More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_5901 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013730  Slin_5901  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  100 
 
 
198 aa  409  1e-113  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.961128  normal  0.399589 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1306  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  80.3 
 
 
198 aa  339  1e-92  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3673  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  81.31 
 
 
198 aa  339  2e-92  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.157915 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3426  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  76.77 
 
 
198 aa  327  8e-89  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.278995  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1984  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  65.28 
 
 
199 aa  266  1e-70  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.440019 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3743  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  64.62 
 
 
201 aa  266  1e-70  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1876  isopropylmalate isomerase small subunit  49.74 
 
 
192 aa  183  2.0000000000000003e-45  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.104175 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3269  isopropylmalate isomerase small subunit  49 
 
 
209 aa  182  4.0000000000000006e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0159  isopropylmalate isomerase small subunit  45.5 
 
 
201 aa  181  6e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.949563  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1960  isopropylmalate isomerase small subunit  43.52 
 
 
204 aa  179  4e-44  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0186  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  46.39 
 
 
198 aa  178  4e-44  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.506413  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0342  isopropylmalate isomerase small subunit  47.4 
 
 
201 aa  178  4.999999999999999e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0498  isopropylmalate isomerase small subunit  47.4 
 
 
201 aa  177  5.999999999999999e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.701221  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1979  isopropylmalate isomerase small subunit  46.84 
 
 
191 aa  176  1e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0372  isopropylmalate isomerase small subunit  51.09 
 
 
201 aa  176  2e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0296  isopropylmalate isomerase small subunit  51.09 
 
 
201 aa  176  2e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.447651 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0340  isopropylmalate isomerase small subunit  51.09 
 
 
201 aa  176  2e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0234  isopropylmalate isomerase small subunit  47.94 
 
 
201 aa  175  4e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4358  isopropylmalate isomerase small subunit  46 
 
 
201 aa  174  6e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0216  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  46.39 
 
 
201 aa  174  7e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.247072  normal  0.136168 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0963  isopropylmalate isomerase small subunit  47.92 
 
 
200 aa  174  8e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0862  isopropylmalate isomerase small subunit  43.72 
 
 
201 aa  173  1.9999999999999998e-42  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2521  isopropylmalate isomerase small subunit  43.72 
 
 
201 aa  173  1.9999999999999998e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0588786  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0351  isopropylmalate isomerase small subunit  47.37 
 
 
200 aa  172  1.9999999999999998e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.289741 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3028  isopropylmalate isomerase small subunit  47 
 
 
201 aa  172  2.9999999999999996e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.295047 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1984  isopropylmalate isomerase small subunit  45.26 
 
 
191 aa  172  2.9999999999999996e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1899  isopropylmalate isomerase small subunit  45.26 
 
 
191 aa  172  3.9999999999999995e-42  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0123  isopropylmalate isomerase small subunit  45.27 
 
 
201 aa  171  3.9999999999999995e-42  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03088  isopropylmalate isomerase small subunit  44.5 
 
 
201 aa  172  3.9999999999999995e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0883  isopropylmalate isomerase small subunit  45.5 
 
 
201 aa  171  5.999999999999999e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0041  isopropylmalate isomerase small subunit  48.42 
 
 
200 aa  171  5.999999999999999e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0827  isopropylmalate isomerase small subunit  45.5 
 
 
211 aa  171  5.999999999999999e-42  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1259  isopropylmalate isomerase small subunit  46.19 
 
 
195 aa  171  5.999999999999999e-42  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0512287  normal  0.692541 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1548  isopropylmalate isomerase small subunit  43.01 
 
 
204 aa  171  9e-42  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.165609  normal  0.0663452 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1114  isopropylmalate isomerase small subunit  43.59 
 
 
195 aa  170  1e-41  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.162514  normal  0.49413 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0230  isopropylmalate isomerase small subunit  45.83 
 
 
201 aa  170  1e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00838951 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3591  isopropylmalate isomerase small subunit  45.31 
 
 
201 aa  170  1e-41  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3297  isopropylmalate isomerase small subunit  45.5 
 
 
201 aa  169  2e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3898  isopropylmalate isomerase small subunit  47.37 
 
 
202 aa  169  2e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.106034  normal  0.223457 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1147  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  47.4 
 
 
201 aa  169  3e-41  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00108201 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4211  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  44.44 
 
 
198 aa  168  4e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0742  isopropylmalate isomerase small subunit  43.88 
 
 
200 aa  168  6e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.843634  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2522  isopropylmalate isomerase small subunit  42.5 
 
 
201 aa  167  6e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.68534  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4222  isopropylmalate isomerase small subunit  46.84 
 
 
202 aa  166  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.233647 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2791  isopropylmalate isomerase small subunit  45.31 
 
 
201 aa  166  2e-40  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.204605  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0121  isopropylmalate isomerase small subunit  42.64 
 
 
201 aa  166  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.886111  normal  0.157977 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3620  isopropylmalate isomerase small subunit  43.08 
 
 
195 aa  166  2e-40  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.694512 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0126  isopropylmalate isomerase small subunit  42.64 
 
 
201 aa  166  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1185  isopropylmalate isomerase small subunit  45.88 
 
 
201 aa  166  2e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.840345  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0126  isopropylmalate isomerase small subunit  42.13 
 
 
201 aa  165  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.899902  normal  0.029238 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_28677  predicted protein  43.52 
 
 
722 aa  165  4e-40  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0040  isopropylmalate isomerase small subunit  47.37 
 
 
200 aa  165  4e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00442875 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1246  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  42.79 
 
 
212 aa  164  5.9999999999999996e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0119  isopropylmalate isomerase small subunit  42.13 
 
 
201 aa  164  5.9999999999999996e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0796  isopropylmalate isomerase small subunit  44.06 
 
 
214 aa  164  8e-40  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.030547  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1222  isopropylmalate isomerase small subunit  43.14 
 
 
217 aa  164  8e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.489719  normal  0.012692 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0122  isopropylmalate isomerase small subunit  42.13 
 
 
201 aa  164  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.14126  normal  0.46492 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1670  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  46.7 
 
 
204 aa  164  1.0000000000000001e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00715412  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1013  isopropylmalate isomerase small subunit  42.86 
 
 
214 aa  163  2.0000000000000002e-39  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0083  isopropylmalate isomerase small subunit  45.26 
 
 
201 aa  162  2.0000000000000002e-39  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.384389  normal  0.18722 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0076  isopropylmalate isomerase small subunit  41.62 
 
 
201 aa  162  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.28946 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1246  isopropylmalate isomerase small subunit  43.96 
 
 
204 aa  162  3e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1574  isopropylmalate isomerase small subunit  45.36 
 
 
212 aa  162  3e-39  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0619  isopropylmalate isomerase small subunit  41.62 
 
 
201 aa  162  4.0000000000000004e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.12131 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0076  isopropylmalate isomerase small subunit  41.62 
 
 
201 aa  162  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1919  isopropylmalate isomerase small subunit  43.07 
 
 
212 aa  162  4.0000000000000004e-39  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0776  isopropylmalate isomerase small subunit  42.93 
 
 
207 aa  162  4.0000000000000004e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0626  isopropylmalate isomerase small subunit  42.93 
 
 
207 aa  162  4.0000000000000004e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1342  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  42.79 
 
 
216 aa  162  4.0000000000000004e-39  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.331592  normal  0.464834 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1549  isopropylmalate isomerase small subunit  45.69 
 
 
214 aa  162  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.226385 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1780  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  42.21 
 
 
213 aa  162  4.0000000000000004e-39  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.972609  hitchhiker  0.00157972 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00073  isopropylmalate isomerase small subunit  41.62 
 
 
201 aa  161  5.0000000000000005e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3527  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  41.62 
 
 
201 aa  161  5.0000000000000005e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0065  isopropylmalate isomerase small subunit  41.62 
 
 
201 aa  161  5.0000000000000005e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00072  hypothetical protein  41.62 
 
 
201 aa  161  5.0000000000000005e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0074  isopropylmalate isomerase small subunit  41.62 
 
 
201 aa  161  5.0000000000000005e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3586  isopropylmalate isomerase small subunit  41.62 
 
 
201 aa  161  5.0000000000000005e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000223756 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3462  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  42.78 
 
 
195 aa  161  7e-39  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0274952  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1150  isopropylmalate isomerase small subunit  46.43 
 
 
195 aa  160  8.000000000000001e-39  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000354633 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1984  isopropylmalate isomerase small subunit  44.78 
 
 
213 aa  160  1e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.238956  normal  0.0387343 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0627  isopropylmalate isomerase small subunit  43.81 
 
 
195 aa  160  1e-38  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4052  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  45.64 
 
 
203 aa  160  1e-38  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1424  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  43 
 
 
201 aa  160  1e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3469  isopropylmalate isomerase small subunit  44.1 
 
 
201 aa  160  1e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.068645  normal  0.363086 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1048  isopropylmalate isomerase small subunit  41.87 
 
 
216 aa  160  1e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2722  isopropylmalate isomerase small subunit  45.18 
 
 
215 aa  159  2e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0158135  normal  0.102803 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1794  isopropylmalate isomerase small subunit  43.07 
 
 
216 aa  160  2e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.266254  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2148  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  44.21 
 
 
207 aa  159  2e-38  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0323042  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00814  isopropylmalate isomerase small subunit  42.25 
 
 
200 aa  159  2e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3069  isopropylmalate isomerase small subunit  44.28 
 
 
212 aa  159  2e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1986  isopropylmalate isomerase small subunit  44.16 
 
 
214 aa  159  3e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.373676  hitchhiker  0.00883462 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1517  isopropylmalate isomerase small subunit  44.16 
 
 
214 aa  159  3e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0857683  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4440  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  41.85 
 
 
196 aa  159  3e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2260  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  41.05 
 
 
198 aa  159  3e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3773  isopropylmalate isomerase small subunit  44.16 
 
 
214 aa  159  3e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2915  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  46.49 
 
 
195 aa  159  3e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001659  3-isopropylmalate dehydratase small subunit  42.25 
 
 
200 aa  159  3e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.57325  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0591  isopropylmalate isomerase small subunit  41.33 
 
 
200 aa  158  4e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2085  isopropylmalate isomerase small subunit  44.28 
 
 
215 aa  158  4e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0078  isopropylmalate isomerase small subunit  41.12 
 
 
201 aa  158  4e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>