151 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0496 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_0496  integrase  100 
 
 		 523 aa  1036    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.772953  normal  1 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5591  integrase catalytic subunit  47.2 
 
 		 715 aa  443  1e-123  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5417  integrase catalytic subunit  47.2 
 
 		 715 aa  443  1e-123  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.751819 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4717  Integrase catalytic region  43.58 
 
 		 749 aa  365  2e-99  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0613  integrase catalytic subunit  34.94 
 
 		 634 aa  209  1e-52  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.514295  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3183  integrase catalytic subunit  34.94 
 
 		 634 aa  209  1e-52  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0522653  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3222  integrase catalytic subunit  36.98 
 
 		 539 aa  194  4e-48  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0196436  normal  0.424387 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2545  Integrase catalytic region  33.59 
 
 		 829 aa  176  7e-43  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000108599  hitchhiker  0.00117981 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3575  hypothetical protein  37.04 
 
 		 757 aa  174  5e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.164983 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0882  hypothetical protein  30.39 
 
 		 628 aa  154  2.9999999999999998e-36  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2020  hypothetical protein  33.79 
 
 		 560 aa  137  6.0000000000000005e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0015  integrase catalytic region  22.83 
 
 		 653 aa  93.6  8e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0220  Integrase catalytic region  23.38 
 
 		 618 aa  84.7  0.000000000000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.611763  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0014  transposase, putative  28.08 
 
 		 677 aa  84.3  0.000000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.285018  unclonable  0.000000281565 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0006  integrase catalytic region  28.08 
 
 		 652 aa  84.3  0.000000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.418357  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0006  integrase catalytic subunit  28.08 
 
 		 652 aa  84.3  0.000000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0485417  normal  0.154735 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0008  integrase catalytic region  28.08 
 
 		 652 aa  84.3  0.000000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.171023  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0025  integrase catalytic subunit  28.38 
 
 		 810 aa  81.6  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0187  urease, beta subunit  23.5 
 
 		 611 aa  81.3  0.00000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0202  Integrase catalytic region  26.98 
 
 		 630 aa  80.1  0.00000000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00177404 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1222  integrase catalytic subunit  25.95 
 
 		 556 aa  77.4  0.0000000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1346  integrase catalytic subunit  25.95 
 
 		 556 aa  77.4  0.0000000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2171  integrase catalytic subunit  25.95 
 
 		 556 aa  77.4  0.0000000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2648  integrase catalytic subunit  25.95 
 
 		 556 aa  77.4  0.0000000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.363679  normal  0.0869541 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6543  hypothetical protein  25 
 
 		 649 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4385  integrase catalytic subunit  26.6 
 
 		 468 aa  75.1  0.000000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0125  hypothetical protein  24.18 
 
 		 625 aa  74.7  0.000000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3862  integrase catalytic subunit  25 
 
 		 617 aa  72  0.00000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.015096 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1342  integrase catalytic subunit  23.79 
 
 		 663 aa  71.6  0.00000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.139428 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1647  transposase  22.43 
 
 		 616 aa  72  0.00000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4720  Integrase catalytic region  21.52 
 
 		 670 aa  70.1  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.086869 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4200  Integrase catalytic region  25.3 
 
 		 617 aa  68.9  0.0000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4045  transposase  26.9 
 
 		 572 aa  68.6  0.0000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.370062  normal  0.501685 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4972  transposase  26.9 
 
 		 562 aa  68.9  0.0000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0764461  normal  0.415785 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2524  TniA transposase  26.1 
 
 		 632 aa  69.3  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0990147 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1173  integrase TniA  27.9 
 
 		 560 aa  68.6  0.0000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.457536  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3010  integrase catalytic subunit  26.9 
 
 		 509 aa  68.6  0.0000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00333302 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4980  TniA transposase  25.94 
 
 		 640 aa  68.6  0.0000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.01794 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2186  integrase catalytic subunit  25.39 
 
 		 581 aa  68.2  0.0000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.347784  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0977  Transposase-like Mu  25.36 
 
 		 561 aa  67.4  0.0000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.115724 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4579  integrase catalytic subunit  27.03 
 
 		 551 aa  65.5  0.000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2082  Transposase-like Mu  24.43 
 
 		 555 aa  65.9  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000413728 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2505  transposon transposition protein B, putative  22.97 
 
 		 626 aa  65.9  0.000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5572  integrase catalytic subunit  33.11 
 
 		 510 aa  65.9  0.000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.588721  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2199  Transposase-like Mu  28.79 
 
 		 558 aa  64.7  0.000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0571  integrase catalytic subunit  32.65 
 
 		 499 aa  64.7  0.000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1688  integrase catalytic subunit  32.65 
 
 		 499 aa  64.7  0.000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2501  integrase catalytic subunit  32.65 
 
 		 499 aa  64.7  0.000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.616096 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2928  integrase catalytic subunit  32.65 
 
 		 499 aa  64.7  0.000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.171579  normal  0.300711 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3129  Transposase-like Mu  28.79 
 
 		 558 aa  64.7  0.000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.509009 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2352  integrase catalytic region  26.58 
 
 		 721 aa  64.7  0.000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.109072 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4752  integrase catalytic region  25.72 
 
 		 754 aa  64.3  0.000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2981  Transposase-like Mu  23.91 
 
 		 567 aa  63.5  0.000000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5446  integrase catalytic subunit  31.37 
 
 		 522 aa  63.5  0.000000009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.517222  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0693  integrase catalytic subunit  20.28 
 
 		 618 aa  63.5  0.00000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.658571  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1590  integrase catalytic subunit  20.28 
 
 		 618 aa  63.5  0.00000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009477  SaurJH9_2745  integrase catalytic subunit  24.54 
 
 		 480 aa  63.5  0.00000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009619  SaurJH1_2822  integrase catalytic region  24.54 
 
 		 480 aa  63.5  0.00000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4905  integrase catalytic subunit  24.84 
 
 		 599 aa  62.8  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3258  integrase catalytic subunit  24.84 
 
 		 599 aa  62.8  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.246577 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12826  transposase  32.93 
 
 		 469 aa  62.4  0.00000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  1.44117e-18  normal  1 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0041  TniAdelta1  27.68 
 
 		 422 aa  61.6  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.208656 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2115  integrase catalytic region  26.52 
 
 		 738 aa  61.2  0.00000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.245855  normal  1 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6595  transposase  25.79 
 
 		 542 aa  60.8  0.00000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1519  Integrase catalytic region  24.2 
 
 		 774 aa  60.5  0.00000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.263526 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2993  Transposase-like Mu  23.71 
 
 		 677 aa  59.7  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2068  integrase catalytic region  26.52 
 
 		 738 aa  59.7  0.0000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00349038  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06219  hypothetical protein  22.75 
 
 		 333 aa  59.7  0.0000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1702  hypothetical protein  27.13 
 
 		 650 aa  58.9  0.0000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3579  Integrase catalytic region  27.71 
 
 		 554 aa  58.5  0.0000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.318948  normal  0.0294247 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1285  Integrase catalytic region  29.73 
 
 		 493 aa  58.2  0.0000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.543739  normal  0.626135 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4236  plasmid replication initiator protein-like protein  24.72 
 
 		 548 aa  58.5  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.754905 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4520  Integrase catalytic region  29.73 
 
 		 493 aa  58.2  0.0000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0220  putative transposase  23.83 
 
 		 481 aa  57  0.0000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0145675 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2088  hypothetical protein  26.24 
 
 		 749 aa  57  0.0000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0072  transposase  22.96 
 
 		 481 aa  56.2  0.000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3679  integrase catalytic region  23.64 
 
 		 497 aa  56.2  0.000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.703248  normal  0.776463 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3875  integrase catalytic region  23.64 
 
 		 497 aa  56.2  0.000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.936093 
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4082  integrase catalytic region  23.64 
 
 		 497 aa  56.2  0.000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0484563 
 
 
-
 
NC_004310  BR0729  transposase, putative  27.56 
 
 		 704 aa  55.5  0.000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0648986  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1150  integrase catalytic subunit  23.21 
 
 		 560 aa  55.5  0.000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.204343 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1107  integrase catalytic subunit  25.4 
 
 		 441 aa  55.8  0.000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.515553  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1874  integrase catalytic subunit  25.4 
 
 		 441 aa  55.8  0.000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0381  integrase catalytic subunit  25.4 
 
 		 441 aa  55.8  0.000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0544  integrase catalytic subunit  25.4 
 
 		 441 aa  55.8  0.000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.265235  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6241  integrase catalytic subunit  23.75 
 
 		 536 aa  55.1  0.000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.599345  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4946  Integrase catalytic region  29.05 
 
 		 489 aa  55.1  0.000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3744  Integrase catalytic region  30.41 
 
 		 495 aa  55.5  0.000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0190412  normal  0.14129 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1680  TniA transposase  24.07 
 
 		 640 aa  54.7  0.000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2936  TniA transposase  24.07 
 
 		 640 aa  54.7  0.000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.572632  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06969  hypothetical protein  24.24 
 
 		 487 aa  54.7  0.000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4222  integrase catalytic subunit  23.15 
 
 		 541 aa  53.9  0.000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4306  integrase catalytic subunit  23.15 
 
 		 541 aa  53.9  0.000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4384  integrase catalytic subunit  23.15 
 
 		 541 aa  53.9  0.000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4604  integrase catalytic subunit  23.15 
 
 		 541 aa  53.9  0.000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1285  integrase catalytic subunit  27.33 
 
 		 459 aa  54.3  0.000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2257  integrase catalytic subunit  27.33 
 
 		 459 aa  54.3  0.000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0377  integrase catalytic subunit  24 
 
 		 636 aa  53.9  0.000008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.893985  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3006  TniB  23.55 
 
 		 497 aa  53.5  0.000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.270037  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2931  putative transposase  30.49 
 
 		 672 aa  52.8  0.00001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>