49 
 
 		 560 aa  65.1  0.000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.457536  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4972  transposase  27.39 
 
 		 562 aa  65.1  0.000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0764461  normal  0.415785 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3862  integrase catalytic subunit  23.17 
 
 		 617 aa  65.1  0.000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.015096 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3010  integrase catalytic subunit  27.39 
 
 		 509 aa  64.3  0.000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00333302 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4045  transposase  27.39 
 
 		 572 aa  64.7  0.000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.370062  normal  0.501685 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0041  TniAdelta1  25.5 
 
 		 422 aa  64.7  0.000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.208656 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0377  integrase catalytic subunit  26.34 
 
 		 636 aa  63.5  0.00000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.893985  n/a   
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0220  putative transposase  24.25 
 
 		 481 aa  62.8  0.00000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0145675 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0072  transposase  23.63 
 
 		 481 aa  62.4  0.00000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4385  integrase catalytic subunit  25.73 
 
 		 468 aa  62.8  0.00000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2602  hypothetical protein  25.87 
 
 		 733 aa  61.6  0.00000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0193648  normal  0.873039 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0977  Transposase-like Mu  25.11 
 
 		 561 aa  61.6  0.00000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.115724 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1364  integrase catalytic subunit  27.17 
 
 		 782 aa  60.8  0.0000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.565486  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4200  Integrase catalytic region  22.26 
 
 		 617 aa  60.5  0.0000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4222  integrase catalytic subunit  24.57 
 
 		 541 aa  59.3  0.0000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4306  integrase catalytic subunit  24.57 
 
 		 541 aa  59.3  0.0000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4384  integrase catalytic subunit  24.57 
 
 		 541 aa  59.3  0.0000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4604  integrase catalytic subunit  24.57 
 
 		 541 aa  59.3  0.0000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0058  transposase  22.81 
 
 		 595 aa  58.5  0.0000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2186  integrase catalytic subunit  22.52 
 
 		 581 aa  58.9  0.0000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.347784  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1222  integrase catalytic subunit  23.1 
 
 		 556 aa  57.8  0.0000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1346  integrase catalytic subunit  23.1 
 
 		 556 aa  57.8  0.0000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2171  integrase catalytic subunit  23.1 
 
 		 556 aa  57.8  0.0000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2648  integrase catalytic subunit  23.1 
 
 		 556 aa  57.8  0.0000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.363679  normal  0.0869541 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2993  Transposase-like Mu  24.11 
 
 		 677 aa  57.4  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1342  integrase catalytic subunit  28.03 
 
 		 663 aa  56.6  0.000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.139428 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4579  integrase catalytic subunit  22.94 
 
 		 551 aa  56.2  0.000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4720  Integrase catalytic region  23.68 
 
 		 670 aa  56.2  0.000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.086869 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5456  integrase catalytic region  23.91 
 
 		 547 aa  55.1  0.000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0520655  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3579  Integrase catalytic region  25.45 
 
 		 554 aa  55.1  0.000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.318948  normal  0.0294247 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0117  integrase catalytic subunit  25 
 
 		 614 aa  53.5  0.00001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.145881  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0243  integrase catalytic subunit  25 
 
 		 614 aa  53.5  0.00001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00837519  hitchhiker  0.00531569 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2451  integrase catalytic subunit  25 
 
 		 614 aa  53.5  0.00001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0255149  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5462  transposase  26.47 
 
 		 552 aa  53.9  0.00001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4717  Integrase catalytic region  27.37 
 
 		 749 aa  53.5  0.00001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0202  Integrase catalytic region  22.44 
 
 		 630 aa  53.9  0.00001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00177404 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3047  transposase  24.48 
 
 		 636 aa  53.1  0.00002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00784211  normal  0.39515 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4288  integrase catalytic subunit  22.66 
 
 		 547 aa  53.1  0.00002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.167614  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2505  transposon transposition protein B, putative  23.67 
 
 		 626 aa  52  0.00004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2267  integrase catalytic region  25.79 
 
 		 626 aa  51.2  0.00007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.102456 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0028  transposase  25.09 
 
 		 651 aa  50.4  0.0001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.680566  n/a   
 
 
-
 
NC_009477  SaurJH9_2745  integrase catalytic subunit  25 
 
 		 480 aa  50.1  0.0001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009619  SaurJH1_2822  integrase catalytic region  25 
 
 		 480 aa  50.1  0.0001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3679  integrase catalytic region  26.61 
 
 		 497 aa  50.4  0.0001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.703248  normal  0.776463 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3875  integrase catalytic region  26.61 
 
 		 497 aa  50.4  0.0001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.936093 
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4082  integrase catalytic region  26.61 
 
 		 497 aa  50.4  0.0001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0484563 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1859  integrase catalytic subunit  27.59 
 
 		 791 aa  50.1  0.0002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5778  integrase catalytic region  23.58 
 
 		 662 aa  48.9  0.0004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.13282  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0496  integrase  25 
 
 		 523 aa  47.8  0.0007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.772953  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0151  hypothetical protein  23.58 
 
 		 456 aa  46.6  0.002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1122  putative transposase protein  24.24 
 
 		 478 aa  46.6  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0710  putative integrase  24.24 
 
 		 478 aa  46.6  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.112967 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3659  integrase catalytic subunit  23.04 
 
 		 785 aa  46.6  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4236  plasmid replication initiator protein-like protein  23.23 
 
 		 548 aa  46.2  0.002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.754905 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0187  urease, beta subunit  22.39 
 
 		 611 aa  45.8  0.003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5181  Integrase catalytic region  23.94 
 
 		 478 aa  45.1  0.005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6466  Integrase catalytic region  23.94 
 
 		 478 aa  45.1  0.005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000892643 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6582  Integrase catalytic region  23.94 
 
 		 478 aa  45.1  0.005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0318996 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7260  Integrase catalytic region  23.94 
 
 		 478 aa  45.1  0.005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0099  Integrase catalytic region  23.94 
 
 		 478 aa  45.1  0.005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>